甲那里泄露了机密，所以对陈新甲非常恼恨。他一则为着忍不住一股怒火，二则希望使言官们不要认为他知道陈新甲与满洲议和的事，在常朝进行了一半时候，他忽然脸色一变，严词责备陈新甲身为兵部尚书而对开封解围不力，朱仙镇丧师惨重；又责备他不能迅速调兵防备山海关和长城各口，特别是在洪承畴投降之后，对辽东恢复事束手无策，一味因循敷衍，不能解朝廷东顾之忧。
陈新甲俯伏在地，不敢抬头。起初他不知道皇上为什么拿开封的事突然这样对他严加责备，接着又责备他不能调兵防守山海关和长城各口，不能为皇上解除东顾之忧。随即他忽然明白：一定是皇上变卦，要把与东虏议和的事归罪到他的头上。于是他浑身冒汗，颤抖得很厉害。当崇祯向他问话的时候，他简直不知道如何回答。虽然他平日口齿伶俐，但现在竟讷讷地说不出话来，只是在心中对自己说：
“我天天担心的大祸果然来了！”
但是陈新甲虽很恐怖，却不完全绝望。他想他是奉密旨行事，目前东事方急，皇上会想出转圜办法。
崇祯将陈新甲痛责一顿之后，忽然又问刑部尚书：“那个在松山临阵脱逃的总兵王朴，为什么要判处秋决？”刑部尚书赶紧跪下说明：王朴虽然从松山逃回，人马损失惨重，可是溃逃的不光是他一个总兵官，而是整个援锦大军崩溃，他也是身不由己，所以根据国法，判为死罪，秋后处决。
崇祯听了大怒，将御案一拍，喝道：“胡说！像他这样的总兵，贪生怕死，临敌不能为国效命，竟然惊慌逃窜，致使全军瓦解，为什么不立时处决？”
刑部尚书也被这突然严责弄得莫名其妙，惊慌失措，赶紧叩头回奏：“臣部量刑偏轻，死罪死罪。今当遵旨将王朴改判为‘立决’，随时可以处决。”
崇祯余怒未息，本来不打算理会言官，可是一时激动起来，忍耐不住，将严厉的目光转向几个御史和给事中，指着他们说：
“你们这班人，专门听信谣言，然后写出奏本，危言耸听，哗众沽名。朝中大事，都败在你们这些言官身上。如果再像这样徒事攻汗，朝廷还有什么威望？还能办什么事情？”
他声色俱厉，不断地用拳头捶着御案。那些御史和给事中一个个吓得跪在地上，面如土色，不敢抬头。这么发了一阵脾气之后，他不再等待朝臣们向他继续奏事，起身退朝。
崇祯回到乾清宫，自认为今天上朝发了一顿脾气，对东虏议和的事大概没人再敢提了，这一阵风浪从此可以压下去了。只要朝臣中没有人再攻讦陈新甲，朝议缓和下去，对满洲议和事以后再说。但是他害怕这一次风波并没有完，叹一口气，精神混乱，仰望藻井①，自言自语：
①藻井——有彩绘装饰的天花板。
“中原糜烂。辽东糜烂。处处糜烂。糜烂！糜烂！倘若款事不成，虏兵重新人塞，这风雨飘摇的江山叫我如何支撑啊！”
过了一天，朝中果然仍有几个不怕死的言官，又上疏痛讦陈新甲暗中与东虏议和，丧权辱国之罪。其中有一封奏疏竟然半明半暗地涉及到崇祯本人，说外面纷纷议论，谣传陈新甲暗中与东虏议和是奉皇上密旨，但上疏者本人并不相信，盖深知皇上是千古英明之主，非来主可比云云。崇祯阅罢，明白这话是挖苦他，但没有借口将上疏的言官下狱。他的心中很焦急，眼看着事情已经闹大，想暗中平息已不可能。可是这事情到底是怎么泄露的呢？他不好差太监去问陈新甲，便把东厂提督太监曹化淳和锦衣卫使吴孟明叫进宫来。曹化淳先到了乾清宫，崇祯先用责备的口气问曹化淳：
“陈新甲辜负朕意，暗中派马绍偷同东虏议和。事情经过，朕实不知。他们暗中议和之事，言官们如何全都知道？你的东厂和吴孟明的锦衣卫两个衙门，职司侦伺臣民，养了许多打事件的番子。像这样大事，你们竟然如聋如瞽，白当了朕的心腹耳目！陈新甲等做的事，何等机密，朝中的乌鸦们是怎样知道的？”
曹化淳跪在地上，一边连说“奴婢有罪，恳皇爷息怒”，一边在转着心思。从秘密议和开始，主意出自皇上，中间如何进行，曲曲折折，他完全心中清楚。但听了皇上的这几句话，他明白皇上要将这事儿全推到陈新甲的身上。他在地上回奏说：
“对东虏议抚的事，原来很是机密，奴婢不大清楚。如今泄露出来，奴婢才叫番子们多方侦查……”
“侦查的结果如何？”
“启禀皇爷，事情是这样的：马绍愉将一封密件的副本夜里呈给陈新甲。陈新甲因为困倦，一时疏忽，看过之后，忘在书案上便去睡了。他的一个亲信仆人，看见上边并未批‘绝密’二字，以为是发抄的公事，就赶快送下去作为邸报传抄。这也是因为陈新甲治事敏捷，案无留犊，成了习惯，他的仆人们也常怕耽误了公事受责。方士亮是兵科给事中，所以先落到他的手中。第二天五更上朝时候，陈新甲想起来这个抄件，知道被仆人误发下去，赶快追回，不料已经被方士亮抄了一份留下。这个方士亮像一只苍蝇一样，正愁没有窟窿蕃蛆，得了这密件后自然要大做文章。”
“京师臣民们如何议论？”
“京师臣民闻知此事，自然舆论大哗。大家说皇上是千古英明之主，断不会知道与东虏议和之事，所以大家都归咎于兵部尚书不该背着皇上做此丧权辱国之事。”
崇祯沉吟片刻，叹息说：“朕之苦衷，臣民未必尽知！”
曹化淳赶快说：“臣民尽知皇上是尧、舜之君，忧国忧民，朝乾夕惕①。纵然知道此事，也只是一时受了臣下欺哄，不是陛下本心。”
①朝乾夕惕——意思是朝夕勤奋戒惧，不敢懈怠。这是封建朝代歌颂皇帝的习用语。
崇祯说：“你下去吧。”
略停片刻，在乾清门等候召见的锦衣卫使吴孟明被叫了进来，跪在崇祯面前。他同曹化淳已经在进宫时交换了意见，所以回答皇帝的话差不多一样。崇祯露出心事很重的神色，想了一阵，忽然小声问道：
“马绍愉住在什么地方，你可知道？”
“微臣知道。陛下要密召马绍愉进宫询问？”
“去他家看他的人多不多？”
“他原是秘密回京，去看他的人不多。自从谣言起来之后，微臣派了锦衣旗校在他的住处周围巡逻，又派人装成小贩和市井细民暗中监视。他一家人知道这种情形，闭户不敢出来。”
崇祯又小声说：“今日夜晚，街上人静以后，你派人将马绍愉逮捕。他家中的钱财什物不许骚扰，嘱咐他的家人：倘有别人问起，只说马绍愉因有急事出京，不知何往。如敢胡说一句，全家主仆祸将不测。”
吴孟明问道：“将他下入镇抚司狱中？”
崇祯摇摇头，接着吩咐：“将他送往西山远处，僻静地方，孤庙中看管起来。叫他改名换姓，改为道装，如同桂褡隐居的有学问的道士模样，对任何人不许说出他是马绍偷。庙中道士都要尊敬他，不许乱问，不许张扬。你们要好生照料他的饮食，不可亏待了他。”
“要看管到什么时候？”
“等待新旨。”
吴孟明恍然明白皇上的苦心，赶快叩头说：“遵旨！”
崇祯召见过曹化淳和吴孟明以后，断定这件事已经没法儿强压下去，只好把全部罪责推到陈新甲身上。于是他”了一道手谕，责备陈新甲瞒着他派马绍愉出关与东虏议款，并要陈新甲“好生回话”。实际上他希望陈新甲在回话时引罪自责，将全部责任揽到自己身上，等事过境迁，他再救他。
陈新甲接到皇上的手谕后，十分害怕。尽管他的家中保存着崇祯关于与满洲议和的几次手谕，但是实际上他不敢拿出来“彰君之恶”。他很清楚，本朝从洪武以来，历朝皇帝都对大臣寡恩，用着时倚为股肱，一旦翻脸，抄家灭门，而崇祯也是动不动就诛戮大臣。他只以为皇上将要借他的人头以推卸责任，却没有想到皇上是希望他先将罪责揽在自己身上，将来还要救他。陈新甲实在感到冤枉，而性格又比较倔强，于是在绝望之下头脑发昏，写了一封很不得体的“奉旨回话”的奏疏，将一场大祸弄得不可挽回了。在将奏疏拜发时，他竟会糊涂地愤然想道：
“既然你要杀我，我就干脆把什么事情都说出来。也许我一说出来，你就不敢杀我了。”
在“奉旨回话”的奏疏中，他丝毫不引罪自责，反而为他与满洲议和的事进行辩解。他先把两年来国家内外交困的种种情形陈述出来，然后说他完全是奉旨派马绍偷出关议和。他说皇上是英明之主，与满洲议和完全是为着祖宗江山，这事情本来做得很对，但因恐朝臣中有人大肆张扬，所以命他秘密进行，原打算事成之后，即向举朝宣布。如今既然已经张扬出去，也不妨就此向朝臣说明原委：今日救国之计，不议和不能对外，也不能安内，舍此别无良策。
崇祯看了此疏，猛然将一只茶杯摔得粉碎，骂道：“该杀！真是该杀！”尽管他也知道陈新甲所说的事实和道理都是对的，但陈新甲竟把这一切在奏疏中公然说出，而且用了“奉旨议和”四个字，使他感到万万不能饶恕。于是他又下了一道手谕，责备陈新甲“违旨议和”，用意是要让陈新甲领悟过来，引罪自责。
陈新甲看了圣旨后，更加相信崇祯是要杀他，于是索性横下一条心，又上了一封奏疏，不惟不引罪，而且具体地指出了某月某日皇上如何密谕、某月某日皇上又如何密谕，将崇祯给他的各次密诏披露无遗。他误以为这封奏疏会使崇祯无言自解，从而将他减罪。
崇祯看了奏疏后，从御椅上跳起来，虽然十分愤怒，却一时不能决定个妥当办法。他在乾清宫内走来走去，遇到一个花盆，猛地一脚踢翻。走了几圈后，他回到御案前坐下，下诏将陈新甲立即逮捕下狱，交刑部立即从严议罪。
当天晚上，崇祯知道陈新甲已经下到狱中，刑部正在对他审问，议罪。他忽然想到自己的多次手诏，分明陈新甲并没有在看过后遵旨烧毁，如今仍藏在陈新甲的家中。于是他将吴孟明叫进宫来，命他亲自率领锦衣旗校和兵丁立即将陈家包围，严密搜查。他想着那些秘密手诏可能传到朝野，留存后世，成为他的“盛德之累”，情绪十分激动，一时没有将搜查的事说得清楚。吴孟明跪在地上问道：
“将陈新甲的财产全数抄没？”
“财产不要动，一切都不要动，只查抄他家中的重要文书。尤其是宫中去的，片纸不留，一概抄出。抄到以后，马上密封，连夜送进宫来。倘有片纸留传在外，或有人胆敢偷看，定要从严治罪！”
吴孟明害怕查抄不全，皇上对他生疑，将有后祸，还怕曹化淳对他嫉妒，他恳求皇上命曹化淳同他一起前去。崇祯也有点对他不放心，登时答应命曹化淳一同前去。
当夜二更时候，陈新甲的宅子被东厂和锦衣卫的人包围起来。曹化淳和吴孟明带领一群人进人宅中，将陈新甲的妻、妾、儿子等和重要奴仆们全数拘留，口传圣旨，逼他们指出收藏重要文书的地方。果然在一口雕花樟木箱子里找到了全部密诏。曹化淳和吴孟明放了心，登时严密封好，共同送往宫中，呈给皇帝。
崇祯问道：“可是全在这里？”
曹化淳说：“奴婢与吴孟明找到的就这么多，全部跪呈皇爷，片纸不敢漏掉。”
崇祯点头说：“你们做的事绝不许对外声张！”
曹化淳和吴孟明走后，崇祯将这一包密诏包起来带到养德斋中，命宫女和太监都离开，然后他打开包封，将所有的密诏匆匆忙忙地看了一遍，不禁又愧又恨，愧的是这确实是他的手迹，是他做的事；恨的是陈新甲并没有听他的话，将每一道密诏看过后立即烧毁，而是全部私藏了起来。他在心中骂道：“用心险恶的东西！”随即向外间叫了一声：
“魏清慧！”
魏清慧应声而至。崇祯吩咐她快去拿一个铜香炉来。魏清慧心中不明白，迟疑地说：
“皇爷，这香炉里还有香，是我刚才添的。”
“你再拿一个来，朕有用处。”
魏清慧打量了崇祯一眼，看到他手里拿的东西，心里似乎有点明白，赶快跑出去，捧了一个香炉进来。崇祯命魏清慧把香炉放到地上，然后把那些密诏递给她，说：
“你把这些没用的东西全部烧掉，不许留下片纸。”
魏清慧将香炉和蜡烛放在地上，然后将全部密诏放进香炉，点了起来，小心不让纸灰飞出。不一会儿，就有一股青烟从香炉中冒出，在屋中线绕几圈，又飞出窗外。崇祯的目光先是注视着香炉，然后也随着这股青烟转向窗外。他忽然觉得，如果窗外有宫女和太监看见这股青烟，知道他在屋内烧东西，也很不好。但侧耳听去，窗外很安静，连一点脚步声也没有，放下心来。魏清慧一直等到香炉中不再有火光，也不再冒烟，只剩下一些黑色灰烬，然后她请皇上看了一下，便把香炉送出。她随即重回到崇祯面前，问道：
“皇爷还有没有别的吩咐？”
崇祯将魏清慧从上到下打量了一番，不禁感到，宫里虽有众多妃嫔，像这样机密的事却只有让魏清慧来办才能放心。魏清慧心里却很奇怪：皇上身为天下之主，还有什么秘密怕人知道？为什么要烧这些手诏？为什么这样鬼鬼祟祟，害怕窗外有人？但是她连一句话也不敢问，甚至眼中都没有流露出丝毫疑问。崇祯心头上的一块石头放下了，想着魏清慧常常能够体谅他的苦心，今夜遵照他的旨意，不声不响地把事情做得又快又干净，使他十分满意。他用眼睛示意魏清慧走上前来，然后他双手拉住了她的手。魏清慧顿时脸颊通红，低头不语，心头狂跳。崇祯轻轻地说：
“你是我的知心人。”
魏清慧不晓得如何回答，脸颊更红。突然，崇祯搂住她的腰，往怀中一拉，使她坐在自己的腿上