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这究竟是为什么呢？理由很简单，有如下几点：
首先是因为李秀成太有名望了。洪秀全死后，李秀成实际上已经代替了洪秀全的地位，如果不把他给杀了，脱逃掉的他依然会领导几十万仍在各地战斗的太平军，这对朝廷是不利的。而且，对于这位太平天国的重要领袖，曾国藩也不可能掌握对他生杀予夺的大权，而只有朝廷才有做出决定的权力。
其次是由于太平军将士对李秀成的拥戴。《太平天国战纪》中曾经有这样的记载：“松王陈得风已降国荃，见秀成在虏，向之拜。国荃叱之，得风曰：‘吾为母而降，事泄当死，蒙王不杀，今无以为报，故拜耳。’秀成被杀，年四十。”李秀成虽然已经落入了敌人手中，其手下将士仍然非常敬重他，由此我们可以看出李秀成对将士的影响力。
第三个原因也非常重要，就是李秀成对南京之战的一切都了解得很详细，而曾国藩的奏折大都偏离事实，在诸如南京城守兵、财富、湘军的烧杀掳掠等问题上，李秀成都了解得非常清楚，一旦他将这些事实泄露给朝廷，曾国藩将不可避免地面临灾难。这是曾国藩杀李秀成最重要的原因。因为李秀成写了十天的供词，每天写七千多字，然而才有两万多字保存了下来，主要是因为曾国藩的删节和修改。
清军在抓到了李秀成后，曾国藩在《奏报攻克金陵尽歼全股悍贼并生俘逆酋李秀成洪仁达折》中这样写道：“至伪忠王李秀成一犯，城破受伤，匿于山内民房。十五夜，提折萧孚泗亲自搜出，并搜擒王次兄洪仁达。二十日，曾国荃亲讯，供认不讳。应否槛送京师，抑或即在金陵正法，咨请定夺。”六月二十九日，朝廷在给曾国藩的上谕中说：“其逆首李秀成、洪仁达等，均系内地乱民，不必献俘；第该逆等罪恶贯盈，自应槛送京师，审明后尽法惩治，以泄神人之愤。着曾国藩遴派妥员，将李秀成、洪仁达押解来京，并咨明沿途督抚，饬地方文武多派兵役小心护送，毋稍大意。”
朝廷的命令应该是一点也不含糊的。然而，曾国藩却玩了一个小小的把戏，即在朝廷的谕旨下达前就处死了李秀成，根本没有等朝廷的命令。
曾国藩竟敢不遵从朝廷的旨意，其中必定是有原因的。
第四部分：天国瓦解瞒天过海
当然，曾国藩知道这样做冒了很大的风险，于是，又于七月二十日补了一份《复奏李秀成等囚未能槛送京师已先就地处决情由及洪逆三印已早解送军机处片》，在这篇奏折中解释了自己的所作所为。
但是，曾国藩递给朝廷的李秀成的供词中，删改了其中很大的一部分，朝廷觉察到了这一点，于是，又于七月二十三日令曾国藩补上他所删掉的部分。
这个命令让曾国藩感到极为难堪，正是因为供词中有些部分不便给别人看他才把它删除的，他岂能保留？于是，没有办法的他也就只好装聋作哑，在奏折中不提任何有关于这方面的事情，好在朝廷也没有对此做更进一步的调查，他终于逃过了此劫。