到蒙古入主中原后，元世祖忽必烈听信高丽人赵彝之言，于至元十一年（公元1274年）、至元十八年两次远征日本，结束了两国自三国到唐、宋以来相对友好关系，开始了敌对状态，进而东南沿海开始出现倭寇。
为了对付倭寇，元朝先于大德七年（公元1303年）取消了市舶机构，并“禁商下海”，在至大元年（公元1308年）又重新恢复，至大四年再度取消。而日本政府也因为恐惧元军的再度入侵，因此加强海防，终元一朝不曾与中国来往。
到了元末明初，由于陈友谅、张士诚、方国珍等人所部多有水师，而他们在被朱元璋消灭后，部下颇有逃至海上在两国间以走私和海外贸易为生的，甚至后来的明建文帝，也有说是去了南洋，而郑和下西洋的原因，就有人认为是去寻找建文帝，并试图将其消灭以绝后患的。
于是朱元璋在消灭南方敌对势力准备北上灭元前，很担心南方敌对残余势力勾结倭人入侵沿海，因此于洪武元年（公元1368年）、二年、三年、五年数次遣使去日本交好，但日本这时正好处于南北朝交战时期，道路为南朝所断，朱明交好的意图未成，因此开始实施海禁政策。到后来日本南朝为北朝所并吞，有相当部分武士成为了为浪人，部分浪人则沦为了海盗，前来骚扰中国沿海。但因为此刻明军战斗力强盛，水师也堪称一流，外加日本也是战后百废待兴，所以倭寇属于零散现象，没有形成气候，为祸不算太大。
只是倭寇的出现，却使得明政府采取了一项重大的错误政策，也就是开始全面地绝对禁止民间海上贸易的海禁政策。
根据《明史》记载，在洪武三年（公元1370年），朱元璋下令关闭了“太仓黄渡市舶司”；七年，撤销自唐朝起就担负着海外贸易功能的福建泉州、浙江明州、广东广州三市舶司，官方海外贸易市场彻底关闭；十四年，“又下令禁濒海民私通海外诸国”，此刻连素与明朝交好的东南亚各国也不能来华进行贸易及文化交流了；十九年，废昌国县；二十年，强行将舟山岛及其他四十六岛（山）的居民全部迁入内地；二十三年，再颁“禁外藩交通令”；二十七年，禁止民间使用及买卖舶来的番香、番货等海外产品；三十年，再次颁布法令，禁国人下海通商。
为了加强海禁，彻底断绝沿海地区与海外各国的贸易和文化交流，朱明政府又在《大明律》中规定道：“擅造三桅以上违式大船，将带违禁货物下海，前往番国买卖，……正犯比照己行律处斩，仍枭首示众，全家发边卫充军。其打造前项海船，卖与夷人图利者，比照将应禁军器下海者”。同时，对持有和使用、买卖海外产品的百姓和商人，也实行了严酷的制裁。如前所说于洪武二十七年禁止民间使用及买卖番香、番货等物一条，就有对应的制裁政策：“敢有私下诸番互市者，必置之重法、凡番香、番货皆不许贩鬻，其现有者限以三月销尽”、“番货到来，私买贩卖苏木、胡椒至一千斤以上者，……发边卫充军。”
而在日本，当南北朝混战结束整个社会恢复到一定程度后，便开始感受到了明朝海禁带来的影响，尤其是高、中档消费品和奢侈品的严重缺乏，让幕府和各大名以及上层社会深感不适，而丝绵、棉布、铁器、茶叶、药材等大量的生活用品及物资的的缺乏，也给百姓生活带了极大的不便。因此在应永九年（公元1401年），后小松天皇遣使入明朝上表，这是明朝开国后日本第一次递交的正式表文。
在明成祖朱棣，也就是永历大帝即位后，日本又再次派遣派使者来华，成祖也派出了左通政赵居任出使日本，并发给日本政府“本”字勘合一百道，“诏日本十年一贡，人止二百，船止二艘，不得携军器，违者以寇论”（《明史》），同时令日本禁止倭寇骚扰我沿海地区，这就是所谓“勘合贸易”。
事实上勘合贸易并不是真正意义上的贸易，而是一种朝贡性质的交换行为。以天朝上国自居的明朝，在收到日本等国送来朝贡品后，多以几倍甚至数十倍的价格以及物品回报，“诏日本十年一贡”，也表明了这一贸易的性质。由于勘合贸易在一定程度上缓解了物资短缺的局面，所以在永乐初期两国关系的发展还是比较良好的，日本政府不但几次进贡，甚至还将抓获的倭寇送交明朝来处理：“明年十一月来贺册立皇太子。时对马、台岐诸岛贼掠滨海居民，因谕其王捕之。王发兵尽歼其众，絷其魁二十人，以三年十一月献于朝，且修贡。帝益嘉之，……而还其所献之人，令其国自治之。使者至宁波，尽置其人于甑，烝杀之。……五年、六年频入贡，且献所获海寇。……八年四月，义持遣使谢恩，寻献所获海寇，帝嘉之”（《明史》）。
只是这么小的勘合贸易数量，并不能完全解决两国贸易和社会发展的需要，甚至为了争夺和明朝的贸易权，两个日本使团还在中国爆发了一场“争贡之役”，并因此在沿海地区引发了一场小骚乱。
而有贸易需要的也并不只是日本一方，当时中国南方地区对出口贸易的需求也相当迫切，所以虽然两国政府都严加镇压，但两国走私集团以及倭寇的活动还是加剧了。明朝政府曾因此向日本政府问罪，而日本的日向、大隅、萨摩三州刺使岛津腾存忠，也派遣使者奉表来明告罪，但指出倭寇并非是日本政府支持的，属于民间犯罪行为。
此后，由于日本本土开始进入战国时期，将军和天皇已经不能对各地大名甚至土豪有实质上的控制，因此，部分大名和土豪乃至寺院，都开始悄悄在两国间进行走私活动。由于明朝的海禁政策，故其船队多有带武器以防备官军抓捕，因此这其实是武装走私。但是，其中也有部分失去了藩主的日本浪人，甚至一些比较贫困及势力弱小的大名、土豪、寺院派出的船队成员，见明朝海防松懈也开始乘机掠夺财物船货，成为了海盗，也就是倭寇，不过这是一种主体是贸易，间杂抢掠行为的倭寇，因此规模不大，也没有形成职业集团，。
说到明朝海防松懈倭寇乘机掠夺沿海这个问题，如果从根本上来看，这还得说明朝政府的不是，至少是因处理不当而导致。
在明洪武十九年时，朱元璋下令废昌国县，二十年又强行把舟山群岛等四十六岛（山）的居民全部迁入内地，但据明范表的《玩鹿亭稿》道，当时浙东沿海向无海盗，渔民们也遵纪守法以出洋打鱼樵柴为生，还没有进行海外贸易。
而明政府这一强行迁徙计划，虽然先不过四十六岛（山），但由于这些大岛屿承担着交通枢纽和市场、补给等作用，在失去了这些重要生活补给场所后，导致舟山群岛大小数百岛屿相继被弃，可这些岛上房屋、道路、水利等生活甚至军事设施却都一应俱全，放弃这些岛屿客观上给走私集团以及海盗的产生提供了条件极好的温床，所以即使没有倭寇，也迟早会有安南寇、满剌加寇、佛郎机寇等等海盗出现。事实也证明，最后倭寇之乱的顶峰时期倭寇们在东南沿海落脚的据点，正是这些被明政府强行废弃的岛屿。如果这些岛屿当初不被废弃，居住着大量百姓并部队驻扎，倭寇们要想在沿海地区找个隐蔽而可靠的落脚点，可以说是很困难的。而现在随便找个岛屿就可以马上入住，连建设都不需要，又由于完全没有明军和百姓存在，所以相对很隐蔽，几乎没有情报外泄的担忧，这又怎么不叫他们欣喜若狂呢。
事实上后来明军在剿灭倭寇时，一直对倭寇的动向掌握困难，在沿海地区疲于奔命，是与此有着直接关系的。
为了“海禁”这个“片板不许入海”愚蠢的闭关锁国政策，朱明皇帝和政府以及那些所谓的国家精英、清流大臣们，强行毁掉了本国数以十万计的百姓家园，花费莫大的费用，百姓们被迫背井离乡损失惨重迁入内地，可结果却是给海盗和倭寇造就了便利条件，这可真是狠狠地自己抽了自己一个脆响的大嘴巴。
众所周知，在明嘉靖、万历年间的中国南方，工商业已经相当发达，开始出现了资本主义萌芽。当时主要的工商业，是丝织业、棉纺织业、陶瓷业、冶金工业，另外则是茶叶和药材等行业，可类似丝织业这样的高、中档消费品国内市场并不是非常大。在一定的生产力下，如果没有大规模的市场，生产方式是不可能改变的，因此江南之所以早早出现了资本主义萌芽，和当时民间海外贸易的大规模兴起有着极大的关系。
我们知道，正是十五世纪后欧洲各国新航路的开辟，才导致了它们的商业革命和价格革命，譬如当白银通过国际贸易渠道流动时，它所经过的地方必然发生下述现象：物价迅速上涨，货币贬值，投机活跃。传统的经济关系受到了严重的冲击。
而这却极大地促进了欧洲的国家阶级关系的变化，因为在价格革命中，受损害较大的有两部分人：一是按传统方式收取定额货币地租的封建地主，他们的实际收入因货币贬值而减少，陷于贫困破产；二是城乡雇佣工人，由于他们处于被雇用的地位，而国家为保护雇主的利益，则一再颁布限制提高工资的法令，致使工资的增长幅度赶不上物价的上涨幅度。
因此，在价格革命中获利最大的是商品生产的经营者，如手工工场主、资本主义农场主、按资本主义方式经营农牧场的新贵族，还有缴纳定额货币地租的富裕佃农。
对英法等国家来说，价格革命还替他们初步理顺了从自然经济向商品经济转变时期的价格体系。因此，在英法等国内经济体系能够较顺利地进行资本主义改造的国家里，价格革命有力地加速了封建制度的衰落和资本主义的兴起，促进了商品经济的发展。
所以，恩格斯才在《论封建制度的解体及资产阶级的兴起》中这样说道：“航海事业根本是与封建制度格格不入的”，而当时的朱明王朝，虽然拥有郑和下西洋那样强大的航海能力，却在此后反其道而行之，严厉打击中国本土海洋经济的发展，固执地继续着“重陆轻海”、“重农抑商”的祖训，就此扼杀了中国走向海洋、发现新世界的可能。
在一个崭新的“大航海时代”面前，面对海洋经济，中国历史在朱明王朝手上被强行扭转船头转了个U字弯。
二，“巨寇”汪直
汪直（又作王直），正是那时亚洲最大的民间航海贸易集团首领，同时与其并称的还有许栋、徐海等人。
汪直是徽州歙县柘林人，又称王直、汪五峰，号五峰船主。《明史》称汪直，黄宗羲则称其母为汪妪：“直，歙人，母汪妪”，而汪直之侄与义子也均姓汪，因此汪直似应该姓汪不姓王。
汪直出身应该比较穷苦，《筹海图编》说他“少落魄，有任侠气。及壮，多智略，善施与，以故人宗信之”，《天下郡国利病书》则道其成年后，先与徐惟学等人做盐贩，但后来以为“国中法制森严，动辄触禁，孰与海外逍遥哉”，于是和叶宗满等人南下广东，“造巨舰，收带硝黄、丝棉等违禁之物抵日本、暹罗、西洋等国，往来互市”，开始了他的第一次海商生涯。
这是嘉靖十九年（公元1540年）的事情（《三朝平攘录》）。
嘉靖二十一年，汪直首航日本成功。然而，在明朝海禁政策下，汪直等人“往来互市”的海外贸易，显然是违法的。而汪直这个时候势力还不大，因此当他在得到了当时的最大的海商，他的同乡歙人许栋之帮助后，于嘉靖二十三年率领千人之众加盟许栋集团。在此期间，许栋集团以浙江宁波的双屿为基地，不断发展其海外贸易，汪直开始担任其“管库”，后来又转“管哨”，内外兼理，成为许栋集团的重要人物。其时，汪直“止载货往日本，未尝引其人来也。”（《筹海图编》）
一直以来包括史书上，大多也把许栋归为倭寇，但却往往只说其“诱倭”等等，并不见具体情形。事实上根据《闽书·；岛夷志》的记载，一直到嘉靖二十四年（公元1544年），许栋“始诱博多津倭，助、才、门三人来市双屿”，仅以这三个日本人，而且很明显是到双屿来和中国互市的日本商人，来指其为倭寇，这显然是不足取的。
这是我们在看待明朝倭寇时要注意的第一个问题。有明一代，基本上都把海盗及沿海地区与明政府对抗的武装集团概称为“倭寇”，事实上这是相当不严谨和含糊不清的，许栋集团就是个最明显的例子。许栋兄弟早年入赘马来，可以说算是半个马来人，而他的主要贸易伙伴则是葡萄牙和南洋一带商人，如马来、越南商人，日本和他的贸易以及合作时间都相当短，而来往人数也很少，根据记载，他在被击败以后想远遁的正是马来而不是日本，也就是当时所谓的“满剌加”，因为他是入赘那里并从那里起家的。
事实上当时在这一地区最大的海外势力，乃是葡萄牙人而不是日本人。据费尔南·；门德斯·；平托的《远游记》记载，自嘉靖十九年（公元1540年），葡萄牙人就在双屿和浯屿两处建立了较固定的“临时居留地”，在那里搭棚交易、存栈、过冬，并建有堡垒房屋，当时在双屿驻扎有1200多葡萄牙人，浯屿则有500多人，而《林次崖先生文集》中对也当时的贸易状况有着这样的记载：“佛朗机（即葡萄牙）之来，皆以其地胡椒，苏木，象牙，苏油，沉、东、檀、乳诸香，与边民交易，其价甚平，其日用饮食之资于吾民者，如米、面、猪、鸡之数，其价皆倍于常，故边民乐与为市”，可见当时那一带最大的海上外国势力是葡萄牙人，而不是倭人。
嘉靖二十七年（公元1548年），浙江巡抚朱纨以“不革渡船则海道不可清，不严保甲则海防不可复”，又因为许氏集团与当地政府发生了武装冲突，开始对双屿发起攻击。明军“破其巢穴，焚其舟舰，擒杀殆半”，许氏集团部分头目以及和他们进行贸易的坐商“大窝主顾良玉、祝良贵、刘奇十四等，皆就擒”（《筹海图编》），后来又在海上“俘日本国人稽天，许栋亦就擒”（《明史》），自此许氏集团被消灭，而汪