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不过，实际上朱纨攻破的确实不是海盗窝，而是个商港和贸易集市，最直接的证据就是双屿港被破后，自四月七日被破到五月十日这一个月时间内，先后到达的各国商船竟达到了一千二百九十余艘之多，最后以双屿港被朱纨下令用泥土彻底填塞使其不能启用而告终。
幸好，来的都是是商船，如果双屿港真是海盗和倭寇基地的话，那么这一千二百九十多艘装备了各式新式火炮和武器的“海盗倭寇”船，恐怕只要一次就足以把江苏、浙江、福建一带全部荡平。
据《明史》载，次年朱纨在福建又捕获了和葡萄牙人交易的九十六名违反海禁政策者，据他说罪名是抢劫，所以不予申辩就将他们全部斩首：“其年三月，佛郎机国人行劫至诏安。纨击擒其渠李光头等九十六人，复以便宜戮之”。
先是朱纨严格实施海禁时，民间以及部分士人就反弹极大，“闽人资衣食于海，骤失重利，虽士大夫家亦不便也，欲沮坏之”，因此当朱纨斩杀九十六人后，随即就被御史陈九德“劾纨擅杀。落纨职，命兵科都给事杜汝祯按问。朱纨闻之，慷慨流涕曰：‘吾贫且病，又负气，不任对簿。纵天子不欲死我，闽、浙人必杀我。吾死，自决之，不须人也。’制圹志，作绝命词，仰药死。二十九年，给事汝祯、巡按御史陈宗夔还，称奸民鬻贩拒捕，无僭号流劫事，坐纨擅杀。诏逮纨，纨已前死。柯乔、卢镗等并论重辟。”
因此，关于这一事件明政府最后的官方结论，是“奸民鬻贩拒捕，无僭号流劫事，坐纨擅杀”，也就是说官方调查也认为是百姓违反海禁政策私下进行海外贸易，而和明军的冲突则是因为“拒捕”，不存在所谓的葡萄牙人、闽人“僭号流劫”事情。
其实这个事件的真相是，在嘉靖二十六年，被葡萄牙人逼债的许栋、旺直，联合福建海寇林剪一伙，抢劫了一直赖帐不还并威胁要告发他们的余姚县谢氏家产以抵债，而颇具势力的谢氏则勾结官府向上报称倭寇来袭，因此震动朝廷，最后酿成双屿被破，福建九十六人被朱纨抓捕斩杀的海禁大案。
平心而论，朱纨是个很称职的好官，站在他的立场上，他的行为无可指责，他尽忠职守最后甚至慨然以死明志，一心就是要为朝廷靖海，颇具气节和人格魅力，实可称是一个大忠臣。但悲剧在于，明政府的海禁政策，却是个错误的逆潮流政策，朱纨的死，绝不是他一个个人悲剧，而是那个时代和那个政府的悲剧，所以此后还继续发生着这样的悲剧，譬如胡宗宪、俞大猷、卢镗等人，甚至于汪直也是，无非形式不一样，但根源却是一样的。
汪直在接手了许栋残余势力后，将贸易基地转移到了定海的烈港，也就是烈表山。
此前汪直并不是一个真正的首领，即使他自己做航海贸易的时候，也是和人合伙的，一直到此刻，他才真正成为了一个首领。而从他成为一个首领的时候起，他就开始显示了与其他海商不同的特性。
他和一般的海商不一样，虽然他也有一样拥有武装力量，但是他却一直在与明政府接触谈判乃至合作，试图说服明政府开放海禁，从而取得合法进行海外贸易的身份，而不是一味地和明政府进行敌对行动。
嘉靖二十九年（公元1550年），一股海盗卢七集团抢劫战船，攻击杭州江头西兴坝堰，劫掠妇女、财货。浙江的海道副使丁湛以“拿贼投献始容互市”为条件，要汪直前去剿灭卢七集团。结果双方一战下来，汪直缴获船只十三艘，消灭千余人，俘虏七人，并将他们解送至定海卫交由明军处理，还解救出被掳去的妇女两名。
嘉靖三十年（公元1551年），另一大海商陈思盼，将带船二十艘前来加盟他的海商王丹杀死，吞并了其船队。其时陈思盼集团势力相当大，当地明军不能与其相抗，而且连汪直这样比较大势力的海商也一样经常被其抢劫，更不用说其他小海商了。由是海道副使李文进命宁波府通判唐时雍、把总张四维前去和汪直商议，希望能合力消灭陈思盼这一实际已经是海盗的海商集团。汪直遂与原来属于王丹的陈部取得联系，以海道官兵、宁波慈溪县柴美德家丁数百人为外援，里应外合发动攻击，烧毁大船七艘，小船二十艘，俘虏一百六十四人，解救被掳妇女十二名，全部押解至海道副使丁湛处。而陈思盼部下外出船队在回来后，则全部投靠了汪直。
同年，汪直再应宁波府通判之请，消灭了盗贼陈四集团。
至此，从规模上讲，汪直已经成为亚洲地区最大的从事航海贸易的海商集团，“凡五六年间，致富不赀，夷人信服，皆称‘五峰舡主’。……威望大著；人共奔之。……边卫之官；有与柴德美通番往来、五峰素熟者；近则甘为臣仆；为其送货；一呼即往，自以为荣”（《玩鹿亭稿》）。
在这样的情况下，汪直再次向朝廷提出了要求开放海禁允许互市的要求，以“杀思盼为功，叩关献捷求通市”（《筹海图编》）。
嘉靖三十一年（公元1552年），另一股大海商，原来汪直的部下徐海自日本来到烈港，但和他随行的倭人却抢劫了汪直的船货，畏于汪直的声威，徐海被迫离开了烈港。
而这个时候，大约万余名福建漳、泉海盗联合倭寇又进犯舟山群岛。当时东南沿海的海盗大多为福建人，其他地方人氏颇少从此业者，其中又以漳、泉人为多，朱纨的笔记里黄绾所做的序道：“凡浙之寇皆闽之人也。闽之人始为回易，交通岛夷，以其货挟其人来吾海上，云为贾或有为盗者，非尽为也，然而驾巨舶，运轻帆，行于无涯之浸，飞枪机铳以为利，人莫敢撄之，则皆习为盗矣。”
明海道副使李文进闻讯，遂又一次派出了汪直的老熟人，以前和他合作愉快的明军把总张四维，要求再次联合行动剿灭倭寇，双方一拍即合，最后击破一股倭寇，俘获倭寇海船两艘，但是倭寇多处登陆，其他地方被荼毒的不少。
通过类似的一系列和明政府合作的大规模打击海盗、倭寇的行动，汪直终于得以实现了他的愿望——他的互市要求。汪直船队的互市开始为沿海的部分明政府地方官员所默许。于是在舟山定海关，他开始公开主持互市贸易，在这样一个双赢局面下，一时间只要江浙海面上的商船挂着汪直的五峰旗号，便可往来自如，即无遭劫之忧，也无被官府捉拿之虞。
然而好景不长，汪直取得的并非是明中央政府的允许，而只是部分地方官员们为了自身利益而默许他进行互市，因此在明中央政府以及另外一些反对开放海禁的官员们眼里，这依然是违禁的、可以杀头的严重犯罪行为。
所以当一直在北方防备蒙古入侵，和汪直毫无关系的山东巡抚王忬转为巡视浙江及福、兴、漳、泉四府提督军务后，就立刻调来了抗倭名将俞大猷等人，又上奏释放了在朱纨邀杀互市商人一案中被下狱的大将卢镗，命令他们率军前去突击汪直，相持一段时间后，在一代名将俞大猷的打击下，汪直损失惨重，最后突围而去。
三，大唐来的“五峰舡主”
汪直也许是意识到了在东南沿海的安全系数并不高，因此开始在日本的萨摩的淞浦津（今平户）以及附近五岛列岛一带建立了基地。
这里要提一句的是，汪直在日本萨摩洲的地位是相当高的，日本的《大曲记》就这样说道：“道可君（松浦隆信）系福禄、武运具昌之人，故有五峰者自大唐至平户津，于今之印山旧址建唐式宅而居。用其所长，而大唐商船不绝于途，甚至南蛮黑船亦初泊平户津。唐与南蛮之珍货年年充盈，京、界诸国商人亦云集于次，有西都之称。”把汪直的到来，看成是当地城主贤德的象征，这个恭维不可谓不高。
从另一个意义来说，汪直甚至可以算是结束日本战国混战局面的一个关键性因素，如果没有他，恐怕日本至少还要再多乱上一段军阀混战的时间。根据日本《南浦文集·；铁炮记》的记载，在嘉靖二十二年（公元1543年），汪直从暹罗带着三名葡萄牙商人抵达了日本九州南方的种子岛，正是通过汪直的推荐、介绍和翻译，种子岛岛主时尧才从这三名葡萄牙人那里购买并引进了西洋火枪和弹药的制造技术，这就是在日本赫赫有名的“铁炮”。随后这种火枪和弹药的制造技术很快在日本流传，最后为日本战国天才霸主织田信长认识到了其划时代的意义，他后来消灭号称战国第一的武田骑兵军团时使用的武器，就是这种铁炮，并从此开始了日本大兵团作战使用火枪的时代，也成就了他的一代霸业。
而这个时候的明朝政府，却对葡萄牙人带来的武器还保持着怀疑态度，并且因为海禁政策而拒绝和对方进行正常交易，最后获取这些武器的渠道是居然是“缴获”，并因此也没有得到其制造技术，所以后来一直到明末，仿制品“红衣大炮”炸膛现象还比比皆是，以至士兵们视发炮如死路，发展到要长官骑在炮上才敢开炮。有明一代的火器质量最好的，就是从“佛郎机”人那里“缴获”来的，所以数量极少。
实际上，不但只是汪直在日本建立了贸易基地，长期以来相当多海商和汪直的部属，都在日本落了脚：“闽光徽浙无赖奸民，潜匿倭国者不下数千，居民巷街名大唐”（《筹海图编》）。汪直甚至还占据了淞浦津，在那里开国任命官吏，《借月山房汇抄·；汪直传》：“僭号宋，自称曰‘徽王’，布置官署咸有名号。控制要害，而三十六岛之夷地皆其指使”。
这里要注意的是，并不是汪直投靠了日本人，而是日本人投靠了他，或者说他实际占领并控制了这些地区和居民：“控制要害，而三十六岛之夷地皆其指使”，按照现在某些人的标准，也许我们可以这样说，汪直部下的那些日本人，在日本大约是可以算得日奸的，因为他们投靠了一名外国人，并且在为这个外国人卖命。只是汪直在日本人眼里是个值得尊敬的人，他不但是个诚实的商人，而且信誉好有文化极具风度，还为他们带来了空前的繁荣和最新的科技，因此即使仅仅是汪直的到来，都可以算是证明他们的城主福分的一种表现，又怎么可能要求他们这样去看待被汪直所雇佣的同胞呢。
不少人把嘉靖三十一年的“壬子战争”，看成是汪直被俞大猷突击后发生的报复行为，书称汪直船队蔽海而来，入侵的有上百艘巨舰，其中颇有日本人。而《明史》则又道：“三十二年三月，汪直勾诸倭大举入寇，连舰数百，蔽海而至。浙东、西，江南、北，滨海数千里，同时告警。破昌国卫。四月犯太仓，破上海县，掠江阴，攻乍浦。八月劫金山卫，犯崇明及常熟、嘉定。三十三年正月自太仓掠苏州，攻松江，复趋江北，薄通、泰。四月陷嘉善，破崇明，复薄苏州，入崇德县。六月由吴江掠嘉兴，还屯柘林。纵横来往，若入无人之境，忬亦不能有所为。未几，忬改抚大同，以李天宠代，又命兵部尚书张经总督军务。乃大征兵四方，协力进剿。是时，倭以川沙洼、柘林为巢，抄掠四出。明年正月，贼夺舟犯乍浦、海宁，陷崇德，转掠塘栖、新市、横塘、双林等处，攻德清县。五月复合新倭，突犯嘉兴，至王江泾，乃为经击斩千九百余级，余奔柘林。其他倭复掠苏州境，延及江阴、无锡，出入太湖。……而官军素懦怯，所至溃奔。帝乃遣工部侍郎赵文华督察军情。文华颠倒功罪，诸军益解体。经、天宠并被逮，代以周珫、胡宗宪。”
这里需要澄清的一个问题，就是在“壬子战争”期间汪直所部并没有入侵内地，入侵内地的乃是福建海盗和倭寇，而次年闰三月来的则是在嘉靖三十一年已经和汪直反目的旧部——徐海、陈东、麻叶等人。
嘉靖三十一年五月，漳人沈门（沈南山）、潮人林国显引海盗以及倭寇万余人入侵浙江沿海。汪直受明海道副使李文进邀请，和明军把总张四维击破一股倭寇，俘获倭寇海船两艘，然后就带领人马在定海主持开市，如记载中所说：“直乃绯袍玉带，金顶五檐黄伞，其头目人等，俱大帽袍带，银顶青伞，待卫五十人，皆金甲银盔，出鞘明刀，坐定海操江亭，称净海王，居数日，如履无人之境”，此处也只是说他在定海“居数日，如履无人之境”，因为默许他互市，明的一些地方官吏没有对他开市进行干预。
但随后在七月，汪直的互市基地被抗倭名将俞大猷率部突击，他在突围后直接去了日本，此年并无深入内地。之所以一直说是汪直入寇，乃是因为五月入侵的万余漳、泉海盗和倭寇在多处登陆，尤其是当时的黄岩被破，使得部分明官吏疑心前往那里协助明军消灭倭寇的汪直并不想真正消灭倭寇，而是在勾结倭寇为盗，所以便把此年的倭寇入侵也归咎于他，并把此事颠倒顺序，略过汪直和明军的联合作战以及战绩，说汪直为报复被明军袭击而引发了入侵，这就是指汪直为报复明军袭击的“壬子战争”或者叫“壬子事变”的过程。其实要搞清楚这点并不难，只要看一下时间顺序就可以，不需要太复杂的工作。
而至此，汪直一案中另一位重要人物也终于登场了，他就是《筹海图编》作者的上司——浙江巡按胡宗宪。
四，胡宗宪经略
胡宗宪，字汝贞，安徽绩溪人，嘉靖十七年进士，和汪直算是安徽同乡。他也许因为是安徽人，对当时的徽商和苏、湖商团比较了解（明清社会史研究学者唐力行先生在其专著中对徽商活动进行了详细研究，曾经提到了这一点，其中还包括汪直等人的行为，他亦视汪直为海商，并详细论述了徽商和江苏、杭州一带商人的关系和异同），所以对海上贸易是持支持态度的，也支持开放海禁和互市。
胡宗宪上任后，是支持俞、戚等人打击倭寇的行动的。但在当时的朝廷中，也一直存在着开放海禁进行互市和反对开禁两种意见，并且僵持不下，胡宗宪就是在这样的情况下开始建议朝廷开放海禁进行互市，同时