胡宗宪上任后，是支持俞、戚等人打击倭寇的行动的。但在当时的朝廷中，也一直存在着开放海禁进行互市和反对开禁两种意见，并且僵持不下，胡宗宪就是在这样的情况下开始建议朝廷开放海禁进行互市，同时着手招抚汪直的行动。
嘉靖三十四年（公元1555年），胡宗宪派宁波生员蒋洲、陈可愿两人出使告谕日本政府，同时和汪直及其养子毛海峰在五岛接触，汪直当时所部有毛海峰及叶碧川、王清溪、谢和等，占据五岛列岛，又被呼为“老船主”。胡宗宪与汪直是同乡，此前又把他的母亲和妻子自金华狱中提取到了自己府内，资给甚厚。
汪直自起事以来，其目的始终是希望朝廷开放海禁，现在得知母妻无恙，又得知胡宗宪想招抚他并许愿可以互市，因此陈述前事缘由道：“我本非为乱；因俞总兵图我；拘我家属；遂绝归路，”（《筹海图编》）《明史》中对此也是一样的说法：“俞大猷绝我归路，故至此。若贷罪许市，吾亦欲归耳。但日本国王已死，各岛不相摄，须次第谕之。”于是他派遣养子毛海峰护送陈可愿回国面见胡宗宪，具体商量招抚和互市事宜：“（陈）可愿还，言至其国五岛，遇汪直、毛海峰，谓日本内乱，王与其相俱死，诸岛不相统摄，须遍谕乃可杜其入犯。又言，有萨摩洲者，虽已扬帆入寇，非其本心，乞通贡互市，愿杀贼自效。”（《明史》）
胡宗宪在见到毛海峰后，大喜，颇厚待之。汪直和胡书信不断，并命令毛海峰为明破倭寇。毛等人率军“遂破倭舟山，再破之列表”，又于海上侦察其他海商、倭寇如徐海等人的动向，为明军耳目，最后明军赖此大破徐海：“以徐海入犯来告。亡何，海果引大隅、萨摩二岛倭分掠瓜洲、上海、慈溪，自引万余人攻乍浦，陈东、麻叶与俱。宗宪壁塘栖，与巡抚阮鹗相犄角。会海趋皁林，鹗遣游击宗礼击海于崇德三里桥，三战三捷”（《明史》），正是依赖了汪直的情报和其部下“愿杀贼自效”的一系列配合作战，最后才使“两浙倭渐平。”
有很多人指汪直为倭寇以及海盗的理由，其中一条就是说徐海、陈东、麻叶、大隅岛主弟辛五郎等人都是他部下，事实上这显然是错误的。
徐海和其叔徐惟学与汪直是旧识也是其部下不假，但当他们入侵内地时，早已不是他的部下了。
先不说上面列举的汪直和明军的联合行动以及《筹海图编》和其他资料中的记载，只是和徐海一起的倭寇，在嘉靖三十一年（公元1552年），还于汪直在明朝的互市贸易基地烈港抢劫过汪直的船货，徐海也是因此才被迫离开烈港不能参与烈港贸易的。而《明史》说胡宗宪消灭徐海时，更以汪直与他谈判的书信去威胁徐海，以至徐海听说后大惊失色道：“老船主亦降乎？”于是才“意大动”，最后终于使得这几股人马全部在内讧中覆灭。而嘉靖三十二年的入寇，《明史》也明确记载是“徐海、陈东、麻叶等巢柘林、乍浦、川沙洼，日扰郡邑”，并没有提到汪直入侵。这些都可证实他们非是汪直部下，而是另外独立的几股势力，嘉靖三十二年的入侵也和汪直无关。
汪直的目的，一直都是希望能开禁互市，所以倭寇、海盗的猖獗对他并没有任何好处，相反其年在烈港开市贸易时，他的船货还被以前的部下徐海带来的倭寇抢劫而遭受了损失，因此他和徐海及徐惟学叔侄两人反目为仇，徐海也自此被迫离开烈港基地。
徐海和其叔徐惟学与汪直反目分道扬镳后，开始真正独立成为另一股强大的海上势力，所以才有后来汪直命毛海峰向胡宗宪报告徐海入侵动向之事，实际上有据可查的是，《明史》所载之三十二年汪直勾结倭寇大举入侵事件，乃是徐海为了报复其叔徐惟学此前被明军所杀而独自发动的战事，包括《剑桥中国史》在内，也是直指嘉靖三十二年的大规模入侵是徐海等人所为，和汪直毫无关系。
但是由于当时把沿海所有的以武装对抗明政府的势力，都被称为“寇”或者“倭寇”，而汪直势力又是其中最大的一股，因此很容易把徐海等人的所为全都一古脑全扣在曾经是他们首领的汪直头上，可事实上即使是《明史》对当时各地战事的记载中，也一直没有出现汪直的身影，出现的始终是徐海、陈东、麻叶、辛五郎等人，因为这期间汪直确实没有踏进内地，而是在日本萨摩交游于权贵、大贾之间。
这些从汪直被下狱后的自供上疏，以及一些明大臣的意见中都可以看出。
汪直在被捕后于狱中的的自供里，就这样写三十二年徐海入侵的经过：“连年倭贼犯边，为浙直等处患，皆贼众所掳奸民，反为响导，劫掠满载，致使来贼闻风仿效，纷至沓来，致成中国大患。旧年四月，贼船大小千余，盟誓复行深入，分途抢掠；幸我朝福德格天，海神默佑，反风阻滞，久泊食尽，遂劫本国五岛地方，纵烧庐舍，自相吞噬”。
而在汪直死后，明朝著名的科技领军人物徐光启也说他从没有入侵内地，并为他的死鸣不平道：“王（汪）直向居海岛未尝亲身入犯，招之使来，量与一职，使之尽除海寇以自效。”
由此可见当时汪直确实没有参与入侵，因为他的自供如果与事实不符，那么即使胡宗宪会维护他，王本固、俞大猷、卢镗等人也是绝不会坐视不理不戳穿他谎言的，况且他这个自供还是在王本固的监狱里写的。而当时人以及一般的记载也是只要提起倭寇，大多就直接把他们当成汪直的手下，包括《明史》在内，在这个问题上都含混不清不甚严谨。
胡宗宪的幕僚，当时对日本和倭寇、海盗研究最权威的郑若曾在《筹海图编》中曾这样说道：“富而淑者或登贡舶而来，或登商舶而来。凡在寇舶皆贫与为恶者也”，又说“真倭甚少，不过数十人为前锋，寇还岛，皆言做客回矣。……今之海寇动计数万，皆托言倭奴，而其实出于日本者不下数千，其余则皆中国之赤子、无赖者入而附之耳。大略福之漳郡居其大半，而宁绍往往亦间有之，夫岂尽为倭也”，又在《江南经略》中道：“凡海贼一起陆地之贼趁机窃发，所谓土倭子是也”。 郑若曾这里所言的“真倭甚少……今之海寇动计数万，皆托言倭奴……大略福之漳郡居其大半”，和前面提到朱纨笔记的序中记载说：“凡浙之寇皆闽之人也。闽之人始为回易，交通岛夷，以其货挟其人来吾海上，云为贾或有为盗者，非尽为也，然而驾巨舶，运轻帆，行于无涯之浸，飞枪机铳以为利，人莫敢撄之，则皆习为盗矣”的说法，是符合一致的。
由此可见，当时东南沿海最猖獗的海盗实际是福建的漳、泉海盗，而陆地上的一些武装抢劫团伙，也因为“倭寇”的出现而被笼统地归为“倭寇”，甚至包括葡萄牙人也一样被朱纨和当地官府称为“倭寇”。从这里还可以发现，海商们之所以会被视为寇，很大原因是他们在贸易时使用武力来保护自己，即：“然而驾巨舶，运轻帆，行于无涯之浸，飞枪机铳以为利，人莫敢撄之”，所以即使承认他们“非尽为也”，但也由于他们以武力来对抗明政府的这个特征，所以最终的冠名依然只能是“寇”。
至于其中的“倭寇”，如亲身参与平倭的郑若曾所言，一股倭寇中“真倭甚少，不过数十人为前锋，寇还岛，皆言做客回矣”。从这里可以知道几个问题，一是真正的倭寇人数很少，二是即使是真倭寇，在其国内也是不敢大肆声张的，权贵大贾和良民都是以商船和贡船形式来中国，只有那些“贫与为恶者”才来为寇。
这样一来则又出现了一个问题，如前所言，汪直在日本的声望和地位都相当之高，结交来往的都是权贵大贾，包括地方大名和城主，很受人尊敬。而以他如此庞大的势力和名望，不可能受制于那么少数几个即使在日本国内也被视为罪犯而要躲躲藏藏的倭寇。如果再联系后来他说可以在他控制的五岛地区内征兵“以夷攻夷”消灭倭寇这个话，则可以很清楚的知道，汪直并不受制于倭寇，实际是他控制了日本的五岛地区，包括对那一带居住人口的控制权。
而长期以来言之凿凿说是他勾连的倭寇“助、才、门多郎”这几个，其实是商人，《闽书·；岛夷志》就讲的很清楚，许栋、汪直于嘉靖二十四年“始诱博多津倭，助、才、门三人来市双屿”，“市”的意思很清楚，无许再多言了。
不过汪直手下肯定是有武装日本人的，但充其量只是其在日本往来行走达官贵人之间而雇佣浪人保镖以及船队成员而已。之所以这样说，是因为熟悉日本战国历史的人都应该知道，在当时的日本，社会等级制度之森严远过于中国，即使如丰臣秀吉也一样因为出身于农民而一直都被各大名和传统贵族们看不起，而要汪直这个外国商人带着日本罪犯或者无赖、贫民去行走豪门，这简直是不可想象的事情，等于天方夜谭，所以他在日本雇佣的本地护卫，就只能是那些没有藩主的武士，也就是所谓的浪人才可以，不然他根本无法进入日本上层社会的大门，更不用说取得如此之高的声望和地位了。而他船队中雇佣的日本人，明大臣范表在《海寇前议》中说汪直船队在日本有“哄带日本各岛贫穷倭奴”，谓是被“哄带”来的贫穷之人，且称之为“奴”，这些人在船队中地位之低下可想而知。因此，没有一处记载能证明日本人在汪直船队中具有领导地位，甚至连具备一定指挥权的小头目也没有。汪直船队的重要头领，一直都是清一色的是中国人，而且大多是他的同乡和亲属，如前期包括徐惟学、徐海叔侄，以及叶碧川（宗满）、王清溪（汝贤）、义子毛海峰以及他的侄子等人。
因此，这些都是在看待倭寇、海盗、海商和汪直等人时需要注意的问题。不能仅仅因为徐海曾经是汪直部下，就把早已经和汪直分道扬镳乃至敌对，最后在汪直的协助下才被消灭的徐海集团所为，都扣在汪直头上，也不能凡是倭寇和海盗的账，全都要算到汪直头上。
但是汪直所部，确实是和明政府在进行对抗的武装集团，而且他们人数众多船队规模庞大，又是多股部队在活动，如果说其中部分成员有掳掠行为，这并不值得奇怪。毕竟这是一群提着脑袋跑海的人，如果被抓住随时会被砍头，而其中更有相当部分的雇佣军和赤贫人员甚至罪犯，因此在这样的人员构成的武装势力中出现这些情况是正常的，也是不可避免的。而汪直势力从事的海外贸易，在当时原本也是“违法”行业，他们是当时的“违法”武装集团，因此不能以政治势力的高度去要求他们，他们的本质，就是一股为了商业利益而采用武力和政府对抗的武装势力。而汪直本人主观上也是不希望发生这样的事的，为了防止出现这样的情况，在其制定的船队规则中有一条就是不得擅自上岸，违者当众刺穿双耳，再犯立即处死。
这其中最关键的问题，在于汪直和他的船队绝不是靠烧杀掳掠为生的，这和“海盗”和“倭寇”有着本质上的区别。无论从什么样的记载中，都可以知道汪直船队的主要生存手段，是进行海外贸易和互市，而且汪直也确实在不断地努力，试图和明政府达成开放海禁的协议，从他当上真正的船队首领那天起，他就在追求这个目标，甚至于他的被捕也是因为他相信明政府会招安并同意互市而导致的，即使在知道自己有可能被杀的时候，他也没有放弃这个追求。
所以单只从这点来说，汪直势力就既不具备典型的海盗特征，也不符合倭寇的定义，而更符合海商的特征。
五，“吾何罪，死吾一人，恐苦两浙百姓”
嘉靖三十六年（公元1557年）正月，胡宗宪兼任浙江巡抚事。这个时候蒋洲在汪直的帮助下，和日本山口、丰后二岛的岛主源义长、源义镇都达成了协议，日本归还被掠人口，并备方物入贡。胡宗宪以此事上奏朝廷，得到了支持，圣旨诏胡宗宪厚赉其使，使之还。
汪直经过两年和胡宗宪的接触，现在又得到了胡宗宪本人的正式保证，同时见到源义长、源义镇的使者被善待，因此开始慢慢打消了因为以前明政府官吏对他背信袭击而造成的不信任，同时也因为他自一开始的目的就是互市，而不是为寇，于是在这强烈愿望的驱使下，同年十月，汪直终于率领部分人马和贸易船队，前往浙江，而日本政府则派出的使者善妙等人，也一起搭乘汪直船队前来通贡互市，最后到达浙江岑港，汪直对胡宗宪说他此次的目的，依然还是希望“胡军门代为疏请通商”，“言不效徐海作俘囚，且欲一巡检职，使得稽压海上，开市以息兵。”（《胡梅林行实》）
此刻即使是朝廷，对招安汪直一事的态度也是支持的，但对互市一事的态度，却还是模糊不清，因为胡宗宪在此前在将汪直事宜上奏后，得到兵部的回答是：“直等本编民，既称效顺，即当释兵。乃绝不言及，第求开市通贡，隐若属国然，其奸叵测。宜令督臣振扬国威，严加备御。移檄直等，俾剿除舟山诸贼巢以自明。果海疆廓清，自有恩赉。”
而后汪直所部积极和明军配合，剿灭海盗、倭寇，于是“两浙倭渐平”，所以胡宗宪又继续上奏为汪直等人说话道：“贼首毛海峰自陈可愿还，一败倭寇于舟山，再败之沥表，又遣其党招谕各岛，相率效顺，乞加重赏。”（《明史》）
对这次的上奏，兵部则令胡宗宪便宜行事，所以才有了汪直的这次归还。可惜，其时朝中还有一派反对开互市的势力，譬如当时的巡按御史王本固等人。
由于上次徐海等人大规模入侵内地的原因，“倭寇”名声实在太盛，时人闻有武装船队自日本复来，顿时大是惊恐，纷纷传言倭寇复犯：“是时，浙东西伤于倭暴，闻直等以倭船大至，则甚惧，竟言其不便。”（《明世宗实录》）这恰好为王本固等人提供了攻击的口实，谓“直等意不可测，纳之恐招侮”，而不少朝臣也有如惊弓之鸟，既未见战事复起，也全然不顾汪直等人此前协助剿灭倭寇的和其图谋被招