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其实这也是新旧势力的一次交锋，尚在襁褓之中的新势力败给了传统病态的旧势力，也是旧势力的一种逼宫，向朱影龙这个皇帝显示他们的力量，让皇帝也知难而退。
事实上，代表旧势力的杨鹤、周廷儒、温体仁之流只能算暂时占据了一点上风，接下来开始对内阁展开了连续的口诛笔伐，不但朝堂之上风波迭起，就连民间也是波涛汹涌，大家围绕“新政”和“旧制”展开了一连串的辩驳，支持新政的多是东林一派，因为他们本来就主张变革新法，而且东林一派正是当权一派，在年轻士子和一些开明的中下底层官员拥有很高的声望，而占据朝野几乎大半江山的守旧一派，虽然新皇帝登基后他们遭受阉党一案的波及，有些损失，但毕竟根深蒂固，其领军人物也基本都是当朝显赫人物，实际实力甚至支持新政的东林一党之上。
党争，这是有明一朝从来就没能解决的问题，现在却无可争议的摆在了朱影龙的面前。
有明一朝都没有摆脱过党争之祸，而且还有愈演愈烈之势，到了天启和崇祯两朝，各种党派更是如同雨后春笋，政治主张层出不穷，代表各方势力的利益。多数都是以自身利益为重，也有不少是挂羊头卖狗 肉，党派良莠不齐，互相攻奸，也造成了朝廷政局不断的动荡，客观上也加速了明朝灭亡的速度，朱影龙自己也没有想过自己统治下的大明朝不会出现几个政见不同的党派，但对党争突然地到来还没有足够的心理准备，虽不曾手忙脚乱，但着实影响了朱影龙的改革。也迫使他不得不拿出更多的精力来思考消除党争的办法，当然完全消除是不可能的，但总要最大限度的消除党争对新政改革的影响，最好能走上一条良性竞争的道路。
朱影龙目光渐渐从政改移到了军改上面，政治经济改革到了一个低潮阶段，再强行改革下去就会遭致更大的反弹，还不如在下一段时间巩固现有地改革成果，这也是老人们常说的“贪多嚼不烂”的道理，军制改革虽然也牵涉到不少人的利益，不过在军队是朝廷的是国家的。就是有将领有占山头做诸侯王的想法，以朝廷现在的掌握的军事力量，估计没有人敢公然造反，相对而言军制改革受到的阻力会小一些。而且有京城新军例子在前，兵制改革也相对容易一些，因此朱影龙动了先动军队地念头，有了一支绝对拥护自己的军队。到时候就算强行推行政改和经改也会容易许多。
当然，这并不等于朱影龙故意放纵党争，史可法事件让朱影龙更加警惕起来。明朝一半是亡于党锢之祸。另外三分之一是明朝君臣的无能。剩下六分之一才是后金这个外敌，至于明末的农民起义。这不过是王朝更新换代地必然，也就是官必民反，所以明亡是亡于自身，故而朱影龙对杨鹤、周廷儒等人挑起党争是万分的不悦，杨鹤志大才疏，久居高位，养成了一付自大自傲的习性，若不是为官还算刚廉，就算他当初拥立之功，也未必能坐到刑部尚书的未知，而那周廷儒则包藏祸心，是个典型地小白脸，奸诈小人，朱影龙早就想办这个人，奈何没有一个好的借口，也抓不到他的尾巴，故而还留其在朝堂之上，还有那个温体仁，一丘之貉，若不是当初出登大宝，需要用人，这样地人有怎么会让其立于朝堂之上！
军制改革也非朱影龙一个人想到了，军机阁首辅孙承宗也想到了，国丈熊廷弼年初去西北
时候也跟朱影龙商谈过这件事，但是那个时候朝廷全 整顿官场和“严打”上面，如果那个时候连军队也动地话，出了突发事件，怕难以收场，而京营新军与边关的卫戍部队又有不同，边军已经成制多年，许多恶习积重难返，要想扭转非下一些力气不可，京营新军虽然也有当初一些残留，但毕竟一开始组建地时候就如同一张白纸，可以任意涂抹，熊廷弼去了西北大半年，在朱影龙的默许下，他对西北边军动手了，有不少军中将领上本参劾，都被朱影龙强行压了下去，弹劾熊廷弼的将领大多调职贬官，给熊廷弼在西北大开方便之门，大半年过去了，终于取的了一定成效，于是熊廷弼一道奏折到了军机阁，更附上了一封信给了首辅孙承宗，认为军制改革的时机已经成熟，有他的西北军和京营新军，加上袁崇焕手上还没有进行改革的辽东军，足以压的住国内一切可以反对的力量。
在给军机阁上奏折的同时，熊廷弼还不忘联合辽东的袁崇焕，还有远在福建的洪承畴，广州的常炎林，南京的熊兆等人，一时间，数份要求兵制改革的奏本摆到了孙承宗的案头上。
尽管孙承宗也同意了熊廷弼等人关于改革朝廷兵制的意见，但这几份奏折来的却不是时候，正是处在朝局震荡之时，果断能干，刚正不阿的史可法因为触动了太多人的利益，招致过半数的在京官员弹劾，皇帝都没能保住，现在还关押在大理寺的大牢中，如果再让军队乱将起来，那可是天塌下来的大祸，故而孙承宗接到这些个奏折，谨慎的他小心的将其压了下来，这也是朱影龙奇怪为何从张嫣处回宫那日军机阁居然没有一份奏折，还以为孙承宗会在次日大朝之时直接呈报，岂料大朝那日孙承宗站在列班中一言没发，而朱影龙因为史可法引发的党争事情烦 恼，没有任何的察觉，等到他想到暂缓新政改革，巩固已有的成果，转向军制改革，召孙承宗入宫询问之时，才看到了熊廷弼等人关于朝廷军制改革的建议奏本。
熊廷弼在奏折提出了划分全**区的构想，这绝对是一个相当超前的想法，这也与朱影龙不断的循循善诱有关，还有军区换防制度，这也是防止军队大将拥兵自重，不听朝廷调令。
袁崇焕也提到了两点，一是兵役制度，现有的卫所制名存实亡，而募兵制太宽，兵员素质难以保证，毕竟当兵吃苦，而且随时面临死亡，除了生计所迫，谁愿意当兵？二是，今后朝廷军队的编制？他对京营新军起了极大的兴趣，这种“四四”的军队编制似乎作战更有效，指挥更为灵活，还有在旅、团以及设参谋的做法他已经在辽东边军中试点，已经取的很好的效果，尝到甜头的他建议全国推行。
熊廷弼和袁崇焕两人在奏折中的共同点就是他们已经意识到了火器的厉害，尤其是火炮集中突击轰炸的威力让这两位赫赫有名的名将念念不忘，奏折各是狮子大开口管朱影龙索要火炮已经大量的炮弹，而这些由于朱影龙决定了优先海军的原则，新铸造的火炮几乎都被拨给了海 军，故而对于两位心腹大将的哀求只能无动于衷。
军制改革最大的难处并不是对现有的军队用新的编制打乱了之后进行改编，还有重新制定将官职称以及实施皇帝首创的军衔制度，最难的是兵役制度，这才是军制改革最根本的问题，这个问题不能有效的解 决，军队的强大只是一时的，昙花一现。
对此，朱影龙早就想到了后世的义务兵役制度，不过这个兵役制度要在等级观念严重的封建王朝实施的话，也只能说是一个有局限的义务兵役制度。
第二十卷：变法自强之第十一章：军制改革（六）
制改革也非同小可，虽然他的复杂性远不如政治，但 是非常广的，军队是国家的柱石，没有军队，就没有安全，安全都没 了，就只能任人宰割，亡国也只是时间早晚的事情。
所以军制改革一定要计划周详，而且更加要严格保密，不能对外泄露半点风声，只能在几个能绝对贴心的臣子之间秘密商议，一切都在秘密中进行。
首先第一步，削弱军中勋贵权戚裙带关系的势力，军队之中最容易形成派系，只不过比较散乱，而且明朝又是文官统帅武将，甚至宦官掌军队实权，加上军备废弛，装备羸弱，又没有像徐达、常遇春以及蓝玉这样的开国大将，故而明朝的军队是从强到弱再到极其弱的，不然袁崇焕坐拥二十几万大军对只有数万人马的皇太极也只能采取坚守的策略，还有军队里面的蛀虫，吃空饷，倒卖甲库等等，还有士兵常年不在军 营，也不操练，跑出去给人看家护院的也有，上街叫卖做生意，耍把式屡见不鲜，故而军制改革首先的是裁冗留精，清除害群之马。
于是朱影龙命军机阁发下“全国武备整顿整傷”的诏令，命令全国凡属军官、士兵身份的在诏令到达之后三天之内必须归所在营地，逾期不回营者，是官的剥夺一切职务和爵位，并且示情节不等，处以一定的刑法，士兵者逾期不归者一律仗择三十，直接变为平民，自谋出处。
这一道“武备整顿整傷”诏令一下，军中顿时哗然，再傻的人都看出，皇帝已经转移了目标。准备拿军队开刀了，由于先前朱影龙已经不断的强化军政分开的基本国策，故而杨鹤、周廷儒等人就是有心插手军队上的事情，也没有一个适当的理由，因为他们都是文官，如果他们贸然插手军队地事情，不就等于告诉皇帝，告诉世人他们想做权臣吗？
自朱影龙上台以来，首先是在建立军机阁的基础上，组建的实现了军政分开。军队已经相对的成为一个独立的系统，而文官先天性的与武将不合，在那些高傲的文人眼里，武将不过是些粗鄙武夫，会舞刀弄枪罢了，哪有至圣先师的“以德服人”来的浩然正气，而有明的皇帝都认为武将桀骜不顺，故而任用一些忠君爱国地文人来统帅军队对他们的地位来说是最安全的，而朱影龙通过自己的努力，一是争取。而是通过裙带关系，掌控了全国起码七层的武装力量，完成了这些力量的掌控，才是朱影龙敢下这一道“武备整顿整傷”诏令最基本的原因。
还有借这道“武备整顿整傷”的诏令将军队中一些害群之马清除出军队。重新整顿编制军队，编订新的花名册，并且恢复营操。
诏令一出，很多武将、武官都不以为然。抱着侥幸的心理地有，有靠山在朝的心理也有，结果抱着这些心理的无条件的被清理出军队。取而代之地是长期被他们压制。立功被这些人代受的低一级武官纷纷上 台。军队的第一轮清洗就这样开始了，影响波及武官达数百人。因为清洗进行的相当温和，只是将这些人清除出军队，有罪地才被收押，有胆量孤注一掷的人再第一时间就被控制住了，这其中暗影和鹰卫的功劳不可小觑。
第一轮清洗是泥沙俱下，也不排除一些郁郁不得志，对朝廷已经麻木不信任地低级武官就这样被埋没下去了，伴随着“武备整顿整傷”地诏令，朱影龙再下一道旨意，下令从全**中挑选出五百底层军官进入通州军校，同时通州军校地扩建以及第一批从
九边进入军校学习的武官顺利地进入毕业实习阶段， 这些从全国各地进入军校学习的底层武官的位置，这道旨意传到各军 中，霎时间引起了军中剧烈的震动，多少矢志报国的热血硬汉流下了激动的泪水，一直以来，文官都是死死的压制着武官，有的时候那些没鸟没蛋的阉货也都能骑在他们头上吆五喝六的，正当他们**和精神日趋麻木，整天只能为生存干那些违心的事情的时候，新皇帝继位，新皇帝成立通州军事学院，这是什么，这是一个信号，这是皇上要提高武官地位的一个信号，两年过去了，他们不少人是羡慕的看着自己的同僚被挑选进入军事学院学习，由于名额的限度，也加上教师的不足，因此第一批进入军事学院学习的人只有不足两百人，现在不但放宽了挑选反问，而且还是五百个名额，这下子连袁崇焕和熊廷弼这对结拜兄弟都扛上 了，为各自属下争夺进入军事学院的名额，借恭贺万寿节的名义回京，差点没打起来，成为后世新军事变革史上的一时趣谈，当然其他人也不弱，连远在四川征剿蜀王和贵州奢崇明、安邦彦的总督秦良玉也着急 了，上书要求非给她们川军五十个名额，她这把老骨头就卖给皇上了，福建的洪承畴、广州的常炎林，甚至还在土司叛乱搞得焦头烂额的国公沐天波也要二十个名额。
这是在军中，在民间，同样为了储备军队中低层军官人才，下诏通州军事学院对民间招收学生，虽然名额只有一百名，但这样足以打破有明一朝武官的选拔制度，也建立一种新的武官选拔制度，也让不少有志投军的年轻人有了一个更加好的选择，同时也无形之中提高和给予帝**人的一种尊重。
杨鹤等人一心想把皇帝拉回“正途”，奈何皇帝似乎并没有领会到他们这一番苦心，反而在“邪路”上越走越远，他们不断的在朱影龙耳边聒噪，就差说袁崇焕、熊廷弼之流堪比汉高祖之韩信，太祖之蓝玉，武官权柄日重，掌握军权绝对是皇权的一种威胁，甚至杨鹤等人心中还有一句话没有敢说出来，还不如由皇上亲信阉人统军呢！
若不是朱影龙不断精简整编军队，怕有强项的御史言官顶着雷说他有穷兵黩武之兆。
军队，朱影龙有绝对的威信和控制权，不少随他南征的军官对他有着一股子盲目的崇拜，虽然胜仗并不是他亲自打的，但胜在他的用人，选帅用将，决胜千里之外，古今多少帝王能够做到？
当然，南征之胜，朱影龙本人也有些沾沾自喜，不过他还算头脑清醒，正要指挥打仗，他恐怕连袁崇焕手下一个校尉都不如，但也不能因此说南征的胜利是侥幸是天意，至始至终他用对了三个人，一个是袁崇焕统帅全局，第二个是洪承畴，第三才是稳扎稳打的熊廷弼。这个三人才是南征最直接的指挥者，是他们打胜了，所以他才在军中建立了无上的威望。
这一场史称新军事变革很快便席卷全球，而朱影龙给新帝**队的概括的“年轻化、专业化、正规化、火器化”四个“化”成为这个时空全球历史军事变革中最耀眼的字眼。
不知道后世史学家