这样规定主要是基于以下三点理由：
（1）、目前世界范围内出现了通货紧缩的趋势。
（2）、后进先出法用于消除通货膨胀并不是一种理想的方法，因为随着企业连续经营，存货不断流转，昔日购进的存货的成本可能要等到若干年后者能结转销售，而几十年、甚至上百年后，这些存货价值早已面目全非，这种情况非常不利于存货的管理。
（3）、即使象香港这样自由的地区对后进先出法的运用也有所限制，发达国家在税收乃会计上限制后进先出法的也很多。
企业期末存货资产数量的确定可以采取实地盘存制和永续盘存制。采用实地盘存制的企业必须在主管税务机关确定的预缴期末对存货进行实地盘点。采用永续盘存制的企业每一纳税年度年终至少要对全部存货进行一次盘点。已实现会计电算化的企业原则上应采用永续盘存制度。
《办法》规定企业的成本计算方法、间接成本的分配方法、存货计价方法的改变等，必须报主管税务机关批准，否则对应纳税所得额造成影响的，税务机关有权调整。这样规定主要是防止纳税人利用会计方法的变化在不同纳税期间或不同产品之间调剂应纳税所得的水平。需要注意的是，要防止这一权限的滥用。只要纳税人从经营管理、财务核算方面能举出适当的理由，主管税务机关一般不应该限制企业成本核算方法等的改变。因此，这一条款更多的是备案和预防性质。
四、期间费用的确定
《办法》对期间费用的规范基本上是对不同行业财务制度的提炼，并无十分严格的限制性规定。只要是符合总则原则规定的与取得的总收入有关的支出，凡没有计入成本，没有资本化的支出，都应计入期间费用。需要注意的是，不能在销售（营业）成本与期间费用之间重复扣除。
1、销售费用；销售费用是指由纳税人负担的为销售商品而发生的费用，包括广告费、运输费、装卸费、展览会、保险费、销售佣金（能直接认定的进口佣金调整商品进价成本）、代销手续费、经营性租赁费及销售部门发生的差旅费、工资、福利等费用。
从事商品流通业务的纳税人购入存货抵达仓库前发生的包装费、运杂费、运输存储过程中的保险费、装卸费，运输途中的合理损耗和入库前的挑选整理费用等购货费用可直接计入销售费用。纳税人根据会计核算的需要已将上述购货费用计入存货成本的，不得再以销售费用的名义重复申报扣除。
从事房地产开发业的纳税人的销售费用还包括开发产品销售之前的改装修复费、看护费、采暖费等。
从事邮电等其他业务的纳税人发生的销售费用已计入营运成本的，不得再计入销售费用重复扣除。
2、管理费用；管理费用是纳税人的管理部门为管理组织经营活动提供各项支援性服务而发生的费用。管理费用包括由纳税人统一负担的各部（公司）经费、研究开发费（技术开发费）、社会保障性缴款、劳动保护费、业务招待费、工会经费、职工教育经费、股东大会或董事会费、开办费摊销、无形资产摊销（含土地使用费、土地损失补偿费）、矿产资源补偿费、坏账损失、印花税等税金、消防费、排污费、绿化费、外事费和法律、财务、资料处理及会计事务方机的成本（咨询费、诉讼费、聘请中介机构费、商标注册费等），以及向总机构（指同一法人的总公司性质的总机构）支付的与本身营利活动有关的合理的管理费等。除经国家税务总局或其授权的税务机关批准外，纳税人不得列支向其关联企业支付的管理费。
3、总部经费；又称公司经费，包括总部行政管理人员的工资薪金、福利费、差旅费、办公费、折旧费、修理费、物料消耗、低值易耗品摊销等。
4、财务费用；财务费用是纳税人筹集经营性资金而发生的费用，包括利息净支出、汇兑净损失、金融机构手续费以及其他非资本化支出。
五、工资薪金支出的扣除
《办法》第3章的规定主要是拓宽了工资薪金支出的范围。目前，我们掌握的“工资总额“的概念和口径是1989年国家统计局第1号令《关于职工工资总额组成的规定》。企业实际发生的劳动成本中，许多奖金、津贴和补贴并没有统计在工资总额中，造成劳动成本统计的不准确。为区别于传统的工资总额概念，《办法》采用“工资薪金支出“的新概念来概括企业的劳动成本。
工资薪金支出的构成《关于职工工资总额组成的规定》将企业工资总额分为六个部分：
1、计时工资；指按计时工资标准（包括地区生活补贴）和工作时间支付给职工的劳动报酬。主要包括：对已做工作按计时标准支付的工资；实行结构工资制的单位支付给职工的基础工资和职位（岗位）工资；新参加工作职工的见习工资（学徒生活费）等。
2、计件工资；指对已做工作按计件单价支付的劳动报酬。主要包括：实行超额累计进计件、直接无限计件、限额计件、定额计件等工资制，按劳动部门或主管部门批准的定额和计件单价支付的工资；按工作任务包干方法支付的工资。
3、奖金；指支付给职工的超额劳动报酬和增收节支的劳动报酬。如生产奖，包括超产奖、质量奖、安全奖、考核各项经济指标的综合奖、提前竣工奖、外轮速遣奖、年终奖、劳动分红等；劳动竞赛奖，包括发给劳动模范、先进个人的各种奖金和实物奖励等。
4、津贴和补贴；指为了补偿职工特殊或额外的劳动消耗和因其他特殊原因支付给职工的津贴，以及为了保证职工工资水平不受物价影响支付的物价补贴。津贴，包括补偿或额外劳动消耗的津贴（如高空津贴、井下津贴等）、保健津贴、技术性津贴（如工人技师津贴）、工龄津贴及其他津贴（如直接支付的伙食津贴、合同制职工工资性补贴及书报费等）。
5、加班加点工资；指按规定支付的加班加点工资。
6、特殊情况下支付的工资；包括：根据国家法律、法规和政策规定，因博工伤、产假、计划生育、婚丧假、事假、定期休假、停工学习、执行国家和社会义务等原因按计时工资标准或计件工资标准的一定比例支付的工资；附加工资、保留工资。
《办法》第17条对工资薪金支出定义的关键有两点：一是存在“任职或雇佣关系“；二是任职或雇佣有关的全部支出，包括现金或非现金形式的报酬。
所谓任职或雇佣关系，一般是指所有连续性的服务关系，提供服务的任职者或雇员的主要收入或很大部分收入来自于任职的企业，并且这种收入基本上代表了提供服务人员的劳动。所谓连续性服务并不排除临时工的使用，服务的连续性应足以对提供劳动的人确定计时或计件工资。因任职或雇佣关系支付的劳动报酬应与所付出的劳动相关，这是判断工资薪金支出合理性的主要依据。
企业职工除了取得劳动报酬外，可能还持有该企业的股权，甚至是企业的主要股东，因此，必须将工资薪金支出与股息分配区别开来，因为股息分配不得在税前扣除。特别是私营企业私人控股公司，其所有通过给自己或亲属支付高工资的办法，变相分配利润，以达到在企业所得税前多扣除费用的目的。企业支付给其所有者及其亲属的不合理的工资薪金支出，应该推定为股息分配。
职工在企业任职过程中，企业可能根据国家政策的要求，为其支付一定的养老、失业等基本社会保障缴款；按照劳动保障法律的要求支付劳动保护费；职工调动工作时支付一定的旅费和安家费；按照国家计划生育政策的要求，支付独生子女补贴；按照国家住房制度改革的要求，为职工承担一定的住房公积金；按照离退休政策规定支付给离退休人员的支出等，这些支出虽然是支付给职工的，但与职工的劳动并没有必然关联，《办法》第18条将其排除在工资薪金支出范围之外。
工资薪金支出的范围应该这样把握，《办法》第17条是对工资薪金支出的总括性定义，企业因任职雇佣关系支付给职员（包括固定职工、合同工和临时工，第19条明确排除的人员除外）的全部支出，除非属于第18条明确排除的项目，否则应全部列入企业的工资薪金支出。企业以非现金形式支付给职工的劳动报酬应按有关资产的公允价值确定工资薪金支出额。
《办法》规定的工资薪金支出的范围与“工资总额“相比在以下几方面有所扩大：
1、企业给职工发放的误餐补贴全部计入工资薪金支出。因为从近几年的实际情况年，企业以误餐补贴形式支付给职员的支出越来越大，而且基本上与误餐与否不直接挂钩的，实际上已成为工资薪金支出的一个重要组成部分。
2、各种名目的奖金，包括创造发明奖、科技进步奖、合理化建议奖和技术进步奖。
3、住房补贴。指根据省级税务机关审核确认的标准支付的住房补贴，不包括从住房周转金中支付的住房补贴。
计税工资及其管理鉴于我国当前市场发展的状况，对企业劳动力成本的扣除还必须加以限制，不能完全放开。对税前扣除的计税工资的管理办法，目前实行4种制度：
1、执行国务院规定的事业单位工作人员工资制度的事业单位，按国务院规定的工资制度发放的工资可以据实扣除；
2、经批准实行工效挂钩办法的企业，经主管税务机关审核，其实际发放的工资薪金支出，在工资薪金总额增长幅度低于经济效益增长幅度，职工平均工资增长幅度低于劳动生产率增长幅度以内的，可以据实扣除；饮食服务行业企业在国家规定提取的提成工资范围内实际发放的工资薪金支出可以扣除。上述两类企业在工效挂钩或提成比例范围内，未实际发放而建立的工资储备基金，在提取年度以不得扣除；在实际发放年度，经主管税务机关审核，可以据实扣除；挪作他用的，不得扣除。
3、软件生产开发企业职工的合理的工资薪金支出可以据实扣除。
4、其他企业实行定额计税工资制度，定额扣除标准由财政部、国家税务总局确定，现阶段为人均每月800元。经省级人民政府批准，报财政部、国家税务总局备案，可以上浮20％，最高为人均每月960元。
随着国有大中型企业工资制度的改革，企业工资将逐步放开，由企业根据劳动力市场状况自由确定。企业税前扣除的工资将逐步过渡到合理性工资薪金支出据实扣除。在这种情况下，计税工资管理主要是工资真实性检查和合理性定性分析管理。
决定工资合理性的唯一尺度是市场工资水平。具体分析，包括以下3个方面13个因素：
1、职员提供的劳动：（1）岗位责任的性质；（2）工作时间；（3）工作质量、数量和复杂程度；（4）工作条件；
2、与其他职员比较：（5）通行的总的市场情况，可比工资；（6）职员与所有者关系；（7）职员的能力；（8）企业某一种特定经营场所的生活条件； （9）职员以工作经历和教育情况；（10）职员提供劳动的利润水平；（11）是否有其他职员可执行同一职责；
3、投资者的分配和所有权：（12）企业过去关于股息和工资方面的政策；（13）职员的工资同该职员所持有的股权份额之比例。
这些合理性分析所要分析的重点，一是防止企业股东以工资名义分配利润；二是防止企业的经营者不适当地为自己开高工资。对于前者重点是哪些既是职员又是主要股东或主要股东的亲属；对于后者，重点是企业的前几位经理人员。
六、资产的折旧及其摊销
《办法》第22条规定企业经营活动中使用的固定资产的折旧费、无形资产和递延资产的摊销费可以扣除。
《办法》在第1章第7条规定，企业取得的任何资产，在持有期间发生增值税贬值如果在计算征收企业所得税方面未确认实现，或者按税法规定的方式递延，企业不得按经评估确认的价值调整有关资产的账面价值；企业也不得根据市价的变化等情况，在企业所得税前申报扣除存货跌价准备金、短期投资跌价准备金和长期投资减值准备金。
固定资产折旧费
1，固定资产及其计税成本。税法中固定资产的定义与分类与财务会计制度完全相同。税法对固定资产分类的唯一目的是为了确定固定资产折旧费用。包括哪些固定资产可以折旧、适用的折旧方法和折旧率。
固定资产会计计价与税收成本的确定基本上也是相同的，都是以历史成本为原则。主要差别有以下几点：
接受捐赠和盘盈的固定资产（包括无形资产）。由于企业没有支付任何代价，在企业所得税上也就不能扣除任何折旧费用，因此，接受捐赠固定资产的计税成本为零。虽然接受捐赠的固定资产在再转让或处置时要将捐赠额确认收入征收企业所得税，盘盈的固定资产有的要转入营业外收入，但在企业所得税上原则上不构成成本。而会计上一般对接受捐赠的固定资产和盘盈的固定资产按同类固定资产重置完全价值计价。
接受投资或因合并、分立等改组接受的固定资产。根据《办法》第7条，企业所得税上确定成本的原则是，只有当接受的固定资产中隐含的增值税或损失已经确认实现，者能按经评估确认实现，才能按经评估确诊的价值确定有关固定资产的计税成本，否则，只能以固定资产在原企业账面的净值（投资或改组业务发生前即时）为基础确定。
企业为开发新技术、研制新产品所购置的试制用关键设备、测试仪器，单台价值在10万元以下的，已一次或分次摊入管理费用的，不得扣除折旧费用。
2，可扣除折旧费用的固定资产范围。对于可以计提折旧的固定资产，财务会计与税法的异同比较如下：
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