气愤归气愤，权衡利弊的高拱，最终还是接受了政敌的这番好意，一路接受公款招待，回到了老家。
且将剩勇打死虎
在张居正、冯保的联手策划下，皇帝和太后驱逐了高拱，此时高拱已是62岁高龄，如果不出大的意外，高拱没有在政坛上复出的可能，基本上是一个死老虎。
但对这个死老虎，冯保和张居正也不放过，尽管张居正表面上表现出大度和温情，向皇帝求情挽留高拱，为他申请到乘传的待遇。愤愤不平的高拱，远在河南老家，没想到自己被勾连到都城一件蹊跷的治安案件中，差点遭遇灭族的大祸。
万历元年的一个早晨，年幼的皇帝照例从后宫出乾清门，到外廷去上朝。一位穿着太监服装的陌生男子直奔过来，被警卫擒住，皇帝命令掌管东厂的大太监冯保去侦查此案。
事关圣上人身安全，当然是超级大案，必须集中一切力量尽快侦破。
首辅大臣张居正闻讯后，上疏皇帝，认为一个人不可能平白无故混进宫内，肯定有极大的阴谋，背后一定有指使之人，务必追查出来。
由于东厂是皇帝的私人武装，直接听命于冯保，其侦缉、预审都在不透明的情况下进行，因此特别便于屈打成招或诬陷他人。冯保和张居正商量，干脆一不做，二不休，以此案牵连高拱，从肉体上消灭政敌。
冯保亲自审问这位自称叫“王大臣”的嫌疑犯，私下里密语王大臣，告诉他，只要说是高阁老（拱）指使的来刺杀皇帝，将给你官做，并命令自己的仆人辛儒，陪着往大臣吃饭喝酒，帮他捏造一套说陷害高拱的口供。然后在这个人两腋下面，分别绑刀、剑一把。如此，才开始审讯。王大臣按照冯保的吩咐，说自己受高拱的指使，并供出高拱在京的家人李宝、高本等人是同谋，而且一搜查，嫌疑犯身上还藏有利刃。这样看来，能将此案办成弄死高拱全家的“铁案”了。
“审讯结果”一传出，朝野议论纷纷，稍有头脑的人都不难看出这件案子背后有政治报复的影子。吏部尚书杨博（字维约，山西蒲州人）和左都御史葛守礼（字与立，山东德平人），相约找到张居正，为高拱辩解，杨博说，这件案子关系重大，如果就这样草率的定案，恐怕大臣将人人自危。张居正对二人说，难道二位先生怀疑我要深文周纳，勾连高拱么？杨博回答得很巧妙，说，不敢这样怀疑，但只有先生您才有回天之力，洗刷高拱的冤情。而且更搞笑的是，急着撇清自己的张居正竟然很不谨慎，自摆乌龙。他拿出一份东厂的审讯笔录给杨、葛二人看，意思是此乃嫌疑犯的招供，与自己无关。可里面有四个字“历历有据”，葛守礼不愧是最高监察官员，一眼看出 这是张居正亲自删改的笔迹，张居正连忙解释，审讯的人不通法理，我替他们改了几字。
主管刑部监察的邢科给事中，大多是些依法办事、不畏权势的正人君子，他们商量道，这样的案件审理和刑科相关，如果我们一句话也不说，案子就这样定了，我等以后还哪有脸见人！于是联合上了奏折，要求这件案子由刑部、都察院、大理寺这三法司联合审理。
案子一旦公开审理，在众目睽睽之下制造冤案，难度就大多了。
张居正和冯保主意早定，硬要搞死高拱，不把此案交给刑部，但迫于舆论压力，命令锦衣卫左都督朱希孝再去会同冯保审理。朱希孝虽然是张居正的门客，但和高拱关系不错，他对王大臣用刑，要他从实招来，王大臣大叫，你们许诺我的富贵，让我说高阁老指使，凭什么又要拷打我？而且朱接受杨博的建议，将王大臣原来的招供的高府同谋的家人，叫过来混杂在人群中，王大臣竟然辨认不出。显然这是栽赃陷害，事情到这一地步，冯保怕反过来牵连自己，匆匆将王大臣用毒药弄哑，让他说不出话来，然后再草草宣布处决。
也有史家认为置高拱于死地，是冯保一人的主意，张居正并没有参加预谋。但作为首辅，如果他不默许，冯保一人也不敢有这样大的胆子。
冯保、张居正如此追打死老虎，固然阴毒，但在那样的帝制时代，万一高拱重新掌权，他们害怕自己死无葬身之地，政治就是这样残酷。好在当时司法还不算很腐败，一大帮正人在朝，如果像后来魏忠贤那样，可以任意陷害东林党人，估计高拱难逃一劫。
新政之初先自我扩权
在内阁中驱逐了高拱，无人再能对自己掣肘，宫禁内有冯保的密切配合，两宫太后充分信任。皇帝的老师、首辅大臣张居正一人大权独揽，完全可以甩开膀子大干一场，充分展示平生抱负。
当时的大明，已建国二百余年，矛盾百端，尤其是国家财政入不敷出，而普通百姓尤其是农民的负担日益加重。如果要使社会稳定，必须从经济、财政方面进行较大的改革，达到富民强国之目的。我们知道，张居正的改革最有成效的两项措施是“清丈法”和“一条鞭法”。清丈是重新清量全国的田地，再确定应交的赋税，并查处许多隐匿的土地，如此不仅增加了国家的收入，而且在一定程度上遏制了土地兼并，减轻了普通农民的负担。一条鞭法则是将原来缴纳实物的赋税和出劳动力的徭役，统一折合成银两，简化了收税方式，稳定了国库收入，也做到了尽量不扰民，还促进了商品经济的发展。
但如果经济改革，没有政治改革作保障，再好的方案只能是画饼，很可能在实施中无疾而终。而当时明朝的官僚系统已暮气沉沉，推诿、扯皮、低效。
张居正不可能从根本上改革僵化日久的政治制度，退而求其次，他选择在现有的制度框架下，进行必要的行政改革，其中一项很重要的措施就是以考成法来督促各级各地官吏的勤政。
所谓考成法，类似现在许多公司都在实施的绩效考核。传统的行政系统运转，主要靠公文的传递、落实来维系，但公文维系的行政系统，极容易滋生形式主义和文牍作风，上面的文件发下去了，下面也就简单地再往下转发，类似现在许多《关于转发〈XXX＇关于转发xxx某某问题的通知＇的通知〉的通知〉之类的具文。至于公文所提的要求，办理得怎样，是否完成任务，上面就很难控制了，有些朝廷来的公文，一耽搁就是好几年，形同一纸空文。
万历元年，张居正针对这种弊端，上书皇帝提出公文办理的改革，皇帝当然照准。这项改革的主要内容是：朝廷的六部、都察院，其奏疏凡得到皇帝批准的事项，转行到各衙门，根据事情的轻重缓急，地方的路途远近，限定办理的期限，每月底清点。另外造两册帐簿，上面记录事情的概要和规定的期限。一册送主管监察的六科，随时掌握办理的进程，一册送到内阁备查。六科的监察官员将执行情况随时记入帐簿，半年再复查一次，对拖延的追究责任，向上参奏。如果地方巡抚、巡按拖延，由六部中分管的衙门举报；而六部有拖延欺骗蒙蔽的，由负责监督的六科给事中举报揭发；如果六科的监察官员自己拖延欺蔽，就由内阁来监督、检举。官员工作的评定，就以此为基础。
考成之结果，直接和乌纱帽挂钩，可想其威力。官场上，悠悠万事，官帽最重。如此一环扣一环，责任和权力明确，明朝那生锈的管理系统，似乎一下子就上了注入了润滑油，机器加速运转起来。
但如果仔细分析这条办法，会发现一个奥妙，作为内阁首辅，张居正在自我扩权。各部督促地方，六科的监察官督促六部，而内阁督促六科监察官。也就是说，内阁把自己摆在官僚体系中最后裁决者的位置上，成为整个文官系统中最后负责人，而内阁只向皇帝一个人负责。而明朝自主元璋因胡惟庸案废除宰相后，百官理论上是直接向皇帝负责的，内阁仅仅是皇帝私人的顾问班子，法理上没有统领六部等行政系统的权力。如此一改革，天下百官要向内阁负责，内阁首辅张居正就成了货真价实的宰相。
钳制言路乃揽权关键
张居正用考成法扩大了内阁的权力，自然要引起一些人的反弹，特别是主管监察的给事中、御史的监督、考核，也由内阁负责，这一下就惹怒了一些监察官员。他们不愿意受制于人。
明朝的监察制度完备而严密，监督中央六部九卿的给事中和监督地方的御史合称科道官，又叫言官，他们多是些七品的小官，但是能监督正二品的尚书，关键是科道官相对独立，比如兵部尚书够牛的吧？负责监督兵部的兵科给事中根本不用拍尚书的马匹，也不用奉承内阁辅臣，因为他不由兵部尚书管理。再加上有“风闻言事”的免责权，就如今天西方一些国家的议会，议员如何说行政官员的过失，不一定要证据确凿，哪怕有失实之处也不能说议员是诽谤诬蔑。所以，小小的七品官，动不动就敢弹劾尚书、侍郎、内阁辅臣，甚至可以直言不讳地指出皇帝的过失。
考成法一实施，言官们的监督、评价由内阁来行使，这一下我们想一想，给事中和御史这类监察官还能独立、自由地弹劾内阁以及六部尚书么？那么大多数监察官员当然要想方设法取悦于内阁辅臣。此法一实行，相对独立的监察权受到了内阁的侵蚀。一位大臣在《群臣阿附成风稽祖制以安社稷疏》中，批评考成法实施后造成的监察官员独立性的丧失：“科道欲论一人，荐一士，则先送辅臣揭帖，名曰请教。”
言官们认为张居正此举是钳制言路，是对二百年来成熟的监察体制一种破坏，于是针对张居正的第一波批评浪潮袭来，发动者主要是科道官。
借题发挥、上纲上线是言官们弹劾大臣一贯的路数，此次对张居正也不例外。明朝迁都北京后，太祖朱元璋当年定鼎的南京作为留都，保留了一整套政府班子。万历二年，南京的一个太监张进喝醉酒了，殴打给事中王颐。这本来是一件小小的治安案件，但在正满肚子不平的科道官看来，一个阉人敢殴打堂堂的监察官，说明言官的地位下降，太监气焰的嚣张，而大力钳制言路的张居正，正好和大太监冯保亲如兄弟。物伤其类，户科给事中（监察朝廷财政部门）赵参鲁（字宗傅，浙江鄞县人）等人，便把这件事上升到政治高度，要求严惩惹事的太监。北京、南京两都的言官纷纷跟进，好不热闹。张居正十分恼火，在给南京都察院右都御史（南京的最高监察官员）写信抱屈说，张进就是一个管膳食的太监，酒后放肆，送给内监执法者鞭笞，革掉他的馆管事权，也就行了。就算交付大家讨论如何处罚，也不能没完没了争个不停。到底为什么要议论纷纷？为什么要借一个太监酒醉而引起南北两都的台谏官员交相议论？
当然张居正知道言官此举醉翁之意不在酒，他必须用铁腕制止这股针对他的风潮，醉酒的太监被处理后，上疏弹劾的赵参鲁因没事找事连降数级，贬至广东高安县当一个典史。——县政府办公室主任这样一个不入流的小官。
言官前赴后继保卫话语权（1）
朝廷对赵参鲁的处罚并没有吓住言官们，明朝的士大夫中，很有一些骨鲠之人。赵参鲁在上疏中对张居正仅仅是影射，而紧接着三个言官，南京户科给事中余懋学（字行之，徽州婺源人）、河南道御史傅应祯（字公善，江西安福人）、巡按辽东的御史刘台（字子畏，江西安福人），上疏批评新政，炮火一个比一个猛。尤其让张居正伤心的是，傅、刘二人是隆庆五年张居正当考官取中的进士，是不折不扣的门生。明代座主和门生的关系近乎父子，为此张居正很愤怒地说，二百年来无门生弹劾老师，这样的事情竟然让我碰倒了。
余懋学在奏折里提出五条建议：一是“存敦大”，要对下面宽厚一些，考成法使官场之风变得十分冷酷，国家元气大伤；二是“亲謇谔”，即要广开言路，虚心听取不同意见；三是“慎名器”，要赏罚分明；四是“戒份更”，不要轻易变更祖宗之法；五是“防谀佞”，内阁不要胡乱称赞司礼监太监。每一条都是针对张居正而来。
而刘台更干脆，指名道姓批评张居正，奏折的题目便是《恳乞圣明节收辅臣权势疏》，言辞十分激烈，说，“高皇帝鉴前代之失，不设丞相，事归部院，势不相摄，而职易称。文皇帝始置内阁，参预机务。其时官阶未峻，无专肆之盟。二百年来，既有擅作威福者，尚惴惴然避宰相之名而不敢居，以祖宗之法在也。乃大学士张居正偃然以相自处，自高拱被逐，擅威福三四年矣。”“阁臣例无印信，衔列翰林，翰林之职，止备顾问，从容论思而异已。居正创为是说，欲胁制科臣，拱手听令。”并进一步发挥，说巡按御史巡按各地，进行监察，不是特大的官员违法案件，一般不派出。因为挑选的人很精明强干，授予的权力较大，各地官员大多知道顾惜名义，不至于太狼狈不堪。即使是都察院对御史也是有统无属（用现在的话来说，最高监察部门对督察各地的御史是业务指导，并不是他们的直接上司），如此是为了不对御史控制太多。现在张居正用考成法控制了监察官员，权力集中于内阁，没有了独立性，负责监察的给事中、御史谁愿意冒着丢官甚至生命的危险，直言为政的过失呢？这番话和现代比较，依然有其价值。如果美国没有独立检察官制度，总统克林顿和莱温斯基那点事，独立检察官能穷追不舍么？刘台的立论法宝是祖制，就是太祖高皇帝朱元璋创立的不设宰相的制度，为了显示自己是大公无私，他还特意强调：“臣举进士，居正为总裁。臣任部曹，居正荐改御史。臣受居正恩亦厚矣，而今敢讼言攻之者，君臣谊重，私恩有不得而顾也。”
这当然也是政治上相当正确的手法。
刘台在上疏中所说巡按御史的权责，如果看过传统戏曲的人想必不陌生。许多戏曲中总有类似的情节，富小姐后花园和穷书生一见钟情，赠书生钱财上京赶考，书生高中黄榜，点了八府巡按，拿着尚方宝剑，替天子出