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东汉时，神仙家曾试图依靠信鬼神的墨家，造墨子《枕中五行记》五卷。可是墨家在汉朝是被废黜的学派，依靠它是得不到好处的。神仙家终于找定了老子。老子虽然不信鬼神，但《道德经》里有“玄之又玄，众妙之门”；“谷神不死，是谓玄牧”；“善摄生者，陆行不遇兕虎，入军不被甲兵，……以其无死也”；“深根固柢，长生久视之道”一类神秘性的话。《史记》说老子“百有六十余岁，或言二百余岁，以其修道而养寿也”，又说他西出关，“莫知其所终”。这些，都是神仙家穿凿附会的好资料。道家清静无为的宗旨，更可以借来作妖术的掩饰。无神论的老子被神仙家硬扮成教主了。
神仙家在《汉书·艺文志》里还只是诸子百家中的一家。东汉佛教开始流传，神仙家依附老子，模仿佛教，开始创道教。《后汉书·襄楷传》说，汉顺帝时，琅邪人于吉，自称得神书一百七十卷，号称《太平清领书》。于吉的门徒宫崇献书给汉顺帝，收藏在官府。这部书以阴阳五行学说为本，再加上巫术。书中宣扬神咒的作用，说天上有永恒的神圣，常常下来把重要话传授给人，人用这种话使唤神吏，神吏完全听从。这种重要话就是神咒。诵咒一百次验一百次，诵咒十次验十次。神咒可使神为人消灾除病，无不效验。这显然是神仙家的符箓派。丹鼎派不能造出大量丹药来给人吃（改用神水，仍须通过符咒），符箓派却可以随时造出符咒来欺骗大量的人，因之，当神仙家扩大成为道教时，符箓派代替丹鼎派，处于主要的地位。襄楷献《太平清领书》给汉桓帝，张角、张道陵等人依据《太平清领书》立太平道，又称五斗米道，可见汉顺帝以后，《太平清领书》已经流传，道教成立了，道士的名称也确定了（佛教僧人称道人）。汉桓帝祭老子，因为老子是道教的教主。
襄楷说“或言老子入夷狄为浮屠”，所谓或言，就是道教徒说了这种话。道教虽然模仿佛教，但要排斥或贬低佛教，含有汉族自己创立宗教抵抗外来宗教的意义。在这一点上，它和反对佛教破坏汉族传统礼法的儒家可以联合起来（在北朝，这种联合尤为显著）。另方面，道教虽然宗奉老子，但和宗奉老庄，研究哲理的玄学家，却没有信仰上的关系。魏和西晋的玄学家，都主张无神论，他们只是采取一些佛教教义作谈助，并不信佛教的神，同样，他们不信老子是神，服寒食散，为的是养生（嵇康作《养生论》），并不求长生不死。所以，必须区别玄学和道教，认明玄学是属于道家流派的一个哲学派别，道教是从神仙家扩大而成的一个宗教。
东晋玄学家探研佛理，比西晋更为普遍和深入，他们在哲学上采取佛理，在文学上也玄佛并用。宋檀道鸾《续晋阳秋》说，王弼何晏始创玄学，东晋佛理尤盛行，许询孙绰作文辞，玄言外又加佛语。许孙二人是一时文宗，因此造成文学界的风尚。东晋以后，玄学作为四种学问的一种，与儒文史并列，始终保持着一个哲学派别的面目，与佛教接近，与道教有距离。梁武帝谈玄又学佛，排斥道教，著名的丹鼎派道士陶弘景给梁武帝诗说：“夷甫（王衍）任散诞（放纵），平叔（何晏）坐论空（谈空无）。岂悟昭阳殿，遂作单于宫”。诗意是讥刺梁武帝和一般士大夫谈玄崇佛，有亡国的危险。可见道教徒不赞成玄学和佛教，玄学家和佛教徒也不赞成道教。
最大的道教徒是东晋葛洪。葛洪著《抱朴子·内篇》二十篇，《外篇》五十篇。《自叙》说“其《内篇》言神仙方药、鬼怪变化、养生延年、禳邪却祸之事，属道家（这里所谓道家实际是神仙家），其《外篇》言人间得失、世事臧（善）否（恶），属儒家”。《内篇·明本篇》定儒学与道教的先后，说“道者儒之本也，儒者道之未也”，这是道教对儒家关系的说明。《释滞篇》说，老子五千言都是泛论，不切实用，庄子、关尹全无至理，以生存为徭役，以死亡为休息，离神仙家千万里。这是道教对道家（玄学）关系的说明。显然，道教是和儒家接近的。这是道教采取儒家的伦理道德学说，与儒家有相同处。《内篇·对俗篇》说“为道者当先立功德。……为道者以救人危，使兔祸；护人疾病，令不枉死，为上功也。欲求仙街，要当以忠孝和顺仁信为本，若德行不修而但务方术，皆不得长生也。”它不同于儒家处，主要在长生不死这一点上。《对俗篇》又说“若委弃妻子，独处山泽，邈然断绝人理（伦理），块然与木石为邻，不足多也。……求长生者，正惜今日之所欲耳（世俗生活），本不汲汲于升虚（到天上）以飞腾为胜于地上（人间世）也。若幸可止家（留在家里）而不死者，亦何必求于速登天乎”。照葛洪的说法，道教并不是想脱离人世，相反，它幻想着求得一种吃了可以不死的药物，永远享受人世的乐趣。春秋时期，齐景公饮酒很快乐，对群臣说：人要是不会死，该多么快乐呵！晏婴回答道：人要是不会死，快乐是属于古人的，怎么会让你来享受（《左传》昭公二十年）。这样浅显的事理，道教徒到死也不懂得，专心一意用妖妄的方法求长生不死。《抱朴子·内篇》就是这样的一部妖妄书，并且是集合战国以来神仙家一切方术的一部妖妄书。
道教固然是妖妄的宗教（凡是神道设教，都不免带着妖妄），但是，妖妄里面还含有一部分可取的成分。在《金丹篇》、《黄白篇》里，主要用矿物炼丹药炼金银，开化学的远源，在《仙药篇》和其他不少篇里，主要用植物治疗百病，实是较为原始的药物学。道教徒主观上是为自己求不死，客观上却为这些科学开先路，削去那些妖妄语，《抱朴子·内篇》可以供给不少的科学史材料。
《抱朴子·外篇》，完全是儒家面貌，不见怪诞的语句。特别是《诘鲍篇》，用荀子和韩非子的观点驳斥道家学派鲍敬言“古者无君，胜于今世”的谬论，表现出社会进化思想。《外篇》许多处说到今胜于古，如《尚博篇》说“俗士多云，今山不及古山之高，今海不及古海之广，今日不及古日之热，今月不及古月之朗。何肯许今之才士，不减古之桔骨。重所闻，轻所见，非一世之所患矣”。他在《汉过篇》说“反经（儒经）诡（违）圣（周孔），顺非而博者，谓之老庄之客。……左道邪术，假托鬼怪者，谓之通灵神人；卜占小数，诳饰祸福者，谓之知来（知未来）之妙”。这不仅否定了老庄学派，否定了今文经学和阴阳五行学派，甚至连自己《内篇》所讲的那些神仙术也否定了。他最后不得不归到古文经学派方面来，承认“王仲任（王充）作《论衡》八十余篇，为冠伦大才”，而《论衡》恰恰是反对一切妖妄的儒学著作。
汉族文化的特点之一是崇尚征实的史官文化，对宗教信仰向来是淡薄的。东汉时，佛教传入中国，“索隐（寻求隐暗无证据的事）行怪（作怪妄的事）”、“舍人事而任（信仰）鬼神”的阴阳五行学以至左道邪术，在佛教影响下，汇合起来成立一个称为道教的宗教。它不能离开儒学而自立，也只有依附儒学，才能和佛教作斗争。东晋南北朝是道教活跃时期，南方有葛洪、陶弘景；北方有寇谦之，都是道教的重要人物，因此，在这里给道教作较多的叙述。
五 佛教
外来的佛教，要在宗教信仰淡薄、伦理（根本伦理是孝和忠）基础深厚的汉族精神生活里，争得一个立足点并且发展起来，并不是一件容易事。东晋和南北朝，正是佛教经历着艰难的但是发展的一段路程。这里只说东晋南朝佛教的情况。
西晋丧乱，以王导为首的一群名士（玄学家）避乱，在江南建立东晋朝，一群僧徒也避乱南来。《世说新语》载支愍度想过江，和同行的一个僧徒商议说，用旧的一套说法去江东，恐怕找不到饭吃。两人于是共立心无义。所谓心无义，就是玄学家所谈的空无，东晋很多僧徒能谈玄，因为这是找饭吃的途径。在谈玄的僧徒里，支遁最负盛名，他注《庄子·逍遥游篇》，又作《逍遥论》，伊然是个大玄学家。支遁以后，释慧远最负盛名。东晋士人继承西晋的玄学，但多少感到猖狂放肆的危害，不敢蹈西晋名士破坏礼法的覆辙，儒学又逐渐取得传统的地位。这个趋势在慧远的学问上得到反映。慧远深通玄学，并擅长儒学，尤擅长《三礼》《毛诗》。宋文帝立四学，以雷次宗主儒学，雷次宗就是慧远的学生。慧远讲《丧服经》，后来雷次宗依慧远讲义作《丧服经传略注》。慧远主张“内（佛）外（儒玄）之道，可合而明”，就是企图以佛学为主，以儒玄为输，达到会之有宗（佛），百家（儒玄）同致的目的。支遁依附玄学，慧远想用佛来融合儒玄，从两人的态度上，可以看出慧远时佛教有了发展，取得自立的地位。
与慧远同时，又有一个名僧法显。法显于三九九年自长安出发，西行寻求戒律，路经西域，入北天竺，又经中天竺到狮子国（锡兰）。法显经历三十余国，求得梵本戒律，附商船归中国。四一三年，到建康。法显记载西方诸国情形，成《佛国记》一书。研究当时西域和印度的历史，《佛国记》是一部极重要的著作。
慧远住庐山三十余年，聚集僧徒，讲授佛学，为南方佛教首领。他约集信徒刘遗民、周续之（二人是玄学家）、宗炳、雷次宗（二人是儒家）等名士一百二十三人，在阿弥陀佛像前，立誓死后要往生弥陀净土。往生净土的方法是坐禅修定，息心忘知（不起妄念）；口宣佛号，心注西方（极乐世界），说是死后就可以享受极乐。这是极简易的方法，口宣佛号即所谓念佛三昧，是人人能做的事，经慧远等人的提倡，因此净土宗在南方得以广泛流传。慧远也提倡翻译佛经，给许多译本作序文，并和北方译经大师鸠摩罗什交流译本。法显与名僧们共译戒律多种，添补译经事业中缺少戒律的空隙。慧远和法显对翻译佛教经典的贡献是巨大的。在慧远法显倡导下，南朝译经事业有很大的成就，梁陈时从扶南国来的高僧真谛，居住在广州，专译法相唯识一派的佛书，与鸠摩罗什、唐玄奘被称为三大译家。
宋齐两朝，佛教一直在发展，梁陈两朝，比宋齐又有进展，尤其是在梁武帝时期，南朝佛教登上了最高峰。南朝佛教发展的特点，在于这一时期里，汉族信徒对佛教哲学部分，表现出初步消化的趋势。自东汉时起，佛教徒的事业，主要是译经。翻译佛经，等于吞咽食物。大体上释道安以前，属于吞咽的阶段。魏晋以来，玄学盛行，从探求老庄的义理扩展到探求佛经的义理（译经事业自然并不偏废），由此，外来的佛教逐渐成为汉化的佛教，佛教的思想逐渐融合在汉族思想里，成为汉族哲学的一个组成部分。儒佛道三家鼎立，互相斗争，也互相吸收，这是初步消化的阶段。以道安慧远为标志，开始了这个阶段。宋明理学则是完全消化的阶段，这时候儒学又恢复独尊的地位，实现儒为主佛老为辅的局面，佛老之学（主要是佛学），被用作养料来丰富儒学（理学）。佛教的哲学部分既被儒学吸去，它只好主要地依靠迷信部分来维持自己的存在。
汉族在东晋南朝初步消化佛学的情况，有如下几种：
（1）作注疏——僧徒承受师传，为佛经作注，这是儒家给僧徒的影响。僧徒推衍义旨，为佛经作疏，解释比注为周详。后来儒家也为儒经作义疏，这是僧徒给儒家的影响。作注“非师不传，不敢自由”，作疏则依据作者的研究，申明经旨，不必拘泥于师说。
（2）作法论——宋明帝敕陆澄撰《法论》。梁武帝敕宝唱撰《续法论》。这两部《法论》搜集梁以前关于阐发佛法的论文数量很大，虽然两书都已亡佚，但就僧肇《般若无知论》、《物不迁论》和残存的篇目如道安《实相义》、《性空沦》，慧远《辩心意识》、《释神名》等来看，应都是总摄要义，经过自己的思考，才作出这些通论或专论。法论的大量出现，说明佛学是在消化中。
（3）与儒家和道教作辩论——这种辩论，既刺激佛学的加速消化，也催促佛学的逐渐汉化，对佛教的发展，作用最大。因为在激烈的思想斗争中，佛教徒如果不精通佛理，机械地搬运佛经的辞句来应敌，是不能立足的；佛教在外国，宗教势力超出政治势力，但在中国，不论帝王如何尊信佛教，帝王终究要依靠懦家的礼法来统治人民，佛教徒如果不适应中国社会的传统惯例，使佛教汉化，在不抵触儒家沦理道德的情况下进行宗教活动，而企图传播完全外国面貌的佛教，也是不能立足的。对儒学和道教进行辩论的重要论文，大体收集在梁朝释僧佑的《弘明集》和唐朝释道宣的《广弘明集》里，僧佑《弘明集后序》对佛教被儒家攻击的六个问题（一，“经说迂诞，大而无征”；二，“人死神灭，无有三世”；三，“莫见真佛，无益国治”；四，“古无法教（佛教），近出汉世”；五，“教在戎方（西方），化非华俗”；六，“汉魏法微，晋代始盛”）进行辩护，只能用儒书中事例“为法（佛教）御侮”，不敢用外国事例来攻击儒学，这是沸教不得不汉化的显例。
（4）作传记——天竺记史事往往与神话混杂，或残缺不全，但佛教传入中国，由于受汉族特重史学的影响，作风大变。东晋