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赤眉别帅与大肜、青犊十余万众在射犬，光武进击，大破之，众皆散走。使吴汉、岑彭袭杀谢躬于鄴。青犊、赤眉贼人函谷关，攻更始。光武乃遣邓禹率六裨将引兵而西，以更始、赤眉之乱。时，更始使大司马朱鲔、舞阴王李轶等屯洛阳，光武亦令冯异守孟津以拒之。
建武元年春正月，平陵人方望立前孺子刘婴为天子，更始遣丞相李松击斩之。
光武北击尤来、大抢、五幡于元氏，追至右北平，连破之。又战于顺水北，乘胜轻进，反为所败。贼追急，短兵接，光武自投高岸，遇突骑王丰，下马授光武，光武抚其肩而上，顾笑谓耿弇曰：「几为虏嗤。」弇频射却贼，得免。士卒死者数千人，散兵归保范阳。军中不见光武，或云已殁，诸将不知所为。吴汉曰：「卿曹努力！王兄子在南阳，何忧无主？」众恐惧，数日乃定。贼虽战胜，而素慑大威，客主不相知，夜遂引去。大军复进至安交，与战，破之，斩首三千余级。贼人渔阳，乃遣吴汉率耿弇、陈俊、马武等十二将军追战于潞东，及平谷，大破灭之。
朱鲔遣讨难将军苏茂攻温，冯异、寇恂与战，大破之，斩其将贾彊。于是诸将议上尊号。马武先进曰：「天下无主。如有圣人承敝而起，虽仲尼为相，孙子为将，犹恐无能有益。反水不收，后悔无及。大王虽执谦退，奈宗庙社稷何！宜且还蓟即尊位，乃议征伐。今此谁贼而驰骛击之乎？」光武惊曰：「何将军出是言？」可斩也！」武曰：「诸将尽然。」光武使出晓之，乃引军还至蓟。
夏四月，公孙述自称天子。
光武从蓟还，过范阳，命收葬吏士。至中山，诸将复上奏曰：「汉遭王莽，宗庙废绝，豪杰愤怒，兆人涂炭。王与伯升首举义兵，更始因其资以据帝位，而不能奉承大统，败乱纲纪，盗贼日多，群生危蹙。大王初征昆阳，王莽自溃；后拔邯郸，北州弭定；参分天下而有其二，跨州据土，带甲百万。言武力则莫之敢抗，论文德则无所与辞。臣闻帝王不可以久旷，天命不可以谦拒，惟大王以社稷为计，万姓为心。」光武又不听。
行到南平棘，诸将复固请之。光武曰：「寇贼未平，四面受敌，何遽欲正号位乎？诸将且出。」耿纯进曰：「天下士大夫捐亲戚，弃土壤，从大王于矢石之间者，其计固望其攀龙鳞，附凤翼，以成其所志耳。今功业即定，天人亦应，而大王留时逆众，不正号位，纯恐士大夫望绝计穷，则有去归之思，无为久自苦也。大众一散，难可复合。时不可留，众不可逆。」纯言甚诚切，光武深感，曰：「吾将思之。」
行至鄗，光武先在长安时同舍生彊华自关中奉《赤伏符》，曰「刘秀发兵捕不道，四夷云集龙斗野，四七之际火为主。群臣因复奏曰：「受命之符，人应为大，万里合信，不议同情，周之白鱼，曷足比焉？今上无天子，海内淆乱，符瑞之应，昭然著闻，宜答天神，以塞群望。」光武于是命有司设坛场于鄗南千秋亭五成陌。
六月己未，即皇帝位。燔燎告天，禋于六宗，望于群神。其祝文曰：「皇天上帝，后土神祇，眷顾降命，属秀黎元，为人父母，秀不敢当。群下百辟，不谋同辞，咸曰：'王莽篡位，秀发愤兴兵，破王寻、王邑于昆阳，诛王郎、铜马于河北，平定天下，海内蒙恩。上当天地之心，下为元元所归。'谶记曰：'刘秀发兵捕不道，卯金修德为天子。'秀犹固辞，至于再，至于三。群下佥曰：'皇天大命，不可稽留。'敢不敬承。」于是建元为建武，大赦天下，改鄗为高邑。
是月，赤眉立刘盆子为天子。
甲子，前将军邓禹击更始定国公王匡于安邑，大破之，斩其将刘均。
秋七月辛未，拜前将军邓禹为大司徒。丁丑，以野王令王梁为大司空。壬午，以大将军吴汉为大司马，偏将军景丹为骠骑大将军，大将军耿弇为建威大将军，偏将军盖延为虎牙大将军，偏将军朱祐为建义大将军，中坚将军杜茂为大将军。
时，宗室刘茂自号「厌新将军」，率众降，封为中山王。
己亥，幸怀。遣耿弇率强弩将军陈俊军五社津，备荥阳以东。使吴汉率朱祐及廷尉岑彭、执金吾贾复、扬化将军坚镡等十一将军围朱鲔于洛阳。
八月壬子，祭社稷。癸丑，祠高祖、太宗、世宗于怀宫。进幸河阳。更始廪丘王田立降。
九月，赤眉入长安，更始奔高陵。辛未，诏曰：「更始破败，弃城逃走，妻子裸袒，流冗道路。朕甚愍之。今封更始为淮阳王。吏人敢有贼害者，罪同大逆。」
甲申，以前密令卓茂为太傅。
辛卯，朱鲔举城降。
冬十月癸丑，车驾入洛阳，幸南宫却非殿，遂定都焉。
遣岑彭击荆州群贼。
十一月甲午，幸怀。
刘永自称天子。
十二月丙戌，至自怀。
赤眉杀更始，而隗嚣据陇右，卢芳起安定。破虏大将军叔寿击五校贼于曲梁，战殁。
二年春正月甲子朔，日有食之。大司马吴汉率九将军击檀乡贼于鄴东，大破降之。庚辰，封功臣皆为列侯，大国四县，余各有差。下诏曰：「人情得足，苦于放纵，快须臾之欲，忘慎罚之义。惟诸将业远功大，诚欲传于无穷，宜如临深渊，如履薄冰，战战栗栗，日慎一日。其显效未詶，各籍未立者，大鸿胪趣上，朕将差而录之。」博士丁恭议曰：「古帝王封诸侯不过百里，故利以建侯，取法于雷，强干弱枝，所以为治也。今封诸侯四县，不合法制。」帝曰：「古之亡国，皆以无道，未尝闻功臣地多而灭亡者。」乃遣谒者即授印绶，策曰：「在上不骄，高而不危；制节谨度，满而不溢。敬之戒之。传尔子孙，长为汉籓。」
壬午，更始复汉将军邓晔、辅汉将军于匡降，皆复爵位。
壬子，起高庙，建社稷于洛阳，立郊兆于城南，始正火德，色尚赤。
是月，赤眉焚西京宫室，发掘园陵，寇掠关中。大司徒邓禹入长安，遣府掾奉十一帝神主，纳于高庙。
真定王杨、临邑侯让谋反，遣前将军耿纯诛之。
二月己酉，幸修武。
大司空王梁免。壬子，以太中大夫宋弘为大司空。
遣骠骑大将军景丹率征虏将军祭遵等二将军击弘农贼，破之，因遣祭遵围蛮中贼张满。
渔阳太守彭宠反，攻幽州牧朱浮于蓟。
延岑自称武安王于汉中。
辛卯，至自修武。
三月乙未，大赦天下，诏曰：「顷狱多冤人，用刑深刻，朕甚愍之。孔子云：'刑罚不中，则民无所措手足。'其与中二千石、诸大夫、博士、议郎议省刑法。」
遣执金吾贾复率二将军击更始郾王尹遵，破降之。
骁骑将军刘植击密贼，战殁。
遣虎牙大将军盖延率四将军伐刘永。夏四月，围永于睢阳。更始将苏茂杀淮阳太守潘蹇而附刘永。
甲午，封叔父良为广阳王，兄子章为太原王，章弟兴为鲁王，舂陵侯嫡子祉为城阳王。
五月庚辰，封更始元氏王歙为泗水王，故真定王杨子得为真定王，周后姬常为周承休公。癸未，诏曰：「民有嫁妻卖子欲归父母者，恣听之。敢拘执，论如律。」
六月戊戌，立贵人郭氏为皇后，子彊为皇太子，大赦天下。增郎、谒者、从官秩各一等。丙午，封宗子刘终为淄川王。
秋八月，帝自将征五校。丙辰，幸内黄，大破五校于B172阳，降之。
遣游击将军邓隆救朱浮，与彭宠战于潞，隆军败绩。
盖延拔睢阳，刘永奔谯。
破虏将军邓奉据淯阳反。
九月壬戌，至自内黄。
骠骑大将军景丹薨。
延岑大破赤眉于杜陵。
关中饥，民相食。
冬十一月，以廷尉岑彭为征南大将军，率八将军讨邓奉于堵乡。铜马、青犊、尤来余贼共立孙登为天子于上郡。登将乐玄杀登，以其众五万余人降。遣偏将军冯异代邓禹伐赤眉。使太中大夫伏隆持节安辑青、徐二州，招张步降之。
十二月戊午，诏曰：「惟宗室列侯为王莽所废，先灵无所依归，朕甚愍之。其并复故国。若侯身已殁，属所上其子孙见名尚书，封拜。」
是岁，盖延等大破刘永于沛西。初，王莽末，天下旱蝗，黄金一斤易粟一斛；至是野谷旅生，麻B173尤盛，野蚕成茧，被于山阜，人收其利焉。
三年春正月甲子，以偏将军冯异为征西大将军，杜茂为骠骑大将军。大司徒邓禹及冯异与赤眉战于回溪，禹、异败绩。
征虏将军祭遵破蛮中，斩张满。辛巳，立皇考南顿君已上四庙。壬午，大赦天下。
闰月乙巳，大司徒邓禹免。
冯异与赤眉战于崤底，大破之，余众南向宜阳，帝自将征之。己亥，幸宜阳。甲辰，亲勒六军，大陈戎马，大司马吴汉精卒当前，中军次之，骁骑、武卫分陈左右。赤眉望见震怖，遣使乞降。丙午，赤眉君臣面缚，奉高皇帝玺绶，诏以属城门校尉。戊申，至自宜阳。己酉，诏曰：「群盗纵横，贼害元元，盆子窃尊号，乱惑天下。朕奋兵讨击，应时崩解，十余万众束手降服，先帝玺绶归之王府。斯皆祖宗之灵，士人之力，朕曷足以享斯哉！其择吉日祠高庙，赐天下长子当为父后者爵，人一级。」
二月己未，祠高庙，受传国玺。
刘永立董宪为海西王，张步为齐王。步杀光禄大夫伏隆而反。幸怀，遣吴汉率二将军击青犊于轵西，大破降之。
三月壬寅，以大司徒司直伏湛为大司徒。
彭宠陷蓟城，宠自立为燕王。帝自将征邓奉，幸堵阳。
夏四月，大破邓奉于小长安，斩之。冯异与延岑战于上林，破之。吴汉率七将军与刘永将苏茂战于广东，大破之。虎牙大将军盖延围刘永于睢阳。
五月己酉，车驾不宫。乙卯晦，日有食之。
六月壬戌，大赦天下。耿弇与延岑战于穰，大破之。
秋七月，征南大将军岑彭率三将军伐秦丰，战于黎丘，大破之，获其将蔡宏。庚辰，诏曰：「吏不满六百石，下至墨绶长、相，有罪先请。男子八十以上，十岁以下，及妇人从坐者，自非不道、诏所名捕，皆不得系。当验问者即就验。女徒雇山归家。」盖延拔睢阳，获刘永，而苏茂、周建立永子纡为梁王。
冬十月壬申，幸舂陵，祠园庙，因置酒旧宅，大会故人父老。
十一月乙未，至自舂陵。涿郡太守张丰反。
是岁，李宪自称天子。西州大将军隗嚣奉奏。建义大将军朱祐率祭遵与延岑战于东阳，斩其将张成。
四年春正月甲申，大赦天下。
二月壬子，幸怀。壬申，至自怀。
遣右将军邓禹率二将军与延岑战于武当，破之。
夏四月丁巳，幸鄴。己巳，进幸临平。
遣大司马吴汉击五校贼于箕山，大破之。
五月，进幸元氏。辛巳，进幸卢奴。遣征虏将军祭遵率四将军讨张丰于涿郡，斩丰。
六月辛亥，车驾还宫。
七月丁亥，幸谯。遣捕虏将军马武、偏将军王霸围刘纡于垂惠。
董宪将贲休以兰陵城降，宪围之。虎牙大将军盖延率平狄将军庞萌救贲休，不克，兰陵为宪所陷。
秋八月戊午，进幸寿春。
太中大夫徐恽擅杀临淮太守刘度，恽坐诛。遣扬武将军马成率三将军伐李宪。
九月，围宪于舒。
冬十月甲寅，车驾还宫。
太傅卓茂薨。
十一月丙申，幸宛。遣建义大将军朱祐率二将军围秦丰于黎丘。
十二月丙寅，进幸黎丘。
是岁，征西大将军冯异与公孙述将程焉战于陈仓，破之。
五年春正月癸己，车驾还宫。
二月丙午，大赦天下。
捕虏将军马武、偏将军王霸拔垂惠。乙丑，幸魏郡。壬申，封殷后孔安为殷绍嘉公。
彭宠为其苍头所杀，渔阳平。大司马吴汉率建威大将军耿弇击富平、获索贼于平原，大破降之。夏遣耿弇率二将军讨张步。
三月癸未，徙广阳王良为赵王，始就国。
平狄将军庞萌反，杀楚郡太守孙萌而东附董宪。遣征南大将军岑彭率二将军伐田戎于津乡，大破之。
夏四月，旱，蝗。河西大将军窦融始遣使贡献。
五月丙子，诏曰：「久旱伤麦，秋种未下，朕甚忧之。将残吏未胜，狱多冤结，元元愁恨，感动天气乎？其令中都官、三辅、郡、国出系囚，罪非犯殊死一切勿案，见徒免为庶人。务进柔良，退贪酷，各正厥事焉。」
六月，建义大将军朱祐拔黎丘，获秦丰；而庞廕、苏茂围桃城。帝时幸蒙，因自将征之。先理兵任城，乃进救桃城，大破萌等。
秋七月丁丑，幸沛，祠高原庙。诏修复西京园陵。进幸湖陵，征董宪。又幸蕃，遂攻董宪于昌虑，大破之。
八月己酉，进幸郯，留吴汉攻刘纡、董宪等，车驾转徇彭城、下邳。吴汉拔郯，获刘纡；汉进围董宪、庞萌于朐。
冬十月，还，幸鲁，使大司空祠孔子。耿弇等与张步战于临淄，大破之。帝幸临淄，进幸剧。张步斩苏茂以降，齐地平。初起太学。车驾还宫，幸太学，赐博士弟子各有差。
十一月壬寅，大司徒状湛免，尚书令侯霸为大司徒。
十二月，卢苏自称天子于九原。西州大将军隗嚣遣子恂入侍。交阯牧邓让率七郡太守遣使奉贡。诏复济阳二年徭役。
是岁，野谷渐少，田亩益广焉。
六年春正月丙辰，改舂陵乡为章陵县。世世复徭役，比丰、沛，无有所豫。辛�