，只要猛厉速疾求忏悔，依止金刚萨埵之修法一定能彻底清净业障。因为金刚萨埵佛往昔在因地时曾发愿：“愿我未来世，现证圆满佛果时，设有众生造五无间罪，破坏誓言，彼等众生若闻我名，作意于我，念诵百字咒王，则一切罪堕无余清净，此愿不成，我终不证无上菩提，愿我住于彼等破戒者前，一切罪障悉能净治！”是故凭仗佛陀本愿力的加持以及自己的诚心忏悔，必定可忏除一切罪业。其修诵金刚萨埵之方法者，可分为：一、前行生信；二、正行观修；三、后行忏悔；四、回向发愿，这四个部分来修持。
一、前行生信
上师金刚萨埵之忏罪法有广、略、寂静、忿怒等各种仪轨，此处为寂静之略修仪轨。行者应知上师金刚萨埵本尊乃是三世佛之总集，我等欲修此法，必须首先于本尊生信，方可获得修法加持。故尔在观修前，应了知：我们所观之一切本尊身、所念之一切本尊心咒，悉为金刚萨埵智慧的幻化。观修念诵时，行者要深信金刚萨埵本尊就在自己面前、就在自己心中、就在自己口中，凭仗此观修念诵方便的殊胜缘起法之力，能令自己之身融入于金刚萨埵幻化之身，能令自己之语融入于金刚萨埵幻化咒语之中，能令自己之意融入于金刚萨埵无漏大智慧中。如是以信心生大欢喜而念诵，即可获得上师金刚萨埵之加持，从而究竟净除障碍，获得本尊之果位。
在续部中云：何人若于多生累劫中未曾积累资粮等，不仅修不成金刚萨埵，而且也听不到遇不到此修法。又云：闻一次、诵一遍心咒亦可护自相续，成熟其相续，何况吾等一心依此急修猛忏，其功德更是难思难测。现今正值末世，能有机缘听闻掌握修习此忏罪之妙法，实属难得，所以应该生发无比欢悦之心来修持。
无始至今，我等造了无边罪恶之业，其业决定感果，只是现前尚未成熟而已。每念及此，内心皆应生发极大怖畏罪苦之心，虔诚祈请此净罪之唯一大恩怙主来加持我消除一切现在过去之罪障，一心观想、念诵百字明咒与六字心咒。
在念诵百字明与心咒时，应知此百字明包括了新旧密宗所讲的一切如海寂猛本尊之心咒精华，所以强力猛烈地祈祷念诵金刚萨埵百字明咒，等于祈请一切本尊，念诵一切本尊之心咒；而金刚萨埵之心咒，又是百字明咒之精华要义，因此不论念百字明或念心咒，只要修法相应，具足无伪的信心，肯定可以净除一切破密乘、别解脱、菩萨戒之根本、支分堕罪，更何况其他之一般罪障，关键是行者一定要生起信心来修持，这是极其重要的。
二、正行观修
正行观修之前，首先应将准备好的金刚萨埵佛像供于清净坛城上，把周围环境洒扫清洁，然后自己于供桌前放一舒适座垫，以毗卢七法而坐。先念诵前行皈依发心等仪轨，然后心中如理串修前前金刚句之后，接着思维：我与一切如母众生在无始生死轮回中，贪著今生来世，无有一点修法机会，无义勤苦造作轮回之恶业。今天我有自在，并且值遇了金刚萨埵修法之时，为了令轮回中无边无际的众生净除罪障、成就佛果，我现前立誓，修持金刚萨埵之法。之后，便可正式进入仪轨的念诵、观想之中：
啊
此处啊字表示无生大空性之义。观修一切仪轨，都要在大空性的前提下进行，此处亦是安住于无生大空性中观想金刚萨埵念诵百字明。即是当知本尊之身及咒语现而无自性，无有实体，其之体性悉皆安住于大空性中，于大空性中无实而显现。
于自梵顶莲花月垫上
观想于自己凡庸身体之梵顶一箭许的正上方虚空中，有一个百千花瓣聚成的贤妙白莲花，花上有一犹如十五满月之垫，垫上有与法界智慧无别之白色种子“吽”字，刹那变成本体为根本上师、形相为金刚萨埵之圣尊。
吉祥金刚萨埵皎月色
吉祥上师金刚萨埵之身体，犹如亿日照耀下的雪山，或如皎洁的月色，亦如无垢之水晶宝瓶一般，内外清澈透明，无有丝毫垢染。
执持铃杵双运白慢母
上师金刚萨埵形象为一面二臂，左手执持表示现空
之铃，放于左腰际，右手执持表示明空之五股金刚杵，放于胸口前，为表示究竟显空双运之法界体性而拥抱白慢母。然而，此处亦可不观想双运像，而以天杖代替白慢母，观天杖倚于金刚萨埵之左侧，或者也可以直接观想单身金刚萨埵。由于初学无法理解双运像的甚深含义，不了知显空双运、智慧方便双运之甚深之理，为避免不清净之观想而造业，故于此处法王特开许初学可以不按仪轨观想双运像。
圆满报饰金刚跏趺坐
其本尊之身是以十三种圆满报身之服饰庄严，即：五佛冠、肩披、飘带、裙子、腰带为绫罗五衣；头饰、耳环、项链、臂钏、璎珞、手镯、指环、足镯为珍宝八饰。以双足金刚跏趺而安坐。
心月百字旋绕于字
于上师金刚萨埵之心间，观想一个大小如芥子压平般的月轮，其轮上有一百个竖立之咒字旋绕于月轮中间宛如毛发所画一样白色竖立之吽字，咒轮上每个字互不抵触，右绕三圈整齐排列。
降下甘露清净诸罪障
行者虔诚念诵咒语前，观想月轮上的百字中，犹如
火融鲜白冻奶一般，滴滴甘乳源源不断，无勤地降下大悲、智慧之甘露，冥思自身体内的一切疾病变成臭烂脓血之形象，诸种魔障变成蜘蛛、青蛙、鱼蛇等形象，一切罪障变成烟汁、墨汁、灰、烟、云、红蓝汽之形态，本尊体内降下的甘露，如山洪瀑布之水，把一切疾病、魔障、业障如冲洗尘土一样从大小便道及周身毛孔一一排出体外，流入身前开裂的大地底端，以死主为主的一切怨亲债主的手口之中，令其饱满，心生欢喜，发菩提心，而各回本处。如是明观，清净我及众生之诸种罪障。
以具足四力，观想降下甘露而净除。并诵百字明：
嗡班扎l萨埵萨玛雅、嘛努巴拉雅、班扎l萨埵底诺巴、底叉知桌美巴哇、苏埵卡约美巴哇、苏波卡约美巴哇、阿努埵美巴哇、萨哇斯德玛美扎雅匝、萨r哇嘎r、嘛色匝美、则当协r央格热吽、哈哈哈哈吙、班嘎万、萨r哇达他嘎达、班扎r嘛麦母杂、班扎r巴哇、嘛哈萨玛雅萨埵啊。
在本修法之中，依靠忏悔仪轨之作用力，可圆满净除一切过患业障，不仅祈祷修持了金刚萨埵，还圆满祈祷修持了上师本尊空行及一切佛菩萨等。从形相上看，行者只是观修身像、念诵咒语，但实际意义上，金刚萨埵有身语意或法报化三身，其身与语乃法身智慧之幻化，因此于观修身像、念诵咒语之同时，亦能把自己的分别心逐渐消融入于金刚萨埵之意金刚中。尤其以具足四力，观想降下甘露而净除罪障，并诵百字明咒语等，为本修法中能与上师金刚萨埵结上殊胜法缘，遣除一切自他罪障，加持自续速生信心等具有殊胜缘起之窍诀修法，彼之观修极为关要，不可省略，特别是具足四力之修法，不能缺少。
具足四力之方法即：一、依止力：观想自己过去、现在所造的一切知道不知道的大、小等诸不善业，今天全心全意依止上师金刚萨埵，猛厉虔诚地祈求加持，诚求清净罪障；二、破恶力：自己在上师本尊前，对往昔所造的一切恶业，从内心深处真诚地生起极大的悔恨之心，好象刚吃了剧毒欲马上消毒补救一般，于上师金刚萨埵前发露忏悔；三、恢复力：行者发露忏悔后，内心应无伪立誓：从今以后，纵遇命难，我也再不重造如此恶业；四、现行对治力：即边念百字明，边观想降下甘露，以此为缘起净除自己与一切众生之罪障。并于一切时处，一切威仪中，以闻思、经行、转绕、布施、持戒等为对治力，尤其于一切对治力中，发起无伪愿行菩提心及安住空性二者极其重要，如《入行论》“菩提心如劫末火，刹那能毁诸众罪”说明了菩提心具有巨大的忏罪功能。华智仁波切也说：“如果相续中生起了无伪的菩提心，则往昔所造之一切罪业自然清净。”一切诸法，于实相中本来无生，罪障之本性也是如此，是故若对罪障本自清净之理生起定解，并安住此中数数修习，因契合法界本性故，往昔所造极重业障便可极快得以消除。所以，如果我们修现行对治力时能不离此二种殊胜修法，则净除一切现行罪业决非难事。
三、后行忏悔
后行者：
怙主！ 我以愚昧无知故
于三昧耶有缺犯
怙主上师祈救护
亦即主尊金刚持
具足大悲体性者
众生主尊我皈依
在依止四力，观修降下甘露，并诵百字明之后，观想自身三脉四轮充满白色甘露，清净了一切三门之罪障业习，自心自然生起四喜智慧，身心处于无漏大乐之中。修后行者时，猛厉呼唤“怙主！”一声，表示迫切、急切地寻求依怙。继之向其祈祷陈白：我从无始以来，以愚昧无知的缘故，于密乘三昧耶及别解脱戒律、菩萨学处有诸多之缺犯，此时唯有唯一的怙主上师金刚萨埵您才能救护我不感受恶业之轮回苦报，是故我不寻求其他的依怙，只有一心祈求上师您慈悲救护我这个恶业众生，因为您亦即是主尊金刚持，是具足大悲体性之圣者，永远不舍离一切罪苦的众生，所以在众生的主尊三根本三宝之总集上师金刚萨埵前，我发誓宁舍生命而不舍上师，真实不虚地恭敬皈依。如此作真诚的皈依后，再次祈祷陈白：
我与一切有情，
身语意失坏之根本支分誓言，
悉皆发露忏悔。
业障、罪堕、种种垢染，
悉为清净而作祈祷。
如是祈祷后，
金刚萨埵亲谕：
“善男子，汝失坏之一切誓言，皆已清净。”
说后融入自身，
观想自己与一切有情皆成金刚萨埵身，
并诵六字心咒：
嗡巴扎l萨埵吽
彼义即：我与一切有情，由于在轮回中熏染的时间太长，早已熟悉了造作恶业的方法，以至过去、现在身语意失坏之根本支分誓言之罪障多得难以计数，不将之清净必堕恶趣无疑，因此我现在于上师您面前悉皆发露忏悔，祈愿您加持令我及一切众生身口意所造的一切轻重业障，其中包括破犯别解脱、菩提心、三昧耶戒律的根本支分罪堕，以及十恶、五无间、谤法等种种自性罪，蒙蔽我等众生光明觉性的深厚垢染，悉皆转为清净本性而作真诚祈祷。作如是祈祷后，观想上师金刚萨埵，以慈悲之目看着我，用非常柔和使人难忘之语，安慰我心而亲谕：“善男子，以你虔诚祈祷之心，以及我无始劫来所发誓愿和合所产生的巨大能力，已将汝失坏之一切誓言等过患完全消尽，如今你的身口意皆已成为清净自性。”说后上师金刚萨埵化为光明融入于自己的身体，彼时观想自己与一切有情皆成上师金刚萨埵之无垢清净妙身，并同时念诵六字心咒嗡巴扎l萨埵吽。
在诵心咒时，观想心间小如压扁芥子般之月轮上，中央为蓝色“吽”字，朝前为白色“嗡”字，右方为黄“班扎l”，后方为红“萨”字，左方为绿“埵”字，竖立围绕，字朝外向，放出无量五色光网，上供诸佛，又全部化为加持与悉地回收入自身，并明观放光普照一切有情，悉令净除一切业障，成就无二圆满之佛陀果位。
四、回向发愿
最后回向者：
我今速以此善根
成就金刚萨埵尊
令诸众生无一余
悉皆安置于此地
发愿者：
我与一切诸有情
失坏誓言皆令净
从今乃至菩提间
三昧耶戒愿清净
同前尽力念诵心咒已，收座时观想情器世界化为光相融入自身，自身亦从边沿次第化光相融，入于心间嗡（<；）字中，又嗡融入班扎l（2#），班扎l融入萨（？），萨融入埵（<；），埵融入吽（>；）字的雅布杰（
），雅布杰融入短啊（：），短啊融入哈（@），哈融入日月明点（ ），此又次第融入那达（
），最后那达也如彩虹消于虚空般消失了，如此住于离戏之境界中，稍许入定放松。生起分别念时出定，最后应作回向，其者意义为：我今天修习了金刚萨埵法，愿急速以此善根，成就上师金刚萨埵尊，令无始生死中当过我母亲之一切大恩诸众生无有一个剩余悉皆安置于此金刚萨埵之佛地果位。次之，又于上师金刚萨埵前发愿，其者即是：我与一切诸有情，在今生所造之罪，往昔所造之罪，凡是失坏誓言及一切戒律学处者，皆令忏悔清净，内心无伪立誓，从今乃至得证菩提成就佛果之间，诚心祈祷上师金刚萨埵加持我及一切众生之三昧耶戒及一切戒律悉愿清净，住解脱地。
第四引导观诵金刚萨埵之修法竟
如是精勤观修念诵百字明至少十万遍，如经续论典中所讲生起净罪之相有外内两种，其中外相是自己修忏罪法期间精神饱满，心生欢喜，神志清爽，或数数梦见（未修忏罪法期间，偶尔有以下梦境，不一定是罪净之相。）自己澡浴、吐黑水蛇蝎恶食、痛饮甘露牛奶、身穿白衣、飞行空中、登上雪山、见升日月、转绕晶塔、见比丘比丘尼之僧众听闻佛法等瑞相；内相是通过修忏罪法后，烦恼日渐轻薄，信心、大悲心、出离心等明显增长。此法修圆满后，可修持使自相续生起证悟智慧之上师瑜伽法。
第五引导 上师瑜伽之修法
修此引导时，前行皈依发心等如前，正行修持时，串修一遍前前引导之内涵，次依本仪轨之次第如法祈祷观修念诵，每天必须规定上师心咒的念诵数量，按质按量地完成，不能懈怠，后行结座时，以行愿品等回向善根，并于一切威仪之时，都摄六根、正知而行、饮食知量、精勤觉寤瑜伽，如是以三殊胜而专一修习也。
上师瑜伽者：
上师乃无上无比之导师，三界众生之依怙，现世的真实佛陀。瑜伽者即相应义。总集三宝、三身、三根本的上师，何人修上师相应法，何人的自相续中就一定能生起证悟智慧。其最究竟方便求得加持之法，即是唯�