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孙文自欧洲来到东京，囊空如洗，一文莫名，所有日常生活开支，概由同盟会同志捐献供应。而今孙文得自日本当局馈赠一万五千元，以自动离境为交换条件，事前事后，本会毫不知情。孙文如此见利忘义，不自珍惜志节，不愤发艰苦卓绝情操，接受了污染渗透的赠与，使本会大公无私的号召力，蒙受毁损的阴影，殊感莫大遗恨！为挽救本会开创之士气与信赖，拟请孙文引咎辞卸本会总理职。
黄兴此时正推行“革命者回归祖国”的方案，百事猬集，颇感力不从心，眼下又添“倒孙风潮”，更觉形势咄咄逼人。但他在关键时刻头脑冷静，顾全大局，坚决维护孙中山的领袖地位，表示自己绝对不当总理，并且对章太炎、陶成章多方劝解道：
如今革命风潮笼罩全国，清廷暴虐，变本加厉，万事莫如伐罪急、建国急，两公如求革命成功，万望对孙总理释除误会而信任之。
他还洞察幽微，分析了日本政府的用意后说，日本人见中国同盟会发展壮大，如受当头棒喝；日本政府希望窳败积弱的满清王朝继续腐败，好从中受益，不愿革命者取代政权。日本这次驱逐孙中山出境，一反常态地馈赠程仪，完全违反外交惯例，是否别有居心，是否包藏祸心，以糖衣毒药为饵，欲引发同盟会的内讧，使之自行瓦解？诸位当有所警惕。黄兴好说歹说，总算平息了众人的愤怒，化解了各方的矛盾。
刘师培与日本浪人北一辉、和田三郎结为至交，在“倒孙风潮”期间扮演着极不光彩的角色。他们阴谋刺杀孙中山，幸而未能得逞。刘师培迁怒于拥护孙中山、反对集会表决的同盟会总干事刘揆一，于是唆使和田三郎和北一辉在僻静的小巷对刘揆一拳脚相加。要不是警察闻声制止，此回只恐怕会出人命。
“倒孙风潮”终告平息，同盟会的内讧却造成了无法弥合的裂痕，两位革命党的泰山北斗孙中山与章太炎由同仇敌忾的战友一变而为不共戴天的冤家对头。尔后两三年间，章太炎纠缠不休，撰文多番攻击孙中山，诋毁孙中山是“背本忘初”的“小人”；孙中山素具雅量，也受不住他这般不依不饶的缠斗，终于大动肝火，痛詈章太炎是“丧心病狂”的“陋儒”。双方谩骂之际，已失去必要的理智。而刘师培对孙中山的反感更激化为鄙夷和仇恨。他的心理变化，用陶成章的话来概括，则是：“因见孙文受外贿，心轻之。寻又以与会中办事争权，大恨党人。”刘师培本人也将自己脱离革命阵营的缘由归结为“失望”二字。他说：“东渡以后，察其隐情，遂大悟往日革命之非。”所谓“隐情”即指革命党人在公生活与私生活两方面的缺失。
革命追求的是功利，而功利的死敌便是书生气，难怪说“秀才造反十年不成”。孙中山收取“外贿”，派上军事用场，是出于功利的考虑，可说是为达目的，不计手段，而章太炎、刘师培以书生气十足的道德观去揣度对方的心思，自然是风马牛不相及，出现谬以千里的偏差。当年，同盟会领导成员动若参商，彼此之间缺乏必要的沟通，因此龃龉不少，误会多多。价值观念的迥然不同最终使他们自成壁垒，走向了对立面，这是没有办法的事情。章太炎、刘师培都缺乏通观全局的眼光和包容万有的胸怀，他们斤斤计较于某些细节和“大节”，最终对孙中山、对革命党产生厌憎情绪。他们是狂热书生，不同于纯粹的革命家。他们可以退回书斋，从事学术研究，脱离革命阵营并不意味着一事无成，这是他们心理上的最后一道防线。后来，章太炎心灰意冷，吵着嚷着要遁入空门，去印度学佛，刘师培悲观失望，受妻子何震的鼓捣，受姻亲汪公权的撺掇，完全滑向清廷的怀抱，甘当叛徒，以谋取荣华富贵。
其实，刘师培与章太炎的交恶客观上也加快了刘师培思想的转向。1908年初，章太炎与刘师培夫妇合租一处房屋，同住的还有何震的表弟汪公权。何震是有名的交际花，刘师培不善应酬，于是何震常与表弟出双入对。章太炎察觉二人关系暧昧，便私底下告诉刘师培，要他多留一点神，别让汪公权与何震弄出丑闻来，影响自己的声誉。刘师培的母亲非但不信，反过来大骂章太炎不安好心，挑拨离间。1908年5月24日，刘师培窃得章太炎的一枚私章，伪造《炳麟启事》，刊登在上海的《神州日报》上，其词为：“世风卑靡，营利竞巧，立宪革命，两难成就。遗弃世事，不撄尘网，固夙志所存也。近有假鄙名登报或结会者，均是子虚。嗣后闭门却扫，研精释典，不日即延请高僧剃度，超出凡尘，无论新故诸友，如以此事见问者，概行谢绝。特此昭告，并希谅察。”大意是章太炎对革命已失去信心，打算从此不理世事，专研佛学。章太炎得知此事后非常气愤，他在同年6月10日的《民报》上刊登《特别广告》，斥责《神州日报》捏造事实，诟骂刘氏夫妇是清廷密探。这样，他们的关系彻底闹僵，友情随之破裂。不久，便发生了“毒茶案”，即有人在茶中下毒，谋害章太炎。事情败露后，调查结果出来，是汪公权下的黑手，舆论一片哗然，刘师培夫妇陷入四面楚歌的尴尬处境。在此期间，日本政府应清政府的要求，查禁《民报》等报刊，《天义报》也未能幸免。刘师培回国后，对章太炎怨恨难消，他把章太炎要自己与两江总督端方联系筹款以作远赴印度游资的五封书信影印寄给同盟会领导人黄兴，揭发章太炎的“阴私”，说什么章氏曾答应两江总督端方，只要拨给二万元，便可舍弃革命宣传，去印度出家。刘师培在背后捅上这样一刀，以章太炎的火烈性子，昔日的友情自然是扫地以尽。刘师培此举更加深并加速了同盟会内部的分化，可谓亲者痛而仇者快，他在革命阵营中彻底失去了立足之地。
刘师培“外惧党人，内惧艳妻”。1907年底，由何震出面联络，他作《上端方书》，表示今后“欲以弭乱为己任，稍为朝廷效力，兼以酬明公之恩”，并献“弭乱之策”十条，甘愿变节，充当清廷暗探，踏上了背叛革命的不归路。1909年，刘师培夫妇在上海诱捕革命党人陶成章未遂，又将浙江起义的机密出卖给端方，致使革命机关天宝栈遭到破坏，金华龙华会魁首张恭被捕入狱。浙江志士王金发忍无可忍，决定锄奸，他挟枪闯入刘师培的寓所，刘氏跪地求饶，答应离开上海，保证竭力营救张恭，这才侥幸捡回一条性命。1909年夏，王金发在上海击毙了汪公权。受此惊吓之后，刘师培不知悛悔，反而公开入幕，为端方考订金石，兼任两江师范学堂教习。又拜徐绍桢为师，研究天文历法。端方调任直隶总督，刘师培紧紧追随，担任直隶督辕文案、学部谘议官等职。1911年，端方前往四川，出任川汉铁路大臣，派兵残酷镇压保路运动，在资州（今四川资中）被哗变的新军击杀。刘师培陷入樊笼，遂成惊弓之鸟。
此时，章太炎第一个站出来，尽弃往日嫌隙，顾念刘师培学问精湛，人才难得，作《宣言》，为他争取一线生机，其大旨为：“昔人曾云，明成祖‘城下之日，弗杀方孝儒，杀之，读书种子绝矣’。……今者文化凌迟，宿学凋丧，一二通博之材如刘光汉辈，虽负小疵，不应深论。若拘执党见，思复前仇，杀一人无益于中国，而文学自此扫地，使禹域沦为夷裔者，谁之责耶？”这篇《宣言》硬是将刘师培从鬼门关活生生地又拉了回来。
及至民国新肇，刘师培罪不容诛，陈独秀（时任安徽都督府秘书长）等老革命党人不念旧恶，多方营救，希望政府网开一面，让刘师培戴罪立功，以期对文化事业多有裨补。为此，陈独秀冒党人之大不韪，上书大总统，请求特赦刘光汉（师培）：
大总统钧鉴：仪征刘光汉累世传经。髫年岐嶷，热血喷溢，鼓吹文明，早从事于爱国学校、《警钟日报》、《民报》等处，青年学子读其所著书报，多为感动。今共和事业得以不日观成者，光汉未始无尺寸功，特惜神经过敏，毅力不坚，被诱佥任，坠节末路，今闻留系资州，行将议罚，论其终始，实乖大法，衡其功罪，或可相偿，可否恳请赐予矜全，曲为宽宥，当玄黄再造之日，延读书种子之传，俾光汉得以余生著书赎罪。……谨此布闻，伏待后命。
陈独秀历数故友功绩，以“神经过敏”为开脱，以“延读书种子之传”为保全，刘师培果然得到宽宥，获释入川，任成都国学院副院长，讲授《左传》、《说文解字》，并与谢无量、廖季平、吴虞等人发起成立“四川国学会”。
1913年6月，刘师培夫妇前往山西，担任友人南桂馨的家庭教师。后由南氏介绍，刘师培投靠阎锡山，任高等顾问。阎锡山赏识刘师培的学问，将他推荐给袁世凯。作为筹安会“六君子”之一，刘师培鼓吹帝制，不遗余力，作《君政复古论》、《联邦驳议》等“雄文”，辞采渊懿，出尽风头。但他此举也被时人讥为仿效扬雄歌颂王莽的剧秦美新。在洪宪王朝的独幕丑剧中刘师培担任参政员，被策封为上大夫，享受过极其短暂的荣华富贵。洪宪王朝垮台后，刘师培原本在北京政府所拟的通缉名单内，由于李经羲作保，他和严复被剔出了名单。因此，刘师培在北京待不住，只好蛰居天津租界，贫病交加，惶惶不可终日。
1917年，蔡元培执掌北京大学，实行“兼容并包”的办学方针，并力排众议，聘请刘师培为中国文学门教授，讲授中古文学、《左传》、《三礼》、《尚书》和训诂学。初入北大，刘师培才三十三岁，病怏怏的了无生气。陈独秀是文科学长，是刘师培的顶头上师，陈内心虽然鄙薄刘的为人，但对他的学问相当佩服，所以对刘多有关照，刮风下雨照例准假。刘师培书法拙劣，且有手颤的毛病，在讲堂上从来都是只讲不写。一次，陈独秀前往听课，刘师培仍是一如既往，一堂课下来，只在黑板上写了一个“日”字，圆圈中间加一点。对此，陈独秀一笑置之。
从1917年开始，陈独秀以北大为营盘，以《新青年》为阵地，扛起新文化运动的大旗，力倡科学和民主，为赛先生和德先生杀开一条血路。刘师培再次逆时代潮流而动，跳将出来与陈独秀和胡适对垒。他与黄侃、朱希祖、马叙伦、梁漱溟等成立“国故月刊社”，作为国粹派的主将，欲与新文化运动相抗衡。胡适提倡白话文学，刘师培嗤之以鼻。此时刘师培已经病入膏肓，深感力不从心，算是垂死一搏，赢得的却是螳臂挡车的讥诮。1919年3月，林纾攻讦陈独秀等“新派”人物，以“旧派”刘师培等人为声援，刘氏则又胆小变卦，发表公开声明，否认自己与林纾为伍，与“新派”为敌：“鄙人虽主大学讲席，然抱疾岁余，闭关谢客，于敝校教员素鲜接洽，安有结合之事？又《国故月刊》由文科学员发起，虽以保存国粹为宗旨，亦非与《新潮》诸杂志互相争辩也。”刘氏的观念似乎是新旧文化各美其美，并行不悖。他发表声明，其实是一种策略，为的是不变成“新派”的箭垛，以免臭哄哄的旧账被再度翻出。
1919年11月20日，刘师培因肺结核病逝于北京，年仅三十六岁。咽气前，他派人把黄侃叫至病榻前，吃力地嘱托道：“我一生应当论学而不问政，只因早年一念之差，误了先人清德，而今悔之已晚。”说罢，清泪涟涟。他希望黄侃能继承他的学术，并发扬光大，传诸后世。
刘师培与何震生有一女，此前已不幸夭折，膝下荒凉，身后极为萧条。何震受到刺激，精神失常，不久即发狂而死。陈独秀在丧礼上致悼词，总结刘师培一生功过，在场师生无不为之唏嘘。陈独秀最后引用康有为的诗句“曲径危桥都历遍，出来依旧一吟身”作为结束，表达了无尽的惋惜之情。
民国之后，革命既成，往事已为陈迹，当年听闻刘氏变节而颇致诋毁的党人并未秋后算账，章太炎表现出君子休休有容的大度，仍旧称赞刘师培“学问渊深，通知今古”，是“国学精湛之士”，欲“保持绝学”，则须爱惜其人。刘师培饮誉杏坛，在学界大有身价。昔日环境恶劣，他潦倒不堪，为宵小所误，乃恬然下水，一失足成千古恨，被人视作“扬雄、华歆之流亚”，徒然令人慨叹：“卿本佳人，奈何作贼！”
蔡元培在致吴稚晖的信中分析过刘师培中途颠踬堕落的原因，称刘氏“确是老实，确是书呆”，一身兼具三种性质——好胜、多疑、好用权术，三者皆为“老实人之累”。刘氏长期患有“内热症”，狷急近利，不能忘情爵秩，如此“老实的书呆子”就“未免好用其所短”，最终依从劣根性，以失节为收场。饶有意味的是，蔡元培先生宅心仁厚，甚至推测刘师培有可能想做“徐锡麟第二”，因为徐锡麟为谋刺安徽巡抚恩铭，不惜与之结为“刎颈之交”，以取得其信任。刘师培会不会也有此初衷，隐而未发？蔡元培作这样的推测，显然是高估了刘师培，尽管刘师培改名刘光汉，他身上又哪有“光汉子”徐锡麟杀身成仁、舍生取义的血性？他只是孱弱书生，与心雄万夫、视死如归的烈士毫不沾边。
杨向奎在《清儒学案新编》中认为，刘氏中途变节，由排满反清而投靠端方，乃是由于文人之间的意气之争，他与章太炎发生龃龉，“大半来自学术”，刘氏“少年气盛，在学术上不肯让人，而太炎自视甚高，目无余子已久，两人相遇，不肯相下，宵小于其间易于为功，于是龃龉生，而申叔走”。这种说法失之简单，值得商榷。章太炎固然自视甚高，但并非目无余子，他在政治方面极推重宋教仁、陶成章，在革命方面，极推重黄兴，在学术方面也极推重刘师�