939年3月8日，又有人要竺可桢填国民党入党书，他再次拒绝了，称“但以作大学校长，即须入党，实非办法也”。到1940年前后，竺可桢成了惟一不是国民党员的大学校长。1940年8月，竺可桢居然不顾压力，邀请不是国民党员的费巩出任浙大训导长，而当时国民党当局规定这一职务必须是党员才能担任。以后他虽被迫填写过入国民党志愿书，甚至缺席被选为中央委员，但从未付过党费，也未参加过该党的会议。他在日记中表示：“余对国民党并不反对，但对于入党事极不热心，对于国民党各项行动只有厌恶憎恨而已。……近来党中人处处效法德国纳粹，尤为余所深恶而痛绝。”1948年10月4日，竺可桢在日记中大骂宋子文祸国殃民，认为宋之罪“贪污犹其次，而刚愎自用、不学无术，罪为尤大也”。11月2日，他谴责金圆券吃人，“因此遂无人敢信任政府矣。……如此政府安得不失败哉！”竺可桢曾在日记中说，如果孔祥熙能明正典刑，“则可大快人心耳！”所以抗战胜利后，陈布雷、陈雪屏几次来信要竺可桢重新登记为国民党员，他都复信拒绝了。
直到1949年离开浙大，竺可桢在十三年中都坚持超越于党派纷争之外，完全以一个独立知识分子的面目办大学。他公开主张，“大学是超政治的，三青团不应进入大学”，“大学中不应再有党部，即青年团亦只能作为一种服务团体，如青年会然。学生对于政党信仰完全自由，但不应作政治活动”。有一次，竺可桢曾索看过三青团浙大区团部的报告，“其中三次说及学校环境不适于青年团”。这绝不是偶然的。他认为：“学校之内，毋望有党派之纠葛情事。曾见若干学校，大部时日，浪抛于‘摩擦’之一途，斯诚堪为痛心。以是深冀在教授间无留美、留英之别，在同学间勿执着同乡观念，更毋有‘左’派‘右’派之分。求学时期，固应以全力从事于学术上之研究也。”1948年7月5日，他进一步说：“目前苏联供给我们以马列主义，美国供给我以白米面包，但吾人而有知，应该有独立之思想，不能人云亦云，食人唾余更属可鄙。”
1948年8月8日，竺可桢和浙江省主席陈仪谈及大学思想，认为“办大学的方针以开导为主”。对竺可桢的选择，国民党当局当然不满，一方面他们一再想拉竺可桢去台湾，一方面却又将他与许多有骨气、有人格的知识分子一同列入“和平分子”的黑名单（1949年4月15日，竺可桢的朋友周普文告诉他，周曾见到过特务人员的两张黑名单，一张是“反动分子”，一张是“和平分子”，很多知识界朋友都榜上有名，竺可桢也名列其中）。同时，左翼学生也对竺可桢不是一边倒的选择不满，1949年5月他们曾在浙大校内的壁报指责他：“受英美教育之毒，做事不彻底，不能对恶势力争斗，只剩了些科学救国空谈。竺对于旧的固然厌恶，对于新的心存怀疑。但民主与反民主不容有中间［道］路的，而竺某偏偏走了中间毁灭之路云云。”
三
1948年6月12日，竺可桢对学生谈话说：“余认为大学应以教授为重，主张教授治校乃是余十二年来之一贯政策。”早在1936年4月25日，他到浙大上任之初就在演讲中提出：“教授是大学的灵魂，一个大学学风的优劣，全视教授人选为转移。假使大学里有许多教授，以研究学问为毕生事业，以培育后进为无上职责，自然会养成良好的学风，不断的培植出来博学敦行的学者。”他深知：“不过要荟萃一群好教授，不是短时期内所能办到，而必须相当的岁月，尤须学校有安定的环境。因为教授在校有相当的年份，方能渐渐实现其研究计划，发挥其教育效能。而且对学校感情日增，甚至到终生不愿离开的程度，这才对学术教育能有较大的贡献。”
竺可桢把教授人选、图书仪器等设备和校舍建筑看作办学的三要素，其中称教授人选是第一位的、至为关键的。谈家桢1937年在美国获得博士学位后回国，因为他出身于教会办的东吴大学，想进国立大学在那个时代不是一件容易的事。经由胡刚复推荐后，二十八岁的他竟收到了竺可桢寄来的浙大聘书，被聘为每月薪金三百元的生物系正教授。多年后，已是成就斐然的谈家桢感叹：“竺先生是‘任人唯才’，而是不讲派系的。所以，他把我这样一个‘外来人’也聘进了。后来，我还听说，沪江大学出身的涂长望教授和燕京大学来的谭其骧教授，也都由他聘来浙大，并且都得到重用。可见他聘用教会学校出身的教授，并非仅我一人。”与竺可桢共事十三年的苏步青也说：“竺先生是最爱惜人才的。只要有好教师，他总是毫不犹豫立刻聘请，而且是千方百计地去聘请。所以许多有才干的教授都肯来浙大任教了。”
此前因抗议郭任远的做法而辞职离开学校的物理学家张绍忠、何增禄、束星北等都被他一一请回来了。其中束星北因为“个性太强”、曾当面冲撞过蒋介石，许多人对请回他有所顾虑，竺可桢却不顾这一切，照样聘为物理系副教授，并很快升为教授。
竺可桢爱才如命，唯才是举。他初来浙大，带来了一批原来在东南大学工作时的同事、学生，担任教授或重要职务，如胡刚复、王琎、梅光迪、张其昀等。外界虽有所非议，但是这些人确有真才实学，为浙大增添了力量。
对于聘教师，他有自己独到的看法，并非只看重名气。1948年2月14日，浙大哲学系请到了六十多岁的哲学家熊十力。竺可桢认为熊对于国学、哲学虽造诣很深，“但对于学校能有多少贡献大是问题”。他说：“要发展一个大学，最要紧的是能物色前途有望的青年。网罗龙钟不堪之过去人物，直是养老院而已。”6月1日，当他得知熊仍领北大薪水时说：“余数言此辈老先生之来，徒事装饰品，不能于学校有点滴之利益，因目前学生对于旧文学等均敝屣视之；哲学系尤应向新途径走，不能徒慕虚名也。”
浙大学生谢觉民在追忆中说，竺可桢以人品、学识和诚恳的态度请到了一批品学兼优的好教授，“他们有品格，有学问，但有时不免也有脾气”。牛津出身的费巩“最会骂人，在教务会议上，他公开指摘竺师，说：‘我们的竺校长是学气象的，只会看天，不会看人。’意思是他习政治的，有知人之明。竺师也只是含笑不语，可见他的容人之量。”（从费巩日记可以看出他一度对竺可桢很不满，但竺可桢照样请无党派的他当训导长，在他出事后照样全力营救）竺可桢处处以身作则的品格、包容的气度，终能容下那些有才、有学、有德的知识分子。所以，1948年评出的第一届中央研究院院士中，浙大教授就有四人，仅次于北大、清华。谈家桢一再说，近代高等教育史上办大学而成功的校长只有蔡元培和竺可桢两个人，“他们两人都具有许多优点，都是胸襟开阔，气度宏伟，都能打破各种思想和学术派系的束缚而广罗人才，充分发挥各种学术思想和发展各个学术领域”。
在竺可桢十三年大学校长生涯中，心理学教授黄翼，文学院院长梅光迪，教务长、物理学家张绍忠，历史学教授张荫麟等病故，他都关怀备至、悲痛毕露。黄翼去世后，1944年11月26日他认黄之子黄章恺为义子，赠以红玉一块、银笔杆一枝。梅光迪生病后，他不断前往探视，其中多次专门约医生李天助一起去看望。1945年12月27日梅死于贵阳，他于29日专程赴丧。黄、梅、张等先后病故使竺可桢受到很大刺激，以致于流泪，每次他都说：“浙大失去一个良师，国家失去一个人才。”而且总是亲自主持追悼会，尽力照顾家属。1947年7月28日张绍忠去世，8月6日他提议在图书馆挂黄、梅、张、朱四人像。1948年10月18日是黄翼去世四周年纪念，他约黄翼太太去凤凰山墓前致祭，再到张绍忠坟地上凭吊。
竺可桢长期以来对教师的关心，更是让不少教授永生难忘。苏步青的回忆就是一个证明。1947年2月20日，远在英国的他写信给苏步青、卢嘉锡等称：“惟沪杭一带物价日高，而薪俸菲薄，不足以维持生活，弟虽远在海外，无日不在怀念之中。虽前月政府曾有调整，但近顷美金波动，影响物价甚大，杯水车薪无济于事。且沪杭密迩，而生活程度亦相差不远，但公交人员待遇又相差甚巨。”他表示已写信给朱家骅请其从速在行政院会议上提出，“将杭州待遇改成与京沪一律”，给教职员配发公粮。这封信在3月17日的《国立浙江大学校刊》发表时，信前加上了“竺校长关怀员工生活建议教育部配发联总食粮——竺校长致苏教授等书”的标题。10月13日，他为“教职员经济状况已到山穷水尽时期”而忧虑，一回国即不停地奔走在南京、杭州之间，催要经费。1948年4月1日，他在《大学教育与民主》的演讲中说：“所可虑者，教职员同人待遇菲薄，尤其人口多者，入不敷出，不能维持生活，不得不写文稿甚至兼旁的职务来过活。薪水最高的教授，一月所得以购买力来计算，仅仅抵到战前三十元之数，这如何能使人安心教课与研究？”
到了1949年，在风雨飘摇的最后几个月，竺可桢更是成了一架要款机器，不断地给教育部、行政院发电、写信，不停地奔波于上海、南京和杭州之间，叩开包括代总统李宗仁在内的国民党政要之门，整天为师生的柴米油盐而忧心忡忡。
这是竺可桢来到浙大的第十三个年头。竺可桢迎来了六十岁生日，真心爱戴他的浙大师生要为他庆祝生日。竺可桢于2月1日刊出《启事》：“现值海内鼎沸，同室操戈，民生凋敝，已至极点。学校经费拮据，赖举债以度日，同人月所入不足以温饱，同学赖公费以维持菜根淡饭，以致老弱者疾病丛生，死亡相继；幼壮者营养缺乏，发育堪虞。值此时际，马齿加长，徒增悲悯，尚何庆祝之足云。”
身为大学校长，竺可桢本人历来生活很简朴，身无长物，乃至朝不保夕。1941年，遵义物价飞涨，一日三变，他从衣箱中翻出上海华安人寿保险公司已经期满的单据，一共两千元，不过能买几担米，“一生积蓄仅此而已，岂他人所能信哉”。1948年2月1日，他在日记中记载到：“今日薪水未发，一月份钱早已用光。允敏说无钱买菜，真是巧妇难为无米之炊。适读富兰克林自传，内有致富之道，言极扼要，因急译出，以饷无钱买米的同人。”在西迁途中的1938年，竺可桢的儿子、妻子相继病故，他强忍着巨大的痛苦，始终把学校的安危放在第一位。竺可桢在1948年6月1日的日记中说：“因余从未向学校领私人应用之物品。惟草纸一项余个人所用者由学校供给，嗣后余亦当停止使用。允敏并当面告知，谓私人决不要公家之物来用。余意以后凭余开条签名取物。”
竺可桢多次标榜浙大教授的治校精神，认为浙大校风是万事公开，实事求是，师生合作。1945年9月17日，竺可桢在演讲《战后国家与学校诸问题》时说：“今后大学应行教授治校制，以符合民主之潮流。”教授治校主要体现为全体教员每年举行一次教授代表选举，被选举者可以连选连任，参加校务会议，决定学校的大政方针。这种工作作风即使烽火连天的抗战岁月也未尝中断。1940年12月1日、1941年11月27日、1942年10月13日、1943年10月4日、1944年10月31日，竺可桢日记都详细记下了选举情况。1943年2月21日，他在日记中感慨：“抗战以前，浙大教授对于校务会议漠不关心，故开会时常不能足法定人数。近来因生计关系，各觉有切肤之痛，故渐渐认为有开会之必要，而同时对于学校，亦认为与己休戚相关。此则不得不认为一种进步也。”
1947年6月18日竺可桢从欧美考察归来，在学生欢迎会上演讲说，浙大的精神体现在“求是”二字。向来以研究学术为重，校务则向由教授会主持，这是浙大的民主。本人笃信民主精义，所以一切校务，都按校务会议的决定执行。1948年当学生自治会的章程与校务会议的决议有冲突时，他于6月15日在写给王季梁的信中说：“弟十数年来素主张教授治校，大学应以校务会议为最高权威。”这年10月29日他对应届新生训话时说得很清楚：“大学宜民主，固甚彰明，惟民主有先后，当自教授始，如此可冀各安其位，爱校胜己，历十载五十载以至一生工作于斯。学生时间较短，故宜采取教授治校。”
1945年2月，浙大政治学教授费巩在重庆“失踪”，从知道消息的那天起，他就认定是“专门逮捕和囚禁政治犯的政府机构”干的，并为费巩的性命而深为担忧，为此不停地奔走于各个机构、部门。竺可桢日记中有关费巩的记载至少有七十八处之多，可谓牵肠挂肚。1942年12月10日浙大外文系讲师冯斐被捕，15日由竺可桢、梅光迪等三人具保获释。1947年7月25日，束星北来谈数学助理徐某事。竺可桢说：“徐昔年曾为共产党员，但曾悔过。增禄且来函说明，保证其不为政党活动。但余知保证并无用处耳。但校中用人，素不管党派如何耳。”
1947年12月1日“于子三事件”未了，浙江省主席沈鸿烈告诉竺可桢，治安机关称“浙大某教授及学生若干人有共党嫌疑，某教授为组织指挥人，学生可暂不捕，教授非立即逮捕不可”。受他保护的张君川后来追忆说：“我初到浙大，教过半年的俄语，遭到当局非难，幸赖竺校长保护，停课作罢。以后我因在外文系开设莎士比亚课程，为了戏剧演出实习，建立戏剧班，又在中文系下设现代文学课程，亦建立现代文学班，与戏剧班时常联合进行学术讨论。学生聚在一起，也找些进步书籍阅读。在进行讨论中，曾谈到官养活民还是民养活官的问题，从而产生为什么民养活官官压迫民等现象的学术讨论，也就产生初步的民主思想。浙大对学生运动都予支持，当局无情镇压，都受到竺校长暗中保护。费巩教授遭受迫害后，�