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沈家本感觉自己“‘惯为他人作嫁衣’，做了那么多的嫁衣，穿上嫁衣的人早就‘出嫁’了，自己蜚声在外，却仍然身处司员，像拉磨老驴，围着身边的案牍转，‘前尘似漆渺难知’，委屈、悲凉之感流于言表”〔8〕。看得出年过半百的沈家本对前途已经不抱什么希望了。然而世事难料，“山穷水尽疑无路，柳暗花明又一村”，机遇来了，第十次京察，沈家本“意外”地被列为上等。在苦熬了三十年之后，沈家本终于得到了外放天津知府的机会。
从光绪十九年（1893年）到光绪二十三年（1897年），沈家本任天津知府共三年多的时间。在任上，沈家本“治尚宽大，奸民易之，聚众哄于市，即擒斩四人”〔9〕。由此可见，尽管沈家本“治尚宽大”，但对作奸犯科之人也决不姑息，三十年的刑部生涯让他能得心应手地运用法律手段处理地方事务，平息地方骚乱。
光绪二十三年（1897年）夏，沈家本调任保定知府。就是在这期间，发生了北关教案，沈家本秉公处理，据理力争，惹恼了外国人，险些招来了杀身之祸。
沈家本就任保定知府的翌年，戊戌变法运动席卷全国。就在变法期间，慈禧太后准备发动政变，于是调西北董福祥甘军入卫京师。根据沈家本日记记载，甘军途经保定时，当时军中有两位哨管看到北关的法国教堂觉得挺希奇，想进去看看，却被教堂拒绝。他们恼羞成怒，便撒野打人，不想却被教堂的人给捆住。甘军营中兵丁知道后，纠众前往教堂，不仅毁物伤人，还将两名传教士及一工人拖入兵营中，并威胁要烧毁教堂。沈家本闻讯后立即与清苑知县一起前往现场处理，先将传教士劝回教堂，再登记教堂毁坏财物，协议支付教堂赔偿金三百两。一场风波原本就要平息，但当时的清政府慑于外国压力，闻知此事后，急派朝中大臣前往查办。外国教士见状，立时气焰嚣张，乘机百般勒索，竟提出赔偿金五万两及划清河道旧署归教堂的无理要求。查办大臣为急于表功，对无理要求竟完全应允，而清政府对这样的处理结果还甚感满意。如此处理，沈家本也只有摇头叹息。后在清河道旧署划界时，外国教士得寸进尺，还想侵占道署后面的坟庙，沈家本根据《保定府志》据理力争，外国传教士见胡闹无望才无言而退。这就为沈家本在庚子年（1900年）的遇险埋下了祸根。
十九世纪末，清朝国力衰落，军队腐败，往日骁勇善战的八旗兵沦为只知吃喝玩乐的纨绔子弟。昔日的中华帝国已成为外国列强瓜分的对象，外国教会势力更是在中国大地上大肆扩张，导致各地教案不断。处于社会底层的广大劳苦大众沿袭过去农民起义秘密结社的办法，自发组织了义和团与教会势力作斗争，揭开了轰轰烈烈的义和团运动的序幕，并很快席卷全国，极大地打击了外国侵略者。在这种形势下，加上慈禧太后对列强的不满，清朝统治者于是决定借刀杀人，公开承认义和团为义和拳，并下令清军协助义和团攻打外国列强驻华使领馆。
1900年，英、法、俄等八国以此为借口，组织联军入侵中国，镇压义和团运动。侵略军攻陷北京不久，就顺利进入保定，立即逮捕了包括沈家本在内的数名清朝官员。而北关教案中对沈家本怀恨在心的外国传教士趁机诬陷沈家本私通义和团，几致沈家本于死地。后经对质，因查无实据才免于一死。尽管死后余生，沈家本仍被侵略军关押达四个月之久，身心备受煎熬，也对外国人的“治外法权”有了切肤之痛。后经李鸿章等人多方交涉，沈家本才在1900年底脱离囚笼，恢复自由。
当时清政府的中央机构已经随着仓皇出逃的慈禧太后搬到了西安，于是出狱后的沈家本就赶往西安。途中经过了岳飞家乡汤阴，感慨于国家深重的灾难，沈家本心潮澎湃，满怀感情地写下了《过汤阴县怀岳忠武》：“精忠抱遗恨，濡笔还挥涕”，寄托了对国家灾难的深切忧虑〔10〕。
经过两个月的长途奔波，沈家本终于在1901年的2月底到达西安。国难识忠臣，朝廷先任命其为光禄寺卿，不久就改任刑部右侍郎，后又改任左侍郎。从此他开始长期主政刑部。劫后余生的沈家本重新回到刑部同事中，感慨良多，为国家也为自己，写诗以“努力勿懈怠”〔11〕自勉。
光绪二十七年，公元1901年9月7日，腐败无能的清政府和八国列强签订了丧权辱国的《辛丑条约》。天价的赔款〔12〕把中华民族拖入更加深重的灾难泥潭。在各方压力下，惊魂甫定的慈禧为了缓和矛盾，维护自己的统治，不得不把被她亲手打掉的维新变法的旗帜捡了起来，宣告要实行“新政”。为了粉饰门面，她强辩说“康逆之谈新法乃乱法也”，自己“何尝不许更新损益？”〔13〕既而又以光绪帝名义下诏罪己，并要求臣子们上书讨论变法。“而经过了戊戌年的流血，朝臣们多不敢言，观望者多，呼应者少，于是清廷再下诏书，‘变法一事，关系甚重，朝廷立意坚定，志在必行’。连篇累牍的变法文告，使人们意识到朝廷的决心，于是条陈如雪片飞向北京。”〔14〕
变法乃人心所向，势在必行。风云际会，经袁世凯、刘坤一、张之洞的联名保举，沈家本在复杂多变的形势下，开始了辉煌而又艰难的变法修律生涯。不管清政府的修律是权益之计也好，是无可奈何也好，姑且不论，但沈家本修律无疑是真诚的，是出于一个正直官员的报国强国忠君的热忱之心的。“与当时其他许多投机谋私的官僚相比，他多的是一种真诚。他匪懈匪怠，孜孜以求，锲而不舍，翻译西方法律，改革旧律，制定新律。”〔15〕没有这位学贯中西的法学家，清末法律变革绝不会取得如此多的成就〔16〕。
中华法系自战国李悝《法经》以降，在秦汉初具规模，至隋唐达到系统完美的境界，影响深远，而后在宋元明清时期又有若干发展。虽然历代王朝法典递相传习演进，但在两千多年中整体上没有实质性的变化。鸦片战争后，外国列强的入侵，社会矛盾的加剧，西方政治法律观念的涌入，这个建立在小农经济之上的古老法系开始逐步解体。变则通，通则久，沈家本所要进行的“前无古人”的改革就是要变革中华帝国古旧且不合时宜的法律，建立顺应世界潮流的文明法律制度。
沈家本认为，变法应将“我法之不善者当去之，当去而不去，是之为悖；彼法之善者当取之，当取而不取，是之为愚”〔17〕，主张兼采中西，博采众长，不可偏废。而在当时那个年代，不仅广大民众对外国法一无所知，就连大清国的那些司法官员们对外国法也知之甚少，仅有的寥寥可数的中文版外国法律著作还多出自外国人之手，而且读起来晦涩难懂。修律之初，沈家本与同为修律大臣的伍廷芳先从翻译外国良法入手，用重金广揽翻译人才翻译德、日、英、美、法等资本主义强国的民、刑、诉讼、国籍等各法，为着手修律做准备。短期内他们就翻译了多个国家的数十部法律及法学著作，而且“不但数量上大大超过前期，质量上也是前期翻译所无法比拟的”〔18〕。在积极介绍外国法的同时，沈家本还派人前往日本及欧洲各国进行考察，实地了解资本主义法律制度，并聘请外国法学家来华讲学，并实际参与法律的制定。这些活动使西方先进资本主义国家的法政学说，有系统、大规模地被介绍到中国来，极大地推动了变法修律的进行。
随着变法修律的深入开展，需要大量法律人才，但当时社会对法学教育的不重视导致法律人才极其短缺，因此，迅速培养精通中西法律的人才为修律所用就成为当务之急。沈家本、伍廷芳等人多次上奏朝廷，陈述培养法律人才的重要性和紧迫性。在获得朝廷批准后，他们积极筹备办学，终于在光绪三十二年（1906年）九月成立了中国近代第一所中央官办法律学校——京师法律学堂，短短数年就培养了众多法律人才。自京师法律学堂设立后，全国各省纷纷兴办法律学堂，如江西法政学堂、湖南速成法政学堂、湖北法政学堂、奉天法政学堂、吉林法政学堂等。这样，大量培养法律人才的同时，也促进了现代法律知识的传播及先进法律思想的变革，从此中国的法学教育步入了急速发展的全新阶段。
在沈家本等人的主持下，修律变法紧锣密鼓地进行着。1902年开始，沈家本等首先从删改清朝最基本的法典《大清律例》着手，对旧律进行改造。《大清律例》颁行于乾隆五年（1740年），实行一百多年以来，改动不大，明显已不合时宜。删改《大清律例》“首先要做的是要废除凌迟、枭首、戮尸、缘坐、刺字等酷刑，沈家本上书朝廷，‘刑法之当改重为轻’，为‘今日仁政之要务’，将死刑仅限于斩决、绞决，并减少死刑条款。带着条陈，沈家本彻夜不眠，让家人准备了一个厚厚的垫子，如果不能废除这些恶法，就一直跪下去。清廷也认同刑律与立宪关系密切，新刑律尤为宪政重要之端，于是应允”〔19〕。后又经过和保守派的争论辩驳，几个回合下来，沈家本等人终于删改取消了旧律中酷刑、缘坐、刑讯等野蛮残酷的条款，并改公开处决人犯为秘密行刑。
中西法律差异之大，并非删改几下就能从传统法制的桎梏解脱出来，这仅仅是为制定新律做铺垫而已。而要构建现代法律框架，必须另起炉灶〔20〕，因此，沈家本始终把制定新律当作重中之重。在沈家本的主持下，制定各类新法律草案的成绩是显著的。短短数年，起草的主要新法有《大清新刑律》、《大清商律草案》、《刑事民事诉讼法草案》、《法院编制法》、《违警律》、《大清监狱律草案》、《大清刑事诉讼律草案》、《大清民事诉讼律草案》和《大清民律草案》数十种之多。速度之快、效率之高、范围之广令人惊叹。沈家本领导多位中外法学家合力起草的各部门法打破了中华法系的传统体制，贯穿于其中大量民主进步思想的法律原则，实现了划时代的变化。例如：民法中的契约自由原则、私有财产所有权原则，刑法中的罪刑法定原则、罪刑相应原则，诉讼法中的公开审判原则、法庭辩论原则、证据原则以及近代法治国家的律师制度、独立审判制度、公司法制度等。
尤其值得一提的是，在重重阻力之下，中国历史上第一部具有近代意义的专门刑法典——《大清新刑律》草案终于在1907年初稿完成。《大清新刑律》打破了有两千年传统的诸法合体的编纂形式，删除了附例及与刑律无关的条文，改为“总则”、“分则”两编，取消了“十恶”罪，废除了“八议”、“减”、“请”、“官当”等维护官僚利益的特权制度，实行罪刑法定原则，改刑罚为主刑和从刑。这已经比较接近今天的刑法典了。
也正是这部《大清新刑律》极大地触动了守旧官僚的神经，受到了以张之洞、劳乃宣为首的礼教派的攻击。这便是发生在清末修律中著名的“礼法之争”。礼法两派争论的焦点在于新律如何处理“无夫奸”、“子孙违反教令”这些涉及纲常伦理的问题。以沈家本为代表的法理派认为，纲常伦理属于道德范畴，不应该属于新律的范围，有关道德风俗的条款不应再入刑律。礼教派坚持“出礼而入刑”的传统观念，对此坚决反对。礼法两派激烈辩论，朝野上下也议论纷纷，导致《大清新刑律》七易其稿，推迟至宣统二年十二月即1911年1月，才正式颁布。颁行以后，争论仍在进行。“在强大的压力下，沈家本再也无法安于其位，终于辞去修订法律大臣和资政院副总裁之职，回到法部侍郎本任。”〔21〕修律的阻力之大由此可见一斑。不过沈家本的退让并不代表法理派的失败，相反，后来的改革进程恰恰是沿着沈家本他们的主张在前进。连劳乃宣自己也承认，当时“诸家报章辄以反对《新刑律》相讥，嘲讽诋讥不一而足”〔22〕。
修律同时，沈家本积极推行司法独立。通过他的努力，中国传统的行政司法不分的制度解体了。从1906年开始，刑部改为法部，管理全国的司法行政工作，以使行政与司法分离，并改按察使司为提法使司，负责地方司法行政工作及司法监督。改大理寺为大理院，作为全国最高审判机关，建立了由大理院、高等审判厅、地方审判厅、初级审判厅四级三审的审判制度。尽管由于清朝的很快覆灭，这些制度很多还只停留在纸面上，但在移动一下桌子都要付出流血代价的中国，这些开创性的工作还是堪称伟业的。这些制度后来都为中华民国所继承，从而使得后来的制度建设得以站在较高的起点上。“曾担任过司法总长的梁启超在1923年评价时政，略谓自民国建立以来，政府所采取措施与政策均不惬人意，相比之下，司法制度差不多是惟一的一个成功的领域。”〔23〕
沈家本深知光有良法，还不能达成良法之治，立善法而天下之人共守之，法治才能圆满，而法律的遵守需要社会人人都有法律素养。为推动先进法律思想的传播，宣统二年（1910年）十一月，在沈家本的支持和推动下，中国近代第一个全国性的法学学术团体——北京法学会成立。沈家本被推选为首任会长。第二年五月，法学会刊物《法学会杂志》创刊，中外法学家纷纷为之撰写文章，推动了法律研究的深入。后因辛亥革命中断。中华民国成立后，《法学会杂志》复刊，沈家本欣然为之撰写了《法学会杂志序》。他深情地写道：“异日法学昌明，巨子辈出，得与东西各先进国媲美者，斯会实为之先河矣�