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其后十二年中，他一直与女人一起生活，最后又再次出家修持四梵住，并于死后转生梵天。以他当时发大悲心之故，婆罗门子迅速圆满了四万大劫资粮。其他众生必堕地狱之恶业，菩萨以善巧方便及悲心摄受，反以之而转生梵天。
又燃灯佛之前，曾有五百商人赴大海取宝，得宝后众人即踏上归程。五百人中有一黑人，惯喜造作恶业，加之他本人又精通武功、喜行强盗行径，故而屡屡造恶不休。回程途中他又想：我应杀死所有商人，如此一来，全部财宝即可尽入囊中。
释迦牟尼佛当时转生为五百人中一商主，名为大悲商主，他于梦中得到海神授记说：“你们同行者中有某位人士，长相如何如何，装束如何如何，此人妄图杀害所有商人后夺走宝物。这五百商人皆为无上菩提道中不退转菩萨，若一次杀光如此众多之菩萨，此人必得在地狱中呆够每位菩萨从因地至成佛间所用时日之总和，在此无法计数之漫长时日内，他时时刻刻均需感受燃烧剧痛。既如此，你何不依善巧方便法保护好五百商人，同时也挽救此人，使其勿堕地狱！你应三思而行之。”
大悲商主听罢便一直辗转反侧、苦思冥想，他最后终于下定决心：看来除由我杀死此人外别无良策，因若将此事告知众商人，他们必定会心生嗔恨，会将他立即诛杀。如此一来，众商人则将堕入地狱中；若由我取其性命，我决定会因之而堕地狱中，并于十万劫中饱受燃烧之苦，但我愿替众为之；若听任此人杀死五百人，这人就会造下天大恶业，如此行事何能应理？干脆我来替众行道、杀死此人，以挽救五百众人与他自己！
大悲商主主意已决，他马上抢过黑人所持短矛，一下就将之刺入黑人躯体，使其立刻毙命。
当时之五百商人即为贤劫中五百菩萨，因大悲商主是以大悲心及方便法行事，他凭此迅速圆满了十万劫所需资粮，而黑人死后也转生善趣。但等释迦牟尼成佛后，尽管佛陀已获金刚般坚固身躯，不过为以善巧方便法度化众生，他依然示现脚被檀木刺刺入之情景。
当时有最后有者二十人，另有二十人乃他们怨敌。这些怨敌伪装成最后有者之好友，欲扑向最后有者所居之处将其全部杀害。正当他们如是盘算时，佛陀凭其智慧早已对其想法了知无遗。为调教众生，他对目犍连说道：“此地有檀木刺，定会刺入我右脚掌。”结果刚刚说完，一根一拃长之檀木刺就现在佛前，此檀木刺可谓尖锐无比。目犍连主动请求欲将之抛向另一世界，佛陀却告诉他：“以你神通，根本奈何不了它。”目犍连即施以最大力量试图移走檀木刺，怎奈三千大千世界之大地尽皆震动，但檀木刺却纹丝不动。
释迦牟尼佛随即以神变来至四大天王之天界，那根檀木刺也跟随世尊升至四大天王处。佛又相继来到三十三天、离争天、兜率天、化乐天、他化自在天乃至梵天，刺亦紧紧相随、不离寸步。当佛陀从梵天返回后，刺也跟着回来。佛陀安坐坐垫上时，刺就现在佛面前。此时佛以右手从容将右脚摆在那根扎于地上之锋利檀木刺上，整个三千世界顿时震动起来。
阿难不解问道：“以何前世业力成熟如今果报？”佛陀方便开示说：“我过去世时曾于海上用短矛刺死一黑人，此乃当时所造业之余业报应，杀人之果报现今已全部成熟。”
正磨刀霍霍、欲杀二十位最后有者之二十人，听闻佛教教主释迦牟尼佛亦需感受业果报应之消息后，各个感慨万千。他们议论纷纷道：“佛陀尚且如此，我们更不待言。我等亦欲杀害众生，现在应速至佛前忏悔罪过。”待他们来到佛前时，释迦牟尼佛将不应造作恶业以及灭尽恶业之法门对其宣讲，在场众人人人现前证悟智慧，包括同时闻法之四万人也当下证悟万法本性。
同样，佛陀原本无病无恙，但显现上仍服食医师耆婆所配药物；佛陀前往城中化缘，未有所得后只得返回洗钵；有人还曾以婆罗门女扎玛姿玛毁谤佛陀；一普行外道女人被众人毒打，并扔在祇园精舍一坑中，佛陀虽然知道此事，但却未理睬那女人；佛陀曾在三月时日中仅能以腐烂马具为食；佛陀背部亦曾示现过疼痛症候；释迦族被毁灭当日，佛陀也曾示现头痛；曾有一婆罗门名为多多匝，他竟列举出所谓一百条过失用以谴责佛陀，而佛陀则一一接受；提婆达多生生世世都对佛陀紧逼不舍，为杀害佛陀，他想出种种毒辣计策：放出狂象欲踩踏佛陀；唤刽子手以炮弹轰击佛陀……
如是种种公案，仅从外表观之，似乎为佛陀所承受之十种果报；若就实质而论，佛陀丝毫也无有任何所谓业果报应。只为度化众生，他才以各种善巧方便法随缘示现自身亦需承担不同业果之道理，此等举止对调化闻法众生实有大利益，这些事迹、道理在《大密方便经》中有广述。
又久远之前，于迦叶佛教法下，释迦牟尼佛转生为光鬘婆罗门子。当时有五位如大萨拉树般之婆罗门子，虽入大乘佛法，但因后来依止恶友之故而日渐忘失菩提心。他们开始行持外道禁戒，于佛不再生信。光鬘婆罗门子有一好友乃陶师之子，名为曼西，他对佛一直抱有极大信心。为善巧方便度化此等退失信心之婆罗门子，当他看见光鬘与那五人呆在一起时，就开始高声赞叹迦叶如来之功德，并对光鬘说：“光鬘婆罗门子，请随我一同拜见迦叶如来。”
光鬘此时心下暗忖：如我直接赞叹如来功德、不礼赞外道功德，这些人定会心生怀疑，他们断不会与我同去拜见如来。我应依方便法，及与智慧空性（诸佛菩萨本性中无所见）相应之见解随宜教化。于是他便善巧说道：“拜见那光头沙门对我们有何作用、利益？菩提妙难思，光头沙门怎会有菩提？”
光鬘有次又与这五位婆罗门子坐于河岸休息，为调伏这些人，承佛威神加持，陶师之子曼西再次来到河边说：“如来出世极为难得，我们理应前去拜访。”结果光鬘婆罗门子又如上大放厥词，显现上似乎极不情愿前往。曼西干脆扯住光鬘发髻，连拉带拽硬是将他拖到佛前。这些婆罗门子当时心想：陶师之子拼命拉扯光鬘，无论如何都要将他带到佛前，不知这佛陀到底有何法术、本领？五人便满怀好奇地跟在二人后面也来到迦叶如来面前。
一见到迦叶佛，因前世善业成熟，他们立即对佛生起信心，五人反倒心怀不满地责怪光鬘：“佛陀竟有如是功德，你为何不早早向我等诉说？”五婆罗门子目睹如来威严、辩才，聆听佛陀梵音后，均以清净意乐而发无上菩提心。迦叶佛清楚了知他们清净发心，就为其宣说了大乘不退转轮陀罗尼金刚句诸法无生法门，令五婆罗门子当下获取无生法忍。
迦叶如来此刻告诉五位善男子道：“若光鬘童子最初即在你等面前赞叹佛陀、不礼赞外道，你等又怎会想到拜见如来？对如来生信更从何谈起！”
如此不退转之大菩萨，对诸佛菩萨无有任何怀疑，只不过为度化其他众生，方便善巧示现而已。有些经论中说道：以其说过“光头沙门怎会有菩提”之语，释迦牟尼佛未成佛前还需在尼连禅河边苦行六年，此乃业力成熟之必然报应。此种说法实为不了义之善巧方便说法，因无明愚痴众生若以粗言恶语暗中诋毁有清净戒律之人，此等愚众必将长期陷于邪道恶趣中。为显示此种因果不虚之理，方才有上述言说，大菩萨实际上不会受一丝一毫业障之困缚。
此外，有些人对具功德之人言说粗言恶语后心生后悔，失望之极时便觉自己已不再拥有任何希望。为遣除此种灰心丧气之情绪，才有如上方便说法。若最后有者菩萨在迦叶佛前说粗语都有成就可能与机会，我等被愚痴所覆之众生当然更有忏悔业障之机会。此种教言正包含令众生未来忏悔、再勿造作恶业、发菩提心之密意。
光鬘婆罗门子如是度化五婆罗门子，自己则在迦叶如来教法下出家，并受持如来教法，成为智慧无上童子。迦叶如来授记说：“我涅槃后，智慧无上童子会于娑婆世界成佛，号释迦牟尼佛。”
以上述公案为主之众多公案皆表明：佛陀于生生世世之漫长时日中，已了达尽所有、如所有一切学处，其无垢智慧于每一世都愈发增上，并究竟清净了诸烦恼障、所知障及粗细习气，且以大智慧而现量见到万法本性，实已获一切智智。佛如是照见十方三世所摄二谛之真相，恰如视掌中庵摩罗迦果一样一目了然。世尊具足十力、十种自在，于人天诸世界中宣说佛法如出无与伦比之狮吼声，成为所有众生之导师；又摧毁魔众，从而成为众生怙主；其智慧身常有周遍，具备一切圆满功德。
《如来广智经》中云：“如来智慧深广无边、稀有罕闻。”又云：“目犍连，设若十方不可言说微尘数刹土世界中，所有众生均已成佛，一一佛陀各有不可言说微尘数头颅，一一头颅各有不可数之口，一一口中各有如是不可数之舌，如是难以思量、不可言说之广长舌亦无法说尽如来智慧。何以故？目犍连，如来智慧无量无边、不可胜数、不可思议、无法度量、无从揣摩；如来具足不可思议、无法言说之智慧。”
以上圆满宣说了释迦牟尼佛广行智慧之种种公案。