但由于待遇低，训练废弛，这时也不行了。四川合州知县龚景翰主张募集乡勇。最后依靠乡兵，才将起义平定下去。与白莲教交战时，是乡兵冲锋在前，绿营跟在乡兵后面，八旗军又在绿营后面。于是平定白莲教起义，竟用了九年的时间。
道光时八旗进一步腐败，已经不成兵了。道光十五年，鸿胪寺卿黄爵滋揭露京城八旗兵的情况说：“近见有三五成群，手提雀笼雀架，终日闲游，甚或相聚赌博。问起名色，则皆为巡城披甲，而实未曾当班，不过雇人领替，点缀了事。”康熙御制“威远将军”炮八旗、绿营没了士气，战斗武器比起西方来那就更落后。19世纪初，英国陆军广泛使用来复枪，有加农炮、榴弹炮，海军有长达百多英尺长配备数十门火炮的战舰。而清军长期使用冷武器，讲究骑射本领，不重视火器的发展与制造。即使有，也是低级的。枪只有鸟枪、滑膛火绳枪，火炮粗糙而不准，舰船短小，质量差，不堪使用。道光十五年（1835）广东水师新制大炮40门，试射时竟有10门炸裂。清军的武器不仅落后而且旧，山海关这样的军事重地，几门大炮还是明朝的遗物。这样的军队，这样的武器，可以设想能打得赢什么仗？
道光二十年后的战争呈现规模大，次数多的特点。外国挑起的大规模的侵略战争有第一、二次鸦片战争，中法战争，新疆之战，中日甲午之战，八国联军侵略中国一共6次，太平天国起义则是最大的农民起义。清军抵御侵略战争，除新疆之战取得胜利外，其他都失败了；镇压太平天国，清军开始遭受重大损失后，依靠湘军，勾结列强才取得胜利。大臣张之洞对清军的能力用一句话作了概括：“讨内匪则可，御外侮则不能”。
晚清多次抵御侵略战争失败，不仅暴露了经制兵的腐朽和武器的落后，充分暴露了制度和皇权的腐朽以及统治者的昏庸和无能。第一次鸦片战争的失败，固然与琦善妥协投降和奕经、奕山、杨芳的无能有关，更与道光帝虚骄和立场动摇有关，中法战争不败而败完全是由于李鸿章的妥协投降政策。
在反侵略的战争中，清军出现了叶志超、方伯谦、潘鼎新那样的贪生怕死、怯弱逃跑的懦夫，但也出现了像左宗棠、冯子材为代表的英勇善战、所向无敌的将领，尤其是裕谦、关天培、左保贵、邓世昌英勇献身，表现了中华民族的顽强不屈和爱国主义精神。粉碎为英、俄支持的浩罕阿古柏入侵新疆的胜利是左宗堂率领刘锦松的湘军和董福祥的甘军发扬爱国主义精神，英勇斗争的结果。
太平天国起义初期，鉴于八旗兵和绿营兵丧失战斗力的表现，清朝被迫改变老规矩而任用汉人曾国藩、李鸿章、左宗棠、胡林翼，还在军制方面进行了重大改革，把八旗、绿营搁一边，而利用团练湘军、淮军。太平天国被镇压下去后，又组建防军、练军。为了抵御外族的需要还组建了海军和新军，武器也逐步近代化。防军、练军，不用刀矛弓箭，改用洋枪洋炮。体现在新军上的改革更大：装备近代化，兵役制度采用西方征兵制，单一兵种向合成兵种演变。军队的编制、装备、训练全部西化。
清王朝加强了海防要塞，大沽炮台重建，山海关、旅顺口、威海卫、烟台、大连、福建闵江口、广东珠江口、浙江的舟山、镇海都重修了炮台，屯兵驻守。
在抵御侵略的战争中，清朝的统治集团中经常出现对立派别。第一次鸦片战争中有以林则徐为代表的主战派和以琦善、穆彰阿为代表的投降派，最后是投降派在道光皇帝支持下占了上风，使清朝在这次战争中失败；收复新疆的战争有李鸿章为首的只顾海防，不顾塞防派和左宗棠为代表的既重视海防也重视塞防的一派，最后左宗棠的观点为清政府采纳并取得了战争的胜利；中日甲午战争中有以慈禧太后为首的后党避战求和派与以光绪皇帝为首的主战派，清王朝在战争中失败，但这不是战之罪，而是不善战之罪；八国联军进攻中国，慈禧太后为发泄个人私怨，贸然向八国联军宣战，光绪帝和地方督抚主和，最后清朝在战争中失败。
关外时期，努尔哈赤、皇太极从《水浒传》、《三国演义》学到不少军事理论。黄道周《博物典汇·四夷附奴酋》卷二十：努尔哈赤“好看三国、水浒，自谓有谋略”。皇太极还让达海翻译《三国演义》，颁发给将领学习。军事家有努尔哈赤、皇太极。
清代前朝的兵书主要有：《乾坤大略》，王余佑（1615…1684）作，阐述了如下军事思想：一、速战速决；二、选择正确的战略进攻方向；三、以决战为上。《回治平胜算全书》，年羹尧（1679…1726）编。阐述的主要军事思想是：一、重视军事训练；二、重视了解敌情；三、重视占领有利地形；四、根据不同情况采取不同作战方法；《读史方舆纪要》，顾祖禹（1631…1692）著，这是一部军事地理书。此外还有《洴澼百金万》，惠麓酒民编；《将略要论》，刘连城编；《戊芨谈兵》，汪绂编；《兵迹》，魏禧（1624…1681）编。军事家有多尔衮、康熙、施琅、乾隆、傅恒等。
晚清军事著作主要有：《海国图志》，魏源（1794…1857）著，介绍各国历史、地理，谋划整军经武；《平海心筹》，林福祥（1814…1864）编，介绍“毒烟喷筒”等13种火器，还在战略方针上提出了战、守、和三策；《洋防说略》，徐稚荪著，阐述海防建设。此外有介绍西洋武备知识的著作，如《中西武备新书》、《兵学新书》，还有介绍西方军事训练的著作，如《训练操作详晰图说》、《战法学教科书》。军事家有曾国藩、李鸿章、左宗棠、袁世凯等。
清朝军制
清朝先后有8支武装力量：八旗兵、绿营兵、湘军、淮军、防军、练军、海军和新军，兵制经历了传统军制（经制兵）到勇营制（湘军、淮军）再到传统军制（防军、练军）到近代军制（近代海军、新建陆军），装备由冷火器到火器的过程。下面逐一介绍八旗兵、绿营兵、湘军、海军和新军的创建、性质、特征、建制、装备等情况。
八旗兵
弯弓射箭的清朝士兵八旗兵是经制兵，为努尔哈赤所创，起自兵民结合、军政结合、耕战结合的八旗制度。旗是满洲军制名。明万历二十九年（1601）努尔哈赤在牛录的基础上形成。牛录是女真在氏族、部落阶段出师、狩猎当中形成的组织形式。原来每牛录10人，万历二十九年扩为300人。万历二十九年设立四固山，固山就是旗。每旗含5甲喇，每甲喇为5牛录，分别使用黄、白、红、蓝4种旗子，因而是四旗。四十三年（1615）扩为八旗：在原来的黄、白、红、蓝4旗的基础上增加镶黄、镶白、镶红、镶蓝四旗。旗主由努尔哈赤的子侄充当。皇太极时期又扩为二十四旗，即加上蒙古八旗和汉军八旗。二十四旗中起核心作用的还是满洲八旗。八旗每旗指挥人员设都统（固山额真）1人，副都统（梅勒额真）2人，参领（甲喇额真）5人。牛录的统领是佐领（牛录额真），佐领居参领之下。二十四旗在习惯上还是称八旗。
八旗在开国时期有亲军营、护军营、前锋营、骁骑营、步兵营5个兵种，入关后又增加圆明园护军营、火器营、键锐营和神机营。
八旗制度是军事制度、经济制度和行政制度。作为军事制度，八旗中每个1660岁的男子战时随时准备披挂上阵。所以八旗兵世代军籍，实行世兵制。
八旗兵入关后约20万人，分为京营和驻防两部分。京营旗兵驻京城四周，保卫皇宫和京师，主力是骁骑营、步军营和护军营。驻防八旗分驻各省要冲地点。京营八旗与驻防八旗人数差不相当。
八旗兵擅长骑射，装备主要有战马、云梯、大刀、盔甲、弓箭、配刀、藤牌、鹿角、鸟枪、红衣大炮等。蒙、满八旗善骑射，平旷作战是他们所长；汉军八旗善火器，围城攻坚和水上作战是他们所长。
绿营兵
绿营兵是入关后改编明降卒与招募汉人而成的地方军（但东3省不设绿营），为多尔衮所创。他考虑旗兵太少，不足以控制全国。因使用绿旗，故名绿营或绿旗兵。绿营也是经制兵。
绿营兵源，开始实行招募制，后来转向世兵制。
绿营除少数配合驻防八旗拱卫京师以外，绝大部分都驻扎在各地，维护地方安全。在京绿营统一由八旗步军统领，地方上的绿营由地方长官统领，因此绿营在地方上的最高军事长官是总督，没有总督之省则是巡抚。操练和征战由提督和总兵负责。
绿营分陆营和水师两个兵种，各有马兵、步兵、守兵3个等级。绿营总人数一般保持在60万人左右。绿营的驻军组织有标、协、营、汛4级。总兵以上的官员率领的绿营兵叫标兵。因此，标有督标（总督统辖）、巡标（巡抚统辖）、提标（提督统辖）、镇标（总兵统辖）、军标（成都将军统辖）、河标（河道总督统辖）和漕标（漕运总督管辖）。后3标与前1标（督标）相并列。标下是协，由副将统领。标兵是绿营的主力。协下是营，由参将、游击、都司、守备分别统领。营下为汛，由千总、把总分别统领。总督除管督标各营外，还管本区内巡标、提标、镇标诸标，而巡抚没有管辖提标、提标诸标权。
绿营以营建制。各标均以营为基本单位。营的统领是参将、游击、都司和守备，地位与州县官相当。
绿营兵多步兵，常用武器有刀、枪、矛、箭，还有鸟枪、铳枪和抬枪，也有大炮。待遇比八旗则差很多。
绿营始于顺治朝，名为60多万，但缺额六、七万。同光时屡裁，但与清朝相始终。
湘军与淮军
湘军起于团练、乡勇，是咸丰朝由曾国藩创建的军阀武装，后来成为清朝正规军，镇压了太平天国起义，后来在甲午战争中为日军摧毁。
曾国藩于咸丰二年受咸丰帝之命以罗泽南、王鑫团兵为基础组织地方武装——团练。开始叫湘勇，后来称湘军。他用明戚继光和嘉庆时浙江人傅鼐之法训练。三年春，曾国藩增募3000兵，并派罗泽南率兵赴南昌救受太平军围困的江忠源。鉴于太平军有强大水师，除陆师外曾国藩又在咸丰四年建立了水师，船240多艘，水勇5000人。
湘军实行募兵制，在选将、招募、教育、编制、训练、武器、饷源上与绿营不同。
选将、募勇原则和将士之间的关系：将有治军之才，不怕苦，不怕死，不汲汲于名利。士兵要朴实，并有全家担保。将士之间实行家长制：兵为将有，士兵服从营官，营官服从将领。将领服从曾国藩。
湘军陆师13营，每营500人。下设4哨，哨辖队，1哨有1至8队，1队10人。陆师共有5000余人。水师10营，每营开始440人，船21艘，后来500人，船30艘。1营30哨，每船1哨。水师5000人。马军1营，分5哨，每哨5棚，1营250人。
水陆师指挥员加上战斗员，再加上水手、丁役等，全军共17000人。攻打天京时总兵力达到12万人。
湘军装备：刀、矛、抬枪、劈山炮、小炮、鸟枪、船（长龙、舢板、快蟹）、马匹等。
教育、训练：用儒家思想教育，严格训练，虽酷暑寒冬不松懈。弁勇要求能跳上丈高之屋，跨过丈宽之沟，火球能掷20丈之遥。
湘军军饷自酬，实行高薪饷，比绿营多1倍有余。兵饷名义上是自筹，实际上一靠捐输，二靠各省督抚支援。
与绿营比，湘军有很多方面不同。绿营归兵部指挥，实行世兵制，湘军不归兵部，听从曾国藩一人，实行招募制，士兵选择严，质量好，训练艰苦。绿营吃国家粮，武器由国家提供；湘军的薪饷自筹，武器先进，刀矛与火器并重，水师装备洋炮。绿营腐朽，没有战斗力；湘军蛮横，敢拼。绿营饷薄额多，湘军饷厚额少。以普通士兵的薪金作一比较：魏源《圣武志》卷十一：“绿营兵饷之制，京师巡捕三营，马兵月给银二两，步兵一两，皆月米五斗。各省镇标，马兵月饷银二两，步兵一两五钱，守兵一两，皆月支米三斗。”湘军勇丁4。2两。
淮军是李鸿章奉曾国藩之命为镇压太平天国而于同治元年初在安庆组建的军阀武装。李鸿章招募3500人，曾国藩拨给3000人，共6500多人。同治四年发展到六、七万人。编制模仿湘军，不同的是淮军在装备方面优于湘军，洋枪洋炮多，并且采用洋操。
乡勇本来是正规军的辅助力量，有事征调，无事遣散，但湘军、淮军在咸同间是清朝用来镇压太平天国的惟一军队，充当了正规军的角色，这是清朝军事制度上的一大演变。
防军与练军
为避免朝廷猜忌，当太平天国镇压下去后，曾国藩裁撤25000人，留万人守南京，15000人为皖南北之师。这余下的湘军与淮军都是勇营，他们留下来用于国防，称防军。
同治初年，各省督抚从绿营中挑选一部分人训练制兵称练军。照勇营办法训练，不用刀矛弓箭，换用洋枪洋炮，称练军。练军始于同治二年刘长佑编练直隶。再说早点则在咸丰十一年署步军统领文祥已经挑选八旗精锐在北京创立神机营，使用洋枪，开始了练军训练。同治五年到光绪九年，各省从绿营中也挑选优秀将士开始练军训练。防军和练军于是成为清朝的正规军。
海军
清朝海军的建成是洋务运动的一个成果。两次鸦片战争的失败，使清朝萌发建立海军的意图。同治十三年（1874），日本侵略台湾，更加刺激清朝建立海军的计划，并开始行动。经过10年努力，建起了3支海军：北洋海军、南洋海军和粤洋海军。其中粤洋海军分福建海军和广东海军。北洋海军驻守大沽、旅顺、营口、烟台，南洋海军驻守江宁、吴淞、浙江，粤洋海军负责海口、台湾、厦门、琼州、廉州等福建和广东海面。
福建海军，在光绪十年前有各种舰船16艘，