神宗显然受到豪门权贵的影响，在诏书中曾指责张居正丈量田地使海内骚然，但仍然继续实行官吏考成之法，改革赋役的一条鞭法也还在各地继续推行。神宗鉴于张居正的专擅，有意收揽大权，削弱内阁，但由于陷入朝臣纷争之中，有心勤政而难以勤政。亲政四年，便怠于政事。一五八六年秋，自称“一时头晕眼黑，力乏不兴”，宣示免朝。这年以后，即以多病调摄为名，很少上朝，也不再召见大臣。奏疏仍由神宗亲览，却往往“留中”，不作处理。皇帝独揽大权而又怠于政事，阁臣言官相互攻讦，明王朝的政局日益陷于纷乱昏暗之中。
神宗怠政以来的几年间，青海、宁夏和四川播州等边境地区即相继爆发了反明的战乱。
一、青海蒙古之乱
被称为鞑靼的蒙古诸部，自达延汗死后，由其子孙后裔分别统领，划地而牧。俺答汗雄踞河套及土默特，最为强盛。俺答汗与明朝实现封贡，边境大体安定。一五八一年，俺答汗病死、年七十七岁。子辛爱黄台吉嗣位称彻辰汗。一五八三年，明廷敕准袭封顺义王。两年后病死，子扯力克继汗位，明廷再封顺义王。俺答汗晚年，军政大事均由出自阿尔秃斯的次妻三娘子（原名不详）参与处置。辛爱与扯力克先后收继三娘子为哈敦，佐理国政、与明朝修好。明廷敕封为忠顺夫人。《明史·鞑靼传》说她主兵柄，部众畏服，“自宣大至甘肃不用兵者二十年”
俺答汗占据西海后，由其子丙兔驻牧，守护仰华寺。一五八八年，丙兔子真相，进据青海莽刺川。达延汗第四子巴尔苏博罗特的后裔火落赤驻青海捏工川，联络巴尔苏的另一支后裔、驻牧阿尔秃斯的卜失兔起兵反明。一五九○年六月，真相、火落赤等率四千骑攻入明境，围攻旧洮州古尔占堡。明兵来战，蒙军四散。明岷洮副总兵李联芳分兵追逐，陷伏身亡。把总、千总以下多人战死。火落赤得势，又邀约顺义王扯力克率三千骑渡河，至临桃以张声势。声言向明境进攻。七月，火落赤攻掠河州，明临洮总兵刘承嗣抗御失败，伤亡甚众。蒙军攻掠二十余日，西陲震动。神宗不得不召见阁臣问计。内阁诸臣对边事均不甚了了。首辅申时行请推一大臣经略。神宗命兵部会推，遂以曾任宣大山西总督的兵部尚书郑洛为右都御史经略陕西四镇及宣大山西边务。八月，敕谕暂停顺义王扯力克的市赏二十万两。
郑洛受命西行，十月又奉敕兼任陕西总督。十一月，郑洛至兰州，奏报说：火落赤等的相犯，是以莽刺和捏工川为据点，河套声援是由甘肃入青海。因晓谕不准径行塞内，否则督兵堵截。次年正月，郑洛督军在甘肃水泉营边墙，截击卜失兔部，斩首八十八级，获得全胜。蒙兵五千七百余帐，被逐出塞外。二月，郑洛遣总兵尤继先率兵至莽刺川，大败火落赤部，斩首五百余级。火落赤、真相北逃。郑洛招谕顺义王扯力克北归。三月，扯力克离西海北归，向明朝谢罪，请复贡市。郑洛自西宁入青海追击残敌，召回当地藏族等居民八万余人复业。又在西宁布署防戍后还朝。
郑洛出兵，获得全胜，明廷议功，加少保。言官又群起攻击，指摘郑洛放归顺义王，是没有“除凶雪耻”，欺罔误国。郑洛被迫称病辞官归里。
二、宁夏之乱
青海战乱之后，随即爆发了宁夏副总兵啺莞缸拥姆绰摇�
谈迁《国榷》称啺菸盎泼病保笔腔仆坊伧剑唇裨９套迦恕＜尉甘蓖睹鳎贾富邮梗谓Ｒ晃灏司拍辏愿弊鼙率耍映卸飨埃奈乐富印Ｒ晃寰乓荒辏Ｂ宓骷淖ぞジ仕嗥铰摇Ｄ难哺У耻懊富油廖男懵是送拜自请率子承恩从征。平乱后，党馨不为啺菪鸸Γ瞬樗傲钢铩Ｍ廖男慵皢拜义子喸频纫惨蛭吹蒙停幕巢黄健３卸饕蚯咳⒚衽坏耻罢仍穑釉狗摺Ｒ晃寰哦甓拢耻坝攵酱⒌辣父笔故谭伎丝塾Ψ⒈咳甑亩虏蓟ㄒ桓荒辍５耻霸徽啪诱肝翱潭冶保罹没吃购蕖拜遂唆使军锋刘东旸、许朝等起事，杀党馨及石继芳。总兵官张惟忠自杀。刘东旸自称总兵，承恩、许朝为副总兵，唠云、土文秀为左右参将，共奉啺菸鳌Ｗ芏缴惺槲貉г彩拐薪担醵珪D等要求世守宁夏。
啺莶肯铝ヂ又形馈⒐阄洌魇爻蓟蚪祷蜃撸游魉氖弑は嗉滔萋洹Ｅ丫珊樱赶蛄橹荨Ｈ拢芏轿貉г弊鼙顣d代摄总兵官进军平乱，收复河西诸堡。啺莞缸酉蚝犹椎厍镊谗安肥貌壳笤２肥寐嗜锢茨模肼穯拜合兵。喸埔肥霉テ铰脖ぁＣ鞣渌绬云，卜失兔败逃出塞。明援军到来，兵分六路，包围宁夏镇城。叛军坚守，不能下。四月，明廷自宣大调任李成梁之子李如松为提督陕西军务总兵官，浙江道御史梅国桢监军，领兵来援。又任朱正色巡抚宁夏，甘肃都御史叶梦熊协力平乱。五月，明廷特赐总督魏学曾上方剑，违令者立斩。六月，叶梦熊自甘州携带神炮火器四百车至灵州。浙江巡抚常居敬募兵千人，自办军粮，来援宁夏。梅国桢、李如松统领辽东、宣大山西兵来聚集。明军声威大振。明军攻宁夏城月余，仍不能下，七月，魏学曾被劾免职，由叶梦熊代为总督，仍持剑督军。
叶梦熊下令决黄河水淹灌宁夏城，又派人去乱军施计离间。九月，刘东旸、许朝诱杀土文秀，喅卸饔钟丈绷酢⑿恚妒仔页巧希峭督怠拜自缢而死。叶梦熊、朱正色、梅国桢等率部进城，尽杀啺莶肯陆等硕В核蛦承恩至京师处死。
明廷此次平乱，调集北南军兵，历时半年，付出了沉重的代价。宁夏城被围，城中乏食，死亡无数。叶梦熊决河灌城，城外水深八九尺，居民付出的牺牲，也是巨大的。
三、播州杨应龙之乱
明属四川的播州（遵义），处在四川与贵州交界地带。唐代曾被南诏国彝族占领，太原人杨端夺取其地，世代占有，至明初已传袭二十一世。明太祖灭夏国，杨氏降明。明朝建播州城，在当地实行土司制度，设宣慰司，杨氏世袭宣慰使，统辖草塘、黄平西安抚司，真州、播州、余庆、白泥、容山、重安六长官司。杨姓以外共有七大姓均与杨氏结为姻亲，世袭各级土官。
穆宗隆庆五年（一五七一年），杨应龙袭职为播州宣慰使，成为杨氏第二十九世土司。明廷加授他都指挥使衔。杨应龙对播州各族人民的统治极为残酷，茅瑞徵《万历三大征考》说他“在州专酷杀树威，有小睚眦即杀害，人人惴恐”。并且渐轻朝廷，居室用龙凤，又违制擅用宦官。
一五九○年，贵州巡抚叶梦熊疏论应龙凶暴诸事，巡按陈效历数应龙二十四大罪上奏。明廷正调播州土兵去协守松潘，四川巡按李化龙上疏请暂免斟问，候应龙戴罪图功。杨应龙妾田雌凤，谋杀嫡妻张氏，妻叔张时照与所部何恩、宋世臣等上变，告杨应龙谋反。贵州巡抚叶梦熊主张立即派兵征剿，四川士大夫纷纷为其说情，认为“蜀三面邻播，属裔以十百数，皆其弹压，且兵骁勇，数赴征调有功，剪除未为长策”。（《明史纪事本末》卷六十四）四川巡抚、巡按也都主张招抚。朝廷命黔蜀两省会同查问。杨应龙愿赴蜀，不赴黔。一五九二年，杨应龙到重庆接受审讯，论法当斩。明廷随后又命释放。
万历二十一年（一五九三年）正月，巡抚都御史王继光到重庆，严提勘结，杨应龙抗不复出。王继光一意主剿，与总兵刘承嗣、参将郭成等议分三军并进。在娄山关一带地方，明军战败，都司王之翰所部被杀伤大半，只得撤兵。
次年三月，明廷以兵部侍郎邢玠总督贵州。一五九五年邢玠到四川招抚，准杨应龙输四万金赎罪，又以重庆太守王士琦为川东兵备使，防备杨应龙。
杨应龙对明廷输金赎罪，暗中却积蓄力量，图谋割据称王，令州人称已为千岁，子朝栋为后主。（李化龙《平播全书》卷四）分遣土目置关据险，设立巡警，劫掠屯堡。又厚抚苗族兵士，用以摧锋，名为“硬手”军。
杨应龙经过几年准备，一五九八年十一月起兵攻掠贵州洪头、高坪、新村诸屯。又侵湖广四十八屯，阻塞驿站。次年二月，贵州巡抚江东之命都司杨国柱等率兵三千进剿，大败，杨国柱战死。明廷闻讯大惊，任都御史李化龙兼兵部侍郎节制川、湖、贵三省兵事，并增调浙江、福建、云南、广东等地部队前去会剿。
六月，杨应龙乘明兵尚未会集，攻陷綦江。他退屯三溪，以綦江之三溪、母渡，南川之东乡坝，立石为播界，号“宣慰官庄”。
明神宗得报綦江失守，罢免原四川、贵州巡抚谭希思和江东之，命总督李化龙便宜征讨。
一六○○年春，各路明军陆续抵达川贵两省，李化龙急速部署出剿，分八道进兵。四川方面分为四路，总兵官刘綎由綦江，总兵官马孔英由南川，总兵官吴广由合江，副将曹希彬由永宁。贵州方面分为三路，总兵官童元镇由乌江，参将朱鹤岑由沙溪，总兵官李应祥由兴隆。湖广方面一路，分两翼，总兵官陈綎由偏桥，副总兵陈良綎由龙泉。每路有兵三万，由官兵与各土司兵组成。
杨应龙认为明军八路，以刘綎部最为精锐，命子朝栋率劲兵迎击，被刘綎军战败，各路明军乘势猛攻，四川方面攻下形势险要的娄山关。贵州、湖广出发的明军，攻下乌江一线，逐渐缩小了包围圈。到五月十八日，八路明军会集于遵义北的海龙囤下，分批猛攻。海龙囤是杨应龙的老巢，地势险峻，直到六月五日才被攻下。杨应龙自缢死。其子朝栋，弟兆龙等被俘，解至京师处死。
明军自出师到平定杨应龙，前后历时一百十四天，斩杀甚众。当地各族人民由于杨应龙的叛乱遭到惨重的灾祸。乱平之后，明廷在播州地区实行“改土归流”。废除土司的世袭制度，改依内地地方官制，由明廷直接派遣官吏“流官”统治。原属四川省的播州地区设置二府二州八县。遵义府属四川，下辖真安州及遵义、桐梓、绥阳、仁怀四县；平越府属贵州，下辖黄州及余庆、瓮安、湄潭三县。改土归流后，遵义、平越二府加强了与周邻地区的联系，促进了各族人民之间的经济文化交流，对于当地的开发与进步，还是有益的。（清雍正时，遵义改属贵州省）
（四）反抗外国侵略的斗争
一、援助朝鲜、抵抗日本的侵略
明神宗即位以来的二十年间，与周邻各国大体保持着安静的局面，并无大的战事。万历二十年（一五九二年）日本国出兵侵略朝鲜，明廷援助朝鲜，展开了抵抗日本侵略的大战。
日本战国群雄，经过近百年的战争，到十六世纪五十年代基本上实现了地域性的统一。各地霸主相互争夺全国的统治权。一五六八年九月，控制尾张国的织田信长率军进入京都。一五八二年六月，织田信长家臣明智光秀发动叛乱，信长自焚。信长的部将羽柴秀吉（即丰臣秀吉，《明史》称为平秀吉）得知织田信长自焚的消息，立即率军四万向京都挺进，在山崎、八幡之间的淀川河谷地带大败明智光秀军。明智光秀切腹自杀。羽柴秀吉继承信长的事业，于一五八四年与冈崎领主德川元康结盟，完成了全日本的统一。一五八五年日本天皇任命他为“关白”（摄政），又兼太政大臣，赐姓丰臣。
丰臣秀吉统一日本后，积极向外扩张，储备军粮、战船，策划侵略邻国朝鲜。
朝鲜李朝国王，自明成祖时接受明朝的王封，岁时入贡，与明朝进行互市贸易，一直保持着正常的关系。明廷得知日本的侵略策划，即转告朝鲜预作戒备。
一五九二年初，丰臣秀吉正式发布命令，出征朝鲜。侵朝日军共计十八万余人，舟师数百艘，分为九军。第一军由小西行长率领，渡对马海峡，四月十二日在朝鲜釜山登陆。加藤清正率领的第二军和黑田长政率领的第三军等相继到达釜山。
日军占领釜山后，分兵北犯，朝鲜承平日久，军兵虚弱，连续溃败。日军占领王京（汉城）后，进而攻占平壤。朝鲜王子被俘。在三个月时间里，日军几乎占领了朝鲜全国。朝鲜国王李昖逃到义州，遣使向明朝告急。
明廷得报，不知军情虚实，只派副总兵祖承训、辽东游击史儒统兵三千余去朝鲜作战，史儒战死，祖承训只身逃回。
败报传来，明朝君臣大为震动。神宗即命兵部右侍郎宋应昌为经略备倭事宜，继调提督陕西总兵官李如松为提督蓟辽等处防海御倭总兵官前往支援。李如松原籍朝鲜，高祖英迁居辽东，任为铁岭卫指挥佥事。父李成梁，镇辽二十二年，战功显赫。十一月，李如松自宁夏来到东征军中，部署军事。十二月二十五日，率四万余人，誓师渡鸭绿江。次年一月六日，抵达平壤城外。
平壤东南临江，西枕山徒立，迤北牡丹台高耸，地形险要，易守难攻，日军筑设炮台，有鸟铳等新式火器。李如松指挥攻城，城上日军炮矢如雨。明前锋军士稍有退却，李如松手斩一人，挺身直前。李如松坐骑被击毙，换马再战。李如松弟如柏被铅丸击中盔顶，仍继续奋战。部将吴惟中被铅丸击中，鲜血流淌，也仍然奋呼督战。经过激烈战斗，明军终于从平壤小西门、大西门突入，日军退保风月楼，夜半渡大同江南逃。
明军与朝军收复平壤后，乘胜追击，一月十九日，李如柏收复开城。继而收复平安、黄海、京畿、江源四道。日军大部退屯王京。
李如松连战皆捷，产生轻敌思想，二十七日以轻骑趋碧蹄馆，离王京三十里，突然遭到数倍于己的日军围攻，损失士兵几百名。明军退回开城。李如松探听到日军在龙山仓积储军粮数十万，就密令部将查大受选勇士深入敌后纵火烧粮。
日军连战皆败，军粮被焚，又染疾病，士气低落，无法再战。日军主帅小西行长写信给明游击沈惟敬，试探明朝战和意向。这时，明军已调集刘綎的川军和陈璘的