几名横山总兵卫的手下，簇拥著座主和两个陪僧，消失在森林里。
「那些人很粗鲁啊！」向山久兵卫在昌幸的耳边嗫嚅著。
「紧急的时候情非得已。」昌幸这么说著，抬头看天空。距天亮还有一段时间，两人暂时回僧坊，等待横山总兵卫的报告。到了卯时（上午六时），横山总兵卫回来报告了。天空开始出现鱼肚白。
「座主公和两名陪僧穿过根本中堂，下到大原敦贺街道，由来迎接的市川十郎右卫门的手下守护到京都。」
「中途没有发生什么事吗？」
「没有，不过有探子似的人影一直跟随在前後。」
「唔，那么……」
昌幸正要走出僧坊时，有个黑影以子弹似的速度在晨曦微现中冲了进来。原来是中込马之允。他看到昌幸，马上跪下一膝说：
「做记号的狼烟刚刚升了上来，织田信长已经率全军向坂本出发了。」
天开始亮了。
怪鸟发出尖锐的叫声划破清晨的宁静，然後消失在森林中。
「辛苦了，从现在起要开始忙了，你们能帮忙吧？」
他所谓的你们，是指在那里的向山久兵卫、横山总兵卫、中込马之允等。昌幸确认了他们的服装後，回过眼来看自己的服装。昌幸已经改掉商人的打扮，回到武士身分了。
昌幸去正觉院豪盛那里，久兵卫则去满盛院亮信那里。这两个人都不住在寺里，而在独立建的一户僧坊里，里面有女人、小孩。
昌幸告诉豪盛危急时刻已至，可是豪盛还是不相信，中込马之允就把已经升起狼烟的事告诉他。横山总兵卫并告知座主公已到达京都了，豪盛那傲慢的脸才收敛，说：
「是吗？已经到了这个地步了吗？抱歉，我不知道事情已经这样，现在马上去准备，请等一下……」
他说著，慌忙就要进房。
「没有时间了，信长的骑兵队马上要攻打来了，他们要先包围这里，接著阻挡各道路。你不必带什么东西，身上穿什么就这么穿著，马上出发吧！否则我很难保证你的活命。」
昌幸的话发生了效果，家里马上大骚动起来，到处传来女人与小孩的哭叫声。
「慢吞吞的人就留下来，本来这里就是佛教圣地，不应该有女人、小孩的，即使有，我们也不能管。」
昌幸故意大声说得让内室听到，豪盛双手合掌对昌幸说：
「请慈悲、请慈悲……」
昌幸没有回答，对横山总兵卫下令：
「走刚刚的山道去京都！」
睿山的僧侣们听到豪盛的僧坊和亮信的僧坊吵闹的声音，纷纷从睡梦中惊醒过来，瞪大了眼睛。有的人一听说信长的军队攻打来了，就马上准备逃跑；也有的人拿著薙刀走出庭院，任意的挥舞。
「座主已经逃掉了！」
「正觉院豪盛公和满盛院亮信公也逃走了啊！」
有人叫著。睿山整个骚动起来，昌幸和久兵卫为了避免受到连累，就退到三石岳，按照原来商量好的，把逃脱的方向告诉逃过来的智者与学僧们。
三石岳下面是八王寺山，也有一个神社。来到这里就可以把下面的情形看得很清楚了。
等豪盛逃走後一个钟头左右，织田军的五百骑先锋队就来包围住延历寺了。织田的军队陆陆续续到来，先阻断了堂塔寺社的交通。
信长在完成包围并阻断了交通後，下令在所有的堂塔寺社僧坊放火，而且见到有逃出来的人，不管是谁，格杀勿论。
日本历史上罕见的杀戮开始了，各堂塔寺社一起同时著火。
教山的恶僧兵以为信长包围寺之後会来交涉休战的事，可是当他们知道猜错了以後，就拿出武器出去外面与信长的军马对抗。可是，他们本来就是乌合之众，也没有什么武器，不久就被打得落花流水。没有武器而从烧起来的寺社逃出的僧侣们，也通通被杀。
僧坊里更是悲惨。
尖叫著想逃走的女人以及小孩子们通通被杀掉。
躲在僧坊里的人被火烧死；逃到森林里的女人们被兵抓住加以凌辱後再杀死。疯狂的军兵们愈来愈狂暴，在睿山绕来绕去，杀死所有活著的人、烧掉所有的建筑物。
只剩下一条唯一能逃生的道路。还没有死的女人小孩就朝八王寺山逃去，可是却无法再往前走，因为山顶上的社殿附近挤满了人。有一队织田军包围了这里，一次逮捕五、六百名女子、小孩，把他们拉到信长面前，这时，年老的寺男走了出来说：
「拜托，拜托！」
寺男的声音很大，因此信长就叫人把寺男带到他面前。寺男在信长面前也不畏惧的说：
「这些人没有什么罪，女人们全都是那些误入歧途的和尚花钱买来的。孩子们则是这些女人们生的以及买来的。请放了他们。」
信长问那个寺男：
「你在寺里服务几年了？」
「今年是第四十二年了。」
寺男一面答，信长就大声说：
「放四十二枪把这个男的处磔刑！」
信长说著，眼神相当冷静。
接著，信长又说：
「在我的面前把这些女人、孩子们的头砍下来，一次三十个人。」
这一句话就决定了女子与小孩的命运。他们哭著、叫著，每三十个人排成一列被砍下了头。
「我们虽然死在这里，可是我们的鬼魂一定会向信长报复的。明白吗？信长好好听著！你最後一定会死於非命！」
有女人这么叫著而死，信长假装完全没有听到，死刑依旧进行著。
一直到日落西山，一切才结束。
五千人的尸体遍布睿山。
天黑以後，昌幸和久兵卫出现在行刑现场。
「信长是不是疯了？」久兵卫走在遍地无头尸体当中，说道。
「不，没有发疯。他是很清醒的在进行这个残酷的行为，他认为那样能促进天下早日统一。」
两个人走在被烧毁的大伽蓝旁。大地还继续在冒烟，有男男女女像苍蝇一样在烧过的灰烬中找金子；也有男人在互抢一件从烧掉的僧坊里找出来的衣服。
织田军撤退後，这些人是从哪儿来的呢？
有个男人抱著五只被杀死的和尚所拿的薙刀。
「喂！你拿这些做什么！」
那个人被昌幸责问後，说：
「我捡战後留下的东西，应该不会受什么人的责备才对……」
他一副战争已经结束，这些东西都属於他的表情。
也有人剥下死去和尚的衣服，以及被杀死的女人衣服，尸体最後都被脱得精光了。到了晚上，有更多手里提著灯笼的人们蜂拥而至。
「托信长公的福，我们可以存了下少东西。」
两个老太婆双手抱著从死人身上剥下来的衣服说著。
「简直就是地狱，曾经有善良的智者在这里说极乐净土的道理，没想到却成了地狱。」
昌幸转头对久兵卫说。
两个人走夜路去京都。市川十郎右卫门一看到他们两人，就说：
「办得好！我已经把二位的功勋写报告回古府中了！」
昌幸担心座主及豪盛、亮信的事，就问十郎右卫门。
「不要担心，他们今晚在京都住一夜，明天打算由堺港走海路到骏河。」
十郎右卫门说著，先说关於这件事他有所报告与商量，接著就说：
「不管怎么劝说，天台座主觉恕公都说不离开京都。我和信虎公商量过了，他说让座主公在京都待一阵子，以後再让他去骏河。现在决定暂时让他住在今出川大纳言晴季公那里。」
「那太好了，如果想带他走，随时都可以，因此还是依他的意愿好了。不过，这如果是信虎公的指示……」昌幸在脑子里体察著信玄的心情。
「不要担心这件事，我已把这件事当成我自己的想法报告给主人知道了。不过，问题是那些女人孩子的处置，其中也有绝世的美女，该怎么处置这些女人和孩于们呢？」
十郎右卫门询问昌幸的意见。其实他不是询问，他在心里已经决定了方法，只是想问问昌幸的意见，昌幸也了解十郎右卫门的心意。
「这不是由我们来决定，而是由僧侣们来决定的吧？如果他们想把女人小孩带走，我们可以让她们同舱，不过僧侣们会受什么毁谤，就不是我们所能知道的了。」
昌幸说得很清楚。
「毕竟你也是这么想，那么就依这样行事吧！」
从睿山逃出来，现在住在武田屋馆接受保护的一行人，有僧侣及女人、小孩共计六十多人。这些人於翌日离开京城到堺港，再搭船至骏河。
一行人抵达骏河府中，分宿到各个寺里，等待古府中下命令来。
信玄对於睿山正觉院僧正豪盛与睿山满盛院权僧正亮信等一行，能自信长手里逃出，并走海路来到骏河的事感到非常高兴。他很快的派出使者，带慰问的金钱物品去见对方。
「回头我会通知你们复兴睿山延历寺的事，请稍等一等。」
信玄的本意是想复兴延历寺，他想在甲斐国的某个地方复兴延历寺，把天台座主觉恕招揽过来，把传统的天台宗本山移到甲斐国。等这件事传遍整个日本国时，国民就会知道信长烧光睿山并残杀僧侣，而信玄救出名僧智者复兴延历寺，这两个人马上就会重新获得评价。
信玄派使者去身延山久远寺，要他们把久远寺让给延历寺的僧侣们，以图延历寺的再兴；而信玄会在信浓国中野建一个大约是现在久远寺三倍大的大伽蓝给日莲宗本山的久远寺，因此要他们赶快退出现地，先分散到各个日莲宗寺，等待中野的寺建好。
信玄认为要带天台座主觉恕过来，只能用这个方法，他在下令久远寺迁出的同时，把在京都的觉恕用海路招到骏河。
日莲宗本山久远寺接获消息如同晴天霹雳，他们不明白信玄的真意，就派使者去见古府中的信玄。
当他们确知信玄的心意已坚，就围著自古府中归来的使者协议了数日，最後一山之众全部集合到祖师堂，在日莲的木像前开会。
这个会议进行了八天七夜，参加的人数多达七千，而大家一致反对迁移，没有一个人例外。
信玄派出的使者连续走访久远寺，要他们早日退出。一山的僧徒信徒七千人当著使者的面，割下小指头，在反对迁移的请愿书上盖指印。这些请愿书共收在大小九百九十九个箱子里，让牛拉到古府中去。这一切完成後，聚集在久远寺的僧侣以及信徒一齐绝食抗议。
与久远寺关系亲密的穴山信君看到这件事情这么重大，就向信玄谏言。
信玄静静的听著信君的话後，只冷冷的说了一句：
「我的力量比不上佛法；信长则赢过了佛法……」
信玄一定是在比较信长能灭亡谁也无能为力的睿山，而自己却连要久远寺迁移的力量都没有。
信玄本来与觉恕等约定要复兴睿山，不过以後看到豪盛连小孩女人都带出来，以及听到民间盛传睿山被信长灭亡是破戒和尚在极尽乱行之後所应受的天谴这个传闻，他想在甲斐国复兴延历寺的心情就逐渐淡下来了。
三名从睿山带出来的高僧，就这样留在骏河。
九月十二日包围睿山，从根本中堂、三王、二十一社始，至灵社、灵佛、僧坊等，一时之间如云霞飞扬般地烧尽，经卷尽戍灰烬，极其哀怜。山下男女老少不知何方可逃，空手赤足逃往八王寺山，藏身寺内。诸兵自四方围攻，一一砍下僧侣、稚子、智者，上人头颅，让信长过目。山顶之高僧，贵僧、智僧，以及美女、稚子，不计其数的一皆被捕，送至信长面前。有人挺身信长御前求饶，曰恶僧固然可杀，但其余可悯，请求信长救命，然而终是难逃杀戮，无一幸免。地上陈尸数千，惨不忍睹。
（太田牛一著《信长公记》卷四）
真田喜兵卫昌幸正准备离开武田京都屋馆，再度回长岛时，信玄的书信正好送达。
（这一回睿山的事你做得很好，本来想要你马上去长岛办理订婚之事，可是长岛那边似乎尚未下定决心，因此这件事暂缓。希望你先去大和的信贵山见松永久秀公。我已经把所有的要件都吩咐了市川十郎右卫门，你好好与十郎右卫门商量，照自己的意思，顺利进行任务。）
昌幸把信看了两、三遍後交给市川十郎右卫门，并且一直注视十郎右卫门看信的样子，以便知道他对这封有内容的信了解到什么程度。
十郎右卫门面不改色的看完信，微笑的说：
「昌幸公，你身负大任啰！」
他嘴里讲大任，可是脸上并没有露出紧张的神色，这就是市川十郎右卫门的气度。他住在京都，与武将、朝臣、僧侣、商人都有往来，并把以京都为中心的诸国情势向信玄通报。即使信玄写给昌幸的书信内容，是叫昌幸去暗杀信长，这位全能外交官也不会露出讶异的表情。
十郎右卫门对一听到大任就全身僵硬起来的昌幸解释信玄信里的大意。
「主人如果亲自来到京都，想见的人多得如过江之鲫。主人有看穿人的眼力，他一眼就可以看出对方是不是可以信赖的人。主人要你代表他去见他必须见的人。像松永久秀这个人，就是主人非见不可的人。久秀本来是三好长庆的家老，乘乱世而出人头地，不知不觉积存了能凌驾主家的势力。他巧妙的操纵将军足利义辉，如果看到对方没有利用价值了，也敢以下克上的把他给杀掉。久秀被织田信长逼出京都，不过隐然拥有权力，他操纵著京都四周的诸豪，想利用时机灭亡信长。简单的说，他是一个危险人物。主人要你去见久秀，是想知道久秀毒到什么程度。」
十郎右卫门更举出环绕在松永久秀身边的人物，并列举久秀现在虽然表面服从信长，其实可能随时反动的事实，并说信长也知道这件事，而且也认为如果不彻底灭掉久秀，就无法开创出信长的霸业。
「现在京都四周有松永久秀父子、三好义继、三好三人众、筒井顺庆、畠山昭高、本愿寺一派以及浅井长政都虎视眈眈的等待信长进行下一步。他们的中心人物是松永久秀，因此主人也认为如果不看清这个人的底细，就不能随意发出西上大军。」
昌幸觉得很意外，因为他认为像松永久秀这样的人物�