省长廖仲恺主张对商团严厉镇压，这意味着官商决裂。在他身旁出谋划策的是鲍罗廷。胡汉民希望不要走到这一步，他劝孙文采取和平方式解决这次危机。
胡汉民派南海县长李宝祥到商团公所，请商团派代表到大本营磋商调停扣械案的办法。商团派出三名代表到大本营，胡汉民亲自接见他们，提出两项解决办法：一、商团补办购械手续，每支枪定价160元，除已缴付陈廉伯的100元外，再补交60元；二、联防总部应停止活动，商团必须受政府指挥监督。
代表们表示需要和同人商量后，才能答复。而他们商量的结果认为，接受政府指挥监督一条，绝不能接受。
对抗面临升级的危险。
孙文又派代表到商团宣示政府意见。但商团仍然不肯让步。8月20日，商团还在西关宣布戒严，晚上9时30分便将闸口关闭。21日，联防总部迁往佛山，同时下令在全省范围内实行总罢市。当天由佛山首先发难，所有商店一律上板关门。到了25日，广州也加入了罢市。
一场惊天动地的官民大战开始了。
孙文赫然震怒，强硬地警告商团：“若果明日（27日）仍不复业，我当派遣大队军队，拆毁西关街闸，强制商店开市；如有一泥一石伤及军队，我即开炮轰西关，使之变成泥粉。所可怜者，无知商民同受波累耳。”《华字日报》1924年8月29日。其草莽英雄的豪气，溢于言表。
8月29日，英国总领事致函广州交涉员，声称如果政府炮轰西关，英国炮舰也将炮轰大元帅府作为报复。但孙文从来不向恫吓屈服，9月4日，他在报纸上发表激烈的反英宣言。一位政府官员说，这是一场“胜则无民，败则无兵”的战争——政府赢则失民心，输则失军心——但孙文决不能无兵，因为他还要用武力统一中国。这位革命冒险家再次显示出“虽千万人吾往矣”的气概，义无反顾，决以革命铁腕，犁庭扫穴。
9月12日，孙文率领部分军队出师北伐。他在这个时候离开广州是非常奇怪的。后方岌岌可危，已到了千钧一发之际，任何人都看出这不是出兵北伐的适当时机，但孙文仍匆匆启程，使人觉得他好像急于离开这个令他愤怒和失望的地方。
然而，值得注意的是，蒋介石这位新崛起的军事领袖并没有随孙文出师北伐，他仍留在广州东郊的黄埔岛上。
15日，陈廉伯通电拥护政府，但无表示悔过。孙文下令赦免陈廉伯，但不发还军械。商团扬言要进行第二次罢市。省议会部分议员呼吁陈炯明出兵靖乱。
蒋介石为黄埔军校题写的校训
孙文三番四次从韶关给蒋介石拍电报，叫把军校迁移往韶关，以全力孤注一掷于北伐大业。但蒋介石坚拒，表示决不会离开黄埔。他的动机和当年陈炯明如出一辙：广东不稳，北伐将徒劳无功。
一向主张强硬手段的廖仲恺，被迫辞职，由胡汉民接任省长职务，胡一直主张和平解决纠纷，和商团的关系较好。鉴于省城军队多数同情商团，胡汉民建议先发还部分枪械。孙文考虑再三，同意发还5000支枪械给商团。
商团以为政府开始让步，态度转趋激烈。10月4日，全省188埠商团代表在佛山开会，向政府提出以下要求：将政府设立的苛捐杂税，一律取消，并裁撤其机关，永不得复抽；将政府强行投变的官产、市产、民产、庙堂一律发还；将政府扣留变卖的大小商船，一律发还；将商团枪械全部发还，不得少见一枪一弹；恢复全省人民自治机关。随后，广州开始第二次总罢市，西关街闸再度关闭。
这次商团的算盘打错了。政府的稍微让步，往往意味着大规模的反击即将开始。
当天，广州民众举行国庆游行，在太平路和商团发生冲突，商团在混乱中开枪射击，当场击毙十几人。次日，商团声称发还枪械不足半数，拒绝开市。并提出无条件发还枪械、废除苛捐杂税、造币厂改由商办、以商团军代替警察维持秩序、孙文下野等要求。
这正是政府所希望听到的，现在他们有理由镇压了。
孙文电报指示，“商团叛形既露”，应由李福林宣布其罪状，令各地民团“协助防乱，毋为所惑”。政府中的苏联顾问和共产党人都坚决支持镇压。蒋介石和苏联顾问在黄埔军校成立革命委员会，接管省政府。革命委员会的成员由孙文圈定，包括许崇智、蒋介石、汪精卫、廖仲恺、陈友仁和谭平山六人，孙文自任会长。
13日凌晨，由吴铁城率领的1500名警卫军，乘坐20辆铁甲车，浩浩荡荡向省城挺进；吴铁城宣布就任广州市公安局长。粤军第一师师长李济深和留在省城的滇桂军都赞成用武力解决了。
10月14日，胡汉民以大本营总参议的身份代理革命委员会会长，下令解散商团。警卫军、工团军、农民自卫军、飞机队、甲车队、兵工厂卫队、陆军讲武学校、滇军干部学校，统归蒋介石指挥。
镇压开始了。10月15日清晨4时，枪声骤起，火光烛天，隆隆炮声，震撼全城。手持各种轻重型武器的军队，一路开枪扫射，一路攻入西关。商团军根本不是军队对手，一触即溃，四散逃窜。福军本来就是绿林出身，发起神威，在广州商业最繁华地带，大肆焚掠。理发工人在军队掩护下，用煤油在西关四处放火。熊熊火光，标志着军队推进的位置。广州商业最繁荣的桨栏路、杨巷、西堤二马路、十七甫、第四甫、上九甫、太平路、龙津路一带，转眼间化作瓦砾废墟。
在反抗清朝的漫长革命中，广东商人和孙中山一直保持着密切而良好的关系。他们和政府决裂的原因，至为复杂。主要得归咎于政府的腐败无能、对商民只知道豪夺巧取，以致于激起民愤，被一部分想把持政局的政客商人所利用。
从孙文下决心扫平商团势力，甚至不惜炮轰西关，使之毁于一旦的时候起，他对南方已不存什么希望了。当初粤军在省城谋叛，孙文从韶关赶回广州坐镇；而这次商团起事，他却匆匆离开广州前去韶关，这本身就很耐人寻味。
在激烈动荡的大时代，群雄岳峙，人怀问鼎。南方政府的威信，空前低落。不仅商人们背弃政府，甚至连工人、农民，一旦被政治家鼓动起来，也不把政府放在眼内。以反叛起家的国民党，现在处处面临着反叛。
1925年初，孙文似乎感到自己的身体状况正在急剧恶化，他已经没有时间和精力再领兵北伐了，统一中国的梦想正在渐渐地离他远去。对于一个理想主义者来说，没有什么比这更为痛苦了。
孙文宣布他要北上和处于四分五裂的北方政府“共筹统一建设的方略”。南北和谈的条件，现在并不比1919年更为成熟，当时北方总统尚可驾驭北方大部分省份，现在几乎号令不出都门。但1919年孙文坚决反对和谈，而现在却执意北上。他甚至斩钉截铁地表示：不论成败，决不再回广东。
有人劝孙文打消北上的念头，因为那样等于承认了军阀及其背后的帝国主义有左右中国革命势力的权威。他们建议国民党自行在广州召集人民的和平会议。共产党的工运领袖和宣传家蔡和森断言：“中山先生现在若上午入北京，我可断定他在革命上的信用下午便要破产。”蔡和森《北京政变与国民党》。《蔡和森文集》，人民出版社，1980年版。
但孙文的上海之行不改，蔡和森继而又以惋惜的语气问，先生干吗要忙着入京做军阀的高等俘虏呢？“我们希望中山先生留在上海相当时期，造成全国的舆论及民众的后援，才有可能进而制胜军阀，退而扩大宣传。”蔡和森《欢迎孙中山先生离粤来沪》。《蔡和森文集》，人民出版社，1980年版。
孙文没有采纳他们的建议。他这次北上的动机，没有人猜得透。
11月13日，孙文启程了。这是他一生中第几次北上呢？他的理想比民国元年北上和袁世凯见面时更前进了一步吗？
途经日本时，孙文再一次——也是最后一次——向人们讲解中国的南北问题，这是中国近代政治、经济、文化的症结所在。孙文说：
“中国在满清的时代，南北是统一的，只有一个政府。但是另外还有主人，要听外国人的话，对于本国的人民，就是杀人放火，也是要做。像这样的政府，虽然在名义上是统一，但是在事实是，对于南方人民，只有害而无利，又何贵乎有这种统一政府！假若在满清的时候，中国政府不是统一，北京政府的压力不能达到南方，以南方的强悍，专就香港而言，便不致失去那些领土。”
如果北方政府是一个昏庸无能的政府，那么，分裂比统一更好。孙文当年放弃总统的职位，南下护国、护法，就是基于这种信念。人们发现他的信念并无改变。
记者问及孙文，这次北上是不是准备做大总统，他说：“南北是不是统一，就在北方政府能不能赞成我们南方的主张，废除不平等的条约，争回主人的地位，从此以后，再不听外国人的话，来残害南方的人民。如果这一层做不到，南方人民还是因为北方政府怕外国人的关系，间接还是受外国人的害，南北又何必调和？何必统一？我又怎么情愿去执政权？”孙文《与门司新闻记者的谈话》。《孙中山全集》（第十一卷），中华书局，1981年版。
他扶病入京后，没有和政府举行任何形式的和平谈判。最后，在病危之际，他对身边的人说：“我这次放弃两广北上，实为和平统一而来；我所主张的统一方法，就是开国民会议，实行三民主义、五权宪法。现在为病所累，未竟全功，不无遗憾。希望诸位同志努力奋斗，使国民会议早日开成，达到实现三民主义、五权宪法的目的，那我死也瞑目了。”罗家伦主编《国父年谱》，台湾，中国国民党党史会，1985年版。
他曾称不论成败，决不再回广东，现在又用了“放弃两广”这样的措词，使人感到他的用心，非常深远。
孙文弥留之际，汪精卫请他留下一些训诲，以便遵守。孙文对侍疾榻前的老朋友、老同志们说：“我要留下说话给你们，会有许多危险。当今无数敌人正包围着你们，我死之后，他们更将向你们进攻，甚至必有方法，令你们软化；如果你们强硬对抗，则又必将被加害，危险很大。所以我还是不说为好，则你们应付环境，会比较容易一点……”罗刚《中华民国国父实录初稿》（第六册）。台湾，正中书局，1965年版。
1925年3月12日，孙文连呼“和平、奋斗、救中国”，在北京溘然长逝。这位杰出的民族主义者，一生都在借助各种势力来实现自己的政治理想，从早年利用秘密帮会推翻清廷，到南下护法，利用地方军阀反对北方政府，到联俄容共，借助工农的力量和国际援助，肃清两广的地方军阀。纵横捭阖，一生如此。他既做过中华民国的临时大总统，也做过黑社会的龙头大哥。
他的遗体后来葬在南京的钟山，陵墓建筑气势雄伟，远远超过了明太祖的孝陵。
孙中山葬入中山陵
【叁】南方革命在武汉止步。当蒋介石为夺取东部大开杀戒的同时，陈独秀提出了一个划时代的建议：向大西北发展。但当时无人理会。国共两党终于分道扬镳。
孙文的去世，标志着一个时代的结束。
1925年2月，上海日本纱厂的工人举行了一次大规模的经济罢工。5月15日，日本纱厂打死工人事件的发生，成了“五卅”运动的导火索。全国各地都掀起了猛烈的工潮。在南方，6月19日，震动中国历史的香港工人大罢工爆发了。
共产党终于从孙文的巨大身影下脱颖而出。罢工工人在广州成立了罢工委员会，由海员出身的共产党员苏兆征担任委员长。委员会的机构和政府相差无几，作为最高议事机关的工人代表大会，具有绝对无上的权限；在罢工委员会里，负责财政的有财政委员会；负责立法的有法制局；负责司法的有会审处；负责审计的有审计局；负责工商管理的有工商检验货物处、工商审查仇货委员会；负责市政建设的有筑路委员会；负责治安的有工人纠察队。
以20万罢工工人为后盾的共产党，开始成为国民党的对手了。
具有政权性质的罢工委员会，把广东政府撇在一边。它可以处置一切与罢工相关之事，广东政府不得过问。罢工委员会自订法律，不仅罢工工人要遵守，而且各界人民都要遵守。
罢工委员会曾专门开会讨论，哪个部门有权抓工贼。少数人认为应由政府负责；也有人主张由纠察队负责；还有人主张人人都可以捉拿工贼，付表决时，全场十之六七都举手赞成。最后决定人人都可以捉拿。
捉到工贼以后，怎么处理呢？
在一次审判偷运劳工去香港的英籍船员时，纠察队先把这名船员押到夏天的太阳底下暴晒了一通，目的是让他“知道中国人的厉害”。然后，一名审判员和一名工人升堂，身后是各工会派来的十几名会审委员，周围是纠察队员。那名英籍船员要求：“要审，可以让政府来审。”工人把桌子一拍，厉声说：“你要到哪里去？你犯的是破坏罢工罪，就得在这里审问！”
在另一次审判中，罢工工人把一名煽动复工的“奸细”判处死刑。广东检察厅以“尊重法律，保障人权”和“破坏罢工，罪不致死”为理由，向罢工委员会提出抗议。罢工委员会的回答是：“天赋人权、个人主义之说已不适用于今日。”
香港的报章，曾指责罢工委员会是“第二政府”。邓中夏自豪地承认：“这个罢工委员会，按其实际，实不啻一个政府，它有绝对权力，可以处置一切与罢工相关之事，广东政府不得过问，所以后来香港帝国主义宣传广东有‘第二政府’，就是指此。”邓中夏《中国职工运动简史》。人民出版社，1953年版。对共产党来说，第二政府就第二政府，这正是他们所要的。
国民党的头头们对此忧心忡忡，真正热心搞工运、农运的，只有廖仲恺一人，然而，当他情不自禁地喊出“苏俄开辟的社会主