为他奉行不借外债、不住租界、不与外人勾结、不做督军、不抢地盘的“五不主义”。在北洋集团里无人可做到，而他却始终恪守不渝。
吴佩孚确实是一个典型的民族主义者，这也许和他家乡所处的地理位置不无关系。第一次世界大战以后，在巴黎和会上，关于山东问题的交涉，给了他很深刺激，并促使他下决心改造政府。当举世闻名的“五四运动”在全国兴起时，他明确地表明站在学生的一边，并痛斥军人对内之非。
这场运动的意义，已超出了山东问题，而成为民族意识的大觉醒。伴随着对国运衰微的沉痛反省，科学和民主的思想，从西方涌入。吴佩孚虽然仍抱着“以义取人，以道自任”的士大夫式梦想，但他独特的感受力，却已经理解并接受了这一事实。面对政府的高压政策，他愤然质问：“试问共和国家，以人民为主体耶？抑以政府为主体耶？”濑江浊物《吴佩孚正传》。《近代稗海》（第五辑），四川人民出版社，1985年版。
这是谁也无法回避的问题。事实上，中国代议政制的最终瓦解，其根本原因亦在于此。这片古老土地的政治传统，是以严格的尊卑制度为基础的，自古以来的统治者都认为，人民参与政治，只会导致天下大乱。
段祺瑞对南北议和，毫无诚意。他派安福国会的议长王揖唐为北方的议和总代表。任命公布，全国哗然。王揖唐秉承皖系宗旨，不是去议和，而是阻挠议和。接着又发生河南易督问题，河南是吴军北撤的必经之路，段祺瑞匆匆撤掉原来的河南督军，换上皖系军人。吴佩孚赫然震怒，立即向全国发表通电，怒斥： “全国之大，能否尽为一系所盘踞？疆吏之多，能否尽为一党所居奇？兆民之众，能否尽为一人所鞭笞？”陶菊隐《北洋军阀统治时期史话》（第五册）。生活·读书·新知三联书店，1958年版。
一经发难，直系八省督军一致响应。
吴佩孚以区区一个师长的地位，尽管义正辞严，但不能见重于当局。从这个时候起，吴佩孚已经把粉碎官僚集团、扫除政治积弊、重振北洋雄风，作为自己的天赋使命，即使穷毕生精力，也要付诸实现。
吴佩孚从心底里是看不起南方人的，但当他发现自己身陷南蛮之地，四面环敌，段祺瑞把皖系的四个师安排在他的周围，形成压迫态势时，他采取了一个惊人之举，1919年11月，他和南方军队签定了《救国同盟军草约》，鲜明地提出近期的政治目标：“扫除内奸，废弃密约，选举良善国会，组织不党内阁”。《民国日报》，1919年11月27日。
政府当然不会理睬一个师长的发言。试问北洋军队里有多少个师长？
然而，吴佩孚不是那种徒托空言之辈。他相信武力可以解决一切。1920年，他以“水土不服，欠饷未清，兵多怨言，将士思归”为由，宣布要将他的军队从湖南撤回北方，实际上，是用武力推行政治改造计划。
一时天下震动。北方官僚政治的积弊，非一朝一夕而成，哪怕第三师全体官兵誓死效忠，也不过一万余人，能有多大作为？徐树铮尤感愤怒，认为吴佩孚欺骗了他。
然而，段祺瑞马上意识到，一场战争已迫在眉睫——很有可能，这场战争将危及整个北洋集团的基础。他匆匆忙忙下了几道严厉命令：“不得撤防”。
但吴佩孚断然回答：“此次敝军回防，志决议定，断无变更……南北同属一家，并非外患雠敌，但期理由正当，不在兵力多少。”张敬尧报告吴师长不听劝阻决意北撤速筹办法密电。中国第二历史档案馆编《直皖战争》，江苏人民出版社，1980年版。
1919年12月，冯国璋病逝，布贩子曹锟俨然成了直系首领。他向中央转达了吴佩孚的要求。中央一再严令阻止，吴佩孚却不屑一顾，他是唯意志论者，对上司的命令，是根据自己的判断来决定接受与否的。他已经开始自由行动了。
北方政府严禁吴佩孚撤防，南方人便出钱资助他北归。南方军政府答应秘密接济直军开拔费60万元，但求客去主人安。直军撤防后，武汉长江一线由湘军推进接防。
5月25日，第三师分水陆两路，自动向北撤去。吴佩孚由衡阳乘“新鸿运”火轮向长沙进发。直军士兵把军械全部收起，在船上扣舷高歌。两岸观者如堵，牵袂成帷。不了解内情的人在看热闹，了解内情的人却知道，一场理想与现实的较量开始了。
6月7日，吴佩孚抵达武昌，立即登上开往郑州的火车。6月间，第三师陆续集结在河南，进驻许昌、驻马店、顺德、磁州、黄河桥、新乡县一带。沿途旄旗满目，帐幕相望，军容鼎盛。
吴佩孚的专车于6月10日中午抵达郑州，下午他向欢迎他的河南官绅军人发表演说，宣布“此行目的，在拥护总统，抵制安福，取消对外各种密约”。黄河沿岸，大军压境，战云密布。
吴佩孚又风尘仆仆地到保定和曹三爷（曹锟在家排行第三）见面。在经过一连几天的秘密磋商之后，公布了三条方针：一、拥护现任内阁，不反对段祺瑞；二、各省防军一律撤回原防地，南军可暂从例外；三、宣布安福系罪状，请求政府解散安福俱乐部。
重点在最后一条。它的更深一层意思，当时还没有人体味得出来：推翻安福俱乐部，意味着推翻现任国会，也即否定了徐世昌大总统的合法地位。曹、吴的主张，得到13个省的赞同，这回段祺瑞灾星临门了。
曹锟
段身边的皖系军人纷纷请战，而他却闭门冥思。这位55岁的老军人，现在考虑的不仅是他个人的得失安危，而且还有整整一个朝代的存亡。北洋集团已经注定要四分五裂。他突然显得苍老和憔悴了。
6月19日，应徐世昌的邀请，雄踞关外的奉系领袖张作霖，作为调人来到了北京。张大帅是关东响马出身，百分百的绿林好汉。但一朝得志，连正途出身的一品顶戴也要看他面色行事。
张作霖先在北京和段祺瑞见面，然后又跑到保定和曹锟见面。在会议上，吴佩孚一如既往地侃侃而谈，痛斥安福系卖国媚外，张作霖却没有兴趣听，他很不客气地问曹锟：“咱只问你一句，小徐（树铮）手里的军队比你多，兵器比你好，这个仗，你能打吗？”
曹锟肯定地回答：“能打。”
张作霖问：“为什么能打？”
曹锟说：“子玉（吴佩孚字）说能打，就是能打。”
由于吴佩孚坚持以解散安福俱乐部为调解的首要条件，段祺瑞无法接受，战争便不可避免了。段氏指吴“目无政府，兵胁元首，围困京畿，别有阴谋”；而吴氏则指安福系“罪莫大于卖国，丑莫重于媚外，穷凶极恶，汉奸为极”。两造对骂，继而动手。民族主义方兴未艾，吴佩孚的出兵理由，当然更能获得舆论支持。
7月2日，徐世昌下令徐树铮交出兵权，所辖军队，由陆军部接收办理。形势急转直下，7月7日，张作霖以调解失败，连夜乘车离开北京。次日，段祺瑞在将军府召开特别会议，内阁成员和首都军警界要员百余人出席。段氏宣布，由于中央威信失坠，军事纲纪废弛，总统软弱无能，不能裁判，而事事惟命是从。他作为与中华民国的关系最深之人，不能不出而整顿一番！
徐世昌应段要求，颁布大总统令，吴佩孚开去第三师长署职，褫夺陆军中将原官暨所得勋位、勋章，交陆军部惩办；曹锟褫职留任，以观后效。段祺瑞在私邸召集近畿各师长会议，讨论作战问题，段祺瑞出任总指挥，徐树铮担任总参谋长。交通部转饬京汉路局尽快备专车运输军队。
北京陷入了混乱之中。钞价暴跌，达官贵人家眷纷纷迁徙出京，箱笼杂物，堆满了大街胡同，都往前门车站运。
处分曹、吴的命令发表之际，也是曹锟在天津举行誓师礼，派吴佩孚为前敌总司令，发誓要“直向神京，驱老段，诛小徐”之时。张作霖决定倒向直系一边。但他的宗旨与吴佩孚不同，他是为争夺北洋盟主地位而来的。7月13日，张作霖通电“武装调停”，奉军浩浩荡荡开入关内，遍布于天津北仓一带。
战争立即爆发了。
第三师全面出击，轻而易举地击溃了皖军主力。小徐只身逃入了北京的六国饭店，安福系的要人们鸡飞狗跳，忙着奔入东交民巷避难，箱笼盖铺，络绎于途。段祺瑞显然低估了吴佩孚的军事才能，于是他只好在一个后辈的挑战面前，引咎辞职，放弃了几十年奋斗赢得的崇高地位。
7月20日，直军前锋逼抵长辛店，和芦沟桥遥遥相望。吴佩孚突然下令“暂停前进”。军官们不解地问，为什么不乘胜追击，直捣北京？吴佩孚只是简单地说了一句：“是非之地，断不可往。”
在吴佩孚的心目中，北京是一个政治泥潭，一个污水横流之处，总有一天他会把那里打扫干净，但现在他必须先把这棵老树伸到各地的毒枝枯叶剪除掉。
他不仅自己不入北京，还向曹锟建议，张作霖的奉军退回关外，他的第三师退守洛阳，大家都不入北京，以避干政之嫌。
热情的民族主义者有理由相信，吴佩孚的胜利，对亲日的卖国政府是致命一击，是1919年那场大规模民族运动播下的种子，直到今天收获的辉煌成果。
西方政治家和商人们也向吴佩孚欢呼。他们希望由他来把西方一直引以为自豪的民主原则，在中国搞出一个翻版。8月20日，已经卸任的美国驻华公使芮恩施，也在英文报纸上公开他致中国政府的备忘录，高度赞扬吴佩孚是民主大众的支持者。
吴佩孚登上1924年9月8日美国《时代》周刊封面
这种溢美之辞，在当时的西方人士中几乎处处可闻。像美国标准石油公司的梅里尔，曾撰文称赞吴佩孚是政治运动中唯一爱国而无个人野心的人。英国《泰晤士报》也以不加掩饰的赞赏语气说，吴佩孚是推倒亲日政府的英雄，全国希望集于一身，建议西方国家对他要多加支持和援助。
人们产生这样的印象不足为奇。直皖战争后，吴佩孚声望日隆，出任直、鲁、豫三省巡阅副使，亲自制订了国民大会提纲：
一、名义：国民大会。
二、性质：由国民自行召集，官署不得参与或监督，以免官僚政客把持操纵。
三、宗旨：国民自决统一善后、制定宪法与修正选举方法，以及一切重大问题，地方不得借口破坏。
四、会员：由全国各县农、工、商、学各会，互举一人为初选，如无工商等会组织，宁缺毋滥。初选会员由各省复选五分之一，齐集天津或上海成立，开会。
五、监督：由各省县农、工、商学各会会长，互相监督，官府不得干涉。
六、事务所：由各省县农、工、商、学总会，共同组织为各该省总事务所，由该所电知各县农、工、商各会，克日成立各县事务所。
七、经费：由各省县自治经费项下开支。
八、期限：限三个月内成立开会，限六个月将第三条所列各节议定公布。
一提国民大会，官僚集团倍感头痛。它不仅有违现实政治架构的基本原则，而且和古圣先贤关于父道政府的箴训背道而驰。官僚们群起抵制，大骂吴佩孚是英、美傀儡。张作霖当天就发表了强烈反对的通电，指中国人民还没有达到处理国家大事的程度，这件事绝对没有商量的余地，大有不惜直奉破裂之势。对徐世昌总统来说，真是“方除一纣，又生双秦”。
【贰】吴佩孚的政治改造计划遭到北洋军阀的强烈抵制，终于引发了第一次直奉战争。
当吴佩孚为国民大会舌敝唇焦，呼吁天下的同时，张作霖作为战胜者来到了北京城。他一面进宫谒见溥仪，一面向政府力保张勋出任巡阅使。前清遗老们不禁喜形于色，奔走相告，以为“参横斗转欲三更，苦雨终风也解晴”。
在北方各军事集团之间，几乎每发生一次战乱，北京都会出现一次复辟的谣传。但从袁世凯83天皇帝，到张勋12天复辟，到徐世昌光打雷不下雨，已是一蟹不如一蟹，现在轮到张作霖，还能玩出什么花样呢？复辟谣言愈盛，只能愈坚定吴佩孚政治改革、扫除积弊的决心。
1921年，是吴佩孚战无不胜，攻无不克的辉煌时期。
6月4日，湖北发生震惊全国的宜昌兵变；6月8日又发生武昌兵变。两次兵变，给地方造成了极大破坏。“宜昌、武昌百年繁盛之地，以一夕而成废墟，而人民之死于水火、死于枪弹、死于刃梃、死于饥饿者以千万计”。湖北自治军将士兵民及各团体代表通电。中国第二历史档案馆编《北洋军阀统治时期的兵变》，江苏人民出版社，1982年版。当时的湖北督军王占元，是直系的一员大将。湖北人奔走哭泣，向全国呼吁支援，把王占元驱逐出湖北。
湖南首先响应，派出精锐之师北上援鄂，发起了“驱王战争”，实际上是想夺取湖北的地盘。
王占元的军队受两次兵变的影响，士气低沉，不堪一击。在湘军的攻击下，一触即溃。从7月26日湘军誓师北上开始，至8月7日攻克羊楼峒，仅 12天时间，王占元大势已去。鄂军全无斗志，一听见枪声就向后狂奔，湘军的推进，直如猛虎赶羊。眼看北洋派的这块地盘，就要丧失在王占元的手上。
曹锟、吴佩孚和直系将领们，在保定召开关于湖北问题的紧急会议。会后不出三天，吴佩孚的大军已经集结鄂渚，大有飞将军从天而降之势。王占元以为他们是来救驾的，讵料直军到了武昌，便勒马不前。8月9日，政府颁令免去王占元两湖巡阅使兼湖北督军职，同日任命吴佩孚为两湖巡阅使，萧耀南为湖北督军。
王占元一心盼来的援兵，却原来是招狼入室，悔之噬脐，为时已晚，王占元只得收拾细软，离开武昌。临行前，满怀苍凉地对前来送行的人说：“我年届花甲，为人所谋，如此下台，真是不值。”言下对吴佩孚的落井投石，极为忿恨，但自己祸鄂八年的罪孽，则全无反省。
吴佩孚赶走王占元后，麾师南下，逼湘军撤回原