徒众们于是打开祭坛的门，让热气散发，以备第二天来取舍利子。这时又出现了许多不可思议的异征。当日晚上，大家都把头朝着祭坛的门，在地下睡着了。次日一早，惹琼巴刚刚醒的时候，看见五部空行母们拿着缨络骨饰众宝庄严及种种五欲供养品，进入祭坛来行供养。一会儿，看见五个主要的空行母，从祭坛中捧着一团光明的东西飞了出去。惹琼巴正看得出神，忽然想起，必是空行母们把尊者的骨灰舍利子拿走了，心中一急，连忙赶出来，这时空行母们已经捧着舍利，腾在空中。惹琼巴立刻回去把所有的师兄弟喊醒。大家打开祭坛的门，向里面一看，连一颗舍利子都未留下！惹琼巴悲痛忧伤万分，就请求空行母慈悲分一点舍利子给人间的弟子们。
空行母说道：“你们这些大弟子们，已经得到了最殊胜的舍利，亲见法身了，如果这个还嫌不够，可以祈请尊者，尊者自然会给你们的。至于其他的人们，比起光明如日月的尊者来连萤火虫还不如，这些人给他们舍利子作什么？这些舍利子是属于我们的。”说完就停住在空中不动。徒众们听了空行母的话后，大家一想，这个话说得不错，心生懊悔，殷切的祈祷道：
至尊依止上师时，敬信如教而行故；
获致甚深了义诀，成就有缘令解脱；
愿赐舍利作福田，一切众生求悯怜。
至尊山窟独居日，断离贪着精进修；
现得神通大成就，名称普耀于十方；
愿赐舍利作福田，悲护所有见闻者。
至尊摄受弟子时，亲疏普及无偏私；
神通智慧复何限，善巧慈悲利生衍；
愿赐舍利作福田，悲悯有缘诸弟子。
至尊莅止诸法会，广大慈悲恩普盖；
一切有缘令解脱，悲摄业重者为最；
愿赐舍利作福田，悲摄我等诸蒙昧！
至尊舍此幻身时，示证空行大成就；
化现象界成法身，一切空行尊为首；
愿赐舍利作福田，与会弟子咸蒙悲。
大家这样悲痛殷切的祈求以后，就看见空行母的手掌中放出五色毫光，尊者的舍利子大如鸟蛋，降落在祭坛上。弟子大众看见舍利子降下来，都伸手想去拿，舍利子忽然又飞到空中，重新溶合到空行母掌中所发的毫光里去了。忽然毫光又分为两道，一道变成为日月座垫的狮子座，另一道变成一座内外透明的琉璃宝塔，塔中放出红、白、蓝、黄、绿五色光明，遍照三千大千世界，由一千零二尊佛四周围绕着，中间端坐至尊密勒日巴。亿万空行海会云集，供养赞叹，有两个天女在塔的下面捧着宝塔。尊者密勒日巴唱道：
徒子乐获与寂光，雁顿总巴等弟子；
具足善根诸惹巴，诚心祈祷呼我名。
舍利本是福田因，为众有情而施舍；
若由至诚祈祷力，能见三身三舍利；
则能不堕诸恶趣，若生信心当成佛。
法身明彻本一味，舍利乃是佛因依；
我与我所尚不得，何有彼境及彼住？
法尔真理虽如是，然尔至心所祈祷；
诸佛大悲定摄受，此是如来三昧耶。
上乐父母本尊佛，尸林骨饰为庄严；
坛城遍满大虚空，勇父空行法云绕；
圆满受用智慧尊，灌顶当得速成就。
若能于彼勤恳祷，当得不思议加持；
此是空行三昧耶，法身事业能成办。
万千化身随意观，于此琉璃宝塔周；
显教千佛作围绕，密教本尊四部现。
现前降临甚希有，若得诚心作祈祷；
事业广大自然成，此是护法三昧耶。
上师三身本无别，能现不思议神变；
小中能显广大境，如是神变甚希奇。
若能一心而恳请，当得殊胜大成就；
此是一切成就者，誓语金刚三昧耶。
若能善持密宗戒，一切具誓赐成就；
若能独自山中修，空行慈母常围绕。
于法若无谄媚心，身当速得成就相；
内心若不贪欲乐，烦恼根本立时断。
若不执我不执物，鬼魔障难即时除；
若不执着宗派见，一切见解自清净。
若了生死本来空，一切修观自清净。
内心持戒若有恒，一切所行悉清净。
若得上师之授记，一切誓戒皆清净。
若能利益诸众生，一切果利悉清净。
师徒心意如合一，一切因缘悉清净。
若见成就殊胜相，心境自然生净信；
维护禁戒得暖相，汝等徒子应受持。
尊者说完了，空行母捧着宝塔，便准备迎请尊者到空行刹土中去。这时寂光惹巴心中想道：“我应该为人间众生福田计，恳求空行母赐下这个宝塔，作为人间弟子供养之用。”就哀痛迫切的祈请道：
上师慈父应化身，圆满受用瑜珈士；
法性无生普遍满，祈请至上法身前！
空行手中之宝塔，恳祈赐予我徒众。
若欲朝觐获加持，礼拜师尊即成办；
无价之宝瑜珈士，祈请究竟清净者；
空行手中之宝塔，恳祈赐予我徒众。
供养承事师尊时，即能回忆上师教；
普利一切瑜珈士，具大悲者我祈请；
空行手中之宝塔，恳祈赐我徒众辈。
至尊舍弃世法时，一如明王大仙人；
坚不动摇瑜珈士，祈请雄毅大勇者；
空行手中之宝塔，恳祈赐我徒众辈。
依师口诀修观时，尤如猛虎食人肉；
无有疑义瑜珈士，祈请雄毅大勇者；
空行手中之宝塔，恳祈赐我徒众辈。
无人崖洞独居时，一似铁制无缝石；
无有转变瑜珈士，圣心不动我祈请；
空行手中之宝塔，恳祈赐我徒众辈。
至尊显现神变时，犹如狮子龙象舞；
无所恐怖瑜珈士，离诸畏惧我祈请；
空行手中之宝塔，恳祈赐我徒众辈。
觉受暖相生起时，犹如十五月正明；
遍满世界瑜珈士，无偏袒爱我祈请；
空行手中之宝塔，恳祈赐我徒众辈。
至尊遇有财物时，弃如水银之泻地；
不染浊气瑜珈士，离过失者我祈请；
空行手中之宝塔，恳祈赐我徒众辈。
至尊莅止法会时，有如太阳照大地；
世间黑暗顿时消，具悲智者我祈请；
空行手中之宝塔，恳祈赐我徒众辈。
师往空行刹土时，如妙宝瓶赐成就；
随愿成办瑜珈士，大希有者我祈请；
空行手中之宝塔，恳祈赐我徒众辈。
师以神通授记时，视未来事如掌物；
略无谬误瑜珈士，具三世智我祈请；
空行手中之宝塔，恳祈赐予我徒众。
至尊赐我成就时，有如父传宝与子；
永无二语瑜珈士，具大悲者我祈请；
空行手中之宝塔，恳请赐予我徒众。
寂光惹巴祈请之后，宝塔中的尊者就回答寂光的祈祷，唱了一只辨了不了义歌：
噫嘻善根具信人，至心悲切祷告诚；
稀有惹巴我徒子，听我密勒为汝歌：
我之法身遍一切，空性本离得与失；
色身趋入法性故，出生世俗之舍利。
独一舍利放光芒，为诸众生集资粮；
往生净土所依故，五部空行为守护；
天人神众为供养，若留人间终毁灭。
汝等善根诸弟子，证得自心法身后；
已具最胜之舍利。修行道上多慎思，
何用世俗舍利为？执着相似即违道，
切记斯语勿忘之。
依止汝父具相师，与依具足福德者；
表面相似实不同，二者差别应当知。
心性显现本来空，着意修成无念境；
表面相似实不同，二者差别应当知。
修观本来现成性，较之修定习等持；
表面相似实不同，二者差别应当知。
法尔任运之显现，千奇百境妄心见；
表面相似实不同，二者差别应当知。
无染心性自显现，修善作福取舍心；
表面相似实不同，二者差别应当知。
缘起事上显成就，纷扰福德之作业；
表面相似实不同，二者差别应当知。
慈母空行之授记，以及魔鬼之招使；
表面相似实不同，二者差别应当知。
无垢法身之舍利，以及物质舍利子；
表面相似实不同，二者差别应当知。
法性化现之花朵，欲界天人所降花；
表面相似实不同，二者差别应当知。
佛陀示现之宝塔，魔鬼化身之窣波；
表面相似实不同，二者差别应当知。
显有光明示彩晕，四大缘起所生虹；
表面相似实不同，二者差别应当知。
往劫因缘所生信，遇缘临时之信心；
表面相似实不同，二者差别应当知。
内心深处之信心，责任羞愧所生信；
表面相似实不同，二者差别应当知。
至诚真实之修观，取悦上师之修行；
表面相似实不同，二者差别应当知。
所求立赐于掌中，口头允许如空风；
表面相似实不同，二者差别应当知。
空行慈母之宝塔，即是三世诸佛刹；
勇父空行之宫殿，至尊上师之修室。
我在东方现喜刹，无量空行围绕处；
上乐金刚薄伽梵，大悲观音与度母；
无量佛陀菩萨众，诸圣大士所游止。
汝等若能一心求，默然饮泣而祈祷；
毫无虚饰勤礼拜，投掷锐利智慧花。
甘露洗涤菩提心，无转信心善守护；
不二智慧得灌顶，是为成就之初征。
歌声一住，空行母捧住宝塔，飞到诸大弟子的顶上，宝塔忽然放出许多道毫光，每一个弟子的头顶上也都有一道光照射出来。大家都看见宝塔中央的尊者腾入空中，变成喜金刚、上乐金刚、密集金刚、至尊母坛城、无量佛陀，为空行母所围绕。最后诸佛菩萨皆化成光明，溶入尊者的心间。在天乐齐鸣中，尊者被迎请到东方现喜刹土中去了。
有的徒弟看见尊者报身庄严，坐狮子座，四部空行捧送，金刚亥母导引，于不可思议天乐供养云中，往东方现喜刹土中飞去。
诸大弟子看见尊者已经悄然飞去，无法取得舍利供养，于是大家都嚎啕大哭，悲哀祈祷。忽然听见空中尊者的声音说道：“徒儿们啊！你们用不着这样的悲伤，在崖石的下面找到四个字的铭训以后，你们就会发现供物的。”于是大家就在崖石的周围四处找寻，果然发见了铭训。这个崖石，现在在曲巴寺还可以见到。
诸弟子看见尊者已经到他方世界去了，心中虽然十分悲伤，但是都知道将来一定可以往生尊者的净土，同时也明白尊者的一切示现，都是为了佛法和众生的原故。大家都抱着献身二利事业的决心，来看尊者的遗嘱和灶下面的金子究竟是怎么回事。
大家虽然知道尊者决不会埋藏什么金子，但是为了遵守他的遗训，大家都到灶下面去看个究竟。果然在灶下发现有一块棉布，里面包着一把小刀，小刀的刀口还很锐利。刀柄上并且系有一个椎子，此外还有一小块糖，和磨刀石一同包着在布里。他们仔细一看，在刀上面还刻有几行小字：‘用这把刀，切这块糖及割这块布，它们永远都不会被切完的。你们就这样把糖和布切了分给所有的人；凡是吃了这个糖，或分到这块布的人，便不会堕入三恶道了。密勒日巴的三昧食和衣服，是上师和诸佛都加持过了的。若有众生，听见我的名号，生一念信心，在七生之中，也决不会堕入恶趣，并能忆念七生之事。此是诸佛菩萨之授记。如果有人说密勒日巴有金子，那人就应该吃粪。’诸弟子们在极端悲伤中看到了这个遗嘱的最后一句，实在忍不住大笑起来，他们皆大欢喜。又继续的念最后一段话！那是一首歌词：
此乃行者三昧食，具二成就大悲食；
若有幸运尝此者，必不堕入恶鬼趣。
此布拙火智慧衣，若有幸运佩带者，
必不堕入苦地狱。一切得我加持者，
必能不堕三恶趣。一切有我法缘者，
永不堕入三恶道；渐次必能成佛陀。
若有闻我名号者，生一念信诸众生，
能忆过去七生事。密勒日巴大丈夫，
已转三界为黄金；黄金珠宝何用为？
我徒遵行我训示，现前以及究竟利；
凡有所求皆成就。
于是大家就用刀来切糖，的确无论切多少次，那块糖还是切不完。布也是一样，割了许多次，原来的一块布丝毫也不减少。这样无穷尽的切去，大家都分到了布和糖。许多患病的人，吃了糖以后病立刻就好了。下根烦恼重的人，吃了糖之后，慢慢地智慧增长，慈悲也增多了。
在举行葬礼会供的时候，天上降下五色的鲜花。这些花降下来的时候，大半皆在离人顶不高的地方就融化不见了。有的花落到地上的，拾起来看，却跟蜜蜂翅膀一样的细薄，美丽异常。
在曲巴村一带，降下来的天花遍满大地，堆到足膝一样高；其他附近的地方，花朵也如下雪一样，降下了很多。等会供仪式完毕后，各种异征奇彩就慢慢的消失了。
以后许多年当中，每逢纪念尊者的日子，天空中就现出长虹，降落花雨，鸣奏天乐，飘散异香，生出种种的奇迹来；同时地上也长出许多不同的奇花，年岁丰稔，人无灾病，也没有战祸。这种种奇迹，说也说不完。
结语
尊者涅槃之后，他的那些已登不退转地（即登地以上入圣者流的菩萨，已得永不退转，不为烦恼业力所使，能破一切障难，直趋菩提）以上的大弟子们，为了要使密勒日巴大师的事迹和教训永留人间，普利一切有情，令所有见闻者皆发大菩提心，趋向佛道究竟正觉，特将尊者一生事迹和法语，记录下来，并广为流布，希望一切恒沙世界的众生，早日脱离生死苦海，超登无住涅槃彼岸。
尊者每次要遇见他的徒弟的时候，多是先由空行母事前授记。譬如他遇见寂光的时候，事前就在梦中授记。
尊者有两大弟子，一个是如日轮一样的仰妹达波冈波巴，一个是如月轮一样的贡通惹琼巴。另外有如明星一样的雁总顿巴菩提胜王、寂光惹巴、色问惹巴、喜惹巴、炽贡惹巴、佛护惹巴。一共八