这位阮大铖也是安徽人士，极具才华，后来孔尚任在《桃花扇》中给了他不少笔墨，把他渲染得家喻户晓，这是后话。阮大铖与东林党人原先并无矛盾，而且与汪文言、左光斗是同乡，关系相当密切，也互知底细。但问题也就出在同乡、朋友这层关系上。
当时吏科都给事中一职空缺，左光斗有意让阮大铖顶这个职位，而阮大铖论资历也应该升迁此职。于是，左光斗便把家居的阮大铖召回。没想到赵南星、高攀龙、杨涟几位东林党魁，认为阮大铖性格轻躁，不适合任此职，便改由魏大中担任，阮大铖改补工科给事中。兴冲冲的阮大铖犹如冷水泼脸，很不高兴，不仅不感激同乡好友左光斗的提拔，反而记恨起左光斗、魏大中来。东林党人对阮大铖的做法，违背了古训，即宁得罪君子，不得罪小人，最终吃了大亏。
阮大铖心怀不满，竟唆使同事傅櫆，出面弹劾汪文言结纳左光斗、魏大中，徇私舞弊。汪文言随即被下了诏狱。然而东林党人当时在朝廷还占有优势，而且汪文言也是叶向高提拔的，所以当时负责此案的镇抚使刘侨还是就事论事，没搞什么株连，只是把汪文言除了名，廷杖了事。据说御史黄尊素专门给刘侨打了招呼，说是汪文言不足怜惜，但不要由此祸及缙绅，刘侨也同意并照办了。
魏忠贤自然不满意这种处理，便以刘侨办事不力而撤了他的职，起用许显纯主持镇抚使。不久，御史梁梦环投魏忠贤之意，上疏再劾汪文言，旧案再提。魏忠贤随即指令许显纯将汪文言逮捕下镇抚司狱，严加鞫治。同时，大理寺丞徐大化，也在魏忠贤的指使下，上疏纠弹杨涟、左光斗等人，党同伐异，招权纳贿。这样一来，汪文言的案子一下子就复杂起来了。
魏忠贤与东林党人当时已是水火不容，仇怨很深，大规模打击迫害东林党人，也是不可避免之事。汪文言只不过是魏抓到的借口而已。东林党人在劫难逃。最不值得的是阮大铖。他最初唆使同事弹劾汪文言，本意也只是公报私仇，出口恶气，他大概也没有想到事情发展到如此地步。后来他活得不尴不尬，遭人唾弃，跟他的这一举措是分不开的。
汪文言被逮捕后，许显纯按照原先制定的策略，一步步逼供、诱供，用尽手段，想撬开汪文言之口，株连东林党人。
株连的名单早已初步拟定。顾秉谦、魏广微两位内阁大学士在此以前就编定了一份《缙绅便览》，把叶向高、韩爌、赵南星、高攀龙、杨涟、左光斗等百余名东林党人或与东林党关系密切之人，定为邪党，同时把黄克缵、王永光、徐大化、贾继春、霍维华等同党定为正人，交给魏忠贤，由魏忠贤根据这份名册来定黜徙。
不久，王绍徽又根据《水浒传》中“一百零八将”的名目，重新编排了《东林点将录》交魏忠贤。崔呈秀也编了一份《同志录》，内录东林党人名单，另编《天鉴录》，收录不附东林党人的官员名单。这样，魏忠贤已基本上把当时朝廷的官员分成东林党和非东林党两大类，以示甄别。
为了把东林党诬蔑成人人痛恨的邪党，魏忠贤又指使手下为“梃击”、“移宫”、“红丸”三案翻案。首先由御史杨维垣、给事中霍维华提出重新评判三案，痛斥刘一燝、韩爌等东林党人当时的处理方法，并由此涉及到辛酉（1621）、癸亥（1623）的京察以及其他之事。凡是东林党人否定的人或事，此时全都被翻了过来。到后来甚至发展到了凡是对魏忠贤手下的人有冤恨，或者他们不喜欢的人，一概被安上东林党的罪名，予以打击。到天启五年（1625）四月，朝廷重修《光宗实录》，把上述的这些“成果”以法定形式确立下来。
对历史人物或历史事件的评价，往往反映了现实政治的倾向，甚至直接就是现实政治的表现。东林党人当时为整倒方从哲及其同党，一上来就追论“红丸”等案，从历史事件入手，达到现实党争的目的。魏忠贤上台后，也同样采取了这种手法。最可怜的是李可灼，他为了那粒该死的红丸，开始是获赏，后来又被罚俸、甚至充军，魏忠贤重论“三案”之后，他又被免除充军，真是朝悲暮喜，大起大落。同样的事，同样的人，因不同的人当政，结果是迥然不同！因此，小人物在这样的政治环境中，最好不要去掺和，因为小人物往往是政治斗争中的棋子，具体放在哪里由不得自己作主。
魏忠贤深知，要置东林骨干于死地，像“移宫”之类的罪行还不足至此。汪文言在天启四年底被捕后，许显纯原准备用“移宫”等罪名来迫害东林党人士，并于次年三月正式逮捕前左副都御史杨涟、佥都御史左光斗、给事中魏大中、御史袁化中、太仆寺少卿周朝瑞、陕西副使顾大章等。这六人是东林激进分子，被称为“东林前六君子”。大理寺丞徐大化认为原定罪名过轻，杀之不足以服众，应该给他们上纲上线。于是，徐大化给魏忠贤出了条毒计：
“如果只定他们‘移宫’罪，则无法与贪赃枉法搭上边。如果以杨镐、熊廷弼行贿、他们纳贿来定罪，则事关重大，杀之也更有名目。”
徐大化所以定出这条毒计，也是事出有因。熊廷弼兵败辽东后，被朝廷论处死罪，他为了活命，据说曾托汪文言向内廷许诺行贿白银40000两，得以暂缓执行死刑。但这位熊廷弼也算是清官，平时也没有什么积蓄，所以话虽说出，到时却又拿不出这笔钱，这下可惹恼了魏忠贤之流，熊廷弼自然也难以活命了。这位恃才傲物的熊廷弼，在位时不肯贪污纳贿，聚敛私财，更不肯给朝中官员馈送分毫，临死前却又要放下架子，梦想靠行贿活命！这位书呆子，至死也不明白，行贿送礼之类的事不是信口开河，而是要用大把大把的银子的。平时要做清官，不贪不贿，囊空如洗，到这个时候竟还想去行贿求人，靠他一年几百两银的俸禄够么？
熊廷弼此举，不仅害了他自己，而且还害了那批东林党人。
魏忠贤自然会联想，熊廷弼既然想给内廷行贿，难道就不会给东林党人行贿？在魏忠贤看来，天下哪有什么一尘不染的清官。只要花足功夫，总能找点证据出来，何况还有一个现成的活证据汪文言在手中，不怕他不开口。
许显纯便按照魏忠贤的旨意，重审汪文言。没想到汪文言是条汉子，屡受毒刑，仍拒不承认。被打到实在受不了时，汪文言便仰天大呼：“世上岂有贪赃之杨大洪哉？！”意思就是说，这个世上，像杨涟（字大洪，一字文孺）这样的清官要是贪赃枉法，真是天大的笑话。他还义正词严地表示：
“你们用这种勾当来污蔑清廉之士，我就是死也不会承认！”
这些话招来的当然是更惨烈的刑罚。许显纯看到汪文言似乎没有承认的意思，便按自己的需要拟写了汪文言供状。没想到已昏死过去的汪文言突然睁眼醒来，厉声斥责道：
“任凭你胡编乱造，到时我一定与你当面对质！”
事已至此，他竟还梦想对质，真是痴人说梦。许显纯会给他这样的机会么？供状编好上奏之时，汪文言自然也就被乱棍打死了。
在许显纯编造的供状上，杨涟、左光斗是各受熊廷弼贿白银20000两，魏大中是3000两，袁化中是6000两，周朝瑞是10000两，顾大章最多，达40000两。这样的数目，是许显纯精心设计的。魏大中之所以只有3000两，是因为魏大中曾力主要定熊廷弼战败之罪，定多了不行。而顾大章之所以要定40000两，也是因为他曾力保过熊廷弼，不然何必如此？除上述6人之外，供状还涉及赵南星等15位东林党人。
这纸供状最后自然要传到天启帝手中。天启帝见到此状时的心态也是可以想象的。你们这些东林党人，在朝在野时都口口声声仁义道德，骂遍朝廷，没想到却是这种东西，不重治怎么得了？
于是，天启五年（1625）六月，杨涟等6人被下了诏狱。赵南星等15人被削了籍，削籍是刑事处罚以外最重的处罚，对文官而言，削籍意味着永不起用。另外，这些人仍要被追赃。在天启帝看来，既然受了贿，就要吐出来。这一招更毒！因为他们本来就没有受贿，家境也多不富裕，哪来这么多钱退赔？这最终苦了他们的家里人。
既然进了诏狱，杨涟等六人的生死只能听天由命了。按制，诏狱由北镇抚司主管。在这里，审讯不受正常司法程序的制约，而只对皇帝负责。既然只有皇帝认为有罪的人才会入诏狱，那么这些人肯定就有弥天大罪，不审就可杀之。但为了印证皇帝的英明，一般还是要审一审，让这些人自己说出自己的罪行来，或许皇帝还会宽恕待人，给予悔过自新的机会。假如不识抬举，那么，诏狱也有办法对付。譬如说它除了枷和立枷之外，还有许多著名的刑具，常用的就有械、镣、棍、拶子、夹棍五种。另外，其刑罚也别出心裁，十分厉害，如“昼夜用刑”、“琵琶”、梃棍、烙铁、“一封书”、灌鼻、钉指之类。这些虽不是明代的专利，但也足以证明明代并不像后人所认为的那样已缺乏想象力。
正因为如此，明代被投进诏狱的人，几乎都是两种结果：低头认罪或自取灭亡。杨涟、左光斗等这6位东林党人，虽有铮铮铁骨，却也无第三条道路可供选择！
杨涟等进了诏狱，许显纯自然要重点“照顾”，不会心慈手软，但没想到这6位东林党人就是不招。据说左光斗被打得皮开肉绽之后，突然灵机一动，想出一条脱身之计。他对另外几位说：
“许显纯辈，要杀我们，办法不外两个：如我们不承认纳贿，则继续用酷刑，直到被折磨至死，此为一；或者乘夜深人静之际，悄悄派人进来把我们杀掉，此为二。但如果我们暂时承认受了贿，则按例应当移送到法司审讯，这样一来，我们或许还有见天之日，可以侥幸不死。”
其他的人听了，也觉得有理，竟先后承认了自己的罪行。他们到这时候仍抱幻想，认为只要承认了罪行，或许皇帝（或魏忠贤）就会放他们一马，改由法司来审讯，说不定还能求得一条生路。他们就不想想，假如魏忠贤事事照章去办，他们怎么会进诏狱呢？
魏忠贤要的就是他们这样的认罪。不过，魏忠贤却不会放他们一马。因为他们既然承认受了熊廷弼的贿，那么，他们难道就不会受其他人的贿吗？！说不定还有更多的贿赂被隐瞒了。既然如此，就应该继续严加追比，尤其对这些不见棺材不掉泪的人。
严加追比就是继续拷打。魏忠贤令许显纯继续对他们用刑，及时汇报案情。此时，左光斗等人才知上当，大错特错了。至此年七月，左光斗、杨涟、魏大中就惨死狱中。杨涟死状最为惨烈，死时身上压着装满沙土的重囊，一根长长的铁钉穿耳而过。左光斗、魏大中死时也是体无完肤，面目全非。过了3天，狱中才报出死讯，3人的尸体已经腐烂，很难辨认出谁是谁了。至八月，袁化中、周朝瑞也在狱中毙命。最后只剩顾大章一人未死，但也并不是他有什么法术，而是因为诏狱的人怕六人全都打死，影响不好，才把他留下移给法司审讯定罪。没想到天启帝最后仍要把他移回诏狱再审。顾大章实在是怕再回那个地方，与其死在那里，还不如自行了断，于是便上吊自杀，求得解脱。
这6位在京师诏狱中受苦，他们的家人也在外面受尽折磨。
杨涟被逮捕时，士民数万，拥道呼号。囚车所过村庄市镇，都焚香设醮，为他祈祷。杨涟死后，家产被没收充公，总数不足白银千两。老母、妻子无处可栖，由两个儿子乞讨求食供养，官府还要不断催逼杨涟的“赃款”，引起了广泛同情。左光斗死后，地方官对其家族严加追比，其兄左光霁被逼死，其母悲泣而死，整个家族尽破。魏大中的儿子魏学洢，暗中随父至京师，救父不成，扶柩而归，昼夜哭号，绝食而死。
做忠臣的代价实在是太大！这大概也是人人都说忠臣好，但又没有几个人真正去做忠臣的原因吧。
魏忠贤的做法，实在是令人发指。甚至在他的党羽中，也有人觉得太过分了。像魏广微，本是名臣之后，却投了魏忠贤，做上了内阁大学士。杨、左之狱，他开始也积极参与。但当吏部尚书崔景荣看到诏狱连连杀人时，心中不安，便要魏广微出面上疏制止。魏广微便上了一疏，表达了自己的看法：
“杨涟等人今天尽管是有罪之人，但从前也是朝廷命官。即使赃私之事确实，也应转付法司，依据律令定罪，而不应该令镇抚司如此严刑追比。”
他这种良心发现式的建议，魏忠贤自然很不爱听，而且很生气。结果是吏部尚书崔景荣立即被罢免，魏广微也很快下了台。从后来的情况来看，这两人反而是因祸得福，没有继续助纣为虐。可见魏忠贤的爪牙虽全是恶人，但恶人之中，也有稍善之人。有些人今日仍是爪牙同伙，明日却可能变成被排挤的对象。恶人作恶，各人因情况不同，其作恶的程度、分寸也会有所差异。魏广微等人已觉得差不多了，魏忠贤等人却认为才刚刚开始。结果是前者必然被淘汰。正如魏忠贤用天启帝的口气所说的那样：
“朕方率循旧章，而曰朝政日乱；朕方祖述尧舜，而曰不大相侔。”
意思十分明确，即祖宗之制刚刚恢复，尧舜之治也将开始，你们却说什么朝政一日乱于一日，违反祖宗之制，不合帝王之道，真是岂有之理！
魏忠贤当然要一步一步继续走下去！
不久，前辽东经略熊廷弼，被斩首并传首九边。而直接导致辽东惨败的巡抚王化贞却没有同时被斩。不仅如此，御史梁梦环检举说熊廷弼贪污了军饷17万两，至于他是怎么核算出这个数字的，那就不得而知了，因为熊廷弼的账本早就毁在广宁。不过这已无关紧要了。另一位御史刘徽紧接着