左光斗这份奏疏，淋漓尽致，毫不掩饰，气得李选侍派员宣召左光斗进宫严责。偏偏左光斗不买账，说什么我是天子法官（御史），非天子召不赴，你们算什么？丝毫不给李选侍面子。大学士中，刘一燝支持左光斗，而首辅方从哲则认为这种事能缓即缓，不必如此急迫。
到天启帝正式登基前的一天，杨涟再次上疏，指责李选侍明托保护幼主之名，阴图专权擅政之实，并要求李选侍立即移宫。内阁学士刘一燝、韩爌，拉着首辅方从哲，要求皇长子立即降旨移宫，并站在宫门外等旨，大有逼宫之势。李选侍被逼得没法，只好乖乖地去哕鸾宫。皇长子随即移回乾清宫。
哕鸾宫是打发妃嫔宫女了却残生的地方，与冷宫无异。李选侍年纪轻轻，自然不肯去这样的地方，所以她开始时要临终前的泰昌帝封她皇后，后又要挟持幼主，目的就是想留在待遇较好的宫中，倒未必就是像杨、左之流所说的那样，要驾驭朝政。只不过李选侍做事，总有点胡搅蛮缠，结果给外廷抓住了把柄。话又说回来，像李选侍这样的女性，年纪轻轻，毫无经验，满朝大臣都明着欺负她，她除胡搅蛮缠之外，又能有什么别的办法？
天启帝终于正式登基了。
为了年号问题，也曾有过一番争执。泰昌帝即位时，曾议定第二年启用泰昌新年号，没想到泰昌帝即位仅一个月，就撒手归天。新天子天启帝即位，按理明年就应启用天启年号，但这样一来，泰昌年号实际上就没有位置。无奈之下，朝臣们想了一个变通之法，即把万历四十八年（1620）的最后四个月算是泰昌元年，到第二年启用天启年号。这种做法，在历史上也是罕见的。
天启即位之时，朝廷局面还算过得去。虽然内阁首辅仍是方从哲，但当时被称作是正人君子的东林党人，以及不少与他们有密切关系的官员，在朝廷中也占据着重要位置，甚至具备一定的优势。但东林党人并没有利用这一有利机会，树立绝对优势，反而抓住一些鸡毛蒜皮之类的小事，大做文章，闹得沸沸扬扬，到后来连后悔的机会都没有。
左光斗等人仍抓住李选侍的问题不放。李选侍移宫时，手下人大概顺手牵羊，从乾清宫中盗走一些宝物，被发觉后交法司严办。一时宫中人人自危，谣言四起，说李选侍被逼得要上吊，皇八妹（选侍之女）要跳井云云。御史贾继春很是看不过去，便上书内阁，对朝廷的这种做法提出批评。他说：
“新天子刚刚即位，不应诱导他违忤先帝之意，逼迫庶母（指李选侍）。先帝尸骨未寒，而其妻女却已不保。”
因事及移宫，左光斗、杨涟坐不住了，立即纷纷上书，论争由此再起。天启帝回想起李选侍凌辱其生母、要挟先帝册封皇后，以及妄想垂帘听政诸状，不禁火冒三丈，当众历数其恶，并严责贾继春，闹得朝廷一时沸沸扬扬，不得安宁。
作为首辅，方从哲的做法就跟左光斗、杨涟不太一样。在他看来，处理这类事情，大可不必如此。因此，他从一开始就反对杨涟、左光斗那种逼李选侍移宫的做法，后来更是反对天启帝公布李选侍的罪状。从其位置来看，方从哲的做法也是可以理解的。
但东林党人绝不会同意！他们认为，方从哲的做法，是非不分，善恶不辨，是贪恋权位！因此，在移宫之事平息后不久，他们又抓住泰昌帝的死因，大做文章，重提“红丸案”，把矛头直指方从哲。
所谓红丸案，就是要追究泰昌帝猝死的治疗责任。泰昌帝从起病到驾崩，时间很短，而且在去世前曾服用了两粒红丸，导致病情迅速恶化，所以东林党人纷纷指责这是误诊误服，要追究所谓的医疗责任。
其实，泰昌帝服用红丸的经过是许多人都知道的，而且也是泰昌帝自己点名要服的。
八月初十那天，泰昌帝已感不适，召御医诊治。到十四日，内侍崔文升进泻药去火，泰昌帝服用后，一昼夜泻了三四十次，病情恶化。京师一时纷纷传言，说这是郑贵妃指使的，是想谋害泰昌帝。于是给事中杨涟、左光斗与吏部尚书周嘉谟逼郑贵妃移宫，使其不能插手治疗，并要求首辅方从哲查办崔文升，督察御医慎重下药等等。首辅方从哲也都一一照办了。
但问题还是发生了。
鸿胪寺丞李可灼本无医术，但不知从何处找到一个偏方，说可以医治皇帝龙体。第一次进药时，被首辅方从哲拒绝。但李可灼仍通过宦官把这件事告诉了泰昌帝。泰昌帝在临终前一天的晚上召见大臣时，就问首辅方从哲：
“鸿胪寺进药者安在？”
方从哲当然不敢说泰昌帝是病急乱投医，只能说鸿胪丞李可灼自称有仙方，但臣等不信，没让他进药。泰昌帝坚持要李氏进药，大臣们不放心，商议再三，决定让两人先试服，结果是一人益一人损，没有把握。正在犹豫之际，泰昌帝坚持服下了第一粒红丸。服下以后，泰昌帝感觉良好，并连赞李可灼是忠臣。但第二粒服下后，病情逆转，到第二天清晨就归天了。
从治疗过程来看，以方从哲为首的大臣们还是十分谨慎的。至少方从哲本人是没有什么把柄可以给人抓到的。
给皇帝治病，历来是件棘手的事。按理说，皇帝是半人半仙式的人物，本应万寿无疆，而不会像凡夫俗子那样食五谷、生百病的。但事实上，即使是皇帝本人，也知道这是骗人的把戏，皇帝也一样会生老病死。但皇帝生病，毕竟与凡人不一样。首先是生了病不能讲，至少是不能随便讲，甚至是明知有病却还要故意讲些万寿无疆之类的谎话，遮人耳目，以免动摇人心。其次是没人敢主动去治，但被点到后也没人敢不去治。治好了自然有功有赏，但治坏了甚至治死了更是担当不起的罪名。所以给皇帝治病时都要组成一个班子，由官员和太医组成，共同承担责任。在具体诊治时，更是议了再议，先求平安无事，绝不冒险。
方从哲自然深晓此事关系重大，绝不会乱来。或许是泰昌帝也深知其中原委，求治心切，所以自作主张，先服崔文升进奉的泻药，后又坚持要服李可灼的红丸，导致病情恶化而猝死。
所谓仙丹红丸，极有可能是用道家方法炼出来的一种红汞化合物，一般呈红色，有微毒。这种药物在当时是一种可治百病但实际上什么病也治不好的东西，服多了会引起慢性中毒。李可灼身为鸿胪寺丞，并不是御医，本不应该去进什么药。他或许是邀功心切，或许是忠心可嘉，硬是进奉此药，没想到不仅没有神效，反而惹下此祸。但细论起来，李可灼也没有多大罪责，药是泰昌帝自己要吃的，服完以后还称赞李可灼是忠臣。况且泰昌帝要服药时，不仅方从哲在场，其他大学士如刘一燝、韩爌，尚书周嘉谟、李汝华，侍郎孙如游，都御史张问达，给事中杨涟，英国公张惟贤等人也在场。服药之事，众目共睹，没有什么可说的。
或许正是出于大局安定方面的考虑，首辅方从哲决定承认既成事实，不去无限上纲，追究什么责任。开始时，他拟旨给那位进丹药的李可灼白银50两，算是奖励，同时息事宁人。但很多人对这种处理很不满意。御史王安舜首先弹劾方从哲，说他先是轻荐狂医，后又赏其银两，自掩罪行。方从哲无奈，只得重新处理，改罚李可灼俸禄一年。不久，御史郑宗周弹劾那位进泻药的崔文升，要求把他移送法司治罪。方从哲认为此举太过，便改由司礼监处理。没想到此举引起了朝臣的群起攻击。
御史马三元、焦源溥、郭如楚，给事中魏应嘉、太常寺卿曹珖、光禄寺卿高攀龙、主事吕维祺等等，纷纷上书，说崔文升、李可灼罪该万死，而方从哲竟然徇情包庇，国法何在？给事中惠世扬则撕破颜面，直言方从哲有“十大罪状，可杀三次”。在这种情形下，方从哲再也无法在首辅的位置上呆下去了。
到这一年的十二月，首辅方从哲经六次请求，最终获准致仕。
方从哲的时代结束了。他从万历之末开始独秉朝政，至今仍有不少人认为，方从哲要对这一时期的所有过失，甚至明朝的灭亡，负主要责任。其实，这多少有点委屈。
方从哲作为内阁首辅，自然要对当时的许多事情负责，但不应负全部责任。大明帝国那时已是穷途末日，任何人也难以扭转乾坤。方从哲之后，东林党人一度纷纷掌权，在朝廷中占有相当的优势，但时局也并没有好转，反而更加恶化。
在天启三年（1623）六月东林党人杨涟首劾魏忠贤“二十四大罪”状，与魏忠贤及其阉党公开冲突以前，东林党人及其支持者在朝廷中占有相当的优势。遗憾的是，东林党人并没有抓住机会，控制住局势。他们在许多问题的处理上，并不是很恰当，不仅被人抓住了把柄，而且引起了朝廷的混乱。同时，他们对当时日益强大的魏忠贤，也没有采取断然的有效措施，予以扼制，到后来终受其害。在叙述这些以前，须讲讲天启初年辽东的局势以及几次内乱。
4。沈阳失守
天启这个新年号的启用，似乎一开始就预示着凶兆。
天启元年（1621）春三月，辽东战局大坏。努尔哈赤乘初春之机，大举反攻，夺取沈阳、辽阳两大重镇，辽河以东大小70余城，尽降满洲。经略袁应泰、巡抚御史张铨等人战死。
消息传来，朝廷大震。
本来，在杨镐兵败之后，熊廷弼在辽东已逐步立住了阵脚，辽东局势也有好转。但熊廷弼与朝廷诸臣搞不好关系，满朝文武喜欢他的不多。适逢与他有私怨的御史姚宗文赴辽东阅边，回来后大肆攻击熊廷弼，姚宗文的同伙也纷纷应和，说熊廷弼破坏辽疆。熊廷弼愤然抗疏求罢，朝廷便派袁应泰这位并不精通用兵之道的文官接任经略之位。没想到才几个月，辽东局势便一溃千里，不可收拾。
朝廷急命王化贞巡抚广宁。在此以前，王化贞以参议守广宁，在辽河西部颇得人心。辽沈失守后，前线无将，便就地任命王化贞为巡抚。至六月，朝廷重新起用熊廷弼为辽东经略，驻山海关，赐尚方宝剑，节制诸路人马。熊廷弼竟然在这种危急关头再次上任，真不知他是保国卫疆，求功心切，还是一时意气用事，全不知其中关节！
朝廷此次起用熊廷弼，完全是出于无奈。辽河以东全线崩溃后，朝廷才想起如果熊廷弼在前线，局势当不致如此。于是在大学士刘一燝的提议下，朝廷决定重新起用他，而他也竟然又轻率上任。但此次复出，形势已今非昔比，不仅辽河以东城寨尽失，更严重的是，巡抚王化贞并不听熊廷弼节制，反而处处与他对抗。熊廷弼一到前线，就感到事不可为，凶多吉少了。但他此时已无退路。
熊廷弼一到前线，就发现广宁巡抚王化贞的战略大不对头。王化贞原非帅才，也不知如何用兵，他根本不顾前线的具体情况，一味迎合朝廷的意思，主张不切实际的进攻。这与熊廷弼的战略大相径庭，熊廷弼自然不能同意，双方失和也由此开始。
然而，王化贞是很有背景的人。当时新任兵部尚书张鹤鸣，坚决支持王化贞。此年十月上任的内阁首辅叶向高是王化贞的座主，两人有师生之谊，自然也偏向王化贞。或许是朝廷太需要辽东的胜利了，因此当时朝廷上下几乎是一致支持王化贞的进攻。王化贞则在朝廷的支持下，率广宁的官军四万，合毛文龙的两万余人，先后五次出击，却都是无功而还。熊廷弼也被迫由山海关移镇广宁前线，但已被架空。他多次要求朝廷节制王化贞，但朝廷绝大多数官员根本听不进去，反而要求王化贞不要受熊廷弼节制，而王化贞也上书朝廷，愿请兵六万，一举荡平辽东。真是有点痴人说梦！
天启二年（1622）正月，努尔哈赤的部队突然反攻，西渡辽河，一举攻破西平堡，并击败明朝援军。王化贞手下最得力的战将游击孙得功叛降。孙得功原想生擒王化贞邀功，幸亏王化贞在部将的保护下，仓皇逃出了广宁。至大凌河畔，王化贞遇到了熊廷弼，便失声而哭，熊廷弼则微笑着说：
“六万大军，一举荡平，何至如此？”
但熊廷弼至此也无回天之力。他把自己的五千兵马交王化贞带领，殿后掩护，焚烧积储后全线撤入山海关。此役之败，使辽河以西包括重镇广宁在内的40余城尽入满人之手，明军的防线几乎退到了山海关一线，并已无路可退。辽东就这样被糊里糊涂地丢得一干二净。
失败的消息传到北京，京师大震。最后是熊廷弼、王化贞一起被逮入狱，论死。兵部尚书张鹤鸣不久也被罢免。熊廷弼这样的结局，多少有点代人受过。不过，连他自己也没想到的是，他还有被利用的价值，到后来魏忠贤大杀东林党人时，他还要被当作替罪羊，断送了性命。
从张居正到熊廷弼，似乎不难看出，明末的能干之臣，凡是干出点成绩来的，几乎没有一个有好下场的！
辽东的惨败，已给朝廷敲响了警钟。不久，朝廷任命孙承宗为兵部尚书，兼东阁大学士，参预机务。至此年八月，孙承宗亲自赴前线经略蓟辽。这在明朝历史上似乎还没有先例。这说明朝廷已认识到体制上存在的问题。
明朝历来重文轻武，主张文治。武将和兵丁几乎都是世袭，没有什么地位。兵员的招募训练、粮饷的供给等等，差不多都由文官负责。即使遇有战事，前线统兵指挥的主帅，也由文官担任。而最后的决策权往往也由朝廷兵部、内阁的文官掌握。前线战将身边，往往还有文官掣肘。这种体制，本是明朝已十分成熟的文官制度的重要特征，目的是限制军人在帝国中的权力，以免太阿倒持。就此点而言，效果当然是很不错的。
但至战时，尤其像辽东之战这种大规模战争时期，这种体制就很成问题。前线的