权。
此外，汉族僧徒与河西回鹘僧，仍受到相当的待遇。元初佛教界一些著名人物，如耶律楚材、刘秉忠等，或为朝廷所尊信，或居政府的要职，对于当时佛教的护持，起了相当重要的作用。且禅宗盛行江南，天台、白云、白莲等宗亦相当活跃。但对佛教教义未有多大的发扬，仅寺院经济的发展与僧尼人数之增加，有甚于过去。而寺院大力经营工商业等，尤成为元代佛教的一特殊现象。
元代管理佛教的机构，最初设总制院，即以国师为领导。后又设功德使司（简称功德司）。至元二十五年（1288）总制院改称宣政院，扩大管理职权，且在各路设行宣政院，代替了功德司的事务。僧官如僧录、僧正、僧纲等，也都由宣政院管辖。后来到至顺二年（1331）撤销行宣政院，另于全国设立广教总管府十六所，掌管各地僧尼事务。元统二年（1334），又罢广教总管府，复立行宣政院。
元代寺院和僧尼的人数，据宣政院至元二十八年（1291）统计：全国寺院凡二万四千三百一十八所，僧尼合计二十一万三千一百四十八人，若将私度僧尼糀E算在内，恐怕还不止此数。
元代皇室所建官寺很多。从至元七年（1270）到至正十四年（1354）在京城内外各地，建有大护国仁王寺、圣寿万安寺、殊祥寺、大龙翔集庆寺、大觉海寺、大寿元忠国寺等，这些土木费用都很浩繁。英宗至治元年（1321）所建的寿安山佛寺，铸一佛像曾冶铜五十万斤（即今北京西山卧佛寺的卧佛）。
随着寺院的兴造，又规定每寺住僧约三百人，于是朝廷将大量田地给与寺院。例如，中统初（1260）给庆寿、海云二寺地五百顷。大德五年（1301）给兴教寺地一百二十顷，上都乾元寺地九十顷，万安寺地六百顷，南寺地百二十顷。皇庆初（1312）给大普庆寺田八万亩，崇福寺河南地百顷，上都开元寺江浙田二百顷，普庆寺山东益都田七十顷。至正十二年（1352），建清河大寿元忠国寺成，以江浙废寺之田归之。据大略统糀E，自世祖中统二年（1261）到至正七年（1347），前后共给寺田三千二百八十六万一千亩（《续文献通考》卷六）。这些寺院土地的主管机构是太禧宗禋院。各寺都设有总管府、提举司或提领所来经管业务。其一寺的田地散在各路的，便就各地设立主管机构。如大护国仁王寺，有襄阳、江淮等处营田提举司、大都等路民佃提领所。大承华普庆寺，有镇江、汴梁、平江等处稻田田赋提举司。大承天护圣寺，有平江善农提库司、荆襄等处济农香户提举司、龙庆州等处田赋提领所等（《元史？百官志》）。
元代寺院经济成了畸形的发展。因为寺院在拥有大量土地的同时，还大力从事商业和工业。当时各地解库（当铺）、酒店、碾磑、湖泊（养鱼场）、货仓、旅馆及邸店（商店）等，很多是寺庙所经营。如皇庆初（1312）给与大普庆寺腴田八万亩外，还有邸店四百间，即其一例（《陔馀丛考》卷十八）。其在工业方面，如开采煤炭和铁矿，也有寺僧参加。成宗大德元年（1297）有禁权豪僧道擅据矿炭山的命令（《元史？成宗纪》）。仁宗延祐三年（1316）于山西五台山灵鹫寺置铁冶提举司（《元史？仁宗纪》二），这也是前代寺院所无的经济活动。还有银矿的开采虽非寺院直接经营，而其收入却归寺院所有。如至顺元年（1330），闻蔚州广灵县地产银矿，文宗即令中书太禧院派人经营，而以其所得归大承天护圣寺（《元史？文宗纪》三）。寺院的工商业经营，当然和政府赋税收入有关。政府对于寺营的解库，有时禁止，有时命其纳税。而政府对于各处住持僧人将常住金谷掩为己有，修建退居私宅，开设解库，也有禁令（见《元典章》卷三十三）。至元三十年（1293）曾命僧寺之邸店、商贾舍止（旅馆），其货物照章纳税（《元史》卷十七）。其后更时有明令，使僧道为工商者纳税。特别是诸河西路僧人有妻子者，当差发、税粮、铺马、次舍，与庶民同；以防止当时富户冒为僧道，规避差役（《元史？刑法志》卷一百零三）。
元代没有大规模举行官刻藏经的事，这是因为大都（今北京）弘法寺原来已有金代刻成的大藏经版，世祖至元中曾重加校订，成为元代的弘法寺大藏（当时有《弘法入藏录》，今已佚）。至元二十二至二十四年间，更召集汉藏大德僧人学士等对勘汉藏两种大藏经的异同，编成《至元法宝勘同总录》十卷。此外，民间私刻的藏经也还有几种版本。先是杭州余杭县南山大普宁寺白云宗僧徒于至元中募刻了大藏经版一副，约六千卷，此即通称的普宁寺本。稍后，在成宗大德年间（1297—1307），宋末创刻未完的碛砂版藏经继续雕刻，至仁宗至治末年（约1323顷）完成，共六千三百余卷。又在大德十年间（1306），松江府僧录管主八从弘法寺大藏中选出南方各种藏经刻版所缺之秘密经类等，刻成二十八函，约三百一十五卷，以为普宁寺版和碛砂版的补充。管主八还于大德六年（1302）以来刻成西河字（西夏文）大藏经版一副，共三千六百二十卷，并印施三十余部于各地。又白莲宗复兴而传入福建之后，也于仁宗延祐二年（1315）在建阳县发起开雕毗卢大藏，得到当时福建行省长官亦黑迷失的赞助，担任了劝缘主，但只刻成《般若》、《宝积》、《华严》、《涅槃》四大部，今福州鼓山和山西太原崇善寺还存有它的一些印本。至于蒙、藏文大藏经亦于武宗至大年间（1308—1311）由嘉漾在内地和西藏地区分别刻成版片，但印本久佚。
元朝喇嘛教的著名人物，首推帝师帕思巴（1239—1280）。他在至元六年（1269）曾受命为蒙古族制造文字，进号大宝法王。他曾说出《根本说一切有部出家授近圆羯磨仪轨》一卷。后来又为世祖太子真金讲《彰所知论》。其著名弟子有胆巴、阿鲁浑萨里、沙罗巴、达益巴、迦鲁纳答思等。
胆巴（？—1303），藏族人。幼年依止帕思巴，被命赴国外学习梵典。中统间（1260—1264）帕思巴荐之于朝廷，号为金刚上师。因不容于宰相桑哥，被谪于潮州，后召还。寂后进号帝师。
阿鲁浑萨理（1245—1307），维吾尔族人。从帕思巴修学，旁通一些民族语言并汉文经史百家之学。帕思巴回西藏时，携他同行；后荐之于朝廷，官至集贤馆学士、平章政事。
沙罗巴（1259—1314），西域人。幼从帕思巴剃染为僧，学诸部灌顶法。他能操一些不同民族的语言，尤精通藏文，任世祖和帕思巴之间的译人。他译有帕思巴《彰所知论》二卷、《药师琉璃光王七佛本愿功德经念诵仪轨》二卷、《佛说坏相金刚陀罗尼经》、《佛顶大白伞盖陀罗尼经》、《文殊菩萨最胜真实名义经》各一卷。后授江浙等处释教总统，所译经典都雕板流通。
达益巴（1246—1318），师事帕思巴十三年，帕思巴回西藏时，他送到甘肃临洮，又亲近其地学者绰思吉十九年。武宗即位，召问法要，寂后谥祐圣国师。
迦鲁纳答思，维吾尔族人，通达佛教及诸民族语言。他被荐入朝后，世祖命他从帕思巴学习佛法和藏文，期年而通。他曾用维吾尔文翻译梵文和藏文的经论，世祖命锓版，散给诸王和大臣。
此外，还有必兰纳识里（？—1331），是帕思巴死后仕于元朝的维吾尔族学者。他精通佛教三藏及诸国语言。皇庆中，受命翻译梵文经典。西域各地送来的文书，都由他翻译。至顺二年（1331）给以国师之号。他用蒙古族文字译了汉文的《楞严经》，梵文的《大乘庄严宝度经》、《乾陀般若经》、《大涅槃经》、《称赞大乘功德经》和藏文的《不思议禅观经》等，皆行于世。
元代的禅宗，北方有金代万松行秀、雪庭福裕一系的曹洞宗师、与海云印简一系的临济宗师。南方则有云峰妙高、雪岩祖钦、高峰原妙、中峰明本、元叟行端等著名临济宗匠，传持禅学。
万松行秀（1166—1246），在金代极有盛名。他撰有评唱天童正觉《颂古百则》的《从容录》六卷，与当时江南的天童如净并称为曹洞宗二大宗匠。他的及门弟子有雪庭福裕、林泉从伦、全一至温及居士耶律楚材等，而以福裕的法嗣繁衍最盛。
耶律楚材（1190—1244），出身辽的皇室而仕于金，后来成了有名的政治家。他从万松行秀参禅三年，得到印可，号湛然居士。他随成吉思汗出征西域时，致书请行秀评唱天童正觉的《颂古百则》，行秀即在燕京报恩寺内从容庵撰出，楚材为作序刊行，即后来有名的《从容录》（《从容录序》）。
海云印简（1202—1257），曾为忽必烈讲说佛法并传戒。他重兴真定临济寺，时人称他为临济中兴名匠。嗣法者十四人，有语录曰《杂毒海》。元代著名政治家刘秉忠，就是他的弟子。
刘秉忠（1216—1274），原是云中南堂寺僧人，名子聪。印简应忽必烈之召赴蒙古，途经云中时，闻他的才名，约之同行，很受忽必烈器重。印简南还，他遂留于行帐，参决军政大事，后恢复本来的刘姓，命名秉忠。世祖即位时，他起草的朝仪、官制等一切典章，成为元朝一代的政治制度。遗著有《文集》十卷。
当时南方，自南宋以余杭径山、临安灵隐等为禅宗五山小刹后，禅门宗匠辈出，其代表人物有：
云峰妙高（1219—1293）于至元十七年（1280）住径山，时教家大毁禅宗，妙高与一、二同志入京力争。和教僧仙林论辩得到胜利（《佛祖通载》卷二十二）。
雪岩祖钦（？—1287）得法于径山无准师范。历主潭州尤兴寺、湖州光孝寺，最后主江西袁州仰山，人们称他所住的地方是法窟。他的语录力说儒释一致。有《雪岩祖钦禅师语录》行世。
高峰原妙（1238—1295），从雪岩祖钦问道，后入临安龙须山力参。又至天目西峰狮子岩隐居，常设三个疑问（三关）勘验学者，时称“高峰古佛”，有语录行世。
中峰明本（1263—1323）是高峰高足。他有时住庵，有时住船，到处称其所居为“幻住”。丞相脱欢和翰林学士赵孟等多从他问法。仁宗时高丽王子王璋特往参谒，明本作《真际说》开示之。遗著有《幻住庵清规》、《山房夜话》及《语录》等，收于《天目中峰和尚广录》，元代编入大藏经中流行。嗣法弟子天如惟则、千岩元长等，皆为宗匠。
元叟行端（1255—1342）和天目中峰同时，阐扬大慧（宗杲）门风于径山，名闻京国。门下人材甚盛，楚石梵琦，梦堂昙噩是他的高足。有《语录》行世。
一山一宁（1247—1317）是南海普陀山的名僧。大德三年（1299）奉成宗命持诏书使日，住镰仓建长寺、圆觉寺及京都南禅寺等处。寂后，给以国师之号，称一山国师。其所传禅学称一山派（《元亨释书》卷八）。
此外，天台、华严、慈恩、戒律诸宗，仍余绪未绝。如天台宗的湛堂性澄、玉岗蒙阔、浮休允若、大用必才、绝宗善继等；华严宗的仲华文才、大林了性、幻堂宝严、丽水盘谷等；慈恩宗的普觉英辩、云岩志德、吉祥普喜，以及律宗的光教法闻等，都是当时各宗硕果仅存的学者。
湛堂性澄（1253—1330）从佛鉴铦（音先）学天台教观，弘法于杭州演福寺。至治元年（1321）应召入京，校正大藏。著有《金刚经集注》、《弥陀经句解》等行世。蒙润、允若、善继等，都出其门下。玉岗蒙润（1275—1324）从古源、湛堂等受业，盛弘《法华》于杭州。晚年隐居龙井白莲庵，率众修法华三昧，著有《四教仪集注》，为台宗学徒入门书。浮休允若（1280—1359）从大山恢学天台教仪，后依湛堂于南天竺寺，极受器重。他的风度严峻，被称为僧中御史，著有《内外集》。大用必才（1276—1343）从蒙润受教，遂嗣其法。至正二年（1342）大弘天台教于杭州。著有《法华》、《涅槃》诸经讲义。绝宗善继（1286—1357）为湛堂法嗣，历住天台荐福、能仁等寺，阐扬《法华》三大部教义，晚年专修净业。他的弟子如玘是明初的名僧。
仲华文才（1241—1302）是元代华严名僧。他讲授经论，主张通宗会意，视语言文字，不过糟粕而已。世祖命为洛阳白马寺住持，号“释源宗主”。后为五台山佑国寺开山第一代住持，署真觉国师。了性、宝严等是他的高足。所著有《华严悬谈详略》五卷、《肇论略疏》三卷、《慧灯集》二卷（《佛祖通载》卷二十二）。大林了性（？—1321）历游诸方讲席，学贤首教，后从文才至五台，备受启迪。当时喇嘛受朝廷尊宠，所有名僧莫不抠衣接足，乞其摩顶，谓之摄受；了性惟长揖不拜。寂后谥曰弘教。幻堂宝严（1272—1322）是文才的嗣法弟子。文才三坐道场，他都随从。后住普安、佑国二寺，与了性大弘《华严》教义（《大明高僧传》卷二）。丽水盘谷的师承不明。他一生好游名山。诗名著当世。世祖的附马高丽王子王璋，请他讲演《华严大意》于杭州慧因寺，备致礼敬。有《游山诗集》三卷行世（《大明高僧传》卷一）。
普觉英辩（1247—1314），受慈恩学于柏林潭，弘法于秦州景福寺，道俗称为无佛世之佛。云岩志德（1235—1322）从真定龙兴寺法照学慈恩教义。至元二十五年（1288）朝命江淮诸路立御讲所三十六所，他被选为讲主，开讲《法华》、《唯识》等疏，号佛光大师。吉祥普喜通达《唯识》、《因明》诸论，也是江淮御讲所的讲主之一。当时云南僧端无念为《唯识》名家，曾和普喜辩论《唯识》，对他的造诣极为倾服（以上见《大明高僧传》卷二）。
光教法闻（1260—1317）是元代唯一律师。他从温公受学《法华》、《唯识》及《四分律》。帝师亦怜真请他讲《般若》，指授《因明》要义。后被召居京师大原寺、大�