名山巨刹，赋诗题字，撰制碑文，对佛教也表示接近。世宗常与禅僧往来，自号圆明居士，辑古德参禅语要，成《御选语录》十九卷，以禅门宗匠自居。又从章嘉国师参学。清朝对于西藏地区的政教事务非常重视，于雍正六年（1728）设驻藏大臣，管理西藏政务。乾隆五十八年（1793）制定章程二十九条（即《钦定章程》），确定了西藏地区政教合一的制度。所有西藏地区寺庙和喇嘛都受清朝理蕃院管理。
清代的译经，主要是国内各族文字的互译。雍正初年北京黄寺土观呼图克图第一世奉命将藏文藏经甘珠尔部分译为蒙文。又乾隆六年到十四年（1741—1749）译成蒙文丹珠尔全部。乾隆三十八年至五十五年（1773—1790）又译藏文大藏为满文。乾隆七年（1742）工布查布在北京依藏文佛典译成汉文的有：《造像量度经》、《造像量度经解》、附撰《造像量度经引》及《续补》各一卷；《弥勒菩萨发愿王偈》、《药师七佛供养仪轨如意王经》各一卷；稍后阿旺札什继译《修药师仪轨布坛法》、《白救度佛母赞》各一卷；嘎卜楚萨木丹达尔吉译《极乐愿文》一卷、萨穆丹达尔吉译《释迦佛赞》一卷。
清代的刻经事业，在顺治、康熙（1644—1722）年间，民间各地所刻的僧传、语录等都集中于嘉兴楞严寺，当时发行的有《续藏经》九十函，二百三十七部，《又续藏经》四十三函，一百八十九部（见1920年北京刻《嘉兴藏》目录），都是清初所刻而附于明版《嘉兴藏》的典籍。此外，如福州鼓山清初所刻的有《华严经》、《华严疏论纂要》、《憨山梦游集》等（《福州鼓山庋藏经目录》）。清代官版藏经之刊行，始于世宗时代。世宗雍正十一年（1733），特开藏经馆，延请博通教义的僧人于北京贤良寺校阅编稿。正式开刊始于雍正十三年（1735）二月，至乾隆三年（1738）十二月完成，前后历时四年，称为《龙藏》。内容系据明刻《北藏》本而增入经论义疏及禅宗语录等，凡七百二十四函，一千六百七十部，七千二百四十卷；嗣于乾隆中，撤去其中五种七十三卷。总理藏经事务者为和硕庄亲王允禄，参加监造、校阅人员共七十余人（《大清三藏圣教目录》）。版本形式为梵夹本，国内名山大刹多请置，并建藏经楼贮藏。全部经版，现保存于北京柏林寺。康熙二十二年（1683）命刊藏文藏经甘珠尔（乾隆初略有修补）。雍正二年（1724）又刊丹珠尔，即今之北京版《西藏大藏经》。乾隆中又刊《蒙文大藏经》。后又续成《满文藏经》。全藏共一百零八函，六百九十九部，二千四百六十六卷。经版于1900年毁于入侵中国的八国联军之手。
清代从道光以后，国势衰落，佛教也不振。佛徒多致力于经典的校刻与流通，有助于佛教的传播。先是郑学川（1826—1880）于同治五年（1866）在扬州成立江北刻经处，他自己即在这一年出家，法号妙空。以后他又创立苏州、常熟、杭州、如皋四个刻经处，前后十五年间，所刊佛经近三千卷。杨文会（1837—1911）字仁山，初时对郑学川在扬州的刻经事业，极力护持，并募财相助。后在南京自创金陵刻经处，从事校刊佛典。光绪四年（1878）他随曾纪泽到过英法，于伦敦认识日僧南条文雄（1849—1927），知道中国唐宋间散佚的佛典章疏，尚多保存于日本。归国以后，即托南条在日本搜购古逸经论撰述二百余种。前后刻成经典三千余卷，并图像多种。到了清末宣统元年（1909），金山宗仰（1865—1921）得罗迦陵之助，与黎端甫、汪德渊等在上海依日本弘教书院《缩刷大藏经》加以校印，全藏共四十函，一千九百十六部，八千四百十六卷，由频伽精舍刊行，号《频伽大藏经》。
清代佛教宗派，继承着明末的遗绪，仍以禅宗为最盛，净土次之，天台、华严，律宗、法相等又次之。
清初禅宗，有临济的天童、磬山二系和曹洞的寿昌、云门二系相对峙。天童密云一系，以汉月法藏（1537—1635）、费隐通容（1593—1661）、木陈道忞（1596—1674）、破山海明（1597—1665）四支为最蕃衍。法藏开法三峰（江苏常熟），门徒最盛，后继者有杭州灵隐具德弘礼（1600—1667）、苏州灵岩继起弘储等。弘礼门下，出有晦山戒显、硕揆原志等，各传禅道于吴楚。弘储历主浙江大刹，广受缁素皈依。他的门下金赋原直住南岳和德山（湖南常德），楚奕原豫住潭州云盖山，灵岩之道，遂大行于湖南。通容历主福严（浙江石门）、黄檗（福建福清）诸大刹，他的法系传入福建，门下出有隐元隆琦和亘信行弥。隐元（1592—1673）晚年应请东渡日本，成为日本黄檗宗的开祖。亘信（1603—1659）历主雪峰和南山，大扇宗风于闽南。其徒如幻超弘（1605—1678）住泉州小雪峰，被称为一方宗匠。道（忞）继密云主持天童，应召入京说法，受清世祖礼遇。海明门下出有丈雪通醉，其法系盛行于四川、贵州，至今传承不绝。磬山天隐门下一系，出有箬庵通问与玉林通琇等。通问开法杭州理安寺，后主镇江金山，成为清初以后禅宗最盛一系。通琇自武康报恩寺应请入京传戒后，名重朝野。晚年开法浙江西天目山，所居号禅源寺，一时称为法窟。
寿昌（在江西新城今黎川县）、云门（在浙江绍兴）二寺，在明末并称为曹洞中兴道场。入清以后，寿昌慧经的法嗣无异元来、永觉元贤、晦台元镜等，各振一方。元来住江西博山，其道大行。门下出宗宝道独、栖壑道丘、星朗道雄等，分传曹洞禅法于岭南和江北。道独门下出剩人函可（1611—1659）、与天然函昰（1608—1685）等。函可以弘法罹难，充配沈阳，开法于千山。天然为广东一大宗匠，明朝亡后，遗民士子多从他披剃。道丘（1586—1658）开山鼎湖，其法系在掺弘赞、迹删成鹫等，皆一时名德。道雄（1598—1673）住安徽庐江冶父寺，鼓扬洞上宗风，著有《教外直指》。元贤（1578—1657）重兴福州鼓山，法嗣为霖、道霈继之，讲学刻经，颇为曹洞生色。元镜弘禅于建阳东苑，门下出觉浪道盛，开法于南京天界寺，其法系颇为繁荣。
绍兴云门一系，自湛然圆澄以后，其势力颇足与临济的天童一系相颉颃。圆澄门下出石雨明方、三宜明盂、瑞白明雪，在清初均为有名宗匠。明方门下的远门净柱、位中净符，明盂门下的俍亭净挺、西遁净超，明雪门下的百愚净斯等，都是很有名的禅宿。
太平天国以后，金山、高旻、天童、天宁，号为禅宗四大丛林。道华清澄的法嗣月溪显谛与观心显慧（许樾身《观心大师塔铭》）先后重兴镇江金山。其后，大定密源（1824—190）、常静密传、性莲密法、隐儒密藏，相继整肃禅规，宗风大振。金山遂成为中国的禅宗首刹。扬州高旻寺，自清初天慧实彻（？—1735）经昭月了贞、宝林达珍至楚泉全振（1861—？），其禅规整肃，与金山齐名。常州天宁寺，清初原为律宗道场，自大晓实彻（1685—1757）改为禅宗，至冶开清镕（1850—1920）继主法席，宗风大盛。冶开与宜兴海会寺妙参清虚、南京香林寺济南清然、扬州高旻寺楚泉全振、苏州西园寺广慧圆德，同称为清末江南宗门五老。重兴宁波天童寺的寄禅以及湖南衡阳岐山仁瑞寺的恒志（1811—1875）、江苏句容赤山真如寺的法忍（1845—1905）都是清末著名的禅僧（寄禅：《恒志和尚道状》、《法忍禅师塔铭》）。
明代以来各派禅僧竞撰灯录、世谱。紫柏以《传灯》未续，为他出世一大负，因此能文缁素，都发愿有所著述。此种风气，在清代尤为流行。清代所撰的传灯僧史，有道忞《禅灯世谱》九卷，通容《五灯严统？范寰？通问《续灯存稿》十二卷，本晰《宗门宝积录》九十三卷，通醉《锦江禅灯》二十卷，如纯《黔商会灯录》八卷，性统《续灯正统》四十二卷，超永《五灯全书》一百二十卷，净符《祖灯大统》十八卷，弘储《南岳单传记》一卷，纪荫《宗统遍年》三十二卷，自新、性磊《南宋元明禅林僧宝传》十五卷，心圆、火莲居士《揞黑豆集》九卷，聂先居士《续指月录》二十卷，达珍《正源略集》十六卷等。
清初风气，凡是开堂说法宗师，寂后常由门人辑录其机缘法语付版。因之，当时续刻的《嘉兴藏》以语录为最多。临济宗如天童密云门下的通容、道忞等十二弟子；磬山天隐门下的通问、通忞；三峰汉月门下的灵岩弘储、灵隐弘礼及其弟子等；曹洞宗如博山一系的道独、函昰、函可、今无、今释、今辩等；鼓山一系的元贤、道霈；东苑元镜门下的道盛及其弟子等；云门圆澄一系的明盂、净柱、净挺、净斯、智操等，都有语录行世。
净土为清初以来佛教各宗的共同信仰。最致力弘扬者以行策、省庵、彻悟、瑞安、悟开、古昆、印光等为代表人物。行策（1628—1682）字截流，住常熟普仁院，创七日念佛法，著有《起一心精进念佛七期规式》，为清代“打念佛七”的滥觞。省庵（1686—1734）名实贤，住杭州梵天寺，结社专修净业。所著《劝发菩提心文》，广为缁素传诵。净土宗徒称他为莲宗第九祖。彭际清辑有《省庵禅师语录》二卷。彻悟（1741—1810）号梦东，初从北京广通寺粹如参禅，后继主法席，为道俗所归仰。嘉庆五年（1800）居京郊怀柔红螺山资福寺，倡导念佛，依从者甚众，遂成北方著名净土道场。有《彻悟禅师语录》二卷（体宽《彻悟禅师行略》）。
瑞安（？—1864）字悟和，住红螺山，专修净土。魏源在京时曾从他问法，后应魏源请至高邮弘法，信者极众。仁和许息庵延住扬州藏经院，受院主观如所归敬。其后遍历南京、苏州、泰州、通州诸地，到处弘传净土（程兆鸾《悟和法师传略》）。悟开（？—1830）字豁然，号水云道人，住苏州灵岩山下宝藏寺。通达经论，而专以净土接众。著有《莲宗九祖传略》、《净土知津》、《念佛百问》各一卷（江沅《念佛百问序》）。古昆（？—1892）号玉峰，光绪四年（1878）住杭州弥陀寺，摩崖刻大字《阿弥陀经》。光绪十五年（1889）卓锡慈溪西方寺，盛倡念佛。著有《莲宗必读》、《西方径路》、《净土自警》、《念佛要诀》等书。其弟子芳慧著有《净土承恩集》，照莹著有《净土业痛策》，都继承他倡导净土（沈善登《报恩论》卷下）。
印光（1861—1940）名圣量，号常惭。初学净土于北京红螺山。光绪十九年（1893）南游，居普陀山法雨寺专修。时人辑他所撰文章为《印光法师文钞》。晚年移居苏州灵岩山，寂后门弟子尊他为莲宗第十三祖。
天台宗自明末百松真觉再兴，称为重兴天台教观第一世，幽溪传灯为第二世；以后，藕益智旭、苍辉受晟、警修灵明被继尊为第三、四、五世。天溪受登与受晟为同门、受登弟子灵耀与灵明继绍弘扬台教。受登（1607—1675）住杭州天溪大觉寺专弘天台三十余年。受登的弟子灵乘，字遐运，著有《地藏菩萨本愿经纶贯》及《科注》各一卷。灵耀，字全彰，随侍受登二十余年，康熙初（1662）住嘉兴楞严寺，对《嘉兴藏》的补刻流通很有劳绩。著有《楞严经观心定解》十卷、《法华经释签缘起序指明》一卷、《四教仪集注节义》一卷、《随缘集》四卷等。
清代中叶以后，天台的学者有观竺、广昱、隆范、幻人、寻源、通智、敏曦、定宗祖印、古虚谛闲等。观竺弘教于上海龙华寺，与天童广昱、金陵妙空、杭州玉峰、嘉兴济延五人，同被称为当时法门龙象（《报恩论》卷四）。幻人（1828—1910）名隆范、字献纯。初参大须于焦山，继至天童从广昱听《法华》，众推为天童首座。常讲经于南京及普陀山，与杨文会通信论学，累数万言。著有《法华经性理会解》一卷、《穿珠集》（禅宗语录）二卷（《天童寺续志》卷下《献纯首座塔铭》、杨文会《等不等观杂录》卷五）。通智名寻源，同治十三年（1874）从北京龙泉寺本然出家，得法于浙江普陀佛顶山信真，屡讲《法华经》于宁波天童、南京古林、扬州万寿诸寺，于《楞严》尤有心得，著有《楞严开蒙》十卷（印光《通智法师公堂序》）。
敏曦（1827—1899）字日种，初从温岭明因寺永智受教。历讲《法华经》于嘉兴楞严、上海龙华、杭州天龙诸寺。曾与海盐张常惺同游日本，考察佛教。晚年重兴苏州报恩寺，辑有《苏州报恩塔寺志》（敏曦《苏州报恩塔寺志》）。祖印（1852—1922）名定宗，出家于湖北当阳玉泉寺，后从敏曦、广昱学天台教义，与诗僧寄禅友善。光绪七年（1881）回玉泉寺从香山受法，盛弘天台于湖北荆宜间。光绪二十五年（1899）再游江浙，所至频开讲席（太虚《玉泉祖印宗法师塔铭》）。谛闲（1858—1932）名古虚，号卓三，初于嘉兴楞严寺从敏曦听《法华》，后掩关慈溪圣果寺，专究天台。晚年重兴宁波观宗寺，设弘法研究社。生平讲席遍于各地，为晚近天台宗名家。遗著有《谛闲大师全集》。
清代华严宗的法系，正传旁出，极为纷歧。清初雪浪一系的苍雪、含光等，盛讲《华严》于苏州。杭州方面则以柏亭续法为代表人物。同时北方宝通贤首一派，也出有知名学者多人。苍雪（1588—1656）专讲《华严大疏》，但他好诗，其学为诗名所掩。含光（1599—？）为汰如（明河）弟子，亦弘《华严》。康熙时（1662——1722）雪浪三世孙佛闲（勗六）住南京普德寺，盛讲《华严》、《法华》，时称为华严宗中兴名家？？《法华经科拾》卷七后跋）。
柏亭（1641—1728）名续法，从明源学《华严》教义，为明末祩宏五世法孙。他在杭州弘扬《华严》五十多年，著书二十余种，达六百余卷。他的主要著作有《贤首五教仪》六卷、《贤首五教仪科