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但两天之后，魏敦瑞又找到裴文中，认为由他将“北京人”标本带到美国去，存放在美国纽约自然博物馆里，这个方案是可以考虑的。理由是局势看来会越来越乱，“北京人”化石只要在中国，不管放在什么样的保险柜里，其安全都是很难保证的。虽说现在日本人还未占领协和医学院，但这恐怕只是迟早的事情，一旦有一天占领了，“北京人”化石肯定凶多吉少。而裴文中的内心，也左右为难，矛盾重重，他的真实想法是：“北京人”化石宁可让美国人拿走，也不能落到日本人的手上！但问题是，如果真同意让魏敦瑞带到美国去，又违背了1927年2月中国地质调查所和美国洛克菲勒基金会双方签订的《中国地质调查所与北京协和医学院关于合作研究华北第三纪及第四纪堆积物的协议书》。因为此“协议书”中有明确规定：周口店发掘所得的一切东西，完全是中国的财产，不得运出中国；而人类化石的研究权，则属于美国洛克菲勒基金会所委托的代表。换句话说，就是魏敦瑞作为美方的一名代表，只有权研究“北京人”化石，却无权将这些化石带走。所以，裴文中犹豫再三，还是没有同意魏敦瑞的这一提议。
其实，早在年初，地质调查所所长翁文灏和协和医学院的院长胡顿曾就“北京人”化石的安全问题，拟出了三个方案：
1．在北平找个秘密之地，把“北京人”化石藏起来，这样可以避免用船外运时可能遇到的危险；
2．把“北京人”化石转移到国民党政府所在地重庆。
3．把“北京人”化石全部运往美国，委托美国自然历史博物馆保存，战后再送还中国。
这三个初步方案尽管商定出来了，但“北京人”化石还是迟迟没有转移，也不敢轻易转移。因为这三个看似可行而又相互矛盾的方案均存在着明显的不足，真要执行起来，会有很大的困难和风险。
由于“北京人”化石事关重大，而一时又难以定夺，所以转移问题也就暂时搁置下来。没想到这一搁，麻烦就更大了。
现在，日本人进攻南太平洋已箭在弦上，日美关系一天比一天紧张，美国驻华使馆已经开始劝告、催促美国华侨尽快回国。魏敦瑞因为代表美国洛克菲勒基金会管理“北京人”的发掘和研究工作，美国洛克菲勒基金会鉴于战争即将爆发，劝他马上改入美国国籍，去纽约自然博物馆继续从事“北京人”化石的研究工作。但前提是：必须定居美国。
所以，魏敦瑞今天再次来找裴文中只有一个目的，希望裴文中同意他将“北京人”化石标本带到美国去———他经过再三考虑后，认为这是目前最好的也是惟一可行的办法了。
裴文中也正为此事心急如焚。近一时期来尽管他绞尽脑汁，冥思苦想，却还是拿不出一个成熟的、两全其美的、肯定可行的具体办法来。他听了魏敦瑞的意见后，觉得确有道理，原则上同意魏敦瑞将“北京人”标本带回美国，条件是：战争结束后再运回中国。
但这毕竟是中国的一件大事情，裴文中个人是断然不敢作主的。所以，1941年3月初的一个下午，裴文中和魏敦瑞便一起来到美国驻华公使馆，请求美国公使馆的负责人向远在重庆的翁文灏发去一封他俩共同签署的请示电报。因为翁文灏是地质调查所的老所长，现在又是国民党政府的经济部部长，而当年与美国洛克菲勒基金会签订的合同又是他亲手所为，所以，如果没有他和国民党政府的同意，“北京人”化石要想运出国门，是根本不可能的事情。
这封电报的内容是：
北平情势日趋恶化，“北京人”化石转移之事宜势在必行，不可再有延迟。余等再三思虑，转移方向有二，分别为重庆、纽约。最终去往何处，请指令。电报发出后，魏敦瑞和裴文中稍稍松了一口气。余下的事情，就是在焦虑中等待，在等待中焦虑。
然而，或许是由于战乱的缘故，或者出自别的什么原因，一个多月过去了，却迟迟等不到重庆方面的任何一点回音。
等不到复电的魏敦瑞每日心急如焚，又无计可施，而时间却在一天天过去，战争的脚步在一天天逼近，北平的形势越来越坏，战争的火药味越来越浓，几乎每时每刻，人们都能听到那令人心惊肉跳的枪炮声。如此严峻的国际形势以及北平现状，使这位几乎对“北京人”倾注了一生心血的科学家一想起“北京人”的安全问题，便忐忑不安，心神不定。他越来越强烈地预感到，“北京人”化石很可能在劫难逃，这笔几次轰动世界的人类财富，在不远的某一天完全可能会毁灭在人类自己的手中！可他纵有回天之力，也爱莫能助，这时的他若是再不尽快离开北平，很可能就再也走不了了。无奈之下，他只好做出先离开北平前往美国的决定。
历史需要铭记的是，这位极其精明的犹太人，这位极负责任的科学家，在临走前却为中国和世界做了一件大好事：
1941年4月初的一天，魏敦瑞把他的中国助手胡承志叫到办公室，极其严肃而又颇是伤感地说：“我马上要走了，非走不可了！我有一种预感，也许在不久的一天，我们将失去曾经倾注过我们心血和热情的这些宝贵的化石，并难以完整地寻回。可面对这个不测的预感，我们又无能力去改变它。惟一可以弥补的是，你现在立即把裴文中和贾兰坡发现的那几个‘北京人’头盖骨的模型赶做出来。”
胡承志说：“这几个模型可以做，但就是太费事了！”
魏敦瑞说：“是的，我也知道做这样的模型很费精力和时间，但为了‘北京人’及人类今后的研究事业，你必须这样做，直到非停止不可那一天为止。”
“做好后怎么办？”胡承志问。
魏敦瑞说：“你用邮寄的办法，给我寄到美国纽约自然博物馆去。感谢你所给予的最后一次合作与帮助。我在那边等着你的成果。”
胡承志说：“您放心走吧，我做好后一定尽快给您寄去！”
1941年4月21日，在中国寻找、研究了六年祖先遗迹的魏敦瑞，如同前任几位外籍科学家，怀着深深的眷恋和遗憾，离开了中国。
之后，胡承志按照魏敦瑞临别时的嘱托，开始昼夜加紧制作“北京人”头盖骨模型。第一套模型他在8月便已完成，并及时寄给了远在美国的魏敦瑞教授，供他继续研究时使用。不久，魏敦瑞给胡承志回信说，他收到了“北京人”头盖骨模型，且完好无损，深表感谢云云。
接着，胡承志又给魏敦瑞寄去了第二套“北京人”头盖骨模型。在制作模型的过程中，尽管胡承志既费神又费力，但他凭着多年给魏氏当助手的经验和自己不断练就的精湛技艺，还是出色地完成了制作模型任务。他所做的这些模型颜色得当，外形逼真，如果不是行家慧眼，仔细辨认，简直就和刚从周口店出土的“北京人”头盖骨一模一样。
魏敦瑞离开中国后，便定居美国，并在纽约自然历史博物馆继续从事“北京人”的研究工作，还先后发表了一系列论著，其主要代表作有：《中国猿人头盖骨》、《爪哇早期巨人与中国南方古猿》。尤其是在1946年出版的《猿，巨人及人》这本专著，综合了他一生的研究精华，创造性地论述了人及猿类之祖先的复杂关系，引起世界古生物学界、人类学界的高度重视和广泛称赞，被誉为研究人类学和古人类学的经典性文献。特别值得一提的是，这位聪明的犹太人，这位极富远见的科学家，在当时那样一种混乱的战局下，离开北平的前夕居然对“北京人”化石命运的预感是那样的准确，并能很有预见性地安排胡承志做好所有“北京人”头盖骨的模型，为日后中外科学家们的研究提供了形象的依据，因而在某种意义上弥补了“北京人”后来丢失的缺憾。———这是不幸之中的大幸。为此，全世界都应该向他致敬时间的脚步跨进1941年下半年后，世界的局势又发生了突然的变化。
同年6月22日，正当日美谈判争论不休之时，法西斯德国先于日本向苏联发动了突然袭击。仅短短的十几天，德军便以“闪电式战术”，突破苏联边界六百多公里，并有长驱直入之势。消息传出，举世震惊。
面对瞬间骤变的世界局势，日本军阀摩拳擦掌，蠢蠢欲动。7月24日，日军在印度支那南部登陆，开始了掠夺资源的罪恶行动。日美谈判，由此宣告暂停。
10月下旬，日本以东条英机陆军大将上台组阁后的新军阀，聚集在一起进行了连续九天九夜的激烈争吵和疯狂策划之后，终于确定了对美作战的具体方案。
日美大战，一触即发。
然而到了这个时候，度日如年的裴文中，还是没有得到重庆翁文灏的任何回音。他除了焦灼的等待，便是等待的焦灼。鉴于国内外形势一天天的恶化，鉴于日本人一直在暗中活动，“北京人”化石是迁是留？何去何从？也就到了非解决不可的紧要关头。
一份电报，从裴文中手中再次飞往重庆。
此后，裴文中每天上班，总要站在办公室的窗前，朝着国民党政府、也是老所长翁文灏所在的方向———重庆，呆呆地望上一会儿，而心中暗暗涌动的，是一种无奈的惆怅和烦躁的焦虑。然而一周过去了，两周也过去了，重庆方面却依然杳无音信。
重庆的日子和北平一样，也越来越不好过了。
原中国地质调查所所长翁文灏先生自九年前弃学从政之后，心情似乎就一直没有过好的时候。长年累月，东奔西跑，白天夜晚，加班加点，频繁的会议，杂乱的事务，扯不完的难题，理还乱的关系，搞得他心力交瘁，苦不堪言。尤其是近一个时期以来，随着国内国际形势的日趋恶化，重庆方面的各种矛盾，日渐增多，而他自己，更是完全陷入了一种极其苦涩而又难以自拔的煎熬之中……他感到自己精神的大厦，似乎马上就要支撑不住了。
而在1941年，身为国民党经济部长的翁文灏，面对错位的历史和历史的错位，就更是身不由己、力不从心了。
从北平发来的有关“北京人”化石到底作何处置的请示电报，他早就收悉了。刚收到电报时，他便与国民党驻美大使胡适进行了联系，就“北京人”化石存放在美国的可行性问题，进行了具体的商谈。接着他又与美国洛克菲勒基金会进行了多次的联系。由于局势很乱，数月之后，几经转折，才好不容易得到了美国洛克菲勒基金会同意“北京人”运往美国的回音。但由于“北京人”化石早已享誉全球，事关国家荣誉，他个人也难以完全作主。所以，为慎重起见，他又给在外视察战事的蒋介石本人拍发了一封措辞激烈的电报：
“北京人”化石在平安全无望，极有被窃取之可能。倘有险失，乃为世界人类之一大损失，其价值和影响无可估量。为救国之珍宝于危难，请速作迁移之去向。
蒋介石接到电文后，由于一个拳头要抗击小日本，另一个拳头还要对付共产党，再加之各种事务缠身，外交活动不断，即使很想顾及此事，也根本无暇顾及，一眨眼，两个月过去了。据说，直到翁文灏第二次催促此事，蒋介石才召集政府有关人员开会。会上经过一番慎重的考虑和比较，最后终于作出决定：同意将“北京人”化石运往美国自然历史博物馆避避风险，待战争结束后再如数归还中国。
翁文灏获悉这一消息后，这才立即给裴文中写信，对“北京人”化石转移之事做了如下安排：
先找美国公使馆对“北京人”转移之事，作个周密的计划安排，请他们委托有关部门将“北京人”化石标本运到美国，然后再交给国民党政府驻美大使胡适先生；“北京人”化石运到美国后，可供魏敦瑞博士研究时使用，但保管和保存权必须在中国驻美大使馆的手上，即必须要掌握在胡适先生的手上。待战争结束后，务必再将“北京人”化石重新运回中国。
应该说，翁文灏的这些想法和打算，是比较周密的，也是很有远见的。因为1941年的中国，毕竟是日本人横行霸道的天下，而日本人的本性，他是心中有数的。所以为防止“北京人”的命运万有不测，他只好同意将“北京人”运出国去，当然，这样做，就他个人感情而言，也是一件很痛苦的事情。
不过，翁文灏写给裴文中的这封至关重要的信，似乎来得太迟了一点。据裴文中说，“他收到由美国驻北平公使馆转给他的这封信的时候，已是1941年的11月了。”也就是说，离太平洋战争的全面爆发，大约只差一个月左右。
裴文中接到翁文灏来信的当天，便匆匆赶往美国驻华公使馆，打算交涉一下关于“北京人”化石转运的种种具体事宜。此时的美国驻华公使馆，已是一片慌乱，各种各样的材料文件，撒落一地；乱七八糟的箱子柜子，堆了满满一走廊；公使馆内所有大大小小的官员们的脸上好像都清楚地写着一个意思：战争就要爆发，赶快离开中国吧！
在慌乱的人群中，裴文中好不容易找到了美国驻华公使馆的负责人。可当他把“北京人”化石转运美国之事说了之后，对方给他的答复却是两个字：“不行！”
“为什么？！”裴文中一听就急了。
“我们在未得到驻重庆大使馆詹森大使的训令前，无权‘航渡’‘北京人’化石标本。”美国公使馆的那位负责人语气十分坚定。
“那现在我们该怎么办呢？”裴文中急忙问道。
“必须先请示重庆方面的詹森大使。如果他下令，我们照办就是了。”美国公使馆负责人说。
斐文中当即便请美国公使馆负责人，给重庆的詹森大使发去一封急电。
大约两三个星期之后，詹森大使才向北平复电，同意将“北京人”化石标本装箱运往美国。据说，中国行政院秘书长蒋廷黻还同美国大使詹森签署了一份相关的协议书。
奇怪的是，据裴文中本人说，此后有关“北京人”的一系列事情，他没有再插�