然而，当载有“北京人”化石和美国海军陆战队的专用列车抵达秦皇岛后，12月7日突然爆发了“珍珠港事件”。紧接着，12月8日日军便迅速占领了美国在北平、天津以及秦皇岛等地的所有机构，载有“北京人”化石和美国海军陆战队的专用列车也在秦皇岛被日军截获。而美国的“哈里逊总统号”从菲律宾首都马尼拉开航以后，一直被一艘日本舰追逐，最后在上海附近扬子江口触礁（也有说是被日本炮火击中），搁浅在了上海以东长江口附近，最终未能驶往秦皇岛港，“北京人”化石自然也就没有装上“哈里逊总统号”。
从此，世界人类最珍贵的文化遗产“北京人”下落不明。
在“北京人”化石秘密转移的同时，日美之间也在加紧进行着战争的最后准备。
8日正午12时，美军代表罗滨逊中校正式向日本军方作出答复：“驻华北美海军陆战队全体官兵就地无条件解除武装，听从日本军队的安排。”
8日下午2时45分，驻平美兵营内120余名官兵全体集合，庄严、整齐地排列在美国星条旗下，在美国国歌的乐曲声中，由哈斯特上校亲手降下了悬挂了14年之久的美国星条国旗。
当美国国旗缓缓降落之后，哈斯特上校举手敬礼，以示告别。官兵们清楚地看见，哈斯特上校脸在抽搐，手在颤抖，两行混浊的泪水漫漫溢出了眼眶……
第二天，也就是1941年12月9日，罗斯福总统身披深蓝色海军斗篷，登上国会大厦讲坛，进行了一次震撼人心的演说。就在罗斯福总统发表讲话的同一天，也就是12月9日，美国、中国政府相继宣布对德、意、日宣战。
随后，英国、加拿大、澳大利亚、荷兰、新西兰、法国、波兰等20多个国家，相继对日宣战。
惊心动魄的第二次世界大战，全面开始了。
日军在偷袭珍珠港、包围美国驻华海军陆战队的同时，对美国驻华公使馆以及燕京大学、育英、慕贞等大中小学校，也全部进行了封锁。北平协和医学院，自然也在劫难逃。接管协和医学院的日方负责人，是日军大尉军官松桥。
松桥曾留学德国洪德堡大学，获医学博士，他的老师，便是魏敦瑞的学生。此前，松桥曾多次作为日本学者，来过北京协和医学院参观过“北京人”。由于他是学医出身，又对考古和人类学有所研究，所以日本方面特地派遣他来接管协和医学院，同时负责搞到“北京人”化石。
松桥带领的日本占领军在协和医学院的行动，比在美国海军陆战队兵营干脆、利索得多，还不到半个小时，他们便占领了协和医学院的每个要点，并将住在协和医学院内的美国人全部捕获，院长胡顿、总务长博文以及一名美国大夫和正在协和医学院养病的美国著名人士司徒雷登，也统统被拘押在了胡顿的住宅里。
然而，松桥这个穿着马靴、挂着战刀的“日本侵略者”，与别的日本侵略者似乎有所不同，他首先张贴布告一份：凡是协和医学院的教职员工，一律坚守岗位，不得擅离职守！接着又下了一道命令：一定要把图书馆和资料标本保存好！他说，协和医学院图书馆是亚洲第一流的医学图书馆，里面有很多极其珍贵的、绝版的图书，这些书不像设备、仪器什么的，丢了还可以再买，而是一旦丢失，就无法弥补。所以他明确规定：所有图书只能还，不许借。同时，他还下令将所有资料和标本全部封存起来，不许乱动，不许丢失。每天还到各个办公室进行检查，一旦有违规现象，立马处置。据说，有一天，协和医学院的一个中国人在办公室闲着无聊，正拿着一枚印章在一本英文词典上瞎盖，恰好被进来的松桥看见了，松桥当场便将这本英文词典没收了，说这是图书馆的书，不许随便损坏……正因为此，日军占领协和医学院后，不仅协和医学院的图书馆未遭毁坏，其他不少珍贵的资料和标本，也有幸得以保存。
当然，也正因为此，松桥后来被日本宪兵队抓了起来，和美国人关在了一起。其罪状有两条：一是接管协和医学院后对“北京人”追查不得力；二是对协和医学院的中国人太仁慈。据被关的美国人说，松桥被日本宪兵队整得够呛，受的苦比他们多得多。他被关了两年，才从宪兵队放了出来，但日方却不再管他了。他没地方住，没地方吃，最后还是美国人博文将他收留在协和医学院靠北边的一间房子里暂居下来。战后，松桥回到了日本，据说日子过得十分凄凉，但他心里却特别的踏实。他常常对友人说，在中国的那段日子里，我无愧于自己，无愧于历史，也无愧于伟大的中国人民！
与松桥同时进驻协和医学院的，还有东京帝国大学（即现在的东京大学）的教授长谷部言人以及东京帝国大学地质系助教高井冬二。长谷部言人过去对“北京人”就垂涎三尺，但始终未能如愿，故日本文部省对他在中国的表现极为不满，认为他是日本帝国派往远东最无能的一个人。但，就在他为“北京人”绞尽脑汁而又一筹莫展时，他得到了日军将要封锁协和医学院的消息，这对正处窘境中的他来说，无疑于雪中送炭。因此，一到协和医学院，长谷部言人便带着两名手持大枪的日本宪兵，直奔掌握着存放“北京人”的地下室保险柜密码的息式白小姐的房前。
息式白小姐曾是魏敦瑞先生忠实的秘书，魏氏去美国后，她一个人留在了协和医学院，继续从事有关“北京人”化石的保管工作。这个夜晚的她在黑暗中尚未完全弄清眼前到底发生了什么事情，便被日本宪兵从床上“请”了出来，而后挟持着来到了娄公楼地下室藏有保险柜的门前。
“打开！”一个日本宪兵以命令的口气说道。
“我……”息式白摊摊手，耸耸肩，做出一副无能为力的样子。
“息式白小姐”，长谷部言人道，“你不要再演戏了，我们非常清楚，这间地下室归你保管，也只有你知道里边那个保险柜的密码。你就赶快动手吧！”
“没有博文的命令，我无权打开这间屋子。”息式白辩解说。
日本宪兵冷笑道：“息式白小姐，你别再指望博文了，他和你们的胡顿院长都被我们抓起来了！”
“什么？！”息式白大惊，望着眼前的日本人，不知如何是好。
长谷部言人态度有些缓和地说：“息式白小姐，你大概还不知道吧？日美战争已经爆发了，中国的北平已经是我们大日本帝国的天下了！”
“我的上帝啊，这是真的？”息式白双手捂住自己惊恐的脸。
“是真的，我们不会骗你。”长谷部言人伸手拍了拍息式白的肩膀，“息式白小姐，你不用怕，只要你打开房门和里边的保险柜，就没你的事了。”“我、我没钥匙。”息式白借口道。
“钥匙在哪里？”日本宪兵有点急了。
息式白一看抵赖已经没用了，只好嗫嚅道：“在我房间里。”
“走，马上回去取！”日本宪兵吼道。
两个日本宪兵押着息式白，很快便将钥匙取了回来。在两个布满杀气的日本人的逼视下，地下室的铁门在息式白的手上打开了。紧接着，无奈之下的息式白又被迫走到保险柜前，伸手按动了只有她和魏敦瑞才熟知的密码键盘。片刻，随着息式白那细长的手指在密码键盘上不停地旋转，保险柜的密码很快便被破译。而后，她抓住保险柜的把柄轻轻一拉，那足有15英寸厚的钢质大门在昏暗的灯光下“嘎”地叫了一声，才极不情愿地敞开了那不知有多少人朝思暮想的神秘之门。
长谷部言人兴奋得几乎跳了起来，但他尽量按捺住心中的激动，弯下腰来，小心翼翼地将脸贴在保险柜上，而后瞪着双眼，在保险柜中仔细查找起来。
他们先拿出一块磨光的鹿角，一盒獾的犬齿、一盒狐狸犬齿，接着又拿出4块石器和7本电影胶片……
然而，当长谷部言人等兴冲冲地将保险柜中的一切全被查找完毕后，这才发现，他们朝思暮想的“北京人”化石已经不翼而飞，存留在保险柜中的不过是一具假的石膏模型！满怀希望的长谷部言人面对空空如也的保险柜，心猛地一沉，一下便预感到了事情的复杂和玄妙。
长谷部言人立起身来，两手交错，一边在保险柜前来回踱步，一边不停地拍着手上的尘土，而眼里不时射出的，却是一道道近似绝望的凶光。他一动不动地望着面前的息式白，带着仇恨似地逼问道：
“说，你把真正的‘北京人’化石藏到哪里去了？”
“我不知道。”息式白这下倒显得冷静起来。
“你，快说，到底弄到哪儿去了？！”长谷部言人急了。
此时的息式白已完全清醒过来，知道了日本人的真正用意。她看了看眼前这位道貌岸然的日本“教授”，什么也没说，什么也不想说。是的，她记得非常清楚，就在不久前，她曾不止一次地接待过这位一副谦恭模样的日本“人类学教授”，并多次友好地为他讲解过关于中国“北京人”的发掘、研究等情况。只是到了后来，当息式白听裴文中说到长谷部言人可能居心叵测时，她才对这位日本“人类学教授”冷淡起来。然而长谷部言人却好像什么事也没发生过一样，依然一如既往地来协和医学院参观、访问、学习，还主动与她攀谈：“魏敦瑞的离去是‘北京人’研究的一大损失”；他“对魏氏的研究成果表示由衷的敬佩”云云。
现在，望着眼前这位气急败坏的日本“学者”、“教授”、“人类学家”，息式白小姐一切都明白了。她毕竟也是一个见过世面的人物，何况她此时的愤怒，已远远超过了日本宪兵眼中的凶光给她带来的胆怯与恐惧。她斜视了对方一眼，轻轻摇了摇头，便背过身去，不再说话，用女人特有的藐视作为抵抗的武器。
站在息式白面前的两个日本宪兵，此刻似乎再也不需要掩饰什么了，因为整个协和医学院已归日本人所管。他们看了息式白一眼，冷笑了两声，说道：
“息式白小姐，你是说，还是不说？”
“我无话可说。”
“既然你不愿意在这里说，那就请你到别的地方去说吧。”
“去哪里？”
“别问，到时候你就知道了”
“我不去！你们放了我！”息式白大叫着。
但息式白还是被两个日本宪兵带到了位于北京西城区一座被日本兵看守着的不知名的别墅里。日本人对她先是审问，后是威逼，再是利诱，但息式白还是什么也不说。但到了后来，当她经受了一番灵与肉的苦苦折磨之后，终于还是不得不作了如下陈述：
“北京人”化石已根据协和医学院总务长博文的指示，于12月5日装箱转移。这天上午，由美国海军陆战队派了一辆卡车来协和医学院将“北京人”化石拉走了，听说是要搭乘由上海驶来的“哈里逊总统号”轮船运往美国自然历史博物馆。由于这属重要机密，“北京人”化石拉走后，是存放在美国公使馆里，还是已经被运走，我一无所知，实在无可奉告。
到此，日本人感到从息式白身上再也无油水可榨了，只得将她放了出去。
息式白释放后，仍回到了协和医学院。但她的工作和日常行动，始终处在日本人的秘密监视之中。日本宪兵队对“北京人”的寻找，当然不会就此罢休，他们很快又将关押在美军集中营的博文抓进了息式白刚刚受过凌辱的那栋别墅。
面对博文这种身份的美国人，他们先是以老朋友的身份好言相劝，最后便让日本宪兵拳脚相加。但被日本宪兵打得皮开肉绽、惨不忍睹的博文，在狱中对“北京人”的下落问题到底是怎么交待的，我们在采访中没有听到持有根据的准确的说法，也没查到可靠的资料，只是听几位相关的人士说，博文交待的大致内容是：
“北京人”化石由胡承志装完箱后，送到了我的办公室，我很快又将它送到了地下室的保险库里。可“北京人”在地下室里只存放了一个晚上，第二天就按照上面的指示，押送到了美国驻华公使馆。12月5日，美海军陆战队又派人从美国公使馆拉走了“北京人”化石，并立即送往了秦皇岛港。据说，他们将在那里等待原定12月8日抵达秦皇岛港口的美国总统轮船公司的“哈里逊总统号”轮船，而后将“北京人”运往美国。但“北京人”现在到底在哪里，具体情况如何，我一点也不知道。
博文的这一说法，到底是真是假，或半真半假，时至今日，无人知晓。比较可靠的事实是，几天后，被折磨得满身伤痕累累的博文，又被日本宪兵队重新送回了美军集中营。
就在息式白和博文在那间不知名的别墅里遭受毒打和审讯时，日本松桥大尉和长谷部言人指示日本士兵，也在协和医学院所有可能藏匿“北京人”化石的地方进行了反复严密的搜寻。然而，这伙日本人除了找到了一些类似他们在地下室保险柜中见到的“北京人”的石膏模型外，对真正的“北京人”化石依然一无所获。
那么到底是谁这么快就把“北京人”化石弄走了呢？是美国人？中国人？还是日本人？
长谷部言人想到了另一个人。
长谷部言人想到的这个人，是裴文中。
作为新生代研究室主要负责人的裴文中，在后期为什么没有参与十分重要的“北京人”的转移工作，至今也是个谜；而后来的所有文章———包括裴文中本人在内，对此也没作出任何解释。
我们只能由此推导的是，尽管裴文中密切关注着“北京人”的安危，但这时的他并不知道“北京人”已经失踪。
长谷部言人和高井冬二之所以要找裴文中，其目的当然不是为了要与裴文中切磋考古问题，而只有一个企图。那就是尽快想法从裴文中口中打听到“北京人”的下落。因为早在十几年前，当他们从日本的《考古报》上第一次看到裴文中那张手捧“北京人”头盖骨化石、满面春风得意的巨幅照片时，心里就很有“想法”了。今天，日本帝国的大炮终于为他们打开了通向中国的方便之门�