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咸丰六年，提督文祥调川军助战，攻克红崖，包围宾居，而东西各路造反军包围昆明，文祥不得不撤兵回援省城，又丢失了弥渡与云县。
咸丰九年，提督褚克昌攻克鹦鹉关和云南驿，而馆驿和澄江的造反军攻占广通、楚雄和镇南，袭击清军后方，褚克昌全军覆没。
同治二年，岑毓英在代理藩司任内，接连攻克景东、镇元、永北、楚雄、广通和定远，进攻镇南，而马连升和马荣率领沾益与寻甸的部众，占据曲靖、马龙和平彝，岑毓英撤兵回顾，无法继续进行大理战役。
同治六年，提督马如龙刚刚率部到达定远，前锋失利，而合国安和杨振鹏等人内外配合，清军连失定远和楚雄以下的二十座城池，省城之围几乎无法解除。
推究其中的原由，都是因为东南部造反军的支援没能禁除，迤西造反军的势力就更加强盛。所以这次先从各路攻击。攻克曲靖，就巩固了东部。解除对省城的包围，就清除了内患。攻克澄江，就安定了内地。平定临安，就稳定了南部。这样一来，内顾无忧，远图易举。这就是先攻东南，然后专攻迤西的道理。
清廷收到捷报，对将帅给予不同程度的奖赏和提拔。
当月，李维述和杨国发所部又攻克了巍山的大围梗，而小围梗的白旗军还在凭险自守。杨玉科率部会同李维述等部将小围梗攻克。
此后，零星的战斗仍然在进行。
杨玉科所部于3月10日攻克锡腊。蔡标所部于3月21日攻克西南部的勐朗，杨玉科所部于3月23日攻克大理以南的顺宁，即现在所说的凤庆。
4月28日，杨玉科与蔡标所部攻克凤庆东南方的云州。5月16日，和耀曾所部攻克凤庆西南方怒江以东的小勐统。5月28日，李维述所部攻克怒江以西的腾越。
到此为止，云南已无战事。刘岳昭请求入京觐见，清廷批准，并令岑毓英暂代总督。
375
马文禄在肃州城内，于5月份发现清军已经合围，便每天放出汉民和妇女，减少城内的粮食消耗。马文禄还打算夺取礼拜寺，取道塔儿湾，跑出嘉峪关。
徐占彪为了防止马文禄的部队突围逃跑，下令加挖重重濠沟，将他们困在城内。
马文禄见突围艰难，打算将眷属杀死，轻装突围。
宋庆所部于6月份全部抵达肃州，在城东修筑壁垒驻扎。清军的声势浩大。白彦虎率部西逃关外，进入玉门、安西和敦煌境内。
徐占彪约好各路清军，在肃州城西礼拜寺修筑炮台，安置后膛巨炮。6月25日，徐占彪下令发射一百五十炮，城墙砖石顿时坍塌，但墙身并未开裂。
第二天，徐占彪又下令发射一百二十炮，炸垮多处城墙，但马文禄的部队很快就砌补起来。
宋庆和徐占彪商议一番，下令在东关附近修筑炮台。金顺也令部队修筑炮台，与徐占彪所部的炮台互为犄角。
7月10日，各部接连发射一百几十炮，将城墙炸开六七丈的缺口，但是部队被濠沟阻挡，无法通过。濠沟深达三四丈，冬夏两季都不干涸，这就是古代所谓的酒泉。
7月29日，徐占彪挑选出精壮的军士越濠攻城，徐占彪领头冲上城墙，金顺和宋庆两部蜂拥而上，一举攻克东关。
马文禄命令部队纵火焚烧房屋和粮草，逃入大城。每天派出精锐部队与清军巷战。徐占彪左腿被枪弹击中，约请金顺和宋庆的部队驻扎东关，自己撤到濠外养伤。
左宗棠见围攻肃州的部队劳战已久，而统领大将又负了伤，便提出亲自前往肃州指挥。他于9约8日从兰州出发，于10月3日抵达肃州城外，坐镇城南。
10月6日中秋节，徐占彪和杨世俊所部填濠登城，马文禄的部队奋力抵抗，清军无法登上城墙。
10月7日，金顺下令引发地雷，炸塌东北角城墙，游击张林先登，中炮身亡。、 txt小说上传分享
1873年，同治十二年（3）
10月8日，徐占彪和杨世俊所部又在肃州城西和城南占据地道，于10月10日同时引发地雷。杨世俊率领奇捷营先登，刚上城墙，被炮火流弹击穿头部，当场毙命。
徐占彪仍然督促将士猛攻，副将和下级军官有五十多名阵亡，五百多名士卒负伤。、
左宗棠见仰攻损耗部队精锐，便下令停止攻击，增挖濠沟，加修壁垒，进一步围困马文禄。
刘锦棠所部从西宁开到甘州，听候调遣。左宗棠命令他率部到肃州协助攻击。
10月30日，刘锦棠和黄万鹏率领五营湘军抵达肃州，命令投降的回民军将领马福寿等人每天骑马驰到城下，呼喊马文禄及其所部将领，对他们说：“你们的死期要到了，请为自己妥善谋划！”
这种攻心战很快就发生了效力。马文禄恳求率部出城，接受安抚。
11月4日，马文禄亲自来到大营参见左宗棠，磕头请求饶命。金顺、宋庆、徐占彪和刘锦棠都在座。左宗棠令马文禄先交出马匹和武器，然后造出本地和外来回民的名册清单，听候安插。
左宗棠下令，甘肃籍贯的回民出城到东门外集合，由宋庆负责按名册点验，关外沙州籍贯的回民由金顺负责按名册点验。西宁、河州、循化和陕西籍贯的回民到南门外集合，由刘锦棠和徐占彪负责按名册点验。各部预先在废弃的村堡中将回民按男女分开安置。
11月11日，经过核对名册和籍贯，从城内分辨出一千一百多名男女汉民。
11月12日，左宗棠下令提出马文禄及其部属将领八人，处以磔刑。三声炮响后，金顺、宋庆、徐占彪和刘锦棠所部，分别屠杀外来回民一千五百七十三人。夜间，各部入城放火，屠杀当地回民五千四百多人，拔出老弱妇女九百多人。
到此为止，清军平定了肃州。左宗棠命令三十三岁的衡阳人谭上连带领总兵戴洪胜和提督金庆元驻防肃州，监督修复肃州城墙。
谭上连在1858年加入湘军，本为李续宜和萧庆衍旧部。后来跟随刘松山与捻军作战，随后一起转战甘肃，也参加了对金积堡的围攻。左宗棠对他十分看重。
左宗棠向清廷告捷，清廷下诏，任命左宗棠以总督身份协办大学士，改骑都尉为一等轻车都尉世职。赏给徐占彪云骑尉世职。赏给宋庆与张曜双眼花翎。其余将领都给予不同程度的奖赏。
左宗棠认为，甘肃全境的肃清，实在是有赖于刘松山直捣金积堡，战死以后，由刘锦棠继续攻战，才得以将马化龙处死，从此甘肃的战事迎刃而解。于是，他请求将所得的一等轻骑都尉世职追赏给刘松山。清廷下诏褒奖。刘松山已得三等轻车都尉，再加赏一等轻车都尉，并封为男爵，令其过继的儿子刘鼐承袭。
从此以后，陕西甘肃两省的回民也有一些动静，但再也没有造成影响了。
白彦虎的部队出关以后，金顺派兵追击，副都统明春和办事大臣文麟也派骑兵追赶。白彦虎率部逃进山里。
白彦虎所部于7月份袭击阿毕米特，代理乌里苏台将军常顺上奏，请清廷催促金顺率部出关。
秋天，白彦虎率几千名精锐分别袭击乌鲁木齐和绥来，徐学功率部横出拦截，斩杀几百人，夺得五百匹骆驼和大量物资。
白彦虎觉得自己势力单薄，便与原浩罕国的安集延人联合，他们的首领帕夏凡有需求，白彦虎都予以满足。于是，安集延人越来越富，当地回民越来越穷。
湘军于11月份进占肃州以后，清廷就新疆问题下诏说，现在关内已经肃清，应该立刻乘此声威，扫除关外的造反者。命令金顺迅速赶赴古城，会同景廉收复乌鲁木齐。穆图善久驻泾州，兵力闲着无用，应立即赶赴玉门、安西与敦煌一带，以壮声援。哈密尚未解围，张曜和宋庆所部久经阵仗，办事奋勇，应立即驰往哈密，会同文麟与明春作战。各军粮饷，由左宗棠源源接济，不能让部队缺乏粮饷。
清廷没让左宗棠西进新疆，只要他负责为西进部队提供粮饷，是体谅他积劳在身，不忍叫他驰骋沙漠。
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初冬季节，浙江的余杭县发生了一桩冤案。此案是清末四大奇案之一。这件事牵涉到湘军出身的浙江巡抚杨昌濬。
杨昌濬在浙江任职期间，为了改变那里因兵祸而造成的经济凋蔽，微服私访，探察了农民所急、商人所困的关键，严明劝勤惩懒，取缔赌馆、烟馆、乩坛和暗娼，并设置劝农台，亲自宣讲农政水利，使杭州一带面貌很快得以改变。当地百姓后来还为他修建生祠。 电子书 分享网站
1873年，同治十二年（4）
但是，这桩冤案发生，使杨昌濬的官声大受影响。
余杭县一家豆腐店里，有个名叫葛品莲的伙计，娶了毕秀姑为妻。毕秀姑生得白净娟秀，街坊们给她取了个绰号，称她为“小白菜”。
小白菜嫁给葛品连以后，由于长得靓，丈夫老是担心她红杏出墙，落下了疑神疑鬼的心病。他家隔壁住着一位举人公子，名叫杨乃武。葛品莲见杨公子一表人才，非常担心妻子看上他，两人勾搭成奸。他常跟母亲谈起这件事，请求母亲把俊俏的媳妇看紧一点。
有一天，葛品莲患急病身亡，他母亲喻氏怀疑毕秀姑与杨乃武通奸，谋杀了亲夫，请人写了一张状纸，把毕秀姑与杨乃武告到县衙。
杨乃武性情耿直，平日看到地方上不平之事，总是好管多说，爱找官府的麻烦，因此得罪了知县刘锡彤，被视为眼中钉。
刘锡彤接到报案以后，见毕秀姑生得美貌，而杨乃武又是自己的对头，自然不会轻易放过。他早就听到过有关被告的风言风语，心里有了成见，便给杨乃武定了个“夺妇谋夫”的罪名。杨乃武和小白菜自然不肯认罪。无奈酷刑逼供，屈打成招。“小白菜”被县官认定“谋杀亲夫”，判处凌迟处死。杨乃武的罪名是“通奸杀人”，判处斩首示众。
好在此案还要复审，必须上报杭州知府审核。不料知府维持原判，上报浙江按察使署。省级官府草率从事，维持原判，上报刑部。
在这个关键时刻，杨乃武的亲属几次进京上访，江浙朝野人士同声支援，惊动了慈禧太后。清廷将此案下发给浙江巡抚杨昌濬，令他会同有关衙门，亲自审理。清廷还不放心，又派出以清正而闻名的刑部胡侍郎，作为督察员，前往案发现场，进行调查，提审犯罪嫌疑人。
最后，杨昌濬将人犯、案卷和尸棺押解到北京，由刑部等衙门三堂会审。
杨昌濬为了维护湘军集团在浙江的地位，不愿让这桩冤案昭白，铸成了一生中的大错，给自己戴上了一顶昏官的帽子。
其实杨昌濬并不是一名贪官，甚至也谈不上昏庸。除了在这个案子中的表现，他可谓一名清廉干练的官员，而且有良好的品行操守。
这个湘乡人出身贫困，七岁时因聪明好学，得到免费进入蒙馆的奖学，十三岁接受同乡刘蓉的劝告，游学于罗泽南门下，后以童生考中秀才。
杨昌濬年幼时，父亲为他抱养了一个姓陈的女孩做童养媳。他中秀才后，亲戚们怂恿他的母亲退婚，他坚决地加以制止，此后与陈氏恩爱一生。
他在1852年跟随罗泽南团练乡勇，第二年随湘军转战湖南、湖北和江西。从1860年起，随左宗棠到江西和浙江镇压太平军，历任知县、知府、盐运使、按察使和布政使，从1869年开始代理浙江巡抚。他在清末算得上一个循吏名宦，他的言行风貌，颇多供人观采启迪。
杨昌濬秉性随和，凡事都爱息事宁人。为了袒护下属，他在杨乃武与小白菜一案的审理中，专横跋扈，无视舆论，一意维持州县的原判，成了一个昏官的典型形象。这场官司也因此而一时无法结案。
春天，席宝田镇压了贵州的苗民起义军，军事行动结束。湖南边境没有需要防守的地方，然而水陆湘军并没有解散。省城城守，悬火打梆，好像是防备起义军杀来。如此持续了几年。
1874年，同治十三年（1）
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左宗棠没有进入新疆，坐镇甘肃，淘汰陕西和甘肃的驻防军，将营改为旗，以节约粮饷。他下令成立甘肃织呢总局和甘肃制造局，以及兰州火药局等机构，为后世发展西部工业打下了基础。
这时日本人侵犯澎湖列岛，李鸿章上奏，请调驻扎陕西的刘铭传所部赶赴山东，计划渡海增援台湾。
左宗棠担心陕西邠州和乾州兵力空虚，要求穆图善从泾州的驻军中拨出五个营，接手乾州的防务。
对于海上的侵略者而言，到这时为止，清军多少有了一些威慑力量。福州船政局到这年2月为止，经过近八年运作，造出了十五艘轮船。从这时起，日意格等人及几十名法国籍工匠，按照合同的规定，全部从船厂撤走，厂务和技术，都由船政学堂培养出来的学生接管。“新造诸船，俱用华人驾驶。”
福州船政局非常节省。建厂费用，只有四十多万两银子，到本年为止，总共只用了五百三十五万多两银子。
但是，日本人仍然遏止不了自己的野心。日本政府于2月6日通过《台湾番地处分要略》。4月份，日军组成所谓的“台湾生番探险队”，由陆军中将西乡从道率领三千人的舰队侵略台湾，在琅峤登陆。
日军于5月份侵犯台湾基隆，5月18日，日军开始与台湾当地居民交战。牡丹社酋长阿实禄父子等战死。江海戒严。清廷下诏，重新起用湘军名将蒋益澧，要将边防军事交给他办理。蒋益澧刚到京城，旧病复发，不久在北京去世，享年五十岁。清廷将他官复原职。
清廷得知日军侵犯台湾的消息后，立即向日本政府提出质问，并派福建船政大臣沈葆桢率军直赴台湾。沈葆桢等到达台湾后，一面与日军交涉，一面积极备战。
7月，日军以龟山为中心建立都督府。
7月21日，清廷召曾国荃、杨岳斌和鲍超等人入京，筹划增援台湾抗击日军事宜。
日军由于不服台湾水土，士兵病死较多。日本政府考虑到不能立即军事占领台湾，于是转而用外交手段解决问题。
三十四岁的湖南慈利人孙开华是鲍超旧部，为了加强东南海防，闽浙总督李鹤年上奏，请调他的擢胜营开赴厦门。清廷准奏，任命孙开华为代理福建陆路提督。
四十七岁的浏阳人李兴锐奉命办理机要，并赶赴江阴、狼山、吴淞和崇明等地视察，择险设守，指挥部队修筑炮台。
8月23日，清廷下诏，任命左宗棠为大学士，仍然留在陕甘总督任上。
四十二岁的宁乡人黄万鹏奉�