8月22日，清军江北大营造成了楼船，从水上攻打扬州，不但没有攻克，还阵亡了大将双来。
第二天，瓜洲和浦口的太平军联合攻打天京附近的三汊河，清军侍卫都兴阿将太平军击退。
这时，从北方陆续赶到江苏的各路清军，全部驻扎在扬州城外，军饷供应中断，雷以諴的部队情况最为严重。雷以諴不能眼看着军士们饿死，情急之下，想起了厘金法，决定征收商业税来养活部队。
厘金是商人的发明。在位于交通要道的城镇里，各地的商人都会开设会馆，为家乡的商旅提供方便。会馆从百货的盈利中抽取一定的金额，储备起来，公用开支。厘金的抽取，一般是一千文抽取十文到二十文，各省都有这样的情况。
雷以諴曾在史书中读过，战国时期，赵国大将李牧驻扎在北部边疆雁门郡，从集市上抽取商业税，用于养活自己的士兵。他拥有一千三百辆战车，一万三千匹战马，以及十万大军。古代用兵，费用巨大。赵国是个小国，李牧又驻军在那么偏僻的地方，靠着商业税的供给，军饷也不会匮乏，行军不缺粮草，士兵不愁吃穿。
明代不征商业税，全靠农业的税收来供养军队，赋税的一半用于养兵。全国每年收入应该有二千多万两银子，但十年的节余，还不过一年的收入，郡县府库照例都没有储蓄。大农春秋有两次收获，往往还不够开销。战火一起，田地里不再播种收获，朝廷收不到关税，而赈灾抚恤，各种费用层出不穷。于是劝人捐输，商议借贷，想用一两位贵戚大臣的私财，填补天下的费用，实在想不出办法了，便增收农业税，弄得民不聊生。
1853年，咸丰三年（22）
清朝的统治者察觉了这种弊端，两百多年坚持不加农业税。然而，每当战火燃起，百姓仍然不免经年累岁的徭役，把国库的钱全部拿出来，也不能满足所需的开支，谋臣们束手无策。
太平军起义之后，清廷筹饷派兵，耗费六百多万两银子，后来财源枯竭，所拨的钱财，只是公文上的数字，长久无法落实。将帅们也知道这当不得真，便各自去想办法。他们的办法有两条，第一是捐输，第二便是厘金。
捐输和厘金两种办法，都起源于战国和秦汉时代。但比较起来，捐输是个笨拙的法子，朝廷卖官鬻爵，流敝很大，败坏了风气。何况与捐输比较起来，用商业税来供给军饷，是一种比较稳定的来源。
雷以諴想起了厘金法，在扬州东北方四十里处的仙女镇开始实行。他按照商人们的惯例在抽取的比例上加以增减，对商铺和流动商人采取不同的办法收税。对于商铺，一年酌定收税多少，叫做“板厘”；对于流动商人，则设卡征收，与关税相同，叫做“活厘”。
雷以諴实行的这个办法，对百姓的影响很小，也不会挫伤商人的积极性。东南部的清军将帅争相效法，不断提高收税比率，所设的税卡越来越多，抽取的税金越来越重，每年的收入超过人口税的数倍。战争平息后，厘金成了惯例。此后几十年，全国的商贾都为这种税收感到头痛。
雷以諴的举措，在1851年开始的这场战争中，是清军首次采用这种办法来供养作战部队。此举为湘军筹饷提供了借鉴。曾国藩后来靠着这个办法，把湘军带出了最艰苦的岁月。
在筹饷方面，太平军则是农业税和商业税并举。
太平军在5月份再次占领安庆以后，清廷的省府搬到庐州去了，谋士们建议将庐州定为省会。太平天国的翼王石达开办事练达，在安庆张榜安民，选择村子里大胆聪慧的能人担任乡官，要求农民交出粮册，按田亩的多少来输送钱米。又在大星桥设立关卡，用铁链子将巨筏锁在江面，拦截行船，征收税金。
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湘军移师衡州以后，曾国藩的处境大为改观。
衡州是湖南第二大城市，民风淳朴，还没有染上省城的奢华与矫饰。对于曾国藩而言，衡州于他还有故里之谊，他少年时代曾在这里求学。而且，这里还是湖湘学派创始人王船山的故乡，令崇仰前辈学者的曾国藩倍感亲切。
湘军驻扎衡州，也有军事上的需要。衡州是历代交通要道，兵家必争之地，湘军驻扎在这里，有助于阻截太平军发源地广西与外省战场的联系。
曾国藩重返第二故乡，顿感海阔天空。长沙官场上以骆秉章和鲍起豹为首的文武官僚针对他的明争暗斗和处处牵制，在这里已经感觉不到了。
衡州知府巴不得湘军移驻到他的辖地。他知道，湘军是块硬骨头，太平军不会轻易来啃它，衡州也就可保平安。乱世之中，一个知府保住了城池，就等于保住了性命和顶戴。他的身家和仕途升迁，都与这位钦差帮办团练大臣休戚相关。于是，他把修城墙的银子挪过来，交给曾国藩用于训练湘军。他盘算着这些银子还会回到他手里。湘军能够对付太平军，他们的军费，朝廷和巡抚衙门最终是会全部承担的。
曾国藩在衡州没有官场上的为难，却深感兵力匮乏。战争的持续和扩大，使能征善战的军士，远远供不应求。
江忠源此刻正在外省作战，而太平军从南昌撤围后，江忠源从南昌到达九江，就因楚军大量散去，而奏请清廷给他增兵。
曾国藩得知此事，给江忠源写了一封信。信中写道，现在最可恨最令人伤心的事情，是朝廷的军队兵败不相救。调派兵员时，从几个营或几十个营中抽选一千人，士兵之间互不熟悉，统领军队的人，又不是本营过去的将领，下级便不服从调配。至于绿营兵与勇丁碰到一起，更是互相嫉恨。在桂东战役中，三厅兵在街上寻杀湘乡勇。湘军增援江西时，镇筸兵在三江口打杀湘乡勇，重伤十多人。现在朝廷的部队习气败坏，调度方法陈腐，就是圣人也无法令将士同心。
曾国藩又说，江忠源奏请增调六千名云南兵、贵州兵、湖南兵和广东兵，招募三千名勇丁，总计一万人，编成一支部队。那六千名军士，必须有一两名大将统领。但他们这些文官，要和绿营将领打交道，真是很难。绿营将领大多数卑俗平庸，根本谈不拢。还不如训练一万名乡勇，全部挑选湖南家乡那些朴质而又善战的君子，以忠义的精神来统帅他们，加以刻苦的训练，激发他们的斗志，才可以投入战斗。
1853年，咸丰三年（23）
曾国藩的这番话，表现了他的先见之明。他实际上是在劝告江忠源，在失去自己亲自训练出来的新宁勇丁之后，不要急于投身作战，疲于奔命。在重新训练出一支家乡的部队之后，再投身战斗，是比较稳妥的办法。可惜江忠源没有听从他的劝告，很快又带领杂牌部队投入新的战斗，结果把自己的性命也搭进去了。
性格决定命运。江忠源之所以明知不可为而为之，是因为他注重节操和义气，不忍见危难而不救，于是放弃大局的考虑。其实曾国藩已经预见到这个结果，早就说他一定会为义气而献身。
在外省作战的江忠源缺乏兵力，再次提醒了曾国藩：必须继续扩大本省团练的规模。
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曾国藩在长沙的遭遇，伤了他的自尊，也刺激了他的欲望。他早就知道，光靠绿营的力量，是对付不了太平军的。只有“别树一帜，改弦更张”，纯靠湘军的力量，不掺杂成事不足败事有余的绿营，才能驱驰东南，逐步肃清太平军。
曾国藩扩军的初步设想，是办成六千人的陆师，和江忠源的四千楚军，合为万人大军。
那时候，曾国藩身边只有三员干将，就是塔齐布、罗泽南和王錱。塔齐布勇猛过人，稍缺谋略。罗泽南勤恳扎实，拙于交际。对于扩军，只有不在身边的王錱可作指望。这个年轻人擅长言辞鼓动，以前在湘乡招募勇丁和筹饷，很有一套办法。所以，曾国藩刚在衡州安顿下来，便写信给王錱，请他协助招募兵勇。
王錱正为湘乡子弟兵在江西的损失而悲恸。罗泽南所部在南昌丢下了八十多具尸体，谢邦翰等四人是王錱的同学和挚友。他发誓要率领湘中子弟，慷慨兴师，为死去的人报仇雪耻。王錱正想向骆秉章和曾国藩请求招募勇丁，出省作战，曾国藩要他招兵买马，正合他的心意。
曾国藩和王錱计议，初次共招募六千人，办一支复仇的“义师”，其中由王錱统带两千人，自筹饷银一万两。可是王錱到了省城以后，欲望膨胀，改变初衷，把为自己招募的人数增加到三千四百，而且通过他在官场的活动，饷银也由自筹变为官拨。
湖南的官场为什么愿意给王錱增拨军饷呢？原来，在长沙的提督标兵闹事以后，省城的官吏都成了曾国藩的私敌，谁都想看他的笑话。但是，这位团练大臣掌握着一支精锐部队，虽然兵员不多，却有很强的战斗力，湖南境内的防剿还有赖于他。再说，他在文宗那里说话很灵，湖南官场在场面上还得予以支持，凡是军事、饷事和吏事，都不得不让他几分。
但是，骆秉章非常赏识王錱，而王錱乐于听从他的差遣。王錱善战，在省内不到一年就屡立战功，相继升任知县、同知和直隶州知州。但他出身低微，容易交往，要他做什么事情，自然比跟曾国藩打交道容易多了。倘若官府在军饷和军备上予以支持，帮助他增加兵力，他就能成为湖南官府的依靠。同样是公费，反正是要用于团练，给曾国藩还是给王錱，没有区别。有此机缘，他们自然倾全力支持王錱，而把曾国藩晾在一边了。王錱增加招兵人数，就是因为有他们做靠山。
在官方提供的有限资源里，王錱分去了一部分，曾国藩的后勤补给减少了。军饷不再按时发给，领取武器弹药也备受刁难，曾国藩及其所部陷入困境。日复一日，会党越剿越少，曾国藩的部队在全省防务上的重要性，也就越来越低。额外的军饷没有来源，扩军之说等于空谈。他的部队无法扩充，那么届时代表湖南出境攻打太平军的人，必然是人多钱足的王錱，而不会是兵单饷绌的曾国藩了。
曾国藩探知此中关节后，大为恼怒。可是，无名火终归是无名火，只能自己憋着。唯一可行的，无非以情动人，以理服人，把王錱从政敌们的阵营里争取过来。
于是，曾国藩给王錱写了一封信，希望他能率领所部归附。但是，王錱只想着要率领军队为阵亡的同学报仇，却不体会曾国藩的隐衷。他连信也不回，忽略了曾国藩的忠告。
曾国藩见王錱无动于衷，便分别给巡抚、布政使和长沙知府写信，要求他们只让王錱统带两千人，作为先锋，而不能让他统带三千四百人。他还劝说官府让王錱裁减超出计划的兵员。他又给一些乡绅写信，阐述这层意思。但是，曾国藩的这些努力收效甚微。txt电子书分享平台
1853年，咸丰三年（24）
骆秉章说，造反的军队行踪来往不定，本省仍然需要严加防范，令王錱将所部留在长沙，暂缓裁撤，认真训练。
从此以后，王錱的乡勇就成为骆秉章节制的部队，独立于曾国藩的湘军体系之外了。
由于曾国藩和王錱的矛盾，湘军的这次扩军，没有收到预期的效果。
然而，就在曾国藩为扩军而犯愁的的时候，否极泰来。太平军西征取得的节节胜利，又给了他一个扩军的机会。
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太平军从9月份开始，沿长江向湖北进军。时逢清廷将张亮基调任山东巡抚，接替病死的李僡。文宗任命六十一岁的江苏人吴文镕为湖广总督。吴文镕还没有到任，张亮基得知太平军已经杀来，便派同知劳光泰率领炮船扼守田家镇，又派武昌道徐丰玉总理防务，汉黄道张汝瀛为副手，一起率部防堵太平军，编造巨筏，横在江面，拦截太平军的船队。
张亮基要走了，跟随他到湖北的左宗棠怎么办呢？从3月到9月的半年时间里，他一直主管湖北的军事。但他看到对手是已经十分强大的太平天国，而清军只能干瞪眼看着，近乎灰心丧气。
在这期间，他给老师贺熙龄的次子贺仲肃写了一封信，感叹清廷的封疆大吏，虽然身负征讨太平军的责任，却没有过人的才干，满清的江山，恐怕是保不住了。
左宗棠空负一身本领，却始终找不到够他表演的舞台。他现在的平台是张亮基提供的，他对这位代理总督已经是感激不尽了，他写信给女婿说，张亮基“事无巨细，尽委于我，此最难得，近时督抚谁能如此？”
但张亮基也不过一省之长，顶多把一省的军事交给左宗棠办理，而且清廷还把张亮基调来调去，左宗棠跟着张亮基跑，“劳累难堪”，却难以干出一番大事。左宗棠的意思很明显，朝廷只有将他和江忠源这样的干才委任为大帅，赋予他们足够的军权，清军才有打败太平天国的可能。
当然，这只是左宗棠的一厢情愿。且不说他出身低微，长沙之战也就得到一个知县的头衔，就算他是曾国藩那样的二品大员，清廷又怎么会放心让这些汉人去大展拳脚？
9月13日，清廷给张亮基的调令发下来了。趁着这个机会，左宗棠决定离开张亮基的幕府。
有人说左宗棠太狂妄。尽管清廷的文武官员多数昏庸无能，不是还有曾国藩这样能干的大员么？
但是，左宗棠当时确实还看不出曾国藩在军事上会有什么作为。尽管曾国藩当时已奉旨帮办团练，但是湘军还处在艰难的创办阶段，恐怕连曾国藩自己都不知道，他的团练究竟会办成什么样子。何况，曾国藩以前是个京官，一直享有文名，于军事一途，却是个门外汉。在左宗棠眼里，曾国藩“其人正派而肯任事，但才具稍欠开展”。由此可见，左宗棠对曾国藩在军事方面的能力是心存疑虑的。
总之，左宗棠在此时已经对清廷绝望。他于10月6日从武昌出发，当月24日回到湘阴，打算做一辈子的“湘上农人”。
再说江忠源。南昌解围之后，他非常担心九江的安危。他认为九江是扼守长江上游的关键，打算抄小路前往驻守。他于10月1日率领杂牌军赴援九江，郭嵩焘与他同行。
但是，江忠源所部还没赶到，太平军已经占据九江，然后从九江进占武穴，攻破富池口清军兵营，占领兴国。
江忠源所部于10月11日抵达江西瑞昌。一路上，郭嵩焘赋诗一首，怀念家乡。在瑞昌，江忠源听说负责防御田家镇的徐丰玉和张汝瀛用战舰封锁了江面，却没有在南岸的半壁山设防