李世忠在长淮五河及长江新河口设了许多税卡，征收的税款颇为丰厚。又运盐自售，对上面而言，侵吞了公家的利益，对下面而言，为害商人百姓，非常令人忧虑。但是，这种情况沿袭已久，如果要将他绳之以法，恐怕很难办到。
而且，李世忠的部队近来攻克了天长、六合、浦口和江浦，击退了陈坤书的部队，对于大局来说，不无功劳，不能埋没他的劳苦而马上惩治他的罪过。不如让他维持原状，对他收税卖盐的行为不加禁止，对他的请求也不加拒绝。但是，不要给他大力的支持，也不要轻易调用他的兵力。如果打算收回国家的权利，则必须另筹月饷，足以供养他的部队，才能实行这套办法。
于是，曾国藩催促广东提供税金，清廷同意他的办法。
比起对于李世忠的政策来说，曾国藩还有更头痛的问题。9月份江南传染病大流行，徽州和宁国疫情最为严重，鲍超等人患病，无法指挥部队。张运兰告病回乡，所部老湘营由二十九岁的湘乡人刘松山和易开俊分别统领。刘松山从此成为独当一面的将领，据守宁国。他的部将易德麟坚守宁国至泾县一带。
围攻天京雨花台的湘军部队，也有很多人染上了疾病。曾国藩忧惶不安，非常沮丧。
自然灾害也影响到贵州湘军的作战。这时秋瘴已起，湘军为了避免疾疫侵害，必须尽快结束战斗。
9月9日，湘军在贵州东部集中主力攻打汉寨场。这里是二十九岁的侗族好汉姜应芳经营了十多年的地方，清军一直无法进入。现在湘军乘胜招抚了旁边的村寨，所以深入无阻。湘军逼近汉寨以后，掷火烧寨。起义军由于叛徒将抬炮灌水，没有了火器，只能用刀和石块抵抗。大火燃起以后，起义军都翻越寨墙逃走，退入清江防守。
湘军增援部队害怕瘴毒，都返回晃州，派出小部队增援铜仁。
胜保的部队到达陕西以后，于9月份转战西安以东，在邻近西安的临潼和黄河之畔的朝邑连续击败起义军，然后挺进西安。西安周边灞桥一带回民村堡的起义军闻风撤走，西安的清廷官府松了一口气。清廷命令胜保专门指挥陕西军事，雷正绾的部队进驻西安。
胜保率部攻破省城附近的回民村堡，向西北方推进几十里，攻击咸阳的马家堡和苏家沟，指望牵制泾阳和凤翔起义军的兵力。成名的京兵在同州被起义军击败，转移到朝邑扎营。起义军又集中兵力攻打朝邑，成名向清廷苦苦求援。清廷命令胜保和雷正绾领兵夹击。这时太平军袭击商南，捻军攻击洛南，陕西东南部军情紧张。
10月初，多隆阿的部队在武关外打败太平军，洛南的捻军也东撤河南卢氏。10月7日，胜保亲自赶到咸阳，于10月11日在咸阳城北攻击回民起义军，攻克四座壁垒，获得大胜。10月12日，起义军集结兵力反击，雷正绾率领骑兵将起义军击退，追逐三十里。
1862年，同治元年（24）
10月下旬，郭刀刀的起义军袭击陕南宁陕的的火地岭，胜保为了防止这支起义军继续北上，派王佐臣领兵到西安以西的周至和眉县境内阻击，连连击败起义军。郭刀刀率部奔到宝鸡的山中。
咸阳的回民起义军侦察到胜保的部队分兵南下作战，趁机集结三四万兵力，四面出击，雷正绾连连抵挡，无法抑制起义军的势头。
石达开于10月份率部从四川綦江南下贵州，部队分为三支，每支三万多人。一支奔向贵州西部，一支南下遵义，另一支到达遵义以北的桐梓就停下了。湘军派沈宏富、李有恒和全祖凯等部反击，挫败了石达开的部队。石达开分兵袭击遵义西北方的仁怀和东北方的绥阳，以及贵州西部的毕节和郎岱。贵州清军分兵追踪，太平军便从西南部的普安进入云南。不久又从云南进入四川，攻占筠连，北上宜宾。胡中和与刘厚基等部驻扎横江，准备拦截。
川东顺天军在10月份遭到湘军重创，湘军在大竹以东俘虏了起义军首领周绍涌。先前驻扎在鹤游坪的顺天军，现已无人留在四川境内，只剩下先后进入陕西的二部了。
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华东江南的疫情到10月份还在蔓延，军士们相互传染，死者的尸体堆积如山。曾国藩后来在《金陵湘军陆师昭忠祠记》一文中，描写了当时的情状。
他说，湘军进入雨花台以后不久，就碰上了传染病的大流行。哥哥生病，弟弟传染，早晨还在笑，夜晚身子就僵硬了。十座营帐，有五座不常开火做饭。一人暴毙，数人送葬，返回时又有一半人死于路途。附近县城的药都用完了，便派大型战船，一艘接一艘地驶入安徽和湖北各省，征集药材。
湘军军士病倒如此之多，惟独曾国荃没有病倒，算得上一个奇迹。
曾国藩忧心忡忡，上奏说，战事刚刚顺手，却又流行天灾。如果太平军趁此危急之时来进攻，湘军不但不能战守，而且不能预先逃走，以图再振。几年来经过百战所占领的地方，由尺寸而扩大到几百里，有可能前功尽弃。
他说自己德行单薄，不能挽救厄运，请清廷派亲信大臣奔赴江南，分清责任的轻重，在艰难的时局里挽回气数。
清廷下诏说，近日已进入深秋，疫病仍未止息，宁国、金陵、徽州、衢州、上海和芜湖的各路军队，都因疾病而不断有人死亡。鲍超、张运兰和杨岳斌等人都各自抱病在军中，军营甚至很少看到炊烟。这种时候，无论是进攻还是防守，都没有把握。
朝廷信用湘军，由于曾国藩的忠勇是发自于至诚，因此推心置腹，希望他能挽救东南全局。自从各路军队逼近金陵，太平军的老巢已成陷阱。只是因为遇到艰难的时局，很难攻占，所以朝廷屡次下旨告诫，不要徒然地只求旦夕功效，而应该立足于不败之地，以等待可乘之机。
现在将士们正在患病之余，朝廷怎么会忍心重加督责？应该让他们都知道朝廷的旨意，加以慰问。这是无可奈何的事情，不是曾国藩一个人的过错。朝政有很多不周到的地方，足以上干天和，君臣应当痛加自责，努力寻求禳救的方略，为民请命，指望天心转移。
至于天灾流行，太平军中也会有人传染。眼下京城本无大臣可以委派，就算有，环顾朝野，才力器量如曾国藩者，一时也难以选拔。曾国藩素尝学问，更应当坚毅不拔，倍加小心，不要有一刻松懈。
清廷认为太平军也会受到瘟疫的打击，但是太平军偏偏还有强大的作战能力。正当群医来到湘军营中广施医疗，患者们正在休息生养的时候，李秀成率领三十万大军，从苏州和常州赶来天京增援，号称六十万兵力。东起方山，西至板桥镇，连营几百座。
曾国荃的兵力不足三万人，被太平军重重包围。彭玉麟和杨岳斌的水师，都被太平军阻隔，无法与陆师联络。湘军将领们吸取了向荣与和春的教训，提出撤围去投奔水师，退保芜湖。曾国藩身在安庆，终日忧虑，废寝忘食，派人飞马送来命令，叫曾国荃撤围。
曾国荃对将领们下令说：“贼寇倾尽全力突围，是他们的惯技，向公与和公正是因为撤退而遭致挫败。现在，如果我们重蹈覆辙，贼寇就会长驱西上，颠覆大局，我们怎能保住芜湖？贼寇虽然人多，却都是乌合之众，不守纪律。又因就住江苏的都会，骄奢淫逸，没有经历过大的挫败。我正苦于他们分散在各处，难以分兵打击，现在他们都来了，聚在一起，我军予以重创，必然打得他们大败而逃。于是我便得以专力攻击他们的巢穴，必定攻破。愿诸位共同努力！” 电子书 分享网站
1862年，同治元年（25）
湘军将领们听了这番话，都欣然从命。
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曾国荃定下了不撤围的决策，统一了将领们的思想，便于10月12日将围攻天京的部队分为三部，其中二部抵抗城内太平军的攻击，曾国荃自己率领一部，去阻击增援的太平军。一夜之间，湘军修筑起无数小垒，保障粮道通往长江。
太平军轮番攻击，潮涌一般地掩杀过来。他们把装满泥土的箱子堆垒起来，作为巨型盾牌。又运来西洋开花炮，从上击下，炮弹所至，无坚不摧。曾国荃让身体瘦弱的士卒留守军棚，挑选健壮的军士日夜抵抗，交替睡眠进食，常用火球大炮大量杀伤太平军。太平军宁死不退，湘军伤亡惨重。
李秀成的部队，现在已经实力大增。4月份上海一家洋行供给太平军步枪三千零四十六枝，野炮七百九十五尊，火药四百八十四桶，共一万多磅，子弹一万八千发。太平军拥有了大量先进的武器。现在，他们用洋枪洋炮轰击湘军时，子弹密集如雨，还有开花炮弹打入营中，令湘军惊心动魄。事后曾国荃向郭嵩焘描述太平军的洋武器，说是比湘军的武器精利百倍。他们不仅拥有开花大炮，洋枪队还拥有洋枪两万枝。
10月22日，曾国荃的部将倪桂节中炮身亡，曾国荃左边脸颊被枪击伤，血染衣襟。包裹了伤口之后，他仍然巡视各营。到这天为止，两军已激战了十个昼夜，太平军才稍稍退却。
黄文金配合李秀成，率部攻打宁国，鲍超亲自入城防守。由于瘟疫肆虐，鲍超无法领军战斗，宋国永派部队到新河庄阻击太平军，被黄文金部挫败。
黄文金又领兵来到江苏东坝，攻打东宝圩，为李秀成声援。宋国永部抵挡不住太平军的锋锐，吃了败仗。湘军的长江水师也被困在金柱关，动弹不得。
太平军士气更加高昂，挖掘地道，炸塌湘军壁垒。曾国荃多次派兵堵合，有时将污秽物灌入地道。
可是，天京周边太平军的兵力还在增加。10月25日，李世贤也从浙江集结兵力杀到，与李秀成的部队会合，号称八十万大军。
曾国藩得到军报，急忙征调援兵，可是各处的部队都被太平军牵制，无法赶到金陵增援。曾国荃的三万人处在包围圈内，城内的太平军与增援的太平军将他们团团围住，军士们伤的伤，死的死，剩下的十分疲惫。
曾国荃以为刚从浙江赶到的太平军部队士气旺盛，便告诫将领们要用重兵对抗，以静制动。
太平军背负木板，肩挑草土，填塞濠沟，却迟迟未见进攻。两军很少短兵相接，都靠着炮声来威慑对方。在太平天国运动的晚期，太平军的将领们骄奢淫逸，非常怕死，手下又是一些乌合之众，选拔的将领都不是人才，和起义初期相比，气势已经衰微。
湘军据濠开炮，坚壁不出，与太平军相持两个昼夜。
10月27日，湘军出动一万人开壁出击，军士们斗志高涨，喊声震地，所向披靡，一天内攻破太平军的十三座壁垒，斩杀八千人。增援的太平军军心沮丧，投入更大的力量挖凿地道，埋设地雷。
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苗沛霖向清廷投降，到10月份才有实际行动。他从寿州及正阳关撤军，向清廷献出这两处城镇，率部退驻下蔡。苗家军一走，蒋凝学便分兵进驻。萧庆衍领兵驻扎霍邱，成大吉和毛有铭率部驻扎三河尖和固始，王载驷领兵驻扎六安。这些人都是李续宜的部将。湘军在淮西的部队，声势相连，苗沛霖更加害怕。
袁甲三手下有水师、陆师和骑兵两万多人，分别驻扎在五河、灵璧、凤阳、定远、怀远和蒙城，以张德胜、王才秀、朱淮森、徐鷷和宋庆等人为大将，又在部队中掺杂了不少团练勇丁，都是攻不能克，守不能固，仍然要靠李世忠的部队协助。
唐训方虽然高升，但军中旧部已经溃散。他在仓促间招募了一些新兵，派去防守庐州。
安徽战火频仍，农民和商人纷纷逃亡，官府收不到租税，无论是哪一支部队开到临淮，立刻就会一贫如洗，为苗沛霖和李世忠所轻视。
李世忠占据的地盘濒临长江，他的部队不得不经常与太平军争战。苗沛霖就不同了，自从有了胜保这个靠山，他又能获取颍南和北丁的粮食，暗中与捻军联络，没有一种势力对他构成威胁。他唯一畏惧的就是湘军，所以想靠胜保将湘军赶走。
1862年，同治元年（26）
胜保率部到达陕西后，仍然替苗沛霖讲情，上奏诋毁湘军，请求清廷允许苗沛霖隶属于僧格林沁。
僧格林沁当时追赶捻军到达夏邑，在山东驻军，打算攻打安徽亳州境内的捻军圩寨。这位蒙古王爷起初也讨厌苗沛霖。可是苗沛霖为人机敏，打听到外藩王子骄贵，有心攀附，便在他身边布下耳目。他获悉，僧格林沁自负忠勇，认为湘军控制临淮，是为了向清廷邀功，便从中挑拨离间。僧格林沁果然上奏，请调苗沛霖协助作战，想依靠他来镇压捻军。
清廷同意了僧格林沁的请求。可是，真要与捻军开战，苗沛霖又不干了。僧格林沁发现苗沛霖在利用自己，便向清廷密报苗沛霖狡狯，不可信任，应该暂时把他稳住，使他不至于成为湘军攻击捻军的障碍。曾国藩也说，要想驾驭苗沛霖，只有赦免他的罪过，而不借用他的兵力。在征调时小心谨慎，在税卡上则对他放宽，与李世忠同等对待。
清廷担心南军与北军失和，两边抚慰，缓和矛盾。
蒋益澧的部队很快就成为浙江湘军的生力军，使左宗棠对龙游的攻击加快了步伐。10月22日，蒋益澧率部进攻裘家堰，拔掉太平军的三座壁垒，其余各垒不战自溃。龙游北路已无太平军。
左宗棠命令蒋益澧全军渡河，沿南路攻打太平军的各个壁垒，逐一攻破。太平天国王宗李世祥参见蒋益澧请降。左宗棠进驻新凉亭，距龙游五里，令部队挖掘长濠，逼近龙游城。他留下蒋益澧的部队攻打龙游以东五十里处的汤溪，派刘典所部驻扎游埠，阻击来自兰溪和金华的太平军增援部队。
10月24日，蒋益澧率部攻打汤溪北门，高连升率部攻打东门，熊建益和刘典率部攻打西门，都未攻克。
庆端派知府康国器助攻汤溪，与湘军一起，形成了合围。
太平军首领谭富仍然拥有几万兵力，左宗棠令魏喻义率部转移，驻扎淳安和寿昌，与遂安王文瑞的驻军互相依靠。
不久，徽州告急。王文瑞移师攻打绩溪，丁长胜所部奉令随同前往，驻扎淳安的魏喻义部只有两千人，陷入孤立，十分危险。
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李鸿章刚到上海时，就想请赋闲在家的郭嵩焘来做助手，但被曾国藩阻止。曾国藩说，郭嵩焘虽有文才，但文才不等于行政才干。你与郭嵩焘分别十六年了，现在听了别人的推荐，冒昧上奏，将来办事不顺利