是讨论，内容都联系现实的社会政治问题。《明史》记载：他们“讲习之余，往往讽议朝政裁量人物。朝士慕其风者，皆遥相应和”。这样，不仅南北两京都有“朝士”应和，而且当地的士绅和“草野齐民、总角童子”也都在他们集会时赶来“听教”〔６〕，“一时传为吴中自古以来未有之盛”〔７〕。
其实，顾宪成和他的同道们重建东林书院聚徒讲学，这一举动本身就是一种自觉地担当社会责任、一种继续“抱道忤时”的行为。顾宪成曾明白申说：“自古以来未有关门闭户、独自做成的圣贤，自古圣贤未有绝类弃群、孤立无与的学问。吾群一乡之善士讲习，即一乡之善皆收而为吾之善，而精神充满乎一乡矣。群一国之善士讲习，即一国之善于皆收而为吾之善，而精神充满乎一国矣。群天下之善士讲习，即天下之善皆收而为吾之善，而精神充满乎天下矣！”〔８〕可见他们重建东林书院，着手处虽是一乡一书院，着眼处却在天下之人心士气；着手处虽是在讲习圣人经书，着眼处却在干预朝政时局。他们这样做，事实上已对中国传统的书院讲学制度进行了实质性的改革，已经把五百年前杨龟山创建的从事学术探究的东林书院改造成为通过讲学评议朝政、批判社会人心、介入现实政治斗争的东林书院。而他们在讲学中所反复阐述的那些观点：入世、务实、求真、身体力行、崇尚气节等等，也因此成了他们在现实政治斗争中的思想武器和精神支柱，成了他们心灵的盔甲和戈矛。黄宗羲称赞他们是“一堂师友，冷风热血，涤洗乾坤”，就他们在当时的作用和对后世的影响而言，这话并非谀辞。
顾宪成他们在东林书院聚徒讲学的年代，同时也是晚明社会艰难转型的时期。一方面是商品经济愈益繁荣、市民阶层加速壮大、文化教育日趋普及、言论和出版自由的空间越来越大；另一方面则是皇权衰落、政治腐败，官僚集团四分五裂，无论在兵制、盐法、赋税徭役等基本制度和国家生活和其余环节上，都是一片混乱，体制运转失灵，而外患却已经露头并且越来越严重。用顾宪成老弟顾允成的话来形容，这是一个“天崩地裂”的时代，换成今天的说法，便是旧制度已无法维持，新制度却尚未成型，更没有支配局面的力量，形成了一个“方生未死”的社会转型期。
这是一个呼唤改革、呼唤励精图治的时代。可是万历皇帝却在“立储”问题上有偏心、私心。因派遣太监四出征税扰民、躲懒不肯参加“经筵”听取讲官为他讲解圣人经书等等问题屡遭朝臣们的尖锐批评，他竟干脆躲进深宫不肯和臣下见面，居然有二十多年不肯临朝理政，成了中国历史上少见的消极怠工的君王。皇帝对国家、兆民、祖宗基业如此不负责任，朝臣之中那些营私舞弊、贪赃枉法之徒便大有活动空间，一些正派而有责任感的官员反倒招怨犯忌，想负责任也很难负得起来。加上一批又一批“抱道忤时”的朝臣触怒皇帝遭到贬逐，再加上一些正派的官员灰心失望感到难有作为，纷纷上疏辞职，甚至不经皇帝批准就自行挂冠回家，以致许多衙门严重缺官，运转失灵，朝政便越来越混乱。在朝的官僚中渐渐形成以同乡、同年、师生、姻娅等关系相结合的小帮派，当时著名的就有齐、楚、浙三党，此外还有“宣党”（宣城汤宾尹）、“昆党”（昆山顾天峻）之类。
按明制惯例：京官每六年（逢已、亥）考核一次，简称“京察”；外省官员每三年（逢辰、戌、丑、未）考核一次，简称“外计”，通常由吏部会同都察院主持。考核结果形成升迁、降罚、贬逐三个等级的处理意见上奏，皇帝一般都照准，以示尊重朝臣们的公论。制度虽这么规定，实际执行中吏部往往事前“请教”内阁首辅，以免触犯阁臣们的“关系户”。然而按照明朝官制，内阁、六部和言官乃是“三权分立”，内阁不得干预六部的业务。当初顾宪成等一群官员之所以遭贬逐，起因就是万历二十一年京察时，他们不仅未向内阁首辅“请教”，还认真负责地将“一时公论所不预者贬逐殆尽”〔９〕，其中包括首辅王锡爵的众多“关系户”和另一位阁臣的老弟。内阁反扑，策动几个言官弹劾顾宪成他们是“专权植党”。皇帝不问事，首辅便上下其手，用各种理由将顾宪成等吏部官员贬逐一空。于是双方都从这场斗争中获得启示：从此以后，每逢京察、外计，各派政治力量便都奋起厮拼，因为每次考核的结果都直接影响到各派实力的消长。而顾宪成他们虽遭贬逐“退处林野”，却和在朝在野的同道们依旧保持联络，互通声气，并且开展各种活动。拿顾宪成来说，他不仅学养深厚，人品纯正，而且能从大处着眼胸襟宽广，具备政治才干。他的政敌首辅王锡爵一度下台、复出再任首辅时，顾宪成曾一连写了两篇动之以情晓之以理的类似公开信的文章，批评他也争取他。后来叶向高入阁担任首辅，此人和顾宪成关系较好，顾宪成便经常和他通信讨论各种问题，力图通过他对政局施加影响。以致他的政敌们联名上疏告状：“顾宪成讲学东林，遥执朝政，结淮抚李三才，倾动一时。孙丕扬（吏部尚书）、汤兆京（御史）、丁元荐（礼部主事）角胜附和，京察尽归党人。”〔１０〕其中所说“京察尽归党人”一语，指的是万历三十九年由孙丕扬等主持的京察，齐、楚、浙三党中有劣迹的分子以及“宣党”和“昆党”的党魁汤宾尹、顾天峻二人统统遭到弹劾和斥逐一案。三党虽遭打击，但主力仍在，他们激烈反攻，终于迫使孙丕扬和叶向高先后去职，顾宪成也在万历四十年因病去世。从此朝政归三党把持，他们便将一切反对他们的人统称为“东林党”。
黄宗羲在明亡后慨叹道：“东林之名，讲学者不过数人耳，倚附者亦不过数人耳……乃言国本者谓之东林，争科场者谓之东林，攻阉人者谓之东林，以致言夺情、奸相、讨贼，凡一议之正，一人之不随俗者，无不谓之东林。……然则东林岂真有名目哉？亦攻东林者加之名目而已矣！”〔１１〕所谓“加之名目”，换成现代的说法大约相当于“扣帽子”。因为在皇权专制政体下，臣下结党乃是十分严重的罪恶。官僚们结成的“朋党”寄生在官僚体制之内，利用体制来排斥异己、扩展权势、损公肥私、欺诈皇帝，从而腐蚀体制本身，危害神圣的皇权。所以历朝历代的君主全都痛恨“朋党”，所谓“结党营私”，所谓“朋比为奸”，所谓“党同伐异”，所谓“君子群而不党”等等，这些主流话语所斥责或鼓吹的，正是出于皇权专制政体的意志和需要。因此一有机会，不同派系的官僚们都很乐意给自己的仇敌扣上一顶“朋党”、“奸党”的帽子，从而在皇帝面前将对手置于被动挨打的位置上。尤其是那些自己在拉帮结派中又有种种劣迹的官僚们，如能反咬一口将一切反对他们的人统统扣上一顶“朋党”的帽子，那他们自己就安全多了。事实上，从万历中期直到明朝亡国的数十年间，正是那些弄权、贪赃、误国殃民的官僚们，不断地把一顶又一顶“东林党人”的帽子扣到一切反对他们的人们头上去，从而使“东林党人”名满天下，成了他们那个时代正义和良知的代名词。因此，当我们在今天谈论“东林党”的时候，并不是说历史上真的有过这么一个“党”，而是指历史上曾经有过这么一批被称为“东林党人”的人士。他们是具有官僚身份的知识精英，是皇权专制政权体中比较正直，对国家对民族较有责任感，而又讲究气节操守的一群。
（二）
还在东林书院重建以前，北京城里就发生过两次“妖书”事件。所谓“妖书”，换成今天的说法便是“反动传单”。万历二十六年，一位吕姓官员写了一册名叫《闺鉴图说》的书，记述历代优秀后妃们的模范事迹并配上图画。他把此书献给了皇帝，万历则把此书赐给了宠妃郑氏。郑贵妃是个有野心的女人，她出资将此书重刻（再版发行），以显示她虽不是皇后，却已在做着“母仪天下”的工作。但京城里很快便出现了尖锐批判此书的传单。传单以反讽的口吻一问一答，揭露此书表明郑妃想搞“子以母贵”、废长立幼的勾当。朝臣中也有人上疏参劾此书作者吕某“包藏祸心”，而郑贵妃的兄弟则气势汹汹反击，请求皇帝将参劾吕某的那位官员逮捕审查。万历知道此事如果闹大，对郑贵妃毕竟不利，因为她并非皇后，而这种“母仪天下”的工作，理应由皇后来做才是，轮不着她，于是采取了“大事化小”的姿态，此事也就不了了之。
万历二十九年，皇帝生了一场大病。他在病中发觉郑贵妃并不怎么忧虑焦急，对她的感情便有所变化，再加朝臣们多年来催促他“立储”的呼声，在他生病时显得更为有理和紧迫，于是病后便降旨册立皇长子朱常洛为太子。但当时有种种迹象表明，郑贵妃一方并不甘心，而且他们势力强大，太子方面反倒孤立无援。正是在这样的背景下，万历三十一年冬，京城里达官贵人和皇亲国戚们的府邸门外，一夜之间同时又出现了一份“妖书”，指斥皇帝立储是迫于臣下压力“不得已而立之”，责备皇帝并没有配备应有的侍奉太子的职官，说这就是为在适当时机改立太子埋下了伏笔。而郑妃在文武官僚之中则有众多党羽，传单将这些党羽的名字和职位一一公布，又大骂首辅沈一贯“为人阴贼”，最后说，现在的形势是“厝火于积薪之下”，万分危险，要求大家提高警惕。这份传单的出现使满朝震惊，东厂的特工将这份“妖书”上奏，万历勃然大怒，除了指令东厂“多布旗校，用心密访”，又严令各省巡抚和京城里的“五城兵马司”（警察总局）等衙门“通行严捕，务在必获”，发动了一场全国性的大搜捕活动。首辅沈一贯则借此机会打击包括次辅在内的政敌，唆使几个御史“风闻言事”，捕风捉影造谣诬陷，连上奏章参劾他们的政敌和“妖书”有关，致使不少无辜者被捕下狱，一些官员遭到革职，另一些官员受到监视。一时间朝野汹汹。
最后，锦衣卫终于缉获了两次“妖书”的作者及其同伙：原来是顺天府（北京）一名革去功名的秀才及其儿子，以及一个刻字匠。皇帝不相信这三个下层百姓居然如此大胆而且熟知朝廷内情，于是又是会审又是用刑，“必欲得主使奸党以正国法”。可是怎么审怎么查，也找不出他们有什么后台，这个案子纯粹是案犯们的个人行为。那么他们为什么甘冒灭门风险要这么干呢？原来，他们是受了“郑皇亲”即贵妃娘家人的迫害，因此立志要报仇雪恨。
“妖书”事件表明，普通士民们的政治同情属于太子一方，而对作威作福的郑贵妃一伙则强烈不满。他们这种政治态度，使他们在以后直接介入了东林党人进行的政治斗争，并且使明末的“党祸”具备了不同于汉、唐、宋代党争的规模和意义。而东林书院吸收一般士绅和“草野齐民总角童子”们入院听讲议政，也是在有意识地向普通士民宣传他们的理念和主张，这种“唤起民众”的做法，也是前代党争中从未有过的事。
万历年间围绕着“立储”问题掀起了一系列斗争，东林党人称之谓“国本之争”，即皇位继承权之争，其实就是未来的领导权之争。东林党人都是信奉儒家学说的理想主义者，他们相信在一个好皇帝、一个贤首辅、一群忠良朝臣的统治下，这个国家便没有什么解决不了的问题。因此皇位继承问题，对他们来说便具有头等重大的意义。“立嫡立长”的原则不仅符合天命伦常的宗法观念，更有太祖皇帝规定的“祖宗成法”可据。如果破坏了这个规矩，那么任何一个皇子便都有权觊觎皇位，那就国无宁日了。所以“国本”问题关系到帝国治乱兴衰的根本大计，绝不是皇帝一人的家务事。他们本着这样的信念，一个个都不顾个人荣辱，一次又一次地激烈批评、指责、恳求皇帝，以尽到他们的忠君爱国之责。因此对于东林党人而言，他们在“国本之争”中争的是原则和信念问题，但对于另外一批朝臣来说，“立储”问题只不过是一个可供他们用来达到个人目的而加以发挥的“题目”，是一团可供捏弄成方成圆或长或短的泥巴，是官场利害之争的一系列“关节”。他们比东林党人更“现实”更乖巧也更通权变之术，所以他们往往比东林党人更容易讨得皇帝的欢心而成为最终胜利者。
万历四十二年，一个手执枣木棍的汉子突然闯进太子的住处东宫，“第一门寂然无人，第二门止两阉守之，一年七十余，一年六十余”，汉子一棍便打倒了衰老的太监，冲上了内殿的台阶，这时才被人发觉，七八个太监赶来把此人抓住了。汉子供认：名叫张差，是两名太监指使自己这么干并给了枣木棍，叫他“打进（东宫）去，撞（见）一个打杀一个，打杀了小爷（太子），吃也有你的，穿也有你的”。而指使他的两名太监中有一人姓郑，是贵妃的本家〔１２〕。
这个谋害太子的案件本该追究这两名太监的后台，于是主张彻查此案后台的官员和主张“张差是疯魔之人”企图为两名太监开脱的官员，为此吵得不可开交。皇帝担心此案追下去将涉及郑贵妃，便匆匆降旨将张差和两个太监处死、灭口。这件闹得朝野震动的“挺击案”便在留存着重大疑点的情况下大事化小、小事化了。而那些主张彻查此案的官员，则被政敌扣上了“东林党”的帽子，此外还给他们起了个外号：东宫（太子）叫“大东”，“东林党”叫“小东”，意指“东林党”为太子党，想借此挑动皇帝对东林党人的不满。果然，在万历一朝的末年，东林党人多半遭贬逐，失去了左右朝政的可能。也在这段时间里，东北的努尔哈赤叛明建国，攻占抚顺，并在万历四十七年大败三路围剿的明军，近逼辽沈，严重威胁着大明帝国的安全。
在外患加