朝对蒙古各部并不完全放心，如表中所列：五月十六日，科尔沁部土谢图亲王巴达礼离京，多尔衮特派大学士刚林，宁完我向巴达礼秘传他的指示：“天下大业已定，正黎庶休养之时，然恐蒙古造衅，缓则密奏候旨，其有急不及奏者，尔即便宜行之。吾唯尔是恃！”巴达礼非常感动地说：“臣昔蒙太宗皇帝宠眷，今又沐王殊恩，敢不誓死以报！”
多尔衮的话，道出了清朝并不满足于表面顺从的隐情，在心里深层对蒙古仍不放心，并以戒备和警惕的目光注视着蒙古方面的一举一动。他对巴达礼说出“唯尔是恃”的话，表示了清朝同科尔沁的非同一般的关系，是其他蒙古各部所不能比的。的确，科尔沁同清朝的关系最深。早在努尔哈赤时，其后妃多为科尔沁人；太宗的孝端文皇后、孝庄文皇后、宸妃都是科尔沁人，连他的兄弟子侄，还有贝勒大臣也多娶科尔沁王公贵族的女儿为妻。世祖的孝章皇后还是科尔沁人。同样，他们也把皇室的公主、格格等下嫁给科尔沁的王公贵族。这种极为密切的关系一直保持下去，与清朝相终始。难怪乾隆帝巡视科尔沁时，写诗赞美：“塞牧虽称远，姻盟向最亲。”张穆：《蒙古游牧记》，卷1，“科尔沁”。正因为有这一层特殊的关系，多尔衮才放心地说出不能公开的私底话。巴达礼明白朝廷的意图，是要他密切监视蒙古各部的动静，如蒙古各部有不轨的行动，来得及，就上奏请示，等候朝廷指令，若事出紧急，来不及请示，授予他自行处置权。巴达礼对此自然感激朝廷对他的绝对信赖，故决心以死报答朝廷对科尔沁的厚恩。
自周秦以来，迄至清朝，近三千年间，中国所谓的“边患”，主要来自北方的游牧民族。战国至秦，延至汉代，匈奴逞凶于北方几个世纪；自魏晋以降，历南北朝、隋唐，直至宋、辽、金之世，诸如“五胡”、突厥、党项、契丹、女真，都起于北部、西北及东北的“三北”地区。南宋时，蒙古崛起，一统天下；至明，蒙古退居长城以北，二百多年，与明时战时和，未曾归服。后金以女真（满族）再度复兴，收服漠南蒙古，吸引漠北蒙古、漠西蒙古来朝，应该说，双方关系刚刚确立，实际并不稳固，多尔衮对此已有充分估计。后来，不断出现的事变，证明其担心并非多余。
清朝从一开始就十分重视对蒙古的关系，早在努尔哈赤、皇太极时期，逐步地建立了同她的联盟关系，再扩展至同汉族地主的联盟，形成了满洲、蒙古、汉军三大旗制，遂定为立国的基石。当然，清对蒙古较之对汉更为亲密，所以在政策上对蒙古各部的待遇尤为优厚。然而，在蒙古内部仍有一股离心力量，总试图脱离清朝而自行其是，甚至梦想恢复先祖成吉思汗时代的辉煌。这种离心力量必然与清朝的大一统相抵触，当发展到一定阶段，双方的矛盾便转为公开的武装对抗。清朝总是先以理招其悔罪，重修旧好，若招抚失败，便毫不迟疑地予以军事打击，用战争手段解决问题。这又构成了清对蒙古政策的另一个方面的内容。这就是抚与伐互用，软硬兼施，恩威并行。在此政策的指导下，清朝不断调整并发展同蒙古的关系。
在清朝顺利发展与蒙古的关系时，漠南蒙古苏尼特部背清朝而去，在巩固的满蒙联盟中首次出现了裂痕。
苏尼特部驻牧在张家口外，距离北京近千里。原属察哈尔林丹汗，因不满其暴虐而北徙，往依喀尔喀部。至崇德四年（1639年），其部落长腾机思与叟塞自喀尔喀率部来归，受到皇太极清太宗优礼款待，命多罗郡王阿达礼之妹嫁给腾机思，封为额驸、多罗墨尔根郡王；封叟塞为多罗杜稜郡王。腾机思作为回报，也将自己的女儿嫁给清皇室固山贝子博罗为福晋。双方通过联姻加深了关系。《清太宗实录》，卷58，12~13页；卷63，26页。自顺治元年至二年，该部继续派贡使，按例朝贡。《清世祖实录》，卷2，11页；卷20，5页。
第二部分安抚边疆诸族（4）
顺治三年四月，腾机思与其弟腾机特等各率所部，突然逃往喀尔喀。因何原因叛离清朝？史无明载，我们只能做这样的解释：他们作为元太祖成吉思汗的后裔并不甘心屈从于满族的清政权，往依同清刚建立关系的强大的喀尔喀，不过表明向清朝闹独立。这一事件，必然给满蒙关系造成消极影响，发展下去，将会危及清朝的统治。执政的多尔衮马上意识到它的严重性。即于同年五月二日，任命能征惯战的和硕亲王多铎为“扬威大将军”，以多罗承泽郡王硕塞为副，率满洲八旗，并调集漠南蒙古各部军队一起出征。自六月以来，清军屡战屡胜，腾机思的军队，连遭失败，损失惨重。接着，清军继续北进，先后同喀尔喀部土谢图汗衮布、车臣汗硕雷的数万蒙军激战，一举将他们击败。《清世祖实录》，卷27，19~20页，详载多铎的战报。衮布、硕雷被迫上表认罪，献出1000匹马，100头骆驼，作为和好的礼物，表示臣服。腾机特与腾机思弟兄已失依靠，也上表乞降。顺治五年八月，腾机特进京朝贡，朝廷予以接纳，将已犯罪过都予赦免，设宴、赐缎疋等物，以示款待。九月，将已故郡王腾机思的爵位赐给其弟腾机特袭封。《清世祖实录》，卷40，17页。次年正月，又封腾机思之子撒玛查台吉为贝勒。《清世祖实录》，卷42，7页。
继苏尼特叛逃事件后，喀尔喀部又掠夺了巴林部的牲畜、人口。朝廷立即进行干预，于顺治四年五月向喀尔喀发出警告，要求其部落长归还所掠人畜，并以骆驼百头，马千匹前来谢罪。《清世祖实录》，卷32，3页。喀尔喀被清朝的强大所震慑，于次年八月，土谢图汗、硕雷汗等人表示认罪，按朝廷要求，贡马千匹，骆驼百头。朝廷便不再追究。《清世祖实录》，卷40，2页。
由苏尼特蒙古叛逃及侵掠巴林等事件而引起的北疆动荡，重新恢复了平静。朝廷恩威并施的政策又一次取得了明显效果，再次制止了蒙古内部离心势力的滋长。经此事件后，喀尔喀各部，以及厄鲁特部，接受朝廷的招抚，较前恭顺，频繁朝贡。顺治七年（1650年）十月末，喀尔喀诺门汗诸贝子向朝廷上表，奏道：今派遣四贝勒为首及大臣前来北京，“坚盟和好”，一切均照朝廷规定行事。《清世祖实录》，卷50，16页。十一月，该部额尔德尼诺木齐等至京朝贡《清世祖实录》，卷51，1页。；厄鲁特部巴图鲁贝勒等、噶木布胡土克图等两批贡使先后到京，贡驼马等《清世祖实录》，卷51，5、6页。。接着，世祖遣使臣前往喀尔喀各部，向他们宣布朝廷的政策和规定：每年各按旗进贡一次，每旗的贝子，共进驼一只、马八匹，派大臣朝见，朝廷亦按定例赏赐。此外，遣使贸易，各从其便。《清世祖实录》，卷51，8页。
喀尔喀各部遵守朝廷的法令，以时朝贡。顺治八年三月，该部硕雷之子噶尔马撒望与储护尔二台吉来京朝见，世祖在太和殿接见了他们。《清世祖实录》，卷55，18页。
八月，该部土谢图汗派贡使达884人，人数之多，超过了其他各部；
同月，土谢图汗与车臣汗的贡使309人亦到京朝贡；
十一月，厄鲁特部也遣贡使320人朝贡。
对他们的到来，世祖命礼部举行盛大宴会，宴请进贡的使臣们，表达了朝廷的怀柔之意。《清世祖实录》，卷59，5、27页；卷61，9页。
世祖推行先辈的遗策，利用处理苏尼特叛逃事件，恩威并施，加强了同喀尔喀、厄鲁特等部的关系，暂时巩固了清朝对北部蒙古的控制，无疑也巩固了她对全国的统治地位。
清朝对北疆蒙古的政策，除对其叛变以理招抚失效，而不得不用兵外，其主导方面，仍是千方百计地怀柔，用物质、金钱、爵位和各种赏赐以至联姻等手段加以笼络，用以增强其向心力，提高清朝的威望；对其内部的纷争，则以仲裁者的身份，给以干预，进行调解，务使双方或若干方面和平了结。若有违犯清朝法制和政令者，就严格执行，予以处罚。不管他们中犯有何种过错，甚至是严重罪行，只要悔罪改过，向清朝朝贡，就予以宽大处理，既往不咎，保持一切待遇不变。鄂尔多斯部扎穆苏曾杀朝廷使臣，率其兄弟部落叛逃。至顺治七年十一月，“因不能谋生”，又来归顺。论罪，扎穆苏应斩首。世祖给予宽大处理，免死，仍令管辖所属人员。《清世祖实录》，卷51，9页。
多尔衮执政时期，把应给予的优待不限于给各部头领，而是扩大到各部下属人员，使之广受朝廷恩惠。顺治四年十月，以世祖的名义，一次向蒙古各部下属人员颁赐币、物等物，计有：
科尔沁土谢图亲王下虎巴、卓礼克图亲王下白尔格；
乌朱穆秦部车臣亲王下祁格特、耨讷赫；
敖汉部墨尔根巴图鲁郡王下杜理琥；
柰曼部达尔汉郡王下孟克；
阿坝垓部卓礼克图郡王下布仑代、噶尔玛色冷；
翁牛特部杜陵郡王下博济纳木色冷；
苏尼特部杜稜郡王下车格；
四子部落扎萨衮达尔汉卓礼克图下阿木达尔；
扎鲁特部尚加布下巴彦代、布尔思海；
蒿齐忒部博罗特额尔得尼下拖贝；
喀喇沁部扎萨衮杜稜下阿哈土、阿济极尔；
土默特部扎萨衮达尔汉下巴雅思虎寨桑；
吴喇忒部楚成格下巴拜；
巴林部塞卜腾下代通、桑噶尔载。《清世祖实录》，卷34，11~12页。
第二部分安抚边疆诸族（5）
以上，共14部，19人。这些人都是各本部落长下的属员，都得到朝廷的赏赐，自然个个欢喜，以得朝廷皇上的赐物为荣，也就提高了皇上在他们以至广大蒙古人心目中的崇高地位。
最高奖赏莫过于同皇室联姻。前叙顺治二年十月，太宗第二女固伦公主下嫁察哈尔汗之子阿布鼐；还有，同年四月，太宗第八女固伦公主下嫁给科尔沁土谢图亲王巴达礼之子巴雅思护朗。《清世祖实录》，卷15，28页。顺治四年十一月，又将太宗第十一女固伦公主下嫁给阿坝垓部噶尔玛索讷木。《清世祖实录》，卷35，9页。他们成为额驸后，便被封为郡王或亲王等。能得到如此优待的，也只有少数人，但它产生的影响无疑是广泛而深远的。
在蒙古诸部中，喀尔喀部与厄鲁特部地居遥远，与清朝建立臣属关系较晚，彼此关系并不巩固。顺治三年喀尔喀因容纳苏尼特部叛逃，受到清朝征伐，虽说喀尔喀认罪，恢复对清朝的朝贡，但朝廷仍存有戒心。顺治七年（1650年）二月，指示户、兵二部对喀尔喀、厄鲁特作出买卖马匹的限制规定：自今以后，两部的人“从边外前来”，凡章京以下，披甲兵以上，如无骆驼、马匹，有愿买的，每一次只准买一匹。如违例多买，其马匹没收入官，治以应得之罪。买卖时，由每旗选出二名章京官员当场监督，并将买马人姓名汇造清册，一册送户部验看，一册由买马者自留，以备查验。在马匹交易场所，持册呼买马人姓名，查验登记无误，便准入市场买马。另外，又规定商贩、买卖人及不是披甲的士兵，一律不准买喀尔喀、厄鲁特人的驼马，如有违犯，处100鞭打的惩罚，驼马没收入官。又特别规定：居庸关以内（指长城以内），所有官员、百姓及士兵等一切人，都不许“沿途迎买”，由各处官员和差役人员进行搜查，如发现，即押解至京，按“贼律问罪”，而执法官员及吏役人如私买或纵容买者，也按贼律惩治。《清世祖实录》，卷47，8~9页。
马匹、骆驼为蒙古人生活所必需，是占有财产多寡的标志，也是交通工具，尤其是用于军事，马匹更是不可缺少。限制喀尔喀、厄鲁特人的马匹与骆驼的买卖，主要是基于军事上的考虑，对他们保持戒备状态。
世祖时期，清朝同周边各民族的关系，最引人注目的是同西藏的关系取得了重大进展。如果说，太宗去世前与西藏初步建立了联系，那么，到世祖时，由遣使往还，发展到达赖亲自朝觐，最终确立了隶属关系。
清军初入关，仅领有京畿地区，自西藏至北京的必经之地——陕西尚被李自成农民军所占据。战争正在进行，西藏与清朝失去了联系。顺治二年三月，清军平定陕西，多尔衮以世祖的名义，颁发“恩诏”，其中，就如何联络西藏地区的问题作了明确规定：乌斯藏番僧应从陕西入贡者，由当地布政司察号，如赍有印信、番本咨文，准予照旧例（指明朝的旧规）进京朝贡。《清世祖实录》，卷15，22页。西藏距北京路途遥远，途中多属荒无人烟之地，山高水险，走完全程，总得需一年左右。崇德八年（1643年）五月，太宗遣使察干、格隆等为使，随藏使赴藏，向达赖等致意，迟至顺治三年八月才返回北京，往返历时三年余。达赖喇嘛、厄鲁特顾实汗等西藏政教领袖派遣班第达喇嘛、达尔汉喇嘛等，随同察干（罕）喇嘛前来，向皇帝“上表请安”，贡献金佛、念珠、普鲁羢、甲胄、马匹等物。多尔衮以甲胄、弓矢、撒袋、大刀、鞍辔、银器、缎疋、皮张等为礼物相赠，既是赏赐也是答谢。《清世祖实录》，卷27，23页。除达赖，还有班禅胡土克图，巴哈胡土克图、鲁克巴胡土克图、伊尔扎尔萨布胡土克图、萨思夏喇嘛、额尔齐东胡土克图、伊思达格隆胡土克图、诺门汗等西藏宗教领袖，“各上书请安”，各献当地土特产，向皇帝表达敬意。顺治四年二月，多尔衮派遣喇嘛、侍卫、格隆等人赴藏，向他们表示慰问，各赐给金玉器皿，缎疋、雕鞍、甲胄等物。《清世祖实录》，卷30，22~23页。双方的关系进一步密切起来，往来日益频繁：
顺治五年三月，达赖喇嘛等遣使，进贡“方物”之特产；《清世祖实录》，卷37，16页