如前卷已指出，西北——包括今新疆、青海等省，为厄鲁特蒙古四部游牧之地。早在清入关前，太宗时期，先后同清朝建立了朝贡关系。清入主中原后，双方关系进一步密切。在顺治十七年（1644—1660年）中，厄鲁特蒙古贡使朝贡北京多达71次，平均每年超过4次。袁森坡：《康雍乾经营与开发北疆》之统计，见该书73页，中国社会科学出版社，1991。与此同时，厄鲁特内部倾轧、纷争不已。清朝忙于平定中原，对其内部纷争不予干涉。
康熙初年，在数年纷争中，准噶尔部噶尔丹崛起。噶尔丹生于顺治元年（1644年），为巴图尔浑台吉第六子。“为人凶恶，耽于酒色。”《清圣祖实录》，卷83，20页。他的五兄僧格继承其父之位后，被其长兄车臣及次兄卓特巴巴图尔杀害。于是，当时还在西藏当喇嘛的噶尔丹即以复仇为号召，自西藏赶回准部，杀死仇人，遂为该部部长。祁韵士：《皇朝藩部要略》，卷9，《厄鲁特要略二》。
野心勃勃的噶尔丹并未就此停止战斗，却把战争扩大到各部，逐一兼并。自康熙十二年至十五年（1676年），他兼并了其叔父楚琥尔乌巴什父子的领地，并将叔父擒获囚禁，杀其子班第；十六年春，挥师击败和硕特部鄂齐尔图汗，将其俘获处死《皇朝藩部要略》，卷9，《厄鲁特要略一》。，其子侄“穷无所归”，逃至甘肃、凉州等沿边地带，“违禁阑入塞内”《清圣祖实录》，卷69，19~20页。。次年（1678年）二月，噶尔丹欲乘胜进兵青海。他“向有侵西海（即青海）之意，因人心不一，西海路远，恐一动而本地有事，不敢轻举”《清圣祖实录》，卷76，3页。，但他仍率军“行十一日撤归”《清圣祖实录》，卷83，19页。。十八年八月，驻守兰州的甘肃提督张勇收到噶尔丹的一封信，对青海提出“主权”要求，声称：“西北一带地方皆得之矣，惟西海（即青海）向系我祖与伊祖同夺取者，今伊等独据之，欲往索取，因系将军所辖之地，不敢轻举。”《清圣祖实录》，卷83，18页。原来，早在明崇祯九年（清崇德元年，1636年），和硕特顾实汗率军自新疆塔尔巴哈台远征青海，以势单力弱，约同噶尔丹之父准噶尔巴图尔珲台吉联军，共同进攻，击杀却图汗，遂据青海之地。为感谢巴图尔珲台吉相助，顾实汗将自己的女儿嫁给他，送给大批礼物。巴图尔珲台吉率部撤回准噶尔。噶尔丹所言：青海“系我祖与伊祖同夺取者”，即指此事。他以此为口实，企图将青海重新夺回，据为己有。今夏又曾两度出兵，因见“近边诸将军统兵驻扎，不敢轻犯。”他特给清将张勇写了这封信，表明他出兵青海的本意，但同时也暴露了他的野心。
康熙十八年，噶尔丹已领有厄鲁特蒙古四部之地，雄长于西北，西藏达赖喇嘛五世给噶尔丹加以“博硕克图汗”之号。同年九月，他遣使入贡，向朝廷献锁子甲、枪、马、驼、貂皮等物，因得达赖喇嘛的封号“博硕克图汗”，“是以奉贡入告”。此举违背清朝惯例：“从前，厄鲁特、喀尔喀有奏请敕印来贡者，准其纳贡，授以敕印，并加恩赉，从无以擅称汗者，准其纳贡之例。”尽管如此，圣祖和他的重臣们仍然“准其献纳”《清圣祖实录》，卷84，4~5页。，实际是承认了他的封号。自此，噶尔丹便以“博硕克图汗”号令西域，“胁诸卫拉特，奉其命”《皇朝藩部要略》，卷9，“厄鲁特要略”，参见王思治：《18世纪前夜西北边疆局势述论》，载《清史研究》1995年1期。，其势迅速膨胀。就在他上称号这一年，“渐次内移，住居河套，前哨已至哈密，去肃州仅十数日（程）”，威胁吐鲁番和哈密，不久，即攻占两地，表明他的势力已扩张至甘州（今甘肃张掖县），实际已控制了这个地区的撒里维吾尔族（今裕固族）《康雍乾经营与开发北疆》，75页。。
噶尔丹向青海扩张，因惧于清朝的严防而暂时作罢，随即把进攻的矛头指向新疆回部。清初，天山以北为厄鲁特蒙古游牧地，简称“准部”；天山以南的广大地区为维吾尔族居住地，称为“回部”。天山把新疆分成南北两个地区，又称前者为北疆，后者称南疆；或称天山北路、天山南路。“计回疆（部）东西六千余里，南北千余里，西、南、北皆大山界之。”魏源：《圣武记》，卷4，162页，中华书局，1984。顺治初年，以叶尔羌汗为代表，向朝廷奉表进贡，此为南疆与清朝建立朝贡关系之始。《圣武记》（上），卷4，169页。
康熙十九年，噶尔丹终于出兵南疆，以12万铁骑攻占叶尔羌与喀什噶尔，“攻破回子千余城，自后无复表贡”《圣武记》（上），卷4，169页。。从此，南疆沦入准噶尔的统治之下，扶植亲准的当地“白山派”首领和卓伊达雅图上台，称“阿伯克和卓”（意为世界之王），与其子统治南疆，皆听命于噶尔丹，与清朝断绝了关系，迟至乾隆时彻底消灭准部，清朝的统治才得以恢复。
噶尔丹兼并南疆后，又挥师西向，在四年间，接连打败哈萨克、诺盖（居黑海沿岸）、柯尔克孜等民族的抵抗，建立了准噶尔的军事统治。到康熙二十三年（1684年），噶尔丹已完全控制了西北地区，北达鄂木河，西至巴尔喀什湖以南，东至鄂毕河的中亚地带，“威令至卫藏”《圣武记》（上），卷3，115页。。
第三部分西北扬威平叛（2）
自蒙元退居塞外，诸部分散，自行其是，二百余年中，先有也先称汗，一度统一西北诸蒙古，继之又出现察哈尔部部长林丹汗，以统一蒙古为己志，欲图恢复先祖的辉煌，因屡受崛起于明末辽东的后金的打击而破产。至清入主中原后，噶尔丹在厄鲁特蒙古的纷争中乘机崛起，统一西北，改称汗号，是为第三人。他用战争兼并的手段，正在把分散的诸蒙古凝聚成一股巨大的军事与政治的力量，其结果，必然与清朝“大一统”产生不可调和的矛盾。
事实正是如此。当厄鲁特蒙古内部纷争时，清朝不过充当中间人，力图调和矛盾，使之和好，共事太平之福。但是，当噶尔丹夺取准噶尔部的统治权，逐渐扩大军事活动，朝廷开始警觉，以警惕的目光注视着他的动向。时值三藩动乱，沙俄入侵黑龙江，朝廷专力于平叛，抗击沙俄的入侵，无暇顾及噶尔丹，采取在政治上变通、包容，在军事上严加防范等对策，避免同噶尔丹直接发生军事对抗，力图避免陷入南北同时用兵的困境。
还在康熙十一年（1672年）正月，噶尔丹取代其兄僧格，谋取准部统治权，遣使入贡，请求按其兄僧格例，准他“照常遣使进贡”。朝廷没有责备他违例，不经朝廷批准擅自袭爵，给予优容，同意了他的请求《清圣祖实录》，卷38，7页。，实际是承认了他的合法地位。十五年五月，噶尔丹与和硕特部鄂齐尔图汗“内自相残”，将“阵获弓矢等物来献”，圣祖以“朕心不忍”，拒收此种“礼品”，仍然收纳了“常贡之物”。《清圣祖实录》，卷67，6页。这实际上也承认了噶尔丹对和硕特部的吞并。至十六年十月，噶尔丹不断侵掠各部，消息传到北京，圣祖仍以容忍与和解的态度，指示理藩院：应遣使前去，向噶尔丹等各方“评其曲直，以免生民涂炭”，要他们仍如以前和好，共同“优游太平”。《清圣祖实录》，卷69，20页。此刻，朝廷与三藩的战争正在激烈进行，四处告警，胜负难分，圣祖实在无力顾及厄鲁特内部的事，只好采取这一政策，藉以安抚噶尔丹，以图息事宁人。至同年十二月，情况变得更加严重。青海墨尔根阿喇奈多尔济台吉等为噶尔丹所败，携“庐帐”数千余，逃至甘州、凉州近南山一带避难；“游牧番人头目”有济农布第巴图尔、厄尔德尼和硕齐等率万余“庐帐”，逃入肃州境内暂为栖身。圣祖闻报，指示在陕西的大将军图海，率军前往逐出，严饬官兵各固守防地；选干练人员前去说服他们，“令彼退回”《清圣祖实录》，卷70，20页。，而对噶尔丹所为却无可奈何。
圣祖对噶尔丹的政策，是基于以下两个方面的因素：第一，噶尔丹的军事活动还限于蒙古诸部及清朝鞭长莫及之地，尚未直接威胁或进攻清朝的行政区；如前面指出，圣祖把三藩之乱视为最大的危险，必以全力予以扑灭；沙俄入侵黑龙江，虽构不成直接威胁，但毁坏其祖先的“龙兴之地”，自不能置之度外。按其轻重缓急，圣祖在平定三藩之乱后，即挥师北上，将沙俄驱逐出境。显然，解决噶尔丹的问题是排在前面两件大事之后的。第二，噶尔丹的问题还有一个逐渐暴露的过程，因为直到噶尔丹擅自称汗时，朝廷对他的政治意图和用兵尚不完全清楚，双方的矛盾远未激化到兵戎相见的程度。很自然，圣祖对噶尔丹暂作容忍，保持礼尚往来的关系，在不违背清朝的根本利益的情况下，不予介入。
朝廷的宽容，显然助长了噶尔丹的骄横，胆子越来越大，他在千里大草原上任意横行无忌，没有谁能够阻止住他的铁骑奔驰。但他也保持了部分清醒，深知满洲、蒙古八旗能征惯战，还有一批名将，善于谋略，故不敢轻举妄动，表面上，对朝廷朝贡如常，而朝廷也予以笼络、安抚，“赏贡如例”。后来的事变证明，这种表面上的关系不可能长久地维持下去，随着噶尔丹的政治野心无限膨胀，向朝廷挑衅，矛盾迅速转向尖锐，其无限止的军事征伐，终于把战火引到朝廷的大门前。战争正在日益临近。
噶尔丹残害其兄弟，劫夺爵位，擅自称汗，而且“兼并四部，蚕食邻封”《平定朔漠方略》，卷2，16页。，与清朝的矛盾即由此而生。要么，噶尔丹放弃非分之得；要么，清朝承认他的妄为，自坏国家大法，重订对蒙古的政策；否则，双方的矛盾是无法调和的。在经济问题上的矛盾，也因限制准部遣使人数而使双方分歧扩大，不满情绪日益积蓄。历来边疆少数民族酋长向中原王朝朝贡，也是一次贸易的好机会。这里，涉及朝贡的人数多寡，人数越多，越有利于他们来内地贸易。所以，他们总是要求增加遣使朝贡的人数。噶尔丹为了经济方面的利益，每年向北京派出的朝贡人员较其父兄时不断增加，已达千余人，最多时达数千人！原来，清朝对蒙古的政策特别优待，特许准噶尔遣使不限人数，一概允许进关。但当平定三藩大乱，内地主要是南方广大地区残破，亟须休养生息，与蒙古进行交易的马匹也因战事结束而需求大减。还须指出的是，准部遣使如此之多，沿途横行不法，抢劫财物、马匹，掳掠人口贩卖，甚至“自相屠害作乱”《清圣祖实录》，卷69，21页。，即使到了北京也敢胡作非为，以致扰乱了社会秩序，纷争、打斗时常发生《清圣祖实录》，卷111，17~18页；卷112，12页。。康熙二十二年，朝廷大臣提出修改遣使不限人数的规定。圣祖同意，向噶尔丹发出指令：以后你处贡使，持有印验者，限200名之内，准入边关，其余都留在张家口、归化城（今内蒙呼和浩特）等处贸易；向来不用你之印验的另行纳贡的四台吉，即厄鲁特的噶尔马戴青和硕齐、和硕特部的博洛库济、杜尔伯特部的阿尔达尔、土尔扈特部的阿玉奇等，所遣贡使入边关的，亦不许超过200人。你噶尔丹博硕克图汗，“毋违朕视四海一家，中外一体之至意，敬慎遵守。”《清圣祖实录》，卷112，13页。但噶尔丹拒不遵守圣祖的指令，于第二年即康熙二十三年（1684年）九月，遣使古尔班拜等率3000人入贡。理藩院遣官查验符信，仍以200人为限，其余都遣回，不得入关。《清圣祖实录》，卷116，24页。二十四年七月，噶尔丹上疏，要求取消对“贸易之人”入关的人数限制，申辩说：“四厄鲁特贸易，向有旧制，我等未便废也。若仍遵旧制，则凡事皆宜矣。”朝廷拒绝了他的过分要求，仍坚持康熙二十二年所议定例，不予更改。《清圣祖实录》，卷121，25页。二十五年九月，圣祖就此事作出最后决定：厄鲁特噶尔丹等四大台吉，“应令来京互市，其余小台吉俱于张家口互市，著为定例。”《清圣祖实录》，卷127，22~23页。这意味着，此项规定永久不变。
第三部分西北扬威平叛（3）
朝廷对噶尔丹的政策性规定，既坚持了基本原则，又很优厚，也是合理的。如，入关限定人数，但允许到张家口贸易不限人数，充分照顾到了准部人的利益，本无异议。但噶尔丹的过分要求没有得到满足，出于经济与政治野心的双重考虑，他转而接近沙俄殖民主义者，很快发展到投靠，乃至勾结，共同对付清朝。噶尔丹由民族分裂进而堕落为叛卖祖国，性质就更严重了。
应当指出，他的五兄僧格继任准噶尔部长时，坚持了维护国家统一的立场，屡次拒绝了沙俄的引诱。然而，噶尔丹出于他个人的极端利益，却主动寻求沙俄的支持。康熙二十二年（1683年），清军正为雅克萨反击战做准备，噶尔丹却派出一支由70人组成的商队，前往伊尔库茨克，向沙皇递交他的一封信，声称：他们的主子（指噶尔丹）已经得到俄国与中国在黑龙江上发生摩擦的消息，特派他们到莫斯科来。江载华译：加斯东·加恩著《彼得大帝时期的俄中关系史》，132页，商务印书馆，1980。他的最终目的是同俄国“结成军事同盟”兹拉特金：《准噶尔汗国史》（中译本），220页。，才能“征服蒙古”《18世纪前夜西北边疆形势述论》，66页。。噶尔丹的表态和行动，支持和帮助沙俄对黑龙江的侵略，而沙俄也保证支持他统一蒙古，建立一个新的蒙古帝国，达到分裂和削弱中国的政治目的。
噶尔丹勾结沙俄的内幕及重要史实，除了中国文献，俄国文献均有记载，前苏联学者也披露了档案史料，还有英、法、美诸国学者对此都进行了深入研究，得出了一致的结论。