同年七月，新任命的河道总督（原任安徽巡抚）靳辅对修治黄河、运河提出了调查报告：“河道敝坏已极，修治刻不容缓！”他分为八疏，条奏治理措施，请示圣祖批准。圣祖以事关重大，命议政王大臣、九卿、詹事、科道、掌印不掌印各官一起“周详”而深入地加以讨论。几乎动员了朝中所有大小官员、各机构会同讨论靳辅的治河报告，规模之大，人数之多，以往并不多见。可见，修治黄河及运河已到了何等严重的地步！正如他们一致认识：“黄河关系运道民生，固应急为修理。”然而，他们又为经费问题所困扰：“目今需饷维殷”，按靳辅的计划，每天需夫役12万有余，负担不起这笔浩大的经费开支。如从山东、河南等省招募民夫，这些穷困贫民远道而来，途中食用无资，还担心一些贪官污吏“借端扰民”，为害更大。他们提出：“应先将紧要之处，酌量修筑，俟事平之日，再照该督所题，大为修治。”圣祖即指示：“河道关系重大，应否缓修”，再由总督靳辅重新考虑，拿出切实可行的计划。《清圣祖实录》，卷68，6~7页。
诸臣提到“需饷维殷”、“事平之日”大修，指的是吴三桂发动叛乱，朝廷平叛，正是用军饷的紧张时刻，所谓“事平”即指平息三藩之乱。进入康熙十七年（1678年），平叛的军事形势逐渐朝着有利于清军的方向发展，开始变被动为主动，在西北和东南二翼战线都取得了胜利，只剩湖南中路吴三桂叛军，势单力孤，已经陷入困境。参见拙著《吴三桂大传》，江苏教育出版社，2005。随着形势的好转，全面治河也从这年正月开始。以新任命的河道总督靳辅为总指挥，实施治河的最新计划《清圣祖实录》，卷77，17页。，圣祖批准拨经费250万两白银，作为治河的费用《清圣祖实录》，卷71，7~9页。。
靳辅是我国古代著名的水利专家。始于顺治九年出仕为官，考授翰林院编修，历任内阁中书等多种职务，最高职务做到安徽巡抚，再升任河道总督。他治河的指导思想，亦如他所说：黄河与运河应为一体治理。运河漕运受阻，大多都是河道变迁造成的后果。他批评历代治河的人，多尽力于漕运船经行之地，其他决口，则认为无关运道而加以忽视，以致黄河河道日坏，运河之道因之日梗。因此，黄、运相关之处，断不容忽视。概括他的治黄思想：就是治河、导淮、济运三策《清史稿》，“河渠二”，卷127，3770~3771页。，也是朝廷的基本目标。
在靳辅主持治河，“各工并举”之时，清军平叛节节胜利，自康熙十八年展开总反攻，至二十年冬攻占昆明，八年内战宣告结束。紧接着，二十二年（1682年），进军台湾，郑克塽降清。圣祖对此十分欣慰，对朝廷诸臣说：“今四海太平，最重者治河一事。”《圣祖仁皇帝祖训》，“治河一”，卷33。展开了大规模的治河。他说到做到，即于康熙二十三年九月，离京首次南巡，亲临治黄工地，阅视河工。这三件大事，具有象征意义：以平叛胜利、收降台湾为标志，自明末以来的全国大乱至此告终，正式开始了由大乱转为大治的历史进程，换言之，两大战争的相继胜利，为“盛世”的到来举行了一次威武雄壮的奠基礼，而圣祖首次南巡，旨在向全国臣民宣布，自此国家全面转入经济建设，大治天下，即从“治黄导运”入手，兴利除害，确保中原及江南重点农业区风调雨顺，免受黄河之害，漕运畅通，所赖南方财富源源北上，以足国家财赋的收入。这一战略的实施，实质也就是治国的开始，为实现“盛世”打下雄厚的物质基础。
继首次南巡之后，圣祖分别于康熙三十八年（1699年）、四十一年、四十二年（1703年）、四十四年、四十六年（1707年）南巡。他一生中共六次南巡，都为巡视堤工，亲临工地指导治河而来。他首次南巡，途次郯城（今山东郯城县），即向漕运总督邵甘、河道总督靳辅阐明此意：“黄河屡次冲决，久为民害，朕欲亲至其地，相度形势，察视堤工。”《清圣祖实录》，卷117，6页。几天后，到达桃源县众兴集（今江苏泗阳），巡视黄河北岸诸险工，察看后，对靳辅说：像萧家渡、九里冈、崔家镇、徐升坝、七里沟、黄家嘴、新庄一带都是紧要之处，甚为危险，所筑长堤与逼水坝，须时加防护。看来运道之患在黄河，防御河患全凭堤岸，一定要有南北岸两堤，修筑坚固，可免决口。今诸处堤防，虽经整治，还须加厚增高，以防未然。他又说，如宿迁、桃源、清河上下，旧设减水坝，意欲分流，泄其水势，使堤岸免被冲决，又使下游疏泄，不改淮弱黄强，清河喷沙的忧虑。但需筹划精详，措置得当，“使黄河之水，顺势东下，水行沙涮，就永远不会雍塞决口，一劳永逸，河工可告成也。”《清圣祖实录》，卷117，7~8页。他继续南行，经天妃阁（清和县属）、高邮湖、淮安等，直抵南京。沿途有河工处，必亲自视察，经高邮湖，看到民间田庐多在水中，即登岸，沿堤畔步行十余里，召见当地贫民，询问受灾的原因，掌握第一手资料。在北返时，舟泊江都县邵伯镇，命吏部尚书伊桑阿、工部尚书萨穆哈“往视海口”。他指示说：高宝等处，湖水下流，原有海口，因年久沙淤，以致壅塞。今将入海故道疏通，可免水患。又经天妃闸时，于黎明时舍舟登岸，视察高家堰堤工。他看了看地形，对靳辅说：此段地势高于宝应、高邮诸河数倍，前人已于此筑石堤拦水外溢，关系最为重要，须年年防护，不可轻视。经清口、桃源县北关、宿迁等处，圣祖必亲自阅视，提出他的建议，嘱以应做之事。《清圣祖实录》，卷117，8~21页。
第四部分治河安邦治国（4）
时节已是阴历十月底至十一月初，按阳历算，已到了12月初，天气寒冷，圣祖不避寒风，走一处，看一处，征询当地人意见，随时同靳辅交换意见，发出指示。在以后的五次南巡中，他都是亲自做调查，甚至自行测量工程质量，所提的意见，治河的办法，无不切中实际和要害，常常使治水专家靳辅惊讶和信服。圣祖作为一个封建帝王，能做到这种程度，今人也不能不表示钦佩。他这种孜孜求治、不辞劳苦的实践务实精神，不厌其烦地向治河大臣们阐述他的治河见解，是十分可贵的。对于我们今天的人来说，也并不是人人都能做得到的！
圣祖对治河的情况了若指掌，尤其精通治河的技术，他如何得到的？他对靳辅说出了这个秘密。他说：“朕向来留心河务，每在宫中，细览河防诸书及尔屡年所进河图，与险工决口诸地名，时加探讨。虽知险工修筑之难，未曾身历河工，其河势之汹涌患漫，堤岸之远近、高下，不能了然，今详勘地势，相度情形”，就都明白了。《清圣祖实录》，卷117，7页。在此后二十多年的治河中，虽说有靳辅、王新命、于成龙、董安国、张鹏翮等相继担任治河工程的一线总指挥，但治河的总方针、总原则、指导思想，以及具体办法、措施，甚至一些细枝末节，都由圣祖同他们研讨，作出决策，有些是他们提出来的治理办法，亦由圣祖反复考虑后，予以批准。同时，还经常纠正他们计划的不足或失误。在治河长达30年的岁月里，圣祖亲自视察六次，完全掌握实际情况，因而有发言权。实际上，圣祖做了治河的总指挥。康熙二十一年，当开始大举治河时，圣祖参酌古今，就提出了他独到的治河指导思想。他说：“古者治黄河者，惟在去其害而止，今则不特去其害，并欲资其力，以俛运漕粮，较古更难。”《康熙起居注》，康熙二十一年五月十八日。他把兴利与除害结合起来，因而正确地指导治河，当黄河治理成功之日，也是为国为民大兴其利之时。后来的事实完全证实圣祖的指导思想是非常正确的。
在圣祖这次南巡前夕，靳辅主持的治河第一期工程已基本完成。据内阁学士席柱报告，他曾亲见治河的实况，认为“河道颇好，漕运无阻”，他回来时，“见宿迁地方，将水分排筑堤，共计五堤，其二堤已完，三堤正在修筑。水盛时，开闸以杀其势，令其循堤四散分流，无冲决之患。”给予了高度评价。
圣祖说：“今河工已成，水归故道，有裨漕运商民。”他提到四年前，即康熙十九年，靳辅治河才二三年，黄河尚未全部回到故道，一些大臣很不满意，要求把靳辅撤换下来。圣祖不同意，说：“河道关系漕运，甚为紧要”，若换上另一个人主持治河，“旧官离任，新官推诿，必致坏事。”他没有这样做，而是严令靳辅留任，限期修筑，今已见效。假如当时轻易换成他人，现在后悔也来不及了！以上见《清圣祖实录》，卷116，5页。言语中，流露出欣慰之心情。
圣祖经过实地考察，看到治河已初见成效，对靳辅的劳绩和实心任事十分满意。他在驾还北京，途次费县（山东费县）驻跸行宫，召见河道总督靳辅，向他嘉奖，说：“尔数年以来，修治河工，卓有成效。黾勉尽力，朕已悉知。此后，当益加勉励，早告成功，使百姓各安旧业。”表扬了靳辅的献身精神，并把他此次南巡所做的“御书阅河堤诗”赐给了他。《清圣祖实录》，卷117，23~24页。
治河导运，自康熙十七年初次动工，其间平三藩、收台湾，圣祖仍倾全力于治河，至四十六年（1707年），历时整整30年，大功告成。概括起来，主要工程有以下三项：
第一，大挑山（阳）、清（河）、高（邮）、宝（应）运河，简称高宝运河、淮阳运河，或里运河。此段起自淮阴至扬州，为黄河、淮河与运河的交汇处，为害最重。靳辅用挑挖运河之土，增筑两岸，塞决口32处。明时，江南各漕运皆自瓜州（今江苏镇江北）或仪真（江苏仪征）至清江浦（江苏清江市境），由天妃闸进入黄河运道。明治水专家藩季训将运河出口移至新庄闸，纳入清河水，以避黄河洪水内灌。可是，运口距黄、淮交汇处仅300丈，黄河仍内灌，运河垫高，年年挑浚无已，加之两河会合，潆洄激荡，重运出口，危险殊甚。靳辅针对前人的弊端，又将运口南移至烂泥浅之上，自新庄闸西南挑河一条，至太平坝；又自文华寺永济河头起挑河一条，亦接太平坝，都达于烂泥浅，导淮敌黄，使其不再内灌，难达运口。“由是，重运过淮，扬帆直上，如履坦途。”《清史稿》，“河渠二”，“运河”，卷127，3772~3773页。
第二，疏浚黄河入海口。在咸丰五年（1855年）黄河大改道前，其入海口原从云梯关（今江苏境）经过而入海。因其长年泥沙淤积，康熙时，已推出关外120里之遥，黄河入海受阻，水灾频仍。靳辅治理的方针是，大挑清江浦（江苏清江市境）以下黄河河身，并用其泥土在两岸筑起长约11．8万余丈的河堤，使其河水通畅，束水攻沙，很快便达到了沙去河深的良好效果。黄河畅流归海，解除了漕运的最大威胁和危害。
第四部分治河安邦治国（5）
第三，对运河的建设，最具重大意义的是，靳辅开辟中河。自汉魏以降，迄于明，大运河与黄河呈逐渐分离之势。隋以前，还没有大运河，漕运主要依赖黄河为运道。自隋开凿大运河，南北变通途，中央王朝仰赖江南漕粮，运河成为至关重要的通道，黄河便失去昔日的交通地位而让位于大运河。但运河仍有一段借助黄河为运道，如黄河泛滥，运河就不能通行。至明，先后有陈瑄凿清口、李化龙开泇河之创举，目的是避黄河风涛之险。不过，还是没有彻底脱离黄河，仍有180里借黄河为运道，风涛之险，洪水漫溢之灾仍不可免。靳辅在前人的基础上，予以彻底根治。康熙二十五年（1686年），他在骆马湖（今江苏西北之骆马湖）凿渠，历宿迁、桃源，至清河之仲家庄出口，名曰中河，又名中运河。漕船北上后，出清口，入黄河仅行数里，即入中河，直达张庄运口，从而避开黄河180里之险。自此，南北大运河与黄河完全分离。此段运河之开辟，是大运河凿通以来的又一重大发展。应当指出，此段运河开辟之初，尚不完善，或者说，还有缺欠。主要问题是，180里的新运河与黄河南北并行，且逼近黄河，不便展宽，万一黄河堤坝溃决，中河与黄河混而为一；而且因中河狭窄，里运河（指高宝至宝应一段）及骆马湖之水俱入此段运河，恐难容纳，尤其是到了雨季，难免溢出为灾。在探明这一弊端之后，于康熙二十七年（1688年），又加挑中河，采取建闸，筑堤等措置，避免或克服了原中河诸多不足，基本达到了完善。以后，不断整修防护，使中河成为最好的运段之一，“粮运往来，通行无滞矣。”以上有关疏浚黄河入海口，以及中河的开辟，皆见《清史稿》，“河渠二”、“运河”，卷127，参见乾隆时修《淮安府志》，“中河”，卷6。
靳辅奉圣祖之命开浚中河，是运河史上一件大事，至此，“南北运河之全局乃定。”郭肇基：《中国水利史》，第五章第八节。虽然中河并不长，但它标志着同自然水道黄河的完全脱离，使大运河真正成为名副其实的人工运河。这同明代陈瑄、李化龙所开运道具有同等重要意义。应该说，自隋炀帝开通大运河，历千余年，至清初才最后完善其自身的运河体系。迄今，这段中运河仍是运河中比较畅通的一段，运道宽阔，堤岸坚固，水流平稳。
康熙朝连续30年大规模治河导运，公平地说，是在圣祖的亲自指挥下，由靳辅和他的得力助手、著名的水利专家陈璜开创了治河的新局面，为后世治黄提供了丰富的实践经验和理论依据。靳辅两度任河道总督，将近12年，全部用于治黄，后病故于任内。康熙四十年（1701年）三月，刚刚平息噶尔丹叛乱，圣祖就对大学士们说：“今天下无事，惟治河最要。”指授治河方略，督促治河总督张