与圣祖的愿望相反，西藏并未安定下来，很快发生内乱。顾实汗的长孙达赖汗去世，由其曾孙即达赖汗之子拉藏嗣位，桑结不甘心，设阴谋欲毒死拉藏，被发觉，拉藏“蓄恨兴兵”，将桑结逮捕处死。拉藏将此事之经过及桑结立假达赖的阴谋写成奏疏，向圣祖报告。圣祖对此十分满意，当即派遣护军统领席柱、学士舒兰为使臣，前往西藏，封拉藏为“翊法恭顺汗”，并责成他们逮捕假达赖喇嘛来京。当席柱自藏返京后，向圣祖报告：各项使命均已完成，惟逮捕假达赖一事没有做到，因为拉藏不同意，理由是如逮捕假达赖，众喇嘛“必至离散”。圣祖没有责怪，表示理解，等待拉藏自己将假达赖逮送来京。
果如圣祖所料：康熙四十五年（1706年）十二月，圣祖正在北巡途中，出喜峰口，来到八沟地方（今河北平泉附近）宿营。这时，驻扎西宁的喇嘛商南多尔济前来，向圣祖说：拉藏已逮捕了假达赖，不久将解送至京。过了数日，商南多尔济写来奏疏，内中说：被解送的假达赖行至西宁口外患病而死。理藩院认为，假达赖“行事悖乱，今既在途病故，应令商南多尔济将其尸体抛弃”。圣祖表示同意。《清圣祖实录》，卷227，24、28页。
在桑结嘉措所立达赖病故之后，拉藏汗迅速立一个新达赖，称益西嘉措。因为已故达赖为非法所立，没有获得普遍承认，故新立达赖与之没有继承关系，仍称六世达赖，于康熙四十六年（1707年）在布达拉宫坐床。几乎与此同时，青海的蒙古王公贵族拥立噶桑嘉措为六世达赖，声称他们所立为真达赖，而拉藏汗立的达赖是假的。为此，他们向圣祖做了奏报，拉藏汗也不甘示弱，也向圣祖进行争辩。双方争执不下，矛盾十分尖锐。圣祖命内阁学士拉都浑率青海众台吉的使者同赴西藏进行调查。康熙四十八年（1709年）正月，拉都浑返回京师，报告说，他们一行已面见拉藏汗，详细询问所立达赖的情况。随后，他们又征询班禅的意见，他认为，此实系真达赖。圣祖得报，命议政大臣等讨论。议政大臣议定：业经班禅证实，拉藏汗所立达赖，无须再议，应予承认。按例，应给予封号，但该达赖年幼，请过几年后再议封号。他们又提出，鉴于青海诸台吉等与拉藏汗不睦，西藏的事务不便让拉藏汗独理，应遣官一员前往西藏，协同他管理。圣祖当即批准，指名户部侍郎赫寿专任此职，前往西藏。《清圣祖实录》，卷236，17~18页。圣祖的这一措置，为清朝派驻藏大臣开其先河。
康熙四十九年三月，拉藏汗及班禅等西藏诸寺喇嘛会同“管理西藏事务”侍郎赫寿，共同疏请颁赐给益西嘉措以“达赖喇嘛”之封号。经议，圣祖批准，授给他印册，封为六世达赖喇嘛。《清圣祖实录》，卷241，14~15页。
从五世达赖去世，隐匿不报16年，到真假达赖之争，前后持续数十年，直至圣祖正式给予封号，予以承认，总算使这个极复杂又敏感的问题得到了解决。但是，事情并未到此结束，青海一些王公大臣仍不予承认，再上奏疏，坚持他们所立的达赖“实系达赖喇嘛转世”，恳求给予册封，而从前班禅与拉藏汗所立达赖是假的。
圣祖为保持青海、西藏的安宁，又以拉藏汗及青海诸台吉俱属顾实汗的子孙，欲使之“共相和睦”，力图缓和矛盾，不致生出事端，下令青海诸台吉所立达赖离开青海，先送到京师，亲自“验看”，以辨真假。同时，又派出官员至西藏，再询问班禅这个达赖之真假。青海诸台吉奏请：待来年秋送至京师。圣祖命将他们所立达赖暂时送至西宁口内寺庙居住。康熙五十四年（1715年）四月，出使西藏的使臣返回京师，向圣祖报告说：班禅认为，留在青海的达赖是假的。但青海诸台吉不服，要求准许他们前去西藏，当面向班禅询问清楚。圣祖仍以极大的耐心予以宽容，命侍卫阿齐图等前往青海，传集各台吉等，皆到会盟之处，向他们宣示“皇上仁爱之意”，安抚他们。同时，下令把他们的达赖送至红山寺居住。《清圣祖实录》，卷263，4~5页。但是，青海部分台吉口头“遵旨”，密谋攻击执行朝廷意旨的诸台吉，将移送至红山寺的“达赖”“送往西地”。朝廷闻讯，圣祖紧急调动西宁及西安兵马，以应付突然之变，如把“达赖”送往西地，即可从后追剿。《清圣祖实录》，卷266，17~18页。
在清军的严备之下，圣祖又屡次晓谕利害，青海诸台吉始有收敛，不敢轻举妄动。康熙五十五年闰三月十五日，又将“达赖”从红山寺迁至宗喀巴寺（青海塔尔寺）居住。朝廷及时地采取了得当的措施，缓和了矛盾，避免了一触即发的内部残杀。《清圣祖实录》，卷268，4~5页。
策妄阿拉布坦就是在西藏内部矛盾重重，并与青海王公贵族不断摩擦的背景下，大规模入侵西藏的。
第四部分西南初奏凯歌（3）
入侵西藏前，策妄开始向清朝挑衅：康熙五十四年（1715年）四月二日，据哈密（新疆哈密）方面报告：策妄遣兵至哈密北境，侵掠当地五寨。次日，又急报：策妄的军队于三月二十五日抵哈密城下。甘肃提督师懿德即调肃州（甘肃酒泉）总兵官路振飞率兵先赴哈密，他则率本部兵马“亲身往救”。《清圣祖实录》，卷263，7~8页。
圣祖得报，迅即下达命令：再发西安满洲八旗兵3000、总督标下营兵2000，甘肃提督标下兵亦酌量派遣，“星急前去救应”。同时，行文青海左翼及喀尔喀扎萨克等，“各令防备”。圣祖特别指示议政大臣，说：“策妄阿拉布坦作何举动，虽不得其实，其到我哈密地方，便不可为虚。若彼倾国而来，势有万余，我一总兵之力，微有不足，不可不予为周备也。”他要议政大臣拿出具体防备措施。于是，他们制定了一个计划，请圣祖审批。这个计划是：从右卫兵选出3000，令将军费扬固负责准备；八旗察哈尔、厄鲁特、巴尔虎之兵，选出1000，令总管铿特、傅尔丹、常济保、阿礼浑管领，速往归化（内蒙呼和浩特）；从鄂尔多斯选兵2000，令王董罗布、贝勒甘珠尔率领；厄鲁特贝勒额驸阿宝兵500、归化土默特两旗兵1000，统由都统新泰、副都统齐式预备。所有军务，即由费扬固总揽，再派一大臣协助他参赞军务。
圣祖仔细审阅计划，只更改一项：目前暂不派大臣协理，若情况有变，可令都统新泰为费扬固将军参赞，其余各项皆依所议执行。以上所引，见《清圣祖实录》，卷263，7~10页。
刚部署完毕，就从哈密传来了捷报：驻防哈密游击潘至善等率官兵200余人及当地所辖准噶尔部军队，于三月二十六日击退策妄兵2000余人的进攻，击杀90人，生擒3人。策妄兵被迫撤退至城南20里外。至四月七日，肃州总兵路振声至哈密增援，策妄之兵恐惧，乃逃离远去。《清圣祖实录》，卷263，17页。
圣祖闻讯，十分高兴，传令嘉奖。他就此指示议政王大臣：速派一使臣前往哲卜尊丹巴胡图克图处，通报此役战况，并责成该胡图克图遣人去见策妄，传达他的建议，促其息兵求和。大意是：中国至圣皇帝大沛仁恩，欲天下共享太平，你无故发兵，已被驻扎哈密的官兵和当地准噶尔部众全部击退。今既遭失败，“如何度日”，何不尽快遣使至皇帝面前，“跪请伏罪”，你若不这样恳求，“必加天讨，众生灵亦遭涂炭”。现在，满洲、蒙古、汉军，以及喀尔喀、厄鲁特各处兵“俱已整备”，只有“跪请伏罪，无贻后悔”。
圣祖一面作和解与劝诫的工作；一面保持高度警惕，继续进行军事准备，防患于未然，又调来黑龙江、索伦（后来称鄂温克）、打虎儿（即达斡尔）、喀喇沁的兵，以及原调厄鲁特额驸阿宝所部、鄂尔多斯的兵，皆集结于推河地方（今内蒙巴颜洪戈尔近处），由费扬固任总指挥。以上详见《清圣祖实录》，卷263，12~14页。
从圣祖的军事部署，不难看出，属于防御性质。部队集结在推河，是预先防备策妄入侵喀尔喀，保持北疆即漠北及漠西蒙古诸部不受其侵扰。所遣部队，累计也不超过5000兵马。显然，圣祖的意图重在防御，以为通过劝诫和警告，希望策妄不要轻举妄动，达到息事宁人的目的。
圣祖“经历军务年久”，又曾亲统大军出塞征讨，“凡行兵机务，靡不周知”。尽管他期待和平了结，但也深知不能小视策妄的政治野心和企图。所以，过了几天，他再作军事部署，摆出进攻的态势。他设想：除已部署之外，再分作三路进兵，即一路由噶斯（青海西北部油砂山附近）出兵1万，赴伊犁河源，直逼策妄“巢穴”；由哈密、吐鲁番一路进兵1万；由喀尔喀进兵1万，进至博克达额伦哈必尔汉地方，“如此三路进剿，料必成功。”《清圣祖实录》，卷263，24页。为此，又筹备粮饷，运至驻兵之处，不在话下。
按圣祖的筹划，并不急于进兵，视策妄的举动而定。如进兵，拟等明年再考虑。
策妄的实力，据被俘的所属一个叫满济的人提供的情报，他自有14个部落，每一部落有1500户，加上附会的图尔古特、辉特、杜尔伯特等部众，约共3万人，因遭受雪灾，牲畜死亡，与朝廷作对，失去灾援，部众生计很难，人心不稳，多有离散之意。比之当年的噶尔丹，策妄十分虚弱。噶尔丹的覆灭距此不过二十年左右，策妄却执迷不悟，试图控制蒙古，不惜与朝廷决裂。他何以至此？考察他的行动，并非个人的一念冲动，隐藏在后面的一种推动力量，是该民族长期形成的传统的离心意识。自周秦以来，地处西北的游牧民族与中原中央王朝时顺时叛，军事冲突不断，直到清入主中原前，也未停止过。前已提及，这一地区属漠西蒙古，与清朝建立关系颇晚，双方没有历史的渊源联系，因其地处辽远又有大沙漠阻隔，受汉文化的影响也较之其他地区薄弱。历代汉族北迁，多向北部和东北移动，很少向草原与沙漠地带的西北地区迁徙，至多进至甘肃河西走廊而止。他们居于远隔汉族农耕的地区，一向以游牧为生，独立性尤强，因而与中原的联系颇为松散。当一个强有力的人物出现在他们中间，便率领所属向中原进袭，掠取财物与人口，在政治上却很少有问鼎中央政权的倾向。我们看到，崛起于北部与东北的少数民族屡次进兵中原，多成王霸之业，建一代政权，而起自西北的少数民族虽屡与中原争战，却几乎没有建一代政权的。
第四部分西南初奏凯歌（4）
策妄的政治野心，至多也不过是仿效噶尔丹，企图控制蒙古，建立一个脱离中央王朝的独立的蒙古帝国。时代已经变了，而且又遇到强大而统一的大清王朝，是难以得逞的。策妄“不知自量”《清圣祖实录》，卷263，24页。，重新挑起军事纷争，再一次表现出西北少数民族的离心倾向，破坏中国的统一，与中华民族的向心凝聚背道而驰，毫无疑问，应予否定。
至康熙五十四年（1715年）十月，有关策妄的动向，朝廷并不很清楚，仅得一消息说，策妄打算秋时再来哈密。有投顺过来的厄鲁特人特木尔等提供了更为准确的情报，说策妄曾“传令治办器械，预备行粮，不许属下人私骑骟马，凡有人问，但云向哈萨克地方出兵。”《清圣祖实录》，卷265，12页。圣祖和他的谋臣都以为策妄行此诡计，藉以掩盖他进袭哈密的真实意图。所以，清军集结于巴尔库尔（约当新疆巴里坤地区）和阿尔泰两地，正待策妄之来，以便迎头痛击。《清圣祖实录》，卷265，12~13页。
康熙五十五年（1716年）六月，清军进至察罕乌苏驻扎，如策妄侵青海，必由此路；若往西藏，必由察罕托灰之路，在此两路设兵防守，则这一地区就没有可行之路。距此不远，有一地名噶顺，也属设兵的要地。《清圣祖实录》，卷269，7~8页。这一部署，目的是防止策妄侵入青海、西藏。
同年六月，由“靖逆将军”富宁安率8500兵马，分为三队，前往乌鲁木齐袭击，于月末至七月初，推进至策妄所辖之地，先后俘获其哨兵，作为向导，继续进兵。《清圣祖实录》，卷273，5页。
清军层层设防，圣祖以为万无一失。狡诈的策妄知道北进喀尔喀、东击哈密、青海无望，便决策进兵西藏。就在康熙五十五年十月，当清军正向乌鲁木齐推进之时，策妄派大将大策零敦多布率精兵6000人，避开清军防线，“徒步绕戈壁，逾和阗（今新疆境内）南大雪山（指昆仑山），涉险冒瘴，昼伏夜行”，于第二年七月，悄悄进入藏界。由拉萨西北300里处的腾格里突入。拉藏汗年老而嗜酒，竟毫无防备。惊惶失措的藏兵不堪一击，策零的军队很快包围了布达拉宫。策零诱其内部人“投顺”，于康熙五十六年十月三十日，打开宫门，一拥而入，俘获拉藏汗，把他杀死。其妻也被俘，连同金银财物、各庙的重器等，均被洗劫一空，运往伊犁。六世达赖被囚禁于扎克布里庙。《圣武记》，卷5，“国朝抚绥西藏记上”，205页。参见《清圣祖实录》，卷278，19~20页。自顾实汗统治西藏，至此达75年，亦告结束。
大策零攻陷西藏后，建立了残暴的统治，许多寺庙被毁，一些活佛、喇嘛被杀，盛极一时的黄教遭到摧残。他们残害生灵，激起藏族僧侣和百姓的怨恨，都盼望清朝拯救他们。参见《康雍乾经营与开发北疆》，135~136页。
策妄进兵西藏，瞒过了清军。原先，所谓进兵哈萨克的流言，不过是有意布下的烟幕，以掩护他取西藏。各驻防清军连同朝廷都被瞒过，竟然毫无所知。直到准噶尔兵进藏后，才陆续传出消息。又过了一年，到康熙五十七年二月，才得到可靠的消息，拉藏汗生死却没得到证实，“传闻拉藏汗有阵亡之信”。
圣祖原意，以两路大军攻取伊犁，已无意义，便改派侍卫色楞�