权的摄政王多尔衮，于农历九月十九日把他的七岁侄儿——福临世祖和他的一家全部迁来北京。这是自清朝勃兴以来第三次也是最后一次迁都。十月初一日，行告祭天地之礼，福临再次即皇帝位。清迁都与福临即位之举，标志着清朝君临天下的开始，也是清朝的新纪元的开始。
多尔衮没有以轻取北京而心满意足，他表示：“既得中原，势将混一，自此事无可疑。”（朝鲜）《仁祖实录》，七，仁祖二十三年正月庚戌。其志甚明，他要得到的是整个中国！
为实现这一战略目标，他把李自成视为主要敌人，即于十月下旬向李自成的大顺政权发起战略总攻，务期一举将大顺政权彻底打垮。多尔衮分兵两路：命英亲王阿济格为“靖远大将军”，平西王吴三桂和智顺王尚可喜随同率军出征陕西；另以豫亲王多铎为“定国大将军”，恭顺王孔有德、怀顺王耿仲明等随征，与阿济格部夹击，会师西安。第二年即顺治二年（1645年）正月，李自成已无法阻止清军的进攻，料到西安守不住，先行撤离。五天后，多铎所部首先抵达西安。
阿济格与吴三桂等部出陕西北部，攻取了榆林、延安等重镇，所经州县纷纷投降。大顺政权已呈瓦解之势。
攻下西安后，清朝统治集团欢呼“大业已成”。李自成所剩残部对清朝已无严重威胁，但清朝仍不放过，命阿济格与吴三桂继续追击，“务期剿除”《清世祖实录》，卷14，8页。。
李自成撤离西安后，再无一处可立足的根据地，被清军追得紧，只能是由一地转移到另一地，实际上就是不断地逃跑。先跑出山西，进入河南，再奔湖北，抵襄阳，驻武昌，清军尾随至武昌，李自成派刘宗敏等率5000步骑兵出战，又被清军击败了！李自成被迫弃武昌，向东逃跑，进入湖南境，奔向江西九江，同追兵阿济格等又展开大战，李自成遭到自山海关血战以来的最惨重的失败，可以说，全军覆没，李自成的两个叔父、妻妾两人及大将刘宗敏、谋士宋献策等一大批重要人物都被俘获，这是对大顺政权的又一次致命打击。据阿济格、吴三桂奏报：自追击李自成以来，短短的三个月时间，已取河南12城、湖北39城、江西6城、南京附近6城，共得63城，皆“设官抚定矣。”《清世祖实录》，卷18，4~5页。除此，还从李自成那里获得了马匹、舟船等战利品，不计其数。
九江一战，李自成从一个统率过数十万至百万大军的统帅，已变成身边只剩数十人的“寡人”了！他从九江败后，逃到九宫山，被当地地主武装杀害。《清世祖实录》，卷18，4页。参见《明史·李自成传》，卷309及《弋闯志》等。是时，顺治二年五月二日。
一代英雄李自成死了，他的主要将领或被俘，或战死疆场，或降清，自此，大顺政权也结束了它的极为短暂的历史。
从全国范围看问题，清朝已消灭了李自成这一最有实力也最具威胁的政治军事割据集团。清朝把下一个进攻矛头指向了南明政权。
所谓南明政权，是指明朝灭亡后，仍占有长江以南的明朝官僚贵族及其士大夫拥戴朱氏宗室，相继建立福王、唐王、鲁王、桂王政权，以延续明朝的统治。合四个小朝廷，史称“南明”。清朝必欲统一天下，南明势在必剿。多尔衮决策征剿李自成时，也同时出兵南下，南北出击，对李自成与南明政权发起战略总攻，欲毕其功于一役，不给他们一点喘息机会，而清军正处极佳状态，战必胜、攻必取，必欲迅速统一全国。多尔衮的这一主观动机，是迅速消除分裂割据的一个重要因素。
多尔衮任命豫亲王多铎为“定国大将军”，携恭顺王孔有德、怀顺王耿仲明率将士出征江南。还未及出发，李自成的步骑数万在举行局部反攻，一度得势，威胁清朝的安全。多尔衮感到事态严重，便决定暂缓下江南，指令多铎配合阿济格、吴三桂一路全力剿灭李自成。在攻下西安后，李自成辗转逃窜，已不足虑，即于顺治二年二月八日命令多铎部撤离征剿农民军的战场，照原计划，向江南进军。
多铎于三月五日从河南起兵，分三路同趋归德（今河南商丘），夺此南北战略要地，三路合为一股洪流，滚滚而南，夜渡淮河，直趋南京。福王朱由崧建年号“弘光”，是一个极荒淫昏庸之人，一切皆听任奸臣马士英等人的摆布，把朝政搞得一塌糊涂。内乱而昏，外有强兵压境，岂能自存！正如人们皆知，弘光政权一败涂地，清军于五月十五日开进了明朝建国时的都城，后北迁作为陪都的南京。福王和他的后妃及臣僚皆作鸟兽散，各自逃命去了，余下未逃的内阁大学士、六部尚书侍郎、六科给事中及都督以下各级官员55人与城中官民迎降。在进军南京沿途所降总兵、副将、参将、游击及监军道员共86人、马步兵共23。8万余人。孙文良、李治亭：《明清战争史略》第十三章，辽宁人民出版社，1986。清军仅以两个月零十天便灭亡了南明第一个政权，战绩辉煌，进展神速，势如破竹。福王最终也没有逃出清军之手，束手就擒于芜湖，做了清军的刀下鬼。
清军进入南京，即改为江南省，设布政司，以应天府为江宁府，成为清统治下的一部分。清朝据有南京这一形胜之区，为其在江南继续扩大领土，直至统一江南奠定了基础。
第一部分乱极重归一统（3）
鲁王政权是继弘光之后建立的政权之一。鲁王朱以海，其祖封在山东兖州，传至他为十代王。北京被占后，他南下至台州（浙江临海县）驻扎。弘光亡，浙江的亡明遗臣便拥戴他于绍兴组织新政权，他以远支的藩王不敢即位称帝，号称“监国”。鲁王占据浙东一隅之地，论实力无法同弘光相比。“监国”同样是一个短促的政权，很快为清军所败，朱以海逃跑不止，经舟山，至厦门、南澳，最后至长垣栖身，继续“监国”。赖各地拥明将士的维护，勉强维持到监国六年而亡。后来朱以海转移到台湾，于康熙元年（1662年）死在那里。徐鼐：《小腆纪传》，卷7，“监国鲁王”；计六奇《明季南略》，卷10。
还在鲁王监国之前，逃亡的明宗室唐王朱聿键于顺治二年闰六月在福州建立政权，初称“监国”，20天后，又正式即皇帝位，建元“隆武”。唐王也是个无所作为的人，又与在绍兴称监国的鲁王政权发生矛盾，互争伦序，因而不能联合起来，各自为政，削弱了抗清的力量，加之内部矛盾重重，大权为郑芝龙、郑鸿逵所控制，政治黑暗，导致军事上连连失败，偶有小胜不足扭转大局。他被清军撵得到处迁徙，居无定所。清“征南大将军”贝勒博洛率大军分两路进攻福建，明军望风而逃。第二年即隆武二年（1646年）八月，朱聿键逃到汀州，清军随后追到，将城攻破，擒获朱聿键，在州府大堂斩首处死。清朝总结在福建的战果：“前后连破贼兵二十余阵，降其伪总兵二十员、副将四十一员、参游七十二员、马步兵六万八千五百余名，福建悉平。”王先谦：《东华录》，顺治三年十一月癸卯。只维持了两年的隆武政权不复存在。
朱聿键死后，其四弟朱聿航海到了广州，继承其兄的皇位，改元“绍武”。这个短命的小朝廷只存在了一个半月的时间，就被清朝的两广总督佟养甲和提督李成栋率军攻破，朱聿被俘，自缢而死。《东南纪事》，“唐王聿键”。
南明最后一个小朝廷，就是桂王朱由榔于顺治三年十月在广东肇庆即位，改元“永历”。与此同时，清军进川，张献忠受重伤死，大西政权宣告结束，其余部进入贵州，与永历政权汇合《清世祖实录》，卷23，9页。，支撑了长达15年。
永历政权在云贵坚持了十余年，有李定国、孙可望、白文选等一大批名将支撑，同清军展开了激烈的争战，屡败清军，像定南王孔有德、敬谨亲王尼堪等都兵败而死。可惜，永历政权同前几个政权一样，为内部的腐败和党争所破坏，分裂、叛逃、倾轧，迅速瓦解了自身的力量，至顺治十五年（1658年）二月，在清军的三路大军夹击下，被逐出云贵，逃入缅甸境内栖身。顺治十八年九月，吴三桂率部入缅，逼使缅甸交出永历帝及全体臣属，永历被押回云南昆明处死。至此，南明最后灭亡，明朝彻底退出了历史舞台。有关清灭亡南明政权的史料甚丰，诸如《清世祖实录》、《明清史料》丙编、《南疆逸史》、《明季南略》、《国榷》、《爝火录》、《行在阳秋》、《三藩史料》等皆有详载，今人著述亦多，兹不一一列出。
终顺治之世18年，清朝以武力削除了实力雄厚的三大割据势力，实现了除台湾以外的全国大统一，结束了明末以来数十年的动乱和分裂的局面，是中国历史发展的一个进步。
第二部分承传明制政体（1）
清朝统一后，中国向何处去，换言之，中国将成为什么样的国家？这是摆在清朝统治者面前的一个首要问题。
清朝基本完成全国的统一，恰好是17世纪中叶。与此同时，西方以英国为代表，推翻了封建王朝的统治，建立了资产阶级的国家，开创了资本主义制度的先河。以此为标志，人类社会已进入资本主义的新时代。无疑，这是人类社会的巨大进步，具有划时代的意义。这就给中国提出了新的发展道路的可能性，即中国建立资本主义社会制度；但也存在另一个现实，这就是继续封建王朝的统治。历史已经作出了回答，刚刚建立全国统治的清朝政权选择了后一条道路，继承了明朝的政体，沿袭历代的封建社会制度，重建了一个新的封建王朝。这不是清朝统治者的愿望所决定，而是中国历史发展的必然趋势。
清朝的前身是崛起于明末辽东山区的后金国，由女真人凝聚而成。按学术界通常说法，后金初建时，还是一个奴隶制的社会。但当她进入汉人聚居地区，受到高度发展的汉文化及成熟的封建政治的直接影响，即由奴隶制向封建制转化。努尔哈赤没有完全实现这一转化就去世了。其后继者皇太极大力推行改革，加速了后金社会发展的历史进程。他从政治体制、国家政权的组织、经济政策，到社会各个阶层、阶级地位的确立、上下相维的关系，以及统治思想、礼仪等等一切方面，都完全同明朝的社会制度对接起来，取得了惊世骇俗的飞跃进展。以1635年改族名为“满洲”、1636年改国名为大清两件大事为突出标志，古老的女真已过渡到一个新的民族共同体——满族；由单一女真人统治、自认是金朝后裔的后金国，变成由满蒙汉贵族地主联盟统治的大清王朝，既消除了它与先祖金朝的渊源关系，也与父辈创立的基本上属于女真人的后金划清了界限。一句话，这两件大事标志这个新出现的大清王朝已基本完成了封建化的历史性转变，成为与明朝无论本质上还是在形式上毫无二致的封建制政权。皇太极一生所做的一切，为清朝建立全国政权奠定了坚实的基础，为其进关，实现其改朝换代的政治目标开辟了胜利的道路。顺治即位后，由其诸伯叔兄弟之辅佐，汉人重臣之参谋，全面继承了皇太极的遗策，这就是继续推行封建制度，而不可能选择别的不管怎样先进的社会制度。
清朝削除李自成、南明及张献忠三大政治军事割据政权，从根本上说，是对明朝国家的摧毁。经过数十年的动荡、战乱，明朝的体制、国家机器不复存在。清朝就是在明朝这片废墟上重建自己的一代王朝。她把明朝的政治制度作为自己的建国之制，在此基础上建立适合自己需要的更为完备的体制。史学界向有“汉承秦制”之定评，而“清承明制”的结论，同样反映了历史的真相。
封建主义与资本主义两种制度的不同，首先体现在政治上，其区别就在于前者是专制的，高度集权的政治体制，通过建立一套严密的官僚机制，对人民实行专制统治。执行这种统治的各级官吏皆受上一级官吏所制约，而国家最高权力归于世代继承的皇帝一人之手。而资本主义社会实行了议会选举制，通过民主自由选举，由选民们来确认从地方到中央的各级官吏，从根本上废除了一姓统治的世代继承制。清朝建立的正是封建体制，比之历代特别是明代更为完备而严密。
清代官制是封建主义专制制度的最集中的体现，就是说，它最鲜明地体现了专制的本质特征。所以，清重建一代封建王朝，不能不首先建立它自己的一套官制。
清代的官制，具有以下三个特点：一是逐步完善起来，其中有变更，有增减，约历百余年而成为定制；二是基本沿用明制。如《清史稿·职官志·序》所说：“世祖入关，因明遗制，内自阁部，以迄庶司，损益有物；藩部创建，名并七卿，外台督抚，杜其纷更，著为令甲。”清朝也自认：“我朝设官，大半沿前明数百年旧制”《清史列传》，卷61，“张百熙传”。；三是清朝是以一个较为落后的少数民族而入主中原的，一方面既沿袭汉（明）制，一方面又掺以满俗，保留本民族的故有旧制，对前明官制进行重要改革。它把两种制度巧妙地结合在一起，具有一代独创的特点。王钟翰：《清史续考》之“清代官制简述”，321页，台湾，华世出版社，1993。
清入关前，主要是在皇太极时期，已仿照明朝体制，建立了自己的一套官制。入关后，面临建立全国统治的新形势，原有的官制已不能适应其需要，又别无选择，于是，便按明制全面恢复和重建封建官制。
清军进入北京的第二天，摄政王多尔衮为使清朝政权迅速运转，发挥统治效力，采取紧急措施，宣布原明“各衙门官员俱照旧录用，可速将职名开报，如虚饰假冒者罪之”，有的因“避贼回籍，隐居山林者，亦具以闻，仍以原官录用”。《清世祖实录》，卷5，3页。其职衔高低尊卑，�