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《元朝秘史》是孛儿只斤氏的家族史。不但不包括孛儿只斤以外的蒙古氏族，就是孛儿只斤家族内的各部落，也是有选择性的。若以《元朝秘史》为蒙古民族史者，就大大缩小了蒙古民族的范围，只窥视了蒙古民族历史的一角。
成吉思汗的始祖是高车后十二姓的乞袁氏（袁、颜同音，即乞颜氏）。《元朝秘史》则是从苍狼白鹿开始的。对于蒙古民族中的祖源传说，把苍狼白鹿与乞颜联系起来了。前面所述，传说在周穆王时代，在周朝的西北、北方有一个以犬图腾为中心的部族联盟，在犬部族的周围，有很多不同图腾的部族，其中有四个白狼图腾的部落，有四个白鹿图腾的部落。狼鹿两个氏族，世代婚姻，双方男女互相嫁娶。周穆王攻打犬部落的时候，消灭了犬部落的有力助手，八个狼鹿部落，在这场浩劫中的幸存者，只有特古斯、乞颜氏两对夫妇。他们逃到阿尔泰的高山之中，在那里繁衍生息。经过了大约一千五百年，狼鹿部落的子孙又繁殖了起来，烧山化铁，开辟了通向外界的道路。狼鹿部落的子孙走出阿尔泰山，各自去开辟自己的新生活。有个称做斡勒忽那惕的部落，是翁吉刺氏族的分支，他走的最早，也最远，他到达了大鲜卑山，住在拓拔祖先石窟的周围，接受了女真文化。《魏书》给他单独立传，称之为“乌洛侯国”。乞颜氏族出山后，没有远走，加入了住在鹿浑海西北的高车联盟，这就是高车后十二姓中的乞袁氏。
高车联盟，隶属于柔然汗国，个别部族却反复无常，常与国家为敌，高车后十二姓中的副伏罗部，在柔然可汗豆仑年年代里，副伏罗部阿伏至罗就独立称王，在前部西北建高车王国，与国家为敌，双方交战互有胜负，你攻我战的拉锯战，达三十年之久。柔然国家的锻工突厥阿史那家族，就在金山之阳，先降服了副伏罗部，再出击柔然的阿那瑰。高车各部族抛弃了柔然汗族，转到突厥的狼头纛下。
突厥可汗率领众高车，东灭柔然，来到了高车族的祖籍漠北。时间是六世纪中叶。
崇拜苍狼图腾的乞颜氏族，与姻族白鹿部落，就在这民族大迁徙的浪潮中，渡过布伦托海三源之一的腾吉思水，来到敖嫩河源的不儿突山（肯特山脉的一支）前，发展繁衍。这就是成吉思汗家族的根源。《蒙古秘史》开篇第一章就说：“奉天命所生的苍色狼与妻房（族）惨白色鹿同渡腾吉思水。”六世纪中叶，在蒙古这个远离文化中心的中原的部族来说，文化和意识形态还是比较原始的。当时虽然已经是祖宗崇拜的社会阶段，图腾崇拜的思想意识，在人们中间还是根深蒂固的。
为了标明他们的民族渊源，图腾形象是必不可少的。所以《蒙古秘史》开篇第一章就把本民族崇拜的图腾形象——苍狼，写在全书之首。
《蒙古源流》说“渡腾吉思水”是东渡，指腾吉思是拉萨北之腾格里湖，或指为青海。屠寄的《蒙兀儿史记》也说是东渡，但他说蒙兀室韦在黑龙江南，又如何东渡呢，他引用了《蒙古源流》的解释，如腾格里湖，如青海等，但不知他又置蒙兀室韦于何地？近年出版的《蒙古族简史》指为呼伦湖，只是著者忘记了《蒙古秘史》称呼伦湖为阔连海子。为什么开始称为“腾吉思水”的地方，又称其为“阔连海子”呢？呼伦湖水宽浪急，古代之人，无法越渡，潮来则浪涛鼓荡，水溢数丈，马饮水都不敢头向湖心，以防潮来不及逃走。在呼伦湖北面，从海拉尔河流入呼伦湖的一条细流，名曰达兰鄂罗木河，天旱时水流甚小，可以徒渡。
若想渡河，又何必绕路而舍近求远，去渡不可渡的呼伦湖呢？溯黑龙江、石勒克河，逆敖嫩河而上本可顺利地到达不儿罕山，何必南行千里渡呼伦湖，再北行千里奔赴不儿罕山呢？清代李文田注《元朝秘史》以里海当之腾吉思，一则失之过远，一则名称不符。里海名为宽田吉思，白海湖也，远非狼鹿同渡之腾吉思。
腾吉思为突厥语海湖之义。突厥语的地名，应在突厥的地方去找，比较合理，当不会出现在东胡室韦之中，更不会出现在吐蕃境内。查《新疆图志》，在突厥故地却发现了几个腾吉思。《汉书·陈汤传》中有阗池，是为腾吉思音转。此其一也。
还有崆吉思，空格斯、空吉斯等许多同名异书之湖。在《新疆图志·藩部志三》中云：“阿勒台（即阿尔泰）西南赛里山之阳曰霍博克萨里，其东南则布伦托海（即鹿浑海），居噶勒扎尔巴什淖尔之侧，乌陇古河环流其南，东行至十二台间乌陇古河、青吉斯河、布尔干河、察罕河，各大水两岸丰茂，再东则至科布多之沙马盖台，倚乌兰达巴罕大岭。”《藩部志四》又云：“凡金山东南乌陇古河、布尔干河、青吉斯河诸水皆汇于此泊（指布伦托海）。”至此，苍狼白鹿同渡之腾吉思水得矣！鹿浑海西北的高车人，随金山之阳的突厥大军东灭柔然，在鹿浑海通向不儿罕山的途中，有一条横贯南北的大水，它就是腾吉思水。
狼鹿之族来到不儿罕山，下传二十三代，成吉思汗生。成吉思汗生于公元1162年，上推二十三代，正是公元六世纪中叶。公元552年突厥败柔然，公元554年突厥东征柔然，高车民族向漠北大迁徙。成吉思汗的祖先乞颜氏，同他的姻族也随着民族大迁徙的浪潮渡过了腾吉思水来到不儿罕山前，选出了狩猎的领导人，巴塔赤汗就是猎人之汗。“巴塔赤”是狩猎者，不是人名。《元朝秘史》误译为“产了一个人，名叫巴塔赤汗”。《蒙古源流》为了掩盖真像，证实的人的名字，把“巴塔赤汗”说成是两兄弟，曰“必塔斯干”、“必塔察干”。《蒙古源流》之独创，掩盖了当时的生产形式和经济形态。这个“巴塔赤汗”的称谓正说明成吉思汗始祖来到不儿罕山之初是狩猎经济，生产方式已经由原始的狩猎，进化到有计划、有领导、有组织的狩猎生产和分配制度了。这个巴塔赤汗是受尊敬的，所以只称其职务和尊号而不叫名字。在《蒙古秘史》中不乏此例，如想昆必勒格、王汗，皆如此。“想昆”是辽封官号“相公”：“必勒格”是尊称。王，是金之封号；汗，是蒙古语尊号。二人则另有真名。巴塔过汗也是如此。
根据《蒙古秘史》的文字推断，猎人之汗的儿子塔马察，没有官衔，是一个普通猎人。塔马察的儿子忽里察儿，只得到了“墨尔根”的称号，墨尔根六传孛儿只吉台，再得“墨尔根”的称号，他与忙豁勒真豁阿结婚，这一代在成吉思汗家族史中是一次大的变化。虽然《蒙古秘史》是以父系氏名开始的，那是后世在父系社会中追述的。当时的社会制度尚处于母系阶段，以女方为主。“忙豁勒”是部族名：“豁阿”是女人的美称。孛儿只吉台嫁到了忙豁勒（蒙古）部，加入了蒙古部族，这是高车乞颜氏的子孙称蒙古之始。他的子孙就是父名为姓，姓孛儿只斤；以母姓为氏，曰忙豁勒。从此以后，乞颜氏的后裔在追述祖源的时候，除了本支系的称谓以外，还要加上“蒙古孛儿只斤”的姓氏。由于家族的庞大。孛儿只斤的子孙就不断地获得了“伯颜”、“墨尔根”的称号。
忙豁勒真豁阿生脱罗勒真，人称伯颜，娶妻孛罗黑臣豁阿。从这一代起，母系制度已经解体，父系制度已经确立了。伯颜生二子，曰都娃锁豁儿、朵奔。墨尔根。孛儿只斤家族从下一代起，开始分裂了。都娃锁豁儿的四个儿子，另起炉灶，称朵儿边氏。《蒙古源流》谓：即后世之卫喇特四姓，曰：厄鲁特、巴噶图特、辉特、赫喇古特。此说不可靠。都娃锁豁儿的四个儿子自产为“朵儿边氏”移居贝尔湖之东，辽金边外处。当俺巴孩遇难，他的从人逃回报信，路经朵儿边驻地，借马被拒一事，说明朵儿边氏确居辽金边外的贝尔湖无疑。似与西部之四卫喇特无关。
朵奔。墨尔根娶秃马敦（土默特）的姑娘阿兰豁阿，生二子。朵奔。墨尔根死后，阿兰又生三子，蒙古的神话故事就产生了。蒙古孛儿只斤氏的世系又转到阿兰的幼子孛端察儿的名下了。孛端察儿七传至合不勒，再获汗位。
综观以上世系，从巴塔赤汗二十传才再登汗位。在这五百年间，漠北的汗统，不是世袭而是公选。巴塔赤汗以后，乞颜氏子孙再未获得汗位。从合不勒汗起，组织起蒙古部族联盟，三传至铁木真，蒙古汗统几度起伏几经曲折，才转为家天下。这个家天下，是经过会议在氏族内推选，还不是父传子的家天下。合不勒卒，未传其子，而立俺巴孩。俺巴孩死，众立忽图剌。忽图剌死后，蒙古无共主垂四十年。从成吉思汗起，才开始了父传子的家天下。“成吉思”做何解释，或云：“《元史译文证补》谓：成吉思称名之义，即天子之义。”别有蒙古人云：“即位时有孔雀飞至，振翅有声，似成吉思者，故以定称。”《蒙鞑备录》云：“成吉思者，乃译语天赐二字也。”其他尚有以成吉思当腾吉思者，谓成吉思汗者为海皇帝也，正如达赖之称海活佛。近代学者有谓成吉思汗为天可汗者。要解决“成吉思”这个称号来自何方，做何解释？只有从当时的政治形势和历史背景中去寻答案。
合不勒称汗，虽然是“全蒙古合不勒汗管著有来。”（见《蒙古秘史》。）
但只能是蒙古氏族间的松懈联盟，尚不具备国家形式，不能发挥国家的作用，更不能调动全体蒙古人的力量，在军事和政治上没有什么建树。合不勒的七个儿子，在与塔塔儿战斗中，全被杀害，全体蒙古人没有做出什么反应。蒙古可汗俺巴孩被塔塔儿人捉去，献与大金家，惨遭杀害。成吉思汗的父亲也速该巴阿秃儿与塔塔儿十三战，报不得仇，也就作罢了。俺巴孩从人跑回来送信，途经蒙古的朵儿边氏的牧地，连换马这样应尽的义务，都被拒绝了。也速该巴阿秃儿被塔塔儿人毒死，全体蒙古人也都没有反应。泰亦赤兀惕的人，同族相残。也速该的部人离叛，铁木真屡陷险境，险遭杀害。各蒙古部族，各树一帜，各自为政。铁木真在斗争中取得了经验，学得了知识，锻炼了自己，丰富了思想意识，赢得了时间，赢得了群众，重振家业，再整旗鼓，刚刚取得了初步胜利，十三翼之战开始了。
这些来自蒙古民族内部的敌人，被成吉思汗击退了。铁木真的好朋友扎木合叛变了。相依为命的王罕进攻自己的义子铁木真。如此种种，受磨难的还是广大的牧民群众。牧民群众在这水深火热灾难重重之中，盼望有个坚强的领导，消除战争，解救人民，出现个太平年景，过上安定的生活。当时有个萨满，他能在最冷的天，坐在冰上，使冰化成气，上升为雾，他赤身露体地在冰上跑来跑去，人们都以为神。他说，他能和长生天谈话，传达长生天的旨意。铁木真就用他来拢络群众，宣传铁木真的政治主张，号召各部族听从铁木真的指挥。当时机成熟的时候，他就传达了长生天的旨意，指定铁木真做一个坚强的可汗。其实这是广大群众的愿望与要求。这位通天萨满就假长生天的意旨，赋与了铁木真。成吉思就是坚强的意思。说得更清楚更透彻些，成吉思汗就是“坚强有力，有强制能力的可汗。”
物先自腐而后生虫。蒙古民族的自相残杀招致了女真金人的残酷扫荡。女真人除了定期逐杀蒙古人以外，还用塔塔儿人为助手，擒拿蒙古的领袖人物。“成吉思”的称号就是在这内忧外患灾难频仍的历史背景下诞生的。
“坚强有力，有强制能力”的称号，是当时社会的要求，群众的呼声。铁木真本人也同意。“成吉思汗轻视亚洲君主所习用之尊号，曾命令后裔勿采用之。所以继承诸人仅称汗或可汗，诸宗王可径称其主之名。此名在书信及封册中毫无何种荣号附丽其间。中书省所撰之文书措词简洁，不喜波斯文体浮华之弊。”（见《多桑蒙古史》第10章，第162页。），有谓成吉思汗为“天可汗”者，是对当时社会背景的误解，对成吉思汗的不了解。该文（见《中国史研究》1980年第4期，第146页。）更缺乏语言根据。成吉思汗虽然容纳一切为他服务的各种宗教，但他本人却只信奉萨满（见《多桑蒙古史》第10章，第162页。），崇拜最高主宰长生天。“其常谈必曰：托着长生天底气力，皇帝底福荫。彼所欲为之事，则曰天教恁地，人所已为之事，则曰天识著，无一事不归之天。”（见《黑鞑事略》笺证第12页。）“在长生天的气力里，在皇帝的福荫里”，把皇帝置于长生天之下，不敢与天公试比高，更不敢谮越长生天。所谓“天可汗”是诸铁勒对唐朝皇帝的谄称，是铁木真所不取也。关于“成吉思”的解释和背景，如此而已。
清李文田注《元朝秘史》在合不勒汗文下注曰：“诸书叙述蒙古改元天兴，在金熙宗皇统七年（即公元1147年），是合不勒汗无可疑者。”李氏又引宋孟珙《蒙鞑备录》云：“旧有蒙古斯国，在金人伪天会间，亦尝扰金虏为乱，尝与之战，后乃多与金帛和之。”李氏说：“据此知蒙古斯国即合不勒称汗事”。李氏截肢断句，只取孟文之半，孟珙对祖元之疑，舍而不取。李氏又引宋黄震《古今纪要。逸篇》云：“又有蒙古国者，在女青东北，至我嘉定四年（公元1211年），鞑靼始并其名号称大蒙古国者。”清沫学者屠寄也以合不勒当之祖元皇帝。屠氏在其巨著《蒙兀儿史记》中引《续纲目》曰：“据大金国志纪宋高宗绍兴十七年，蒙古益强，兀术讨之不能克，乃议和，割西平河北二十七团寨与之，岁遗牛羊米豆，册其长熬罗孛极烈为蒙辅国王，不受。自号大蒙古国，自称太祖元明皇帝，改元天兴。”屠寄说，熬罗即合不勒。�