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然而，以“文明”为主题的论坛，其实不无“冲突”。
因主办者事先放出消息：美国学者将在历史分论坛上公布一批1972中美关系的绝密档案，该分论坛颇受关注。而与“秘密档案”一样富于戏剧性的，是大陆学者同外籍华裔学者的两次交锋。
第一次交锋的缘起是华裔学者金秋提出的“多元历史观”。金秋认为：长期以来，人们习惯站在民族国家的立场上书写世界史，往往从本国立场出发避讳或者放大某些史实，不同国家对同一段历史的叙述会大相径庭。她举例说，中日韩三国都有一批研究二战中日本侵略战争历史的学者，因观点不见容于本国主流观点而不能在国内公开发表自己的研究成果。“究竟什么才是真正的历史？历史学家能不能以宽容的心态抛开民族国家的局限，还世界史以本来面目？”她问道。
此言一出，立刻得到中国社会科学院资中筠教授、北京大学历史系彭小瑜教授的回应。资中筠以“子非鱼安知鱼之乐”反击———有些事情不是中国学者没有想到或者没有能力做，而根本就是“此路不通”；彭小瑜则情绪激动地指出：对于日本侵华历史，中国已经相当宽容，不宽容的是对方，“或许您可以专门写一篇文章论述中国人怎么宽容日本”。相比争议双方，香港中文大学历史系郭少棠教授的观点可谓“中庸”：历史研究中的“国家主义”应该区别对待，小国家提倡国家主义可以帮助其保持自己的文化、传统，不被强国的强势历史叙事吃掉———这种“国家主义”是或许有益至少无害的。人们应该对大国历史叙事中所提倡的“国家主义”有所警觉，提防其发展成霸权。
第二次交锋发生在“与中国有关的国际关系”的分组讨论上。
提前为大家所期待的热门“首度公开的1972年基辛格访华绝密档案”经美国学者威廉·布尔爆出后甚至没在论坛上引起任何回应。研究中美关系史的北京大学历史系教授王立新认为，尽管此次公开的档案证实了以前的很多猜测，但它并没有说出太多中国学者所不知道的事情。
而王立新本人所做的《从历史角度看美国外交中的意识形态》却颇受关注。
王立新认为，通常一国的外交政策是为了维护本国的主权，而美国的外交同时还以输出自由民主观点为目标。这一特征是和美国的建国过程、国家特征分不开的。建国之初的“美国人”来自欧洲大陆的各个角落，他们没有共同的历史经验。中国有中华民族、日本有大和民族、英国有英格兰、法国有法兰西，美国至今没有自己的民族名称。美国是一个以古典自由主义团结起来的“理念国家”，那些理念就被视为国家的基石。
美国宾夕法尼亚大学的华裔学者王希在肯定王立新观点启发性的基础上指出，考量一个国家的外交政策不能脱离该国对利益的考虑，意识形态不应该成为惟一的解释。
此外，北大马克篧教授引用何兆武的观点在《论农业社会的世界史体系》中，对150年来的“西学东进”提出质疑：“明清时候传教士传来的并不是先进的学问，不是伽利略、哥白尼的学说，而是在西方早已被摒弃的‘地球中心说’。印度的例子更明显，英国传递过去的只是适合将印度变成它殖民地的知识。”对于国内学者的观点，国外学者鲜有回应。
联合国秘书长安南认为，北京论坛的主题和联合国的任务是一致的。他在发给论坛的贺信中说：“我们都坚信：对话能克服争端和分歧，多样共存是普遍真理……我们能够在具有不同信仰和文化的人群之间建立理解的桥梁，并且把美德和忍让、宽容交给年轻一代。”