康熙帝对权臣明珠、余国柱倒很客气，只是降职了事，没有对之深究严谴。大约宽容也是运用权力获得快感的一种方式。有些皇帝非虐人杀人不痛快，而康熙帝以宽容为乐，其心理基础，可能要追溯到康熙帝对理学的体认。而御史们的心态就不同了，他们看到官吏们被整肃，纷纷落马，就高兴。所以总是要求严惩，以此来体现自己的价值。
高士奇、徐乾学顶替了明珠、余国柱位置，郭琇升左都御史。其实徐乾学也是大贪官，更是一位野心家、阴谋家。过了一些时日，他见到高士奇较自己更受皇上信任，就妒火中烧。他也要做权臣，一旦驶入这条轨道，就无法停止弄权收钱的运作，总是妄想把自己的意志充分发挥，所有贿赂都归一己，皇帝对自己言听计从。时人说： “徐健庵（乾学）势倾满汉，高澹人（士奇）呼吸风雷”，“直至徐复谋高，而始两败俱伤矣”。（李光地《榕村续语录》卷一三、卷一四，《本朝时事》）
康熙帝又将南巡，徐乾学料定皇上到了南京一定要召见罢官后侨居南京的熊赐履。徐乾学企图把熊赐履拉回京，一起攻击高士奇。他派家人事先到熊赐履处传话，说皇上不喜欢的人，有高士奇、李光地、王鸿绪，皇上喜欢的人是徐氏兄弟等等，嘱咐熊赐履顺着皇上的意思说话，推荐皇帝喜欢的人，排挤皇帝不喜欢的人。康熙帝到了南京，果然就召熊赐履谈话，问到朝臣的优劣，熊赐履就按照徐乾学的意思说话。
康熙帝问： “李光地学问如何？”熊赐履说： “一字不识，皆剿窃他人议论瞎说，总是一味欺诈。”康熙帝问： “听说他晓得天文历法。”熊赐履说： “一些不知，皇上试问他天上的星，一个也认不得。”熊赐履又称高士奇、王鸿绪招权纳贿，奸滑诡诈，荐徐乾学道德、文章、经济兼而有之，古无其匹。
在南京，康熙帝特意试验李光地天文知识，觉得不是那么无知。又向高士奇询问： “李光地的学问如何？”高士奇答： “不相与，不知。”高士奇已经料到熊赐履在皇上面前诋毁李光地，而皇帝现在正在考察，又不知皇帝的态度如何，所以不敢轻易说好说坏，只是模棱两可。康熙帝说： “岂能全不相见？毕竟有所闻。”高士奇说： “相会也相会，但是不深相与，如何知道他学问？但看来自是读书人。”康熙帝又问： “不然。熊赐履说他一字也不通，且为人奸伪。”高士奇说： “是吗？这却看不出，或者福建人见闻短浅，则有之，若说一字不通，恐怕也太过分。或词章之学非其所长，倒是读些有根底书，也还算读书人。”康熙帝说： “你说话公道，到底是读书人。张英也如此说。”又说： “不特他，也有人说你不好哩！”高士奇明白一定是皇上听了熊赐履的谗言，但佯作不知，说： “臣学问很不成，学问、诗文何尝有胜人处？圣恩容恕，姑留在此，臣实无知。”康熙帝说： “却不是说你学问。倒说学问还好。”高士奇说： “然则说什么？岂说臣犯皇上法吗？”康熙帝说： “恐是如此。”高士奇故作不解状，惶悚而已。康熙帝说： “你也要提防。”高士奇说： “臣与人无怨无争。”康熙帝说： “总是要提防。”做皇帝的能如此关照大臣，已经非常难得。由此也可以看出康熙帝的仁慈。
回到北京，徐乾学见到高士奇脸上不悦，心知肚明。他又唆使郭琇参高士奇、李光地、王鸿绪，并亲自属稿交给郭琇。高士奇马上就知道了。在送孝庄太皇太后灵奉安到梓宫的时候，高士奇扯徐乾学到僻静处问： “老师何为做此事？”
徐乾学仰天叹气，发誓说是被小人诬陷，挑拨离间至于此极。又拉着高士奇的手，找来郭琇对质，说： “真奇怪，刚才高老先生忽然说我做疏稿，令你参他。今郭君在，老先生试问之。”
郭琇说： “学生今日至此，谁之力也？当日参明、余，非老先生左右，学生焉得至总宪（左都御史）？天下容或有为负恩之事者，然何为至此？真狗彘不食其余矣！”他们都说决无此事，高士奇将信将疑。高一走，徐乾学就握着郭琇的手说： “事情紧急，先发者制人。”
次日，郭琇的弹章就递上去了。参五人： 高士奇、王鸿绪、陈元龙、王九敬、何楷，并要求立正典刑。然而，高士奇早有准备，事先得到奏稿，交给康熙帝。既然皇帝事前就提醒过高士奇“要防备”，现在也就不可能重谴高士奇，只将其罢官，让他在南书房修书。
有人曾在康熙帝面前揭发南书房侍讲高士奇，说他当初肩破棉被入京应试，现在只要问他有多少家产，就可知道他利用权力收了多少贿赂。其实康熙帝对此早已知悉，却不追究。他说： “诸臣为秀才时，谁不是布衣步行？一旦做了官，便高轩驷马，前呼后拥，这些钱都是哪儿来的，可以细究吗？”
在封建社会，御史的监督是否起作用，常常要看皇帝的好恶而定。康熙帝对高士奇等人的纳贿睁一眼闭一眼，到了乾隆朝，和荒苫撸豢傻泄芬膊污拦绻皇鞘芮』实鄣谋湎啾；ず凸睦揪筒豢赡懿尾坏顾Ｎ侍獠⒉辉谟凇跋虑椴淮铩保谟凇吧锨椴幻鳌薄５降资翘肮俸茫故乔骞俸茫炕实巯不赌囊桓觯坑涝妒且桓鑫侍狻６遥谌酥紊缁嵋膊豢赡芨恪案咝窖保杂氛原Z的意见就没有被康熙帝采纳。皇帝不是最怕大权旁落吗？如果把权臣的纳贿与揽权看做是互为表里的一体两面，皇帝就不会纵容大臣收受贿赂了吧？不知为什么皇帝看不清两者的逻辑关系。
当然，总体上来说，康熙帝还是要抑制腐败、提倡廉政的，他的吏治方式是以优待清官为主，革除恶吏为辅，正面鼓励是其特点。雍正帝则正相反，他实施“以猛治贪”的政策，力纠康熙帝之偏，这两种治术的不同虽然与个人性格有关，但主要还是由当时的形势和皇帝本人对问题的认识有关。乾隆帝就比较纵容贪官，他不是像康熙帝那样出于宽仁的性格，而是讨厌批评朝政的清官，鼓励报喜不报忧的贪官。由于乾隆帝的吏治方式大不同于康熙帝和雍正帝，吏治遂腐败不堪。到了嘉庆朝，事情就败坏得一塌糊涂，无可奈何了。
高士奇一解职，徐乾学势炎熏天，而其弟徐元文的地位更高一级。
小于成龙又做了总宪，在皇帝面前揭发高士奇、徐乾学的罪过，得罪了许多人，被大家群起而攻之。康熙帝对他也很不满意，“在宫门上骂”，问道： “他们几个同我读书的人，你必定都要弄了去，为什么呢？”小于成龙笨笨地回答： “臣为什么？不过是为尽忠报国。”
《君臣道》第二卷整肃帝师（三）
此处，小于成龙可谓是“事君以道”，尽为臣子的义务。而康熙帝则是以“能群”的方式优待帝师们。《荀子·君道篇》说： “君者何也？曰： 能群也。”也就是，能容人，能爱人，“泛爱众”的意思。康熙帝尽量保全大臣，不求全责备。与历史上某些皇帝如朱元璋之无情的大清洗相比，真是天壤之别。康熙帝也并不是一味纵容大臣招权纳贿，而是到了一定的时候才解决。往往是因为自己的权威受到挑战的时候，就拿贪污受贿说事儿，整肃大臣。
有一天，康熙帝又与高士奇谈起有人说他招权纳贿的话。高士奇问： “是谁说的？”康熙帝说： “就是你平时所夸之熊赐履也。”高士奇说： “即此可见，臣在皇上面前说人不好，非与臣不好，说人好，非与臣好。但是别人说臣还可，熊赐履说不得臣。臣虽不与之相交，而书札时常往还。他与臣书，说臣人品是程朱一流人，岂有程朱会招权纳贿的？”康熙帝说： “书札何在？”
次日，高士奇取书呈上，康熙帝笑而存之。小于成龙常向康熙帝说高士奇的不是，而说熊赐履的好。康熙帝对他说： “你常说高士奇是小人，熊赐履是正人。看看这些信吧。”于成龙看完信之后说： “这就不晓得他们蛮子的事了。”于成龙是汉军旗人，无论满汉旗人都称南方汉人为蛮子。
不久，徐乾学因牵涉张汧案被解任，留京修书，而其弟大学士徐元文仍受到康熙帝的重视。他们虽被解职，但仍在南书房修书，还是在皇帝身边做事，只要是在皇帝身边就有招权纳贿的资本，依然我行我素。高士奇又指使左都御史许三礼上奏疏参劾徐乾学，康熙帝认为这些都是汉臣之间的嫉妒陷害，勾心斗角。康熙帝非常厌恶，说： “汉人倾轧，阴险可恶已极。”
许三礼参徐乾学的疏稿先让学生许时菴看过，徐乾学知道了，责备许时菴说： “许三礼有疏，与你同谋？”许时菴说： “此言何来？门生岂敢做此反复事？”徐乾学问： “你昨晚至其家，以疏稿相示，你若不同谋，何以不告我？”许时菴说： “看稿是有的，若以告，却不敢，因为两处皆是老师。此事门生原不与闻，偶然撞着，老师持以相示，敢不观看？观而遽以转告，倘老师先下手，中以祸，则门生将置身何地？如老师弹劾许师，门生断不敢与谋，若以稿相示，门生亦但观之，而不敢转告许师也。为门生者，职分如是足矣。”徐乾学仰天叹息： “人之不同也如此，当日成荣若不过一年友，每次见面必唏嘘相戒说，‘家君（父）未尝一刻忘年兄，年兄其备之。’父子不顾，尚披露肝胆如此，而年兄遂忍不以告？”
许时菴说： “老师若引此，门生知罪矣。门生诚然不能效此等肝胆也。”
康熙帝非常反感大臣之间的相互攻讦，曾借故责问于成龙为什么不能像徐乾学那样做文章。康熙帝之所以容忍徐乾学，在于他拟的圣谕总是能够称旨，与皇帝的心思符合。并非康熙帝不知道他的劣迹。康熙帝又想处置许三礼。许三礼闻到风声，情急之下，更把徐乾学的大罪状胪列出来复参一本。徐乾学就被攻倒了。康熙帝为人宽厚，不忍心将这些帝师置于死地“立正典刑”，只是罢了他们的官，让他们回家养老。为了给他们面子，并不押送回籍，而是要他们主动辞职。徐乾学还恋恋不肯辞，康熙帝对高潢说： “徐乾学是你的同年，何不劝之去？”
高潢就把皇帝的意思转告了徐乾学，而徐乾学竟然不信。高潢说： “皇帝的旨意我敢伪造吗？何况年兄在此，可以照应我们，怎么能希望你走呢？”
徐乾学只好上本请辞，康熙帝立即允许他辞归。徐乾学又固请陛辞，见到皇帝，喋喋不休，康熙帝很不耐烦，但仍然忍着。徐乾学说： “臣一去，必为小人所害。”康熙帝问： “小人为谁？”徐乾学说： “满汉俱有。”康熙帝问： “你们汉人相倾相害，满洲谁害你们？”徐乾学又说： “但要皇上分得君子小人，臣便可保无事。”康熙帝问： “如何分？”徐乾学说： “但凡说臣好的便是君子，但凡说臣不好的便是小人。”康熙帝强忍住怒气说： “我知道了，你去吧。”
徐乾学在老家江苏昆山受到两江总督傅拉塔（明珠的外甥）的监视。傅拉塔弹劾徐乾学及其弟徐元文的家人、门客诸不法事，徐元文遂解任，“惊悸呕血而死”。明珠复职以后，常有告讦徐氏者，徐乾学日日处在惊惧之中。康熙三十三年（1694年），康熙帝有诏取徐乾学、王鸿绪、高士奇三人回京修书。而徐乾学本来是希望皇上有朝一日还会起用他，但是近来风声特紧，他只知有使者前来，而不知其来召之意，疑有不测之祸，做贼心虚，竟然以惊悸死，也许是心肌梗塞。理学家处在危难之中，就不会如此。徐乾学、徐元文兄弟的学问修养都不好，徐乾学平时文字敏捷，文章常能称旨，然而没有修身功夫，一到临危之际就现原形了。
康熙帝理学修养深厚，为人慈爱，对大臣非常客气，比雍正帝、乾隆帝要宽宏大量得多。尤其是对于帝师们，遣回老家就是最重的惩罚了。李光地称之为“如天大度”。他所以骂小于成龙，是因为他知道，无论是京官或地方官都普遍贪污受贿，都罢了官，国家机器就要停止运转了。然而既然国家机器要运转，皇帝就不能制止御史们弹劾贪官污吏。其实，弹劾权也是大臣与皇帝分权的一种方式，尽管这仅是很有限的分权。就这一点来说，康熙朝君臣分权的情况比较正常，国家机器的程序化程度比较高，雍正帝则破坏了国家机器的程序化，到了乾隆帝时，大臣就不敢丝毫违背皇帝的意志了。
康熙帝除了反感汉臣们的相互倾轧，贪污受贿的卑劣行径以外，他甚至还认为所谓理学名臣们大都是名不副实的。康熙帝看到理学家们往往言行脱节，引起他对理学真伪问题的重视。他对侍讲官张玉书等人说： “终日讲理学，而所行之事全与其言背谬，岂可谓之理学？若口虽不讲，然行事皆与道理符合，此即真理学也。”他一再批评汉官说： “道学者必在身体力行，见诸实事，非徒托之空言。今视汉官内，务道学之名者甚多，考其究竟，言行皆背。”不过，康熙帝并不因理学家的言行不一而否定理学本身的积极意义，这种从容客观的态度，比起某些人的激进态度，高明多了。康熙帝颇不赞成当时一些理学家夸夸其谈的作风，他曾说： “李光地、汤斌、熊赐履，皆讲道学之人，然而各不相合。”如熊赐履攻击李光地“不识一字，皆剽窃他人议论”。而李光地则说熊赐履“不讲学问，但以明末门户人语说过”。李光地说： “我初入翰林时，孝感（熊赐履）声望甚重，就是嚼签子事，天下都不信，还说是索（额图）公害他，没有这事。假使孝感不落东海（徐乾学）圈套，竟不复出，其声名到后代了不得，却被这再次起用弄丑了。”
至于李光地，康熙帝也曾有微词，说： “朕一生所赖者，惟在记性……前李光地所作一本《易经》讲书，朕留在内。顷者《周易折中》告成，因复发出。李光地以