根据美国宪法规定，联邦政府是一个立法、司法、行政三大部分相互制约、维持平衡的结构，最高法院为右倾保守势力所操纵，他们对立法享有最高的权威。在新政开始时，最高法院无法用它的权威来维护旧秩序，只得忍受罗斯福提出的一个又一个令他们头晕目眩的立法。当经济局势趋于稳定，老法官们和极右势力站在一起，开始向新政宣战。1935年1月，最高法院以8票对1票宣布《全国工业复兴法》第九条第三节违宪，这一节授权总统为了保护资源和稳定石油价格，可以禁止把超过各州限额生产的石油运出州外。从此，利令智昏的老法官们，抡起大斧接连向罗斯福砍来。
5月27日，最高法院以9票对零票一致裁定全国复兴法和另外两项法案不符合宪法。新政派把这一天称为“黑暗的星期一”。这一天，最高法院一口气作出三件不利于行政当局的一致同意的裁决：宣布总统无权更换联邦贸易委员会的成员，因为该机构不是行政部门的一个机构，不受总统管辖；宣布帮助农村抵押者的《农场抵押延期偿付法》无效，因为它侵犯州的权力；宣布《全国工业复兴法》违宪，因为它超出联邦关于州际贸易的权力，侵犯了州权。当复兴法被宣布违宪后，最高法院法官布兰戴斯趾高气扬地对罗斯福智囊团的科科兰说：“这是中央集权这一套的终结，我要你回去告诉总统，我们是不会让这个政府把一切都抓在手里的。现在到了尽头。”罗斯福的主要竞争对手参议员休伊·朗公开宣称：“我举手向最高法院致敬，它把我国从法西斯主义下挽救了出来。”
第一个百日新政期间通过的《工业复兴法》和《农业调整法》这两项最重要的法案，经过两年才获得最高法院审议；在此期间，新政派一直提心吊胆，就怕最高法院作出这种裁决。对此，政府陷入混乱，大家都等待总统作出反应。在那项裁决宣布四天后，罗斯福打破沉默，在记者招待会上，用华丽的词藻对最高法院大加讽刺挖苦。他说，自促使引起内战的德雷德·斯科特案以来，哪一项裁决都没有这一项这么重要。他说，最高法院的大法官们使宪法重新回到了“马车时代”。
由于新政在那个“黑暗的星期一”在最高法院遭到了挫折，由于谋求合作的表示遭到了工商界的拒绝，由于支持新政势力的压力越来越大和蛊惑人心的政客发出了不祥的威胁，罗斯福终于结束了他五个月的“优柔寡断和犹豫不决”。他把国会领导人召集到白宫，交给他们一份“必须”通过的法案的清单。他用拳头砰砰地敲着桌子，斩钉截铁地说，国会必要时得开一夏季会，直到把社会保险法案、银行法案和公用事业控股公司法通过为止。罗斯福向最高法院开始了反击。
为了改革目前的司法制度，罗斯福向国会提出了他考虑已久的计划。规定联邦法院法官年满70岁如果在六个月内不自动退休，则由总统另外增派一名新法官进入法院。这不是代替老法官，而是增加法官名额。按照这个计划，整个联邦司法机构将指派额外的大约50名联邦法官，最高法院将增派6名，连原来的9名一共是15名，原来9名法官中有3至4人对新政还不是坚决敌视的，加上新增派的6人，就可以基本扭转最高法院唱反调的局面。罗斯福的政敌、前总统胡佛把罗斯福的司法改革计划叫做“囊括法院”计划。堪萨斯州众议员尤利塞斯·盖耶模仿莎士比亚的悲恸腔调喊道：“我们这个皇帝吃的是什么肉长得这么高大？”沃尔特·李普曼一本正经地说，这项计划是发动了“一场不流血的政变”。
罗斯福捅了马蜂窝。多年来，在公众的心目中，最高法院已经成了保护宪法的堡垒。改革最高法院的任何企图，都会被认为是攻击行政、立法和司法部门互相制约的三权鼎立体制。后来，罗斯福以“炉边谈话”的方式，直接向全国人民表达了他对最高法院的擅专独断的强烈不满。他指责最高法院“不是以一个司法机构行事，而是以一个制定政策的机构行事”，“不适当地把自己变成国会第三院——超立法机构”，而且“硬塞进宪法所不包含的字眼和含义”。他认为：“在过去半个世纪中，联邦政府三大部门之间的均衡，由于最高法院直接违背宪法制定者的高尚目标而倾覆。我们的目标就是要恢复这种平衡”。罗斯福郑重表示：“我们需要一个在宪法之下公正行事的最高法院，而不是高踞宪法之上；我们需要我们的法院实行法治，而不是人治。”他宣布《全国工业复兴法》和新政其他法案都是以宪法为依据的，因此都是有效的。
就在国内对新政的赞誉和攻击声中，四年一度的总统大选又到了。1936年1月3日，罗斯福以发表国情咨文的形式开始了竞选连任的活动。为了得到最大限度的宣传，他在国会的一次晚间联席会议上发表国情咨文，这是自1917年4月以来的头一次——伍德罗·威尔逊当时曾在国会晚间联席会议上要求对德国宣战。现在罗斯福也宣布进入战争状态，但不是要对付外敌，而是要对付本国“势力雄厚的一小撮人”和“声誉扫地的特殊利益集团”。他宣布：“我们已经引起斗争，我们已经招致盘根错节的贪婪势力的憎恨。”
罗斯福希望赫伯特·胡佛成为他的竞选对手，因为这样选民们会有一个明确的选择对象。共和党人6月初在克利夫兰开代表大会时以渴望的目光盯着这位前总统，但沮丧地认识到他的名字同灾难联系得太紧，结果在第一轮投票中就选出堪萨斯州州长艾尔弗雷德·蓝登为总统候选人。兰登是中西部人，共和党提名他当总统候选人是希望他对农民具有感召力，能调动保守派日益增长的反对罗斯福的情绪。然而，兰登的竞选演说呆板乏味，举止平淡无奇，他个人没有什么魅力。但是，共和党领袖认为，这会成为可贵之处，只要选民们对罗斯福始终笑容可掬的模样和明显的狡黠态度感到厌烦。有一次，在听了共和党的这位旗手讲演后，伊克斯刻薄地挖苦说：“如果这是兰登所能发表的最好的演讲，民主党的竞选委员会应该把自己所有的经费全部供给他到各地去演讲。”
两周后，民主党在费城召开代表大会，这与其说是一次代表大会，不如说是个加冕仪式。尽管艾尔·史密斯力图劝说代表们撇开罗斯福，另推选“某个真正的民主党人”，但是罗斯福和加纳仍被全体代表经口头表决再次提名为总统和副总统候选人。6月27日晚上，罗斯福到富兰克林运动场发表接受总统候选人的提名演说。雨一直淅沥淅沥地下个不停，他在儿子吉米的搀扶下，拖着僵直的腿，蹒跚地从聚集在讲台后面的人群中间挤过。他从攒动的人头中认出了埃德温·马卡姆。他伸出手臂，想同这位老诗人握握手，但被人群一挤，身体失去了平衡。他右腿的支架突然松了，他一个趔趄，手中的发言稿撒落在人群中。周围发出低声惊叫，几乎引起恐慌。特工人员赖利手疾眼快，一把扶住罗斯福，左右急忙把支架重新安装好。赖利唯恐混乱中有人把马卡姆误认为刺客，发狂似地朝这位目瞪口呆的诗人高喊：“别动！别动！”罗斯福脸色煞白，浑身哆嗦，急促地喊：“快把我身上掸干净！快把发言稿捡起来！”一切恢复正常后，他说：“好吧，我们走吧。”他朝讲台走去，但目光落在马卡姆挂着泪珠的脸上，立刻又止步，同这位老人握了握手。
在运动场上，罗斯福受到10万名群众雷鸣般的欢呼。他讲了几句客套话后，就马上给即将来临的竞选运动定了调子，痛斥“经济守旧派”和“享有特权的亲王们”给美国的经济民主构成威胁。罗斯福说：“经济秩序的守旧派承认政治自由是政府的事情，但他们坚持认为经济奴役不关任何人的事情。他们承认政府能够采取一切措施保护公民的投票权，但不承认政府能够采取一切措施保护公民工作和生活的权利……这些经济守旧派抱怨我们想推翻美国的制度。他们其实抱怨的是我们想剥夺他们的不合法权力。”
“政府可能会犯错误，总统确实也会犯错误”，罗斯福接着说，“但是，流芳百世的但丁告诉我们，神圣的司法会用不同的天平衡量冷酷的人的罪孽和热心肠的人的过失。一个慈悲为怀的政府纵使偶然失误，也比一个对人民疾苦不闻不问的政府长期啥事不干要好……世道循环，奥妙莫测。对于某几代的人，可谓得天独厚；对于另几代的人，会要求很高。这一代的美国人则应运而起。”
在竞选期间，罗斯福走到哪里，就受到哪里人民的欢迎。在芝加哥，约15万男女群众临时自发地组成欢迎队伍，把他从火车站一直送到运动场；在波士顿，市议会大厅挤得水泄不通，连附近的街巷都人山人海；在纽约，曼哈顿区万人空巷，人们都涌到大街上来欢迎他。在俄亥俄州和衣阿华州，甚至在阿尔夫·兰登的堪萨斯州，他所到之处无不受到兴高采烈的群众的欢迎。群众伸出手臂同他握手，朝他招手欢迎，有的是为了感谢他拯救了一座农场或住宅，有的是为了感谢他使一座工厂重新开工，有的是为了感谢他成立工程兴办局，提供了就业机会。有人说，就连老天爷也站在罗斯福一边，因为就在他到田地龟裂的中西部旱区的时候，天上凑巧下起雨来。他无论到什么地方，都对兰登置之不理，绝口不提兰登的名字，一味猛烈指责赫伯特·胡佛和自由联盟的“经济守旧派”，说他们是新政的敌人，因此也是人民的敌人。他经常向群众讲的一句话是：“你们看上去比四年前愉快啦！”
每到一处，他总是要把1936年的情况同1932年的情况对比一番。成千上万的农场和住宅获得拯救，没有被取消抵押品赎回权。创造了就业机会。经济开始回升。失业人数比经济萧条最严重时期减少了约600万人。汽车厂商预言，1936年将是自1929年以来最景气的一年。公司利润是1929年股票价格猛跌以来最高的，道—琼斯工业股票平均数比1932年增长80％。罗斯福嘴大笑，轻蔑地奚落说：“1933年夏天，有位头戴丝绸帽子的老绅士在防波堤边上失足落水，他不会游泳。一位朋友跑下防波堤，跳进水里，把他救上来，但丝绸帽子被浪冲走了。老绅士苏醒过来后，千恩万谢，夸奖他的朋友救了他的命。但是，三年后的今天，老绅士却因丢了帽子而斥责他的朋友。”
10月31日晚，罗斯福在麦迪逊广场花园发表了一篇激昂慷慨的演说后，结束了他的竞选活动。他的讲话使听众一次又一次地站起来鼓掌欢呼。他说：“全国因政府充耳不闻、视而不见、无所事事而吃了12年苦头。全国人民看着政府，可政府转过脸去。9年受金钱愚弄，3年遭遇祸患！9年发疯般地厮守在行情自动显示器旁，3年在领取救济的队伍中苦挨日月！9年愚蠢地想入非非，3年灰心绝望！今天，某些强大势力企图恢复那样的政府以及它的对一切都漠不关心的政府是最好的政府的理论。
“在大约4年的时间里，我们的政府不是游手好闲、终日无所事事，而是卷起袖子大干。我们将继续大干下去。”
罗斯福越说越激动。他指出他的“宿敌”就是“企业界和金融界垄断集团、投机倒把的奸商、鲁莽的银行老板、地方主义以及靠战争牟取暴利的投机商”，并说这些势力长期以来一直把美国政府看成他们的封地。这几股势力像今天这样紧紧地抱成一团，反对一位总统候选人，这在美国历史上还是第一次。
“我想说，”罗斯福进一步指出，“在我领导的首届政府执政期间，这些自私自利、权欲熏心的势力遇到了势均力敌的对手。”听众纷纷站起来，整个公园响起了暴风雨般的掌声和欢呼声。“我还想说——”这时又响起了一片欢呼声和铃铛号角声，他的声音被淹没。“请静一静！”总统高喊，“我还想说：到我领导第二届政府的时候，这些势力将会遇到强手！”
1936年大选，罗斯福大胜。他获得了除缅因和佛蒙特两州以外的全部选举人票。直接选票也比共和党候选人兰登多900万张。在国会两院，民主党掌握了绝对优势，参院是76比16，众院是332比89。罗斯福成了门罗总统以来114年接连两届由本党控制国会两院的第一个总统。
当罗斯福和他的朋友们一起在海德公园欢庆胜利的时候，他才开始注意到他的参谋班子里失去了几位知己。这使他痛苦地回忆到这几年所走过的艰难曲折的道路，以及他的智囊团中所发生的变化。首先离去的是蒙德·莫利教授，他是因为与国务卿赫尔意见不合而主动辞职的。他在后来一段长时间里仍充当总统的心腹，并且是总统讲演的主要撰稿人之一，但是他的影响在逐渐减弱，最后终于和那些年轻的新政人物的激进政策彻底决裂。
在第一套班子里面，罗斯福失去的第二名成员是威尔·伍丁。这位体弱多病然而生性欢乐的小个子财政部长，在银行危机期间为了国家的需要操劳过度，第二年就与世长辞了。小亨利·摩根索接替他，成为国家财政的头头。国家复兴总署垮台以后，休·约翰逊像一股愤怒的彩色飞旋焰火，冲出了政府的轨道，从此他在一家报纸的专栏里，将自己卓越的骂人本领用来攻击他以前的同事。
正如威尔·伍丁为国捐躯那样，路易斯·豪为朋友献出了自己的生命。他在1932年竞选运动中曾作过杰出的努力；在罗斯福当选总统后的最初日子里，他又没命地工作，此后他就从来没有完全恢复健康。1935年4月里，他得了支气管肺炎，从此卧床不起。路易斯长期不肯搬出白宫，总统几乎每天都要叫人送他到路易斯躺着的房间去。路易斯的身体已单薄得像个小孩子，蜷缩在被单里面；然而他的头脑却像蒸汽机那样在运转。即使在路易斯住进海军医院之后，罗斯福也要每星期去探望老朋友一次，并且专